Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005054.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05072, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15778
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Found at i:878 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 860--884 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
850 AAGCGTTACG
860 CAAGAAACTTAAC
1 CAAGAAACTTAAC
873 CAAGAAACTTAA
1 CAAGAAACTTAA
885 TGAGAACATT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.20, G:0.08, T:0.16
Consensus pattern (13 bp):
CAAGAAACTTAAC
Found at i:3041 original size:355 final size:356
Alignment explanation
Indices: 2390--3307 Score: 1502
Period size: 355 Copynumber: 2.6 Consensus size: 356
2380 CATGTAGTAC
* * ** *
2390 TTTTTTTTTTGAATAT-TTAATATATGGAAAATTATACAATACACTGTTAGTTGAGTTTAGCAGA
1 TTTTTTTGTTGAATCTATT-ATATATAAAAAATTATACAATACACTGTTAGTAGAGTTTAGCAGA
*
2454 CTGCACATGCAGGGTTAAAGGGTTGACCTATTTCCCCTTAGGGAATAGTTTTGAATATTCGGGTT
65 CTGCACATGCGGGGTTAAAGGGTTGACCTATTTCCCCTTAGGGAATAGTTTTGAATATTCGGGTT
*
2519 TATTGTATAGGGTTGAGTTACAAAGTAACGTGTATATTGTTTGAACATCACAAAAATTAAATTAG
130 TATTGTATAGGGTTGAGTTACAAAGTAACGTGTATATTGTTTGAACATCACAACAATTAAATTAG
* *
2584 CAAAATAACTAACCATTAATAATGTTACCGAAATGCTTAATAATTTTACTAAAAAGCTAAATAAG
195 CAAAATAACTAACCATTAATAAGGTTACCGAAATGCTTAATAAGTTTACTAAAAAGCTAAATAAG
2649 ATCACTTATAAAATACTTAATGCGATATCTCAAGACCTTATAAGGTTAATGGAAGTACAGTCCTA
260 ATCACTTATAAAATACTTAATGCGATATCTCAAGACCTTATAAGGTTAATGGAAGTACAGTCCTA
2714 AGAAATTTTGGTAGCATGCAC-TTTTTATATA
325 AGAAATTTTGGTAGCATGCACTTTTTTATATA
*
2745 TTTTTTTGTTGAATCTATTATATATAAAAAATTATACAATAGACTGTTAGTAGAGTTTAGCAGAC
1 TTTTTTTGTTGAATCTATTATATATAAAAAATTATACAATACACTGTTAGTAGAGTTTAGCAGAC
* *
2810 TGCACATGCGGGGTTAAAGGGATGACCTATTTCCCCTTAGGGAATAGTTTTGAATATTCAGGTTT
66 TGCACATGCGGGGTTAAAGGGTTGACCTATTTCCCCTTAGGGAATAGTTTTGAATATTCGGGTTT
*
2875 ATTGTATAGGGTTGAGTTACAAAGTAACGTGTATATTGTTTGAACATCACTACAATTAAATTAGC
131 ATTGTATAGGGTTGAGTTACAAAGTAACGTGTATATTGTTTGAACATCACAACAATTAAATTAGC
* * * *
2940 AAAATAACTAACCATTAATAAGGTTACTGAAATGCTTAATAAGTTTACTAAAGAGCTAACTAAGG
196 AAAATAACTAACCATTAATAAGGTTACCGAAATGCTTAATAAGTTTACTAAAAAGCTAAATAAGA
* *
3005 TCACTTATGAAATACTTAATGTGATATCTCAAGACCTTATAAGGTTAATGGAAGTACAGTCCTAA
261 TCACTTATAAAATACTTAATGCGATATCTCAAGACCTTATAAGGTTAATGGAAGTACAGTCCTAA
3070 GAAATTTTGGTAGCATGCACTTTTTTATATA
326 GAAATTTTGGTAGCATGCACTTTTTTATATA
* *
3101 ATTTTTTGTTGAATCTATTATATATAAAAAATTATACAATACACTGTTAGTAGAG-TTAGAAGAC
1 TTTTTTTGTTGAATCTATTATATATAAAAAATTATACAATACACTGTTAGTAGAGTTTAGCAGAC
** * * *
3165 TGCACATATGGGGTTAAAGGGTTAACCTATTCCCCCCTAGGGAATAGTTTTGAAT-TTCGGGTTT
66 TGCACATGCGGGGTTAAAGGGTTGACCTATTTCCCCTTAGGGAATAGTTTTGAATATTCGGGTTT
* * *
3229 ATGGTATAGGGTTGAGCTACAAAGTAACATGTATATTGTTTGAACAATATCACAACAATTAAATT
131 ATTGTATAGGGTTGAGTTACAAAGTAACGTGTATATTGTTTGAAC---ATCACAACAATTAAATT
*
3294 AGCAAAAGAACTAA
193 AGCAAAATAACTAA
3308 ATGAACTATT
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 34, Indels: 8
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
354 50 0.10
355 380 0.73
356 65 0.12
357 29 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (356 bp):
TTTTTTTGTTGAATCTATTATATATAAAAAATTATACAATACACTGTTAGTAGAGTTTAGCAGAC
TGCACATGCGGGGTTAAAGGGTTGACCTATTTCCCCTTAGGGAATAGTTTTGAATATTCGGGTTT
ATTGTATAGGGTTGAGTTACAAAGTAACGTGTATATTGTTTGAACATCACAACAATTAAATTAGC
AAAATAACTAACCATTAATAAGGTTACCGAAATGCTTAATAAGTTTACTAAAAAGCTAAATAAGA
TCACTTATAAAATACTTAATGCGATATCTCAAGACCTTATAAGGTTAATGGAAGTACAGTCCTAA
GAAATTTTGGTAGCATGCACTTTTTTATATA
Found at i:4229 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4202--4250 Score: 71
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
4192 CAAATCCAAC
*
4202 TCCTATTAATTATAGGCATATGTT
1 TCCTATCAATTATAGGCATATGTT
* *
4226 TCCTATCAATTGTAGGCATCTGTT
1 TCCTATCAATTATAGGCATATGTT
4250 T
1 T
4251 ACCTTATTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 22 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (24 bp):
TCCTATCAATTATAGGCATATGTT
Found at i:4721 original size:282 final size:281
Alignment explanation
Indices: 4250--4810 Score: 1077
Period size: 282 Copynumber: 2.0 Consensus size: 281
4240 GGCATCTGTT
4250 TACCTTATTTTTGTGAGGTAAGGAGTAAGATAAATTTTGATTTTCATTCAGAATAGGATATGTGG
1 TACCTTATTTTTGTGAGGTAAGGAGTAAGATAAATTTTGATTTTCATTCAGAATAGGATATGTGG
4315 CACAATTCTAATGTGATCCTAAAAGACTTTTATGATGATCCTAATGTAATTAACAAGTTACTAAA
66 CACAATTCTAATGTGATCCTAAAAGACTTTTATGATGATCCTAATGTAATTAACAAGTTACTAAA
*
4380 AATTTTAAGAATACGGAATTAGTAAAATTTTTAAAGATGTGAGATTGTTAAATTTATGTACAAGA
131 AATTTTAAGAATACGAAATTAGTAAAATTTTTAAAGATGTGAGATTGTTAAATTTATGTACAAGA
4445 AATTTTTCGAAATGTTATCTTATTGATTTTTTAAATTATGCTATAAATTATACAATACAGTGTTA
196 AATTTTTCGAAATGTTATCTTATTGATTTTTTAAATTATGCTATAAATTATACAATACAGTGTTA
4510 GTGGAGTTTAGCAAACTGCTA
261 GTGGAGTTTAGCAAACTGCTA
*
4531 TACCTTATTTTTGTGAGGTAAGGAGTAAGATAAATTTTGATTTTCATTCAGAATAGGTTATGTGG
1 TACCTTATTTTTGTGAGGTAAGGAGTAAGATAAATTTTGATTTTCATTCAGAATAGGATATGTGG
4596 CACAATTCTAATGTGATCCTAAAAGACCTTTTATGATGATCCTAATGTAATTAACAAGTTACTAA
66 CACAATTCTAATGTGATCCTAAAAGA-CTTTTATGATGATCCTAATGTAATTAACAAGTTACTAA
4661 AAATTTTAAGAATACGAAATTAGTAAAATTTTTAAAGATGTGAGATTGTTAAATTTATGTACAAG
130 AAATTTTAAGAATACGAAATTAGTAAAATTTTTAAAGATGTGAGATTGTTAAATTTATGTACAAG
*
4726 AAATTTTTCGAAATGTTATCTTATTGGTTTTTTAAATTATGCTATAAATTATACAATACAGTGTT
195 AAATTTTTCGAAATGTTATCTTATTGATTTTTTAAATTATGCTATAAATTATACAATACAGTGTT
*
4791 AGTGGAGTTTAGCAGACTGC
260 AGTGGAGTTTAGCAAACTGC
4811 ACATGCGGGG
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 4, Indels: 1
0.98 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
281 90 0.33
282 185 0.67
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (281 bp):
TACCTTATTTTTGTGAGGTAAGGAGTAAGATAAATTTTGATTTTCATTCAGAATAGGATATGTGG
CACAATTCTAATGTGATCCTAAAAGACTTTTATGATGATCCTAATGTAATTAACAAGTTACTAAA
AATTTTAAGAATACGAAATTAGTAAAATTTTTAAAGATGTGAGATTGTTAAATTTATGTACAAGA
AATTTTTCGAAATGTTATCTTATTGATTTTTTAAATTATGCTATAAATTATACAATACAGTGTTA
GTGGAGTTTAGCAAACTGCTA
Done.