Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005086.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05104, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4313
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Found at i:13 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 7--33 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
1 CATAAA
7 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
34 ATTCAACGCC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1898 original size:660 final size:659
Alignment explanation
Indices: 107--2609 Score: 2784
Period size: 660 Copynumber: 3.8 Consensus size: 659
97 GTCGATTTTT
* * * * ** *
107 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTTGCAAAAACAAATCATTAAATGGAATGTGGTT
1 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCT
* * ** * *
172 GAGATTTGGTTTGAAGAATATAGATATTTCAA-GAGT-TTTTCTACAAAAAATAATGCAAAACTG
66 GAGA-TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC-ACCAAAAATCATGCAAAACT-
* * * * * * * * * * *
235 AGTCGGGGTCAC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATTGTAAGTACACGATTTCGCCTAA
128 AG-C-CGGACCCTGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
** ** * * ** * * * * *
299 AA-CCTG--ACCA--GA----AAATATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAGTA
191 AATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTCCTTGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAA-TA
* * * * * **
355 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGC-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTT
255 TATAATTAAACGCCAAAAAAATTGA-AGACATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTTATTTTT
** * * * * *
419 TCCGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATTCATATATC
319 TCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATC
* * * * * * **
484 CAATATGGCTGATATTTGGTT-CGATGAATATATATATTTTAAGGAGTCTTTGCACCAAAAATCA
384 CAATGTGACTGAGATTTGATTAC-ATGAATAAATATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCA
* * * * * * ** *
548 TACAAAATTGAGCCGTGTCTCTGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAATTGTGATTG-TTAGTACACAA
448 TGCAAAACTGAGCCATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA-TGATTAGTACACGA
* * ** *
611 TTTC-GTCTAAAATTTTGTAAAAAACTGACTTGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATAC
512 TTTCAGT-TAAAATTTTG-CAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAC
* * * * * *
675 TCTTATAAAATATATAGTTCGACATCATAAAGATTGAAGGGCTTTTAGCTCTTCTAATATTGTTT
575 TCATAAAAAATATATAATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTT
* *
740 TTGCTATTTTTTCCAAATAAA
640 TTCCTATTTTTT-CAAATTAA
* * * *
761 TTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTGAATCCAATGTGGTT
1 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCT
* * * **
826 GAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTGGCACCAAAAATTATGCGAAAGTTA
66 GAGA-TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGC-AAAACTA
* ** * *
891 GCCGG-CCCCGGAACGCCTTTTTAGTCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAA
129 GCCGGACCCTGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAT
* * *
955 TTTACAAAAATTGACTCGAAAGA---T--TT--TTCCT--CG--AATACTCAT-GAAAATATATA
194 TTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTCCTTGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATATA
* * *
1008 ATTAAACGCCACAAAAATTGAA-ATCCATTTTCACGCATTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTC
259 ATTAAACGCCAAAAAAATTGAAGA--CATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTTA-TTTTTTC
* *
1072 TAATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCAAATAAAAACAAATCCTTAAATCCA
321 TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * * * ** *
1137 ATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGACATTTCAAGGACTCTCGGTGCCAAAAATCATGT
386 ATGTGACTGAGATTTGATTACATGAATAAATATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGC
** *
1202 AAAA-TAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACTATTT
451 AAAACT-GAGCCATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTT
*
1266 CAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATA
515 CAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATA
* *
1331 AAAAATATATAATTCGACATAAAAAATATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCT
580 AAAAATATATAATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCT
1396 ATTTTTTCAAATTAA
645 ATTTTTTCAAATTAA
* * *
1411 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATCTGACT
1 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCT
* * *
1476 GACA-TGGTTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAGCAAAACTGAG
66 GAGATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACT-AG
** * * *
1540 GTGGACCCTAGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTGGTACATGATTTCGACTAAAATT
130 CCGGACCCTGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATT
* *
1605 TTGCAAAAATTTACCCGAAAGAGTTTTCCTTGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAAATATAT
195 TTGCAAAAATTGACTCGAAAGA-TTTTCCTTGATTTCTAGCGAAAATACTCAT-AAAAAATATAT
* * * ** * * *
1670 AATTCAACGTCAAGAGGATTGGAGGAC-TTTTCACGCTTTTAATATCATTTTT-TTAGTTTTTCT
258 AATTAAACGCCAAAAAAATT-GAAGACATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCT
* * *
1733 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATTCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAA
322 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * *
1798 TGTGAATGAGATTTGATTACATGAATAAATATATTTCAAGTAGTCTCGGCGCCAAAACTCATGCA
387 TGTGACTGAGATTTGATTACATGAATAAATATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCA
* * * * *
1863 AAACTGAGCCATGGCCCTAGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGTTTAGTACACGATTTCG
452 AAACTGAGCCATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCA
* *
1928 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAA
517 GTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAA
* *
1993 AAATATATAATTCGAAATCAAAAAGATTGAAGGGATTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTAT
582 AAATATATAATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTAT
*
2058 TTTTT-GAATTAA
647 TTTTTCAAATTAA
* *
2070 TTTCTAATTAAATCGAAACCAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCTAATGTGGCT
1 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCT
* * * * *
2135 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGACTTGGCAACAATAATCTTGCAAAACATA
66 GAGA-TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAC-TA
* * * *
2200 GCCGAACCCTGGAACACGGTTTTAGCCGAAAACCTTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAACT
129 GCCGGACCCTGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAT
* * *
2265 TTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTTCCTCGATATCTAGCGAAAATAATCATAAAAAATATAT
194 TTTGCAAAAATTGACTCGAAAGA-TTTTCCTTGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATAT
* * * *
2330 AATTAAACACCAAAAAAATTGAAAACCTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTC--ATATTTTCT
258 AATTAAACGCCAAAAAAATTGAAGA-CATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCT
* * *** * * *
2393 AAATTATTTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCATTAAGTTCAA
322 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* *
2458 TGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAA-ATATTTCAAGGAATCTC-GCACCAAAAATCATGC
387 TGTGACTGAGATTTGATTACATGAATA-AATATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGC
* * * *
2521 AAAACTGAGTCA-GGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTC
451 AAAACTGAGCCATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTC
*
2585 AGTTAAAATTTTACAAAAATTGACC
516 AGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACC
2610 TACATGAGAA
Statistics
Matches: 1563, Mismatches: 238, Indels: 92
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
647 4 0.00
648 50 0.03
649 96 0.06
650 98 0.06
651 259 0.17
652 34 0.02
653 51 0.03
654 88 0.06
655 22 0.01
656 9 0.01
657 5 0.00
658 68 0.04
659 100 0.06
660 432 0.28
661 192 0.12
662 28 0.02
663 24 0.02
664 2 0.00
665 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (659 bp):
TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCT
GAGATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAGC
CGGACCCTGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTT
TGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTCCTTGATTTCTAGCGAAAATACTCATAAAAAATATATAAT
TAAACGCCAAAAAAATTGAAGACATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAAT
TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
ACTGAGATTTGATTACATGAATAAATATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAAC
TGAGCCATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCAGTTA
AAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAAT
ATATAATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTT
TCAAATTAA
Found at i:2123 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 27--2608 Score: 2388
Period size: 329 Copynumber: 7.9 Consensus size: 330
17 ATATATATAT
** * * *
27 ATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTT-TCAATATCATTTTTCCAAAT
1 ATATATAATTCAA-ATCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTTTCC---T
* * * ** * * * *
91 TTTTTTGTCGATTTTTTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTTGCAAAAACAAATCAT
61 ATTTTT-TCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
** ** * * * ** *
156 TAAATGGAATGTGGTTGAGATTTGGTTTGAAGAATATAGATATTTCAA-GAGT-TTTTCTACAAA
125 TAAATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGC-ACCAA
* * * * * * * * *
219 AAATAATGCAAAACTGAGTCGGGGTCAC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATTGTAAGT
189 AAATCATGCAAAACTGAGCCGTGG-CCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * * *
283 ACACGATTTCGCCTAAAA-----C-----CTGAC-CAGAAA-ATATTTTTCTCAATTTTTTGCCA
253 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTC-GAAAGATA-TTTCCTCAATTTTTGGCGA
* *
336 CAATACTCAGAAAAA
316 AAATACTCATAAAAA
** * * *
351 AGTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATT
1 A-TATATAATTCAA-ATCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT
* * * * * *
416 TTTTCCGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATTCATAT
64 TTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * * * * * * * *
481 ATCCAATATGGCTGATATTTGGTTCGATGAATATATATATTTTAAGGAGTCTTTGCACCAAAAAT
128 ATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
* * * * * ** * *
546 CATACAAAATTGAGCCGTGTCTCTGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAATTGTGATTGTTAGTACACA
193 CATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * * * *
610 ATTTCGTCTAAAATTTTGTAAAAAACTGACTTGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATAC
258 ATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAAATTGACTCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAC
* *
675 TCTTATAAA
322 TCATAAAAA
* * * * * * *
684 ATATATAGTTCGACATCATAAAGATTGAAGGGCTTTT-AGCTCTTCTAATATTGTTTTTGCTATT
1 ATATATAATTC-AAATCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCA-CGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT
* * *
748 TTTTCCAAATAAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTGA
64 TTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* ** *
813 ATCCAATGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTGGCACCAAAAAT
128 ATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
* * * * * * * *
878 TATGCGAAAGTTAGCC--GGCCCCGGAACGCCTTTTTAGTCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATG
193 CATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * *
941 ATTTCGGCTAAAAATTTACAAAAATTGACTCGAAAGAT-TTT--TC-----CT--CG--AATACT
258 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATACT
*
994 CAT-GAAA
323 CATAAAAA
* *** *
1001 ATATATAATT-AAACGCCACAAAA-ATTGAAATCCATTTTCACGCATT-TAATATCGTTTTTCAT
1 ATATATAATTCAAA--TCA-AAAAGATTG-AAGGGATTTTCACGC-TTCTAATATCGTTTTTCCT
* ***
1063 ATTTTTTTCTAATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCAAATAAAAACAAATCC
61 A-TTTTTTC-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * * * * **
1128 TTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGACATTTCAAGGACTCTCGGTGCCAA
124 TTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
* * * *
1193 AAATCATGTAAAA-TAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGT
189 AAATCATGCAAAACT-GAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * * * *
1257 ACACTATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAA
253 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCGAAA
1322 ATACTCATAAAAA
318 ATACTCATAAAAA
* * * * * *
1335 ATATATAATTCGACATAAAAAATATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTT
1 ATATATAATTC-AAATCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTT
1400 TTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
65 TTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * *
1465 TTAATCTGACTGACA--TGGTTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCA
130 CTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCA
* * * * *
1528 AGCAAAACTGAG--GTGGACCCTAGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTGGTACATGA
195 TGCAAAACTGAGCCGTGG-CCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
* * * ** * *
1591 TTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTTACCCGAAAGAGT-TTTCCTTGATTTCTAGCGAAAATACT
259 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGA-TATTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATACT
1655 CATAAAAAA
323 CAT-AAAAA
* * * * * * * *
1664 ATATATAATTCAACGTCAAGAGGATTGGA-GGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTT-TTAGT
1 ATATATAATTCAA-ATCAAAAAGATTGAAGGGA-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT
* * * *
1727 TTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATTCACATAAAAACAAATCCTTAA
64 TTTTC-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * * * * * * *
1792 ATCTAATGTGAATGAGATTTGATTACATGAATAAATATATTTCAAGTAGTCTCGGCGCCAAAACT
128 ATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
* * * * * *
1857 CATGCAAAACTGAGCCATGGCCCTAGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGTTTAGTACACG
193 CATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
*
1922 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-TCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAC
258 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACT-CGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATAC
1986 TCATAAAAA
322 TCATAAAAA
* *
1995 ATATATAATTCGAAATCAAAAAGATTGAAGGGATTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTT
1 ATATATAATTC-AAATCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTT
* * *
2060 TTT-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAAT
65 TTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * * * *
2124 CTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGACTTGGCAACAATAATCT
130 CTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCA
** * * * *
2189 TGCAAAACAT-AGCCG-AACCCTGGAACACGGTTTTAGCCGAAAACCTTGATGGTTAGTACATGA
195 TGCAAAAC-TGAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA
* * * * * * *
2252 TTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTTCCTCGATATCTAGCGAAAATAATC
259 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATACTC
2317 ATAAAAA
324 ATAAAAA
* * * **** * *
2324 ATATATAATTAAACACCAAAAAAATTGAAAACCTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATT
1 ATATATAATTCAA-ATCAAAAAGATTG-AAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT
* * * * * *
2389 TTCT-AAATTATTTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCATTAAG
64 TTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
* * *
2453 T-TCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAATC-TCGCACCAAAAAT
129 TCT-AATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
* * * * *
2516 CATGCAAAACTGAGTC-AGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGATTAGTACACG
193 CATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * *
2580 ATTTCAGTTAAAATTTTACAAAAATTGAC
258 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
2609 CTACATGAGA
Statistics
Matches: 1846, Mismatches: 339, Indels: 141
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
315 2 0.00
317 18 0.01
318 35 0.02
319 126 0.07
320 1 0.00
321 73 0.04
322 128 0.07
323 43 0.02
324 7 0.00
325 53 0.03
326 1 0.00
327 6 0.00
328 108 0.06
329 375 0.20
330 278 0.15
331 202 0.11
332 288 0.16
333 79 0.04
334 21 0.01
336 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
ATATATAATTCAAATCAAAAAGATTGAAGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTT
TTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
TAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAT
GCAAAACTGAGCCGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
TCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCGAAAATACTCAT
AAAAA
Done.