Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005085.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05103, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12415
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.18, T:0.33
Found at i:1339 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 1246--1460 Score: 376
Period size: 89 Copynumber: 2.4 Consensus size: 89
1236 ATATTCTCTT
*
1246 AATCTTGCCAAATTGTGGAAGGTTTAGGAGGTATTTTAAGAAATAAATAAAAATTATAAAGATTT
1 AATCTTGCCAAATTGTGGAAGGTTTAGGAGATATTTTAAGAAATAAATAAAAATTATAAAGATTT
1311 AATTTGTAAAGAGAATATTTTATG
66 AATTTGTAAAGAGAATATTTTATG
* * *
1335 AATCTTGCCAAATTGTGGAAGGTTTATGAGATATTTTAAGAAATAATTAAAAATTGTAAAGATTT
1 AATCTTGCCAAATTGTGGAAGGTTTAGGAGATATTTTAAGAAATAAATAAAAATTATAAAGATTT
* *
1400 CATTTGTAAAGAGAATATTTTCTG
66 AATTTGTAAAGAGAATATTTTATG
1424 AATCTTGCCAAATTGTGGAAGGTTTAGGAGATATTTT
1 AATCTTGCCAAATTGTGGAAGGTTTAGGAGATATTTT
1461 TACAAAGATT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 7, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
89 119 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (89 bp):
AATCTTGCCAAATTGTGGAAGGTTTAGGAGATATTTTAAGAAATAAATAAAAATTATAAAGATTT
AATTTGTAAAGAGAATATTTTATG
Found at i:3357 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 3076--3379 Score: 376
Period size: 167 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
3066 TAGTTTCACT
* * * * * *
3076 ATCCAAATTCATTTCGTATCCATATATGACCATCCAAATCCGCCGTAAACGGATTTGGACAAATT
1 ATCCAAATTCACTCCATATCCATATATCACAATCCAAATCCGCCATAAACGGATTTGGACAAATT
* ** * *
3141 GAATATCCGCCTTTGAGATCCAAACAACAATTGTTCGATACACAAACGGTTAGAGACATGAGATA
66 GAATATCCACCTCCGAGATCCAAACAACAATTGTCCGATACACAAACGGTTAGAGACATGAGACA
3206 CAAAAGTCCAATTTAGTAAATGGAAAAAATTTTGGAA
131 CAAAAGTCCAATTTAGTAAATGGAAAAAATTTTGGAA
* **
3243 ATCCAAATTCACTCCATATCCATATATCACAATCTAAATCCGCCATAAACGGATTCT-GACGGAT
1 ATCCAAATTCACTCCATATCCATATATCACAATCCAAATCCGCCATAAACGGATT-TGGACAAAT
* * * ** * * * *
3307 TGAATATCTATCTCCGATATCCAAACGGCAGTTGTCCTATACATAAACGGTTGGAGACATGAGAC
65 TGAATATCCACCTCCGAGATCCAAACAACAATTGTCCGATACACAAACGGTTAGAGACATGAGAC
*
3372 ACGAAAGT
130 ACAAAAGT
3380 TAATTTTGTT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 24, Indels: 2
0.81 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
167 111 0.99
168 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (167 bp):
ATCCAAATTCACTCCATATCCATATATCACAATCCAAATCCGCCATAAACGGATTTGGACAAATT
GAATATCCACCTCCGAGATCCAAACAACAATTGTCCGATACACAAACGGTTAGAGACATGAGACA
CAAAAGTCCAATTTAGTAAATGGAAAAAATTTTGGAA
Found at i:4359 original size:29 final size:33
Alignment explanation
Indices: 4298--4361 Score: 84
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 33
4288 CACTAATAAC
4298 AAAGAAAGACAGAAGAATATATATGTAAGGGAG
1 AAAGAAAGACAGAAGAATATATATGTAAGGGAG
4331 AAAGAGAAGA-AG-AGAATA-ATATG-AA-GGAG
1 AAAGA-AAGACAGAAGAATATATATGTAAGGGAG
4360 AA
1 AA
4362 GACTGTTATG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 6
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
29 6 0.20
30 2 0.07
31 5 0.17
32 6 0.20
33 7 0.23
34 4 0.13
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.28, T:0.12
Consensus pattern (33 bp):
AAAGAAAGACAGAAGAATATATATGTAAGGGAG
Found at i:7364 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7339--7377 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
7329 TGGGTTCTAA
*
7339 TCTCACGGAA-TGTGAGTTAC
1 TCTCACGCAATTGTGAGTTAC
7359 TCTCACGCAATTGTGAGTT
1 TCTCACGCAATTGTGAGTT
7378 TTCTTTGTAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.53
21 8 0.47
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
TCTCACGCAATTGTGAGTTAC
Found at i:10049 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 10026--10059 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
10016 AAGAAGGAGG
10026 AGAAAGAAAAAGA
1 AGAAAGAAAAAGA
10039 AGAAGAGAAAAAGA
1 AGAA-AGAAAAAGA
*
10053 AAAAAGA
1 AGAAAGA
10060 GAGTTCGGAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.37
14 12 0.63
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.24, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AGAAAGAAAAAGA
Found at i:10901 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 10841--11174 Score: 560
Period size: 56 Copynumber: 6.0 Consensus size: 56
10831 AATTCAGGGT
* ** *
10841 AATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTA
*
10897 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTA
* * * *
10953 AATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTA
* *
11009 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATACGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAGTTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTA
*
11065 AATTAAGTAATTTGGTAATCAAATTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTA
11121 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAAT
11175 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 16, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 262 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (56 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTA
Found at i:10923 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10876--11147 Score: 78
Period size: 21 Copynumber: 14.3 Consensus size: 21
10866 AATTCGGTGT
*
10876 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
*
10897 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
* * *
10918 ACTTAA-T---TCGGT--GC-
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
* *
10932 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
* *
10953 AATTAAGTAATTTAGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
* ** *
10974 ACTTAA-T---TCAGT--GC-
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
* * *
10988 AATTAAGTAATTTGGTAGTTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
*
11009 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
* * *
11030 ACTTAA-T--A-CGGT-GT--
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
* * *
11044 AATTAAGTAATTTGGTAGTTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
*
11065 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
* *
11086 AATTAA-T---TCGGT-GT--
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
* *
11100 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
*
11121 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATCA
*
11142 ACTTAA
1 AATTAA
11148 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 36, Indels: 56
0.67 0.13 0.20
Matches are distributed among these distances:
14 21 0.11
15 6 0.03
16 2 0.01
17 15 0.08
18 14 0.07
19 3 0.02
20 4 0.02
21 122 0.65
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAATCA
Found at i:11104 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 11009--11273 Score: 293
Period size: 91 Copynumber: 2.9 Consensus size: 91
10999 TTGGTAGTTA
* * * *
11009 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA-TACGGT-GTAATTAA-GTAATTTGGTAGTTAAATTAA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAAATTAAGTAAGGTGGTAATCAACGTAATTCGGT-G-T-AATTAA
**
11071 GTAATTTGGTAATCAAATTAATTCGGTGT
63 GTAATTTGGTAATCAAATTAATTCGGTAC
* ** *
11100 AATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAAATTAAGTAAGGTGGTAATCAACGTAATTCGGTGTAATTAAGTA
*
11165 ATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTAC
66 ATTTGGTAATCAAATTAATTCGGTAC
** * * ** * * *
11191 AATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAAATTAAGTAAGGTGGTAATCAACGTAATTCGGTGTAATTAAGTA
*
11256 ATTTGGTAATTAAATTAA
66 ATTTGGTAATCAAATTAA
11274 GTAATTTGGT
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 18, Indels: 6
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
91 133 0.87
92 4 0.03
93 8 0.05
94 8 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (91 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAAATTAAGTAAGGTGGTAATCAACGTAATTCGGTGTAATTAAGTA
ATTTGGTAATCAAATTAATTCGGTAC
Found at i:11189 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11128--11189 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 3.6 Consensus size: 17
11118 TTAAATTAAG
*
11128 TAATTTGGTAATCAACT
1 TAATTCGGTAATCAACT
* *
11145 TAATTCGGTGTAATTAA-G
1 TAATTC-G-GTAATCAACT
*
11163 TAATTTGGTAATCAACT
1 TAATTCGGTAATCAACT
11180 TAATTCGGTA
1 TAATTCGGTA
11190 CAATTAAGTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 7, Indels: 6
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.20
17 15 0.43
18 6 0.17
19 7 0.20
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (17 bp):
TAATTCGGTAATCAACT
Found at i:11196 original size:203 final size:203
Alignment explanation
Indices: 10953--11377 Score: 697
Period size: 203 Copynumber: 2.1 Consensus size: 203
10943 TTGGTAATTA
* * ** * *
10953 AATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
* *
11018 ATTTGGTAATCAACTTAATACGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAA
66 ATTTGGTAATCAACTTAATACGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
* *
11083 TCAAATTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA
131 TCAAATTAACTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA
11148 TTCGGTGT
196 TTCGGTGT
*
11156 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
* *
11221 ATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
66 ATTTGGTAATCAACTTAATACGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
* *
11286 TCAACTTAACTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA
131 TCAAATTAACTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA
11351 TTCGGTGT
196 TTCGGTGT
**
11359 AATTAAGTAAAGTGGTAAT
1 AATTAAGTAATTTGGTAAT
11378 TAAATCAAGT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 17, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
203 205 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (203 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
ATTTGGTAATCAACTTAATACGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
TCAAATTAACTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA
TTCGGTGT
Found at i:11216 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 11156--11437 Score: 429
Period size: 56 Copynumber: 5.0 Consensus size: 56
11146 AATTCGGTGT
* *
11156 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAAGTGGTAATTA
* **
11212 AATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAAGTGGTAATTA
* ** *
11268 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAACTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAAGTGGTAATTA
*
11324 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAGTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAAGTGGTAATTA
* * * *
11380 AATCAAGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAACTGGTAAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAAGTGGT-AATTA
11437 A
1 A
11438 GTAATTCGGT
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 18, Indels: 1
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 201 0.97
57 6 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAAGTGGTAATTA
Found at i:11216 original size:112 final size:110
Alignment explanation
Indices: 10876--11497 Score: 432
Period size: 112 Copynumber: 5.6 Consensus size: 110
10866 AATTCGGTGT
* *
10876 AATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
* * ** * * * * * **
10941 ATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTAGT-AATCAACTTAATTCA-GTGC
66 ATTTGGTAA-TCAACT---TAATTCGGTCAATTAAGTAAATTGATATTA
* *
10988 AATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATACGGTGTAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
* * * * * * * * *
11053 ATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGT-AATCAAATTAATTCGGT-GT-
66 ATTTGGTA-ATCAACT---TAATTCGGTCAATTAAGTAAATT-GATATTA
11100 AATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
*
11165 ATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTA
66 ATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT-CAATTAAGTAAATTGAT-ATTA
* * * * * *
11212 AATTAAGTAATTTGGTAATT-AACT---TAATTCGGTGCAATTAA-GTAATTTGGTAATTAAATT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGT--AATCAACTTAATTCGGT--GT-AATT
* * *
11272 AAGTAATTTGGTAATCAACTTAACTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTA
61 AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT-CAATTAAGTAAATTGATA-TTA
* * ** * * * * * *
11324 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA-T--TCGGTGTAATTAAGTAAAGT-GGTAATTAAATCA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTG-GTAATCAACTTAATTCGGT--GT-AATTA
* * * *
11385 AGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAACTG---GTA
62 AGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT-CAATTAAGTAAATTGATATTA
* ** * * *
11432 AATTAAGTAATTCGGTAATTAGGTTAAGTAGTTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
11497 A
66 A
11498 ACTGGTAAAT
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 61, Indels: 50
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
108 50 0.12
109 11 0.03
110 26 0.06
111 15 0.04
112 314 0.74
113 7 0.02
114 2 0.00
115 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (110 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
ATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTCAATTAAGTAAATTGATATTA
Found at i:11218 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 10876--11497 Score: 501
Period size: 168 Copynumber: 3.7 Consensus size: 167
10866 AATTCGGTGT
* * * *
10876 AATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGT-AATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATT-AATTAAGTAATTCGGTCAATCAAATTAATTCGGTGTAATTAAGT
* *
10940 AATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTA
65 AATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTA
* * * * * *
11005 GTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA-T-ACG-GT--GT-
130 -ATCAACT---TAATTCGGT-A-CAA-TTAAGTAAAGTGTAATTA
* *
11044 AATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGT-AATCAAATTAATTCGGTGTAATTAAGT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATT-AATTAAGTAATTCGGTCAATCAAATTAATTCGGTGTAATTAAGT
*
11108 AATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTA
65 AATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTA
11173 ATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTA
130 ATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTG-TAATTA
* * * * *
11212 AATTAAGTAATTTGGTAATTAACT---TAATTCGGTGCAAT-TAAGTAATTTGGTAATTAAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAATTAAGTAATTCGGT-CAATCAAATTAATTCGGT--GT-AATTA
* * * *** * * * * *
11273 AGTAATTTGGTAATCAACTTAACT-CGGT-GCAATTAA-GTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAAT
62 AGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT-G--CAATTAAGTAAT
**
11335 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAGTGGTAATTA
124 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGT-GTAATTA
* * * * * * * * * *
11380 AATCAAGTAATCTGATAATCAACT---TAATTCGGTGCAATTAAGTAAACT-GGT-AAATTAAGT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTAATTAAGTAATTCGGT-CAATCAAATTAATTCGGTGTAATTAAGT
* ** * *
11440 AATTCGGTAATTAGGTTAAGTAGTTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAA
65 AATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAA
11498 ACTGGTAAAT
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 55, Indels: 44
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.01
162 4 0.01
163 3 0.01
164 51 0.13
165 20 0.05
166 18 0.05
167 18 0.05
168 256 0.68
169 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATTAATTAAGTAATTCGGTCAATCAAATTAATTCGGTGTAATTAAGTA
ATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAA
TCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGTAATTA
Found at i:11266 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 11009--11319 Score: 514
Period size: 147 Copynumber: 2.1 Consensus size: 147
10999 TTGGTAGTTA
** ** * *
11009 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATACGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATACGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
*
11074 ATTTGGTAATCAAATTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
66 ATTTGGTAATCAAATTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
* *
11139 TCAACTTAATTCGGTGT
131 TCAACTTAACTCGGTGC
*
11156 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATACGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
* *
11221 ATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
66 ATTTGGTAATCAAATTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
11286 TCAACTTAACTCGGTGC
131 TCAACTTAACTCGGTGC
11303 AATTAAGTAATTTGGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTA
11320 GTTAAATTAA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 12, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
147 152 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (147 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATACGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
ATTTGGTAATCAAATTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
TCAACTTAACTCGGTGC
Found at i:11272 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11247--11286 Score: 80
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
11237 AATTCGGTGC
11247 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
11268 AATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AATTAAGTAATTTGGTAAT
11287 CAACTTAACT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATTA
Found at i:11288 original size:259 final size:259
Alignment explanation
Indices: 10897--11424 Score: 896
Period size: 259 Copynumber: 2.0 Consensus size: 259
10887 TTGGTAATTA
* ** *
10897 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
*
10962 ATTTAGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAA
66 ATTTAGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
*
11027 TCAACTTAA-TACGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAAATTA
131 TCAACTTAACT-CGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAAATTA
** * * * *
11091 ATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGT
195 ATTCGGTGTAATTAAGTAAAGTGGTAATTAAATCAAGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGC
11156 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
* * *
11221 ATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
66 ATTTAGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
*
11286 TCAACTTAACTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA
131 TCAACTTAACTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAAATTAA
11351 TTCGGTGTAATTAAGTAAAGTGGTAATTAAATCAAGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGC
196 TTCGGTGTAATTAAGTAAAGTGGTAATTAAATCAAGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGC
11415 AATTAAGTAA
1 AATTAAGTAA
11425 ACTGGTAAAT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 16, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
259 251 1.00
260 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (259 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAGTAAAGTGATAATTAAATTAAGTA
ATTTAGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAA
TCAACTTAACTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAAATTAA
TTCGGTGTAATTAAGTAAAGTGGTAATTAAATCAAGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGC
Found at i:11294 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11247--11294 Score: 78
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
11237 AATTCGGTGC
*
11247 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
11268 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
*
11289 ACTTAA
1 AATTAA
11295 CTCGGTGCAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 25 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCA
Found at i:11350 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11303--11350 Score: 69
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
11293 AACTCGGTGC
* *
11303 AATTAAGTAATTTGGTAGTTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
11324 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
*
11345 ACTTAA
1 AATTAA
11351 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 24 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCA
Found at i:11363 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 10829--11380 Score: 129
Period size: 35 Copynumber: 15.0 Consensus size: 35
10819 AATAAGTAAT
* ** *
10829 TTAATTCAGG-GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAAC
1 TTAATTC-GGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
* *
10864 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAA
1 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
** * * *
10899 TTAAGTAATTTG-GTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAA-
1 TTAA-T--TCGGTGTAATTAA-GTAATTTGGT--AATTAAC
* * * * *
10938 GTAATTTGGTAATTAAATTAAGTAATTTAGTAATCAAC
1 TTAATTCGGT--GT-AATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
* * * *
10976 TTAATTCAGTGCAATTAAGTAATTTGGTAGTTAAA
1 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
** * * **
11011 TTAAGTAATTTG-GTAATCAACTTAATACGGTGTAATTAA-
1 TTAA-T--TCGGTGTAATTAA-GTAAT-TTG-GTAATTAAC
* * * *
11050 GTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAAA
1 TTAATTCGGT-G-T-AATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
*
11088 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAA
1 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
** * * *
11123 TTAAGTAATTTG-GTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAA-
1 TTAA-T--TCGGTGTAATTAA-GTAATT-TG-GTAATTAAC
* * * * * *
11162 GTAATT-TG-GTAATCAACTTAATTCGGTACAATTAAG
1 TTAATTCGGTGTAATTAA-GTAATTTGGT--AATTAAC
* * * *
11198 TAAAGT-GATAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
1 TTAATTCGGT--GT-AATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
* *
11235 TTAATTCGGTGCAATTAAGTAATTTGGTAATTAAA
1 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
** * * * *
11270 TTAAGTAATTTG-GTAATCAACTTAACTCGGTGCAATTAA-
1 TTAA-T--TCGGTGTAATTAA-GTAATTTGGT--AATTAAC
* * *
11309 GTAATTTGGTAGTTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAAC
1 TTAATTCGGT-G-T-AATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
**
11347 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAGTGGTAATTAA
1 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAA
11381 ATCAAGTAAT
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 88, Indels: 96
0.67 0.16 0.17
Matches are distributed among these distances:
33 2 0.01
34 3 0.01
35 148 0.39
36 19 0.05
37 55 0.14
38 63 0.17
39 44 0.12
40 47 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
TTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATTAAC
Found at i:11438 original size:73 final size:74
Alignment explanation
Indices: 11359--11525 Score: 232
Period size: 73 Copynumber: 2.3 Consensus size: 74
11349 AATTCGGTGT
11359 AATTAAGTAAAGT-GGTAATTAAATCAAGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGT
1 AATTAAGTAAAGTCGGTAATTAAATCAAGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGT
11423 AAACTGGTA
66 AAACTGGTA
* ** * * * * *
11432 AATTAAGT-AATTCGGTAATTAGGTTAAGTAGTTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGT
1 AATTAAGTAAAGTCGGTAATTAAATCAAGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGT
11496 AAACTGGTA
66 AAACTGGTA
*
11505 AATTAAGTAAA-TCAGTAATTA
1 AATTAAGTAAAGTCGGTAATTA
11526 GCTTAATTCG
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 9, Indels: 4
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
72 3 0.04
73 78 0.94
74 2 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (74 bp):
AATTAAGTAAAGTCGGTAATTAAATCAAGTAATCTGATAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGT
AAACTGGTA
Found at i:11448 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11404--11549 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 8.2 Consensus size: 17
11394 ATAATCAACT
*
11404 TAATTCGGTGCAATTAAG
1 TAATTCGGT-AAATTAAG
*
11422 TAA-ACTGGTAAATTAAG
1 TAATTC-GGTAAATTAAG
11439 TAATTCGGTAATTAGGTTAAG
1 TAATTCGGTAA--A--TTAAG
* * *
11460 TAGTTTGGT-AATTAACT
1 TAATTCGGTAAATTAA-G
*
11477 TAATTCGGTGCAATTAAG
1 TAATTCGGT-AAATTAAG
*
11495 TAA-ACTGGTAAATTAAG
1 TAATTC-GGTAAATTAAG
* *
11512 TAAATCAGT-AATT-AG
1 TAATTCGGTAAATTAAG
*
11527 CTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 --TAATTCGGT-AAATTAAG
11547 TAA
1 TAA
11550 ATAATCAAAT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 15, Indels: 32
0.67 0.10 0.22
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.02
16 8 0.08
17 43 0.44
18 18 0.19
19 11 0.11
20 3 0.03
21 12 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
TAATTCGGTAAATTAAG
Found at i:11460 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11434--11473 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
11424 AACTGGTAAA
11434 TTAAGTAATTCGGTAATTAGG
1 TTAAGTAATTCGGTAATTAGG
* *
11455 TTAAGTAGTTTGGTAATTA
1 TTAAGTAATTCGGTAATTA
11474 ACTTAATTCG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.23, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
TTAAGTAATTCGGTAATTAGG
Found at i:11479 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11434--11479 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
11424 AACTGGTAAA
**
11434 TTAAGTAATTCGGTAATTAGG
1 TTAAGTAATTCGGTAATTAAC
* *
11455 TTAAGTAGTTTGGTAATTAAC
1 TTAAGTAATTCGGTAATTAAC
11476 TTAA
1 TTAA
11480 TTCGGTGCAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TTAAGTAATTCGGTAATTAAC
Found at i:11526 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 11395--11531 Score: 238
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 73
11385 AGTAATCTGA
* * *
11395 TAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAACTGGTAAATTAAGTAATTCGGTAATTAGGTTAAG
1 TAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAACTGGTAAATTAAGTAAATCAGTAATTAGCTTAAG
11460 TAGTTTGG
66 TAGTTTGG
*
11468 TAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAACTGGTAAATTAAGTAAATCAGTAATTAGCTTAA
1 TAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAACTGGTAAATTAAGTAAATCAGTAATTAGCTTAA
11532 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 4, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
73 60 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (73 bp):
TAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAACTGGTAAATTAAGTAAATCAGTAATTAGCTTAAG
TAGTTTGG
Found at i:11785 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 11767--11793 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
11757 GATAAAAATT
11767 AATTAATCAAAAG
1 AATTAATCAAAAG
11780 AATTAATCAAAAG
1 AATTAATCAAAAG
11793 A
1 A
11794 GAGTCCTTTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.07, G:0.07, T:0.22
Consensus pattern (13 bp):
AATTAATCAAAAG
Done.