Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005112.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05130, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 8--58 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 26.0 Consensus size: 2
1 TTGGACT
* * *
8 TA TA TA -A TA TA TA GA TA TA GA TA TA GA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
49 TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA
59 CACATATTAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 6, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 41 0.98
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TA
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409 ATGTTGAAAC
* * * ** *
419 ACTCATAAAAATATATATAATTCAACGCTAAAAAGATTGGA-GAACTTTTCACA-CTTTTAATAT
1 ACTCAGAAAAA-ATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT-GACGGGCTTTTCA-AGCTTCTAATAT
* * * * *
482 CG-TTTTTCATATTTTTT-TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATTCACGTAA
63 CGTTTTTTCAT-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAA
* * * * * ** **
545 AAACAAATACTTAAATCCAATGTGGCTGAGA--T--TT-GAT-AAGTCTATCTATTCCAAGGAGT
127 AAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAA-TATAGATATTTTAAGGAGT
** * * * * *** * **** ***
604 CTCGGAGTCAAAAACCATGAAAAACAAAGTCGTGGCTCCGGAAGGTATTTTTAGTAAAAAAAAAC
191 CTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCG-GGCTCCGGAACACGTTTTTAG---CCCAAAAC
* * * * *
669 CGTGATGCTT-GTACACGGTTTTGGCTAAAAACCTGATCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTAC
252 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAA-CTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGC
*
733 CATAAT
316 CACAAT
* * ** *
739 ACTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACTCTTCTAACATCGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* *
804 TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATA-ATTGAGATGCACGAAAAAA
66 TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-AGATTCAGATGCTCGAAAAAA
* * * * * *
868 CAAATCCTTAAATCCAATATAGTTGAGATTTGGTTCAATGAATATAGATATTTTAA-GAATCTTT
130 CAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTT
**** * * ** *
932 GCATAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCAGGGGTCCGGAATGCGTTTTTAGCCCAAAATCGTGATG
195 GTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-CCGGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCCAAAACCGTGATG
* ** * * * * * *
997 GTTAGTACACTATTTCGATTAAAAACTTACACGAAAAGTTTTTTCTCAAATTTTCGCTATAAT
259 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
* * * * *
1060 ACTCAGGAATAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTAATGGGATTTTCACA-CTTCTAATATCG
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCA-AGCTTCTAATATCG
* * *
1124 TTTTTTCATTCTTTTT-TGAATTAATTGCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG-TAAA
65 TTTTTTCATT-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAA
* * * * *
1187 A-AAATCCTTATATCCAATGTGGCAGACATTAGGTTCGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
129 ACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT
* * *** *
1251 TGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCTGAATGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT
194 TGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC-GGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCCAAAACCGTGAT
* * * * * *
1316 GGTTAATATACAATTTCGGCTAAAAACTGACTCGAAAAGTTTTTTTTTCTCAATTTTTAGTCACA
258 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG---TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACA
1381 AT
320 AT
* * * * * * *
1383 AATCAGAAAAAATATATAATTTAAAGTCAAAAGGATTGACGTGCGTTTCAAGCTTCTAATATCG-
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* * * *
1447 TTTTTCA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATGATCGTAAAAAC
66 TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAAAC
* * * * * * *
1511 AAATCCTTATATCCAATATGACTAACATTTGGTTTGATGAATATAGATACTTCAAAGATTCTTTG
131 AAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTTG
* * ** * **
1576 TGCCAAAAATCATGCAAAATTAACCCGGGACTCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGA
196 TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGG-CTCCGGAACACGTTTTTAGCCCAAAACCGTGATG-
* * * *
1641 CTT-GTATACGATTTCAGCTAAAAACTAACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
259 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG-TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
* * * * * *
1704 GCTCAGAGAAAATATATAATCCAATGCCAAAAATATTGACGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATTGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* *
1769 TTTTTCA-TTTTTTCCGAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGAAAAAAC
66 TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAAAC
* * * * *
1833 AAATCCTTATATCCAATATGACTGAGATTTGGTTCGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCCTTA
131 AAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTTG
* * *
1898 TGCCAAAAATCATACAAAATTGAGCCAGTGCTCCCGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAACCGTGA-
196 TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC-GGGCT-CCGGAACACGTTTTTAGCCC-AAAACCGTGAT
* *
1962 --TAAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTCTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
258 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
* * **
2024 ACTCAGAAAAAA-A-A-AATTAAATGCCCAAAAGATTGACTAGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* * * *
2086 TTTTTCATATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTTGAAGAA
66 TTTTTC--ATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAA
* * * * * *
2151 ACAAATCC-T-TA--C-ATATGACTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTCTGAGAAGTCTT
129 ACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT
* * * * * * *
2211 T-TAGCAAAAAATCTTTCAAAACTGTGCCGGGGCTCCCGAAACACGTTTTTACCCCCAAAACCGT
194 TGT-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC-GGGCT-CCGGAACACGTTTTTA-GCCCAAAACCGT
* * **
2275 GATGGTTAGTACAAGATTTCGGCTGAAAACAT-ACCTAAAATAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCA
255 GATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC-TGACCCGAAA-AGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCA
2339 CAAT
318 CAAT
* * ** *
2343 ACTCAGAAAAAATTTATAATTTAGCGCCAAAAA-ATTGACGTGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
*
2407 TTTTTCATTTTCTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
66 TTTTTCA-TTT-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAA
* * * *
2472 ACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGATTCGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
129 ACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT
* ** **
2537 TGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGGCAGGGCTCCTAAATGCGTTTTTAG-CCAAAACCCGT-A
194 TGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGA-GCCGGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCCAAAA-CCGTGA
** * * * *
2600 AAGTTAGTACACG-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGAGAACTTGTTTCTCAATTTTTTGACACAAT
257 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
* * * *
2664 A--CACAAAAAATGTAAAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGCCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* *
2727 TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATT-AGGATGCTCGAAGAAA
66 TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA-GATGCTCGAAAAAA
* * * * * * *
2791 TAAATCCTTATATCCAGTATGTCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGAAATTTTAAGGAGTCATT
130 CAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTT
* * * * * *
2856 CTGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGGAGCTACCGAAACACGTTTTAACCCCAAAAACCGTGA
195 GTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGG-GCT-CCGGAACACGTTTTTAGCCC-AAAACCGTGA
* * * * *
2921 TGTTTAGTATACGATTTCTGCTAAAAACTGTCCCGAGAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
257 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG-TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
2986 T
321 T
* * ** * * * * * * *
2987 ACTCAGAAAAAATAAATAATTTAACACTAGAAATATTAACGTGCTTTTCAAGCTTGTAATATTGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* * *
3052 TTTTTCATTTTTTTCCGAATGAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAAC
66 TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAAAC
* *
3117 AAATCCTTATATCCAAT-GGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTGAAGGAGTCTTTG
131 AAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTTG
* ** * * * *
3181 TGCCAAAAATAATATAGAATTGAGCCGGGGCTCCAGAACATGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
196 TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC-GGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCCAAAACCGTGATGG
* * *
3246 TTAGTACGCGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAGAAA-TTTTATCTGAATTTTTTTGCCACAAT
260 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGA-AAAGTTTTTTCTCAA-TTTTTTGCCACAAT
* * * * * * ** *
3309 TCTCAGGAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAATATTAACTTGCTTTTCAAGCTTGTAATATCGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* * * *
3374 TTTTTCA-TTTTTTCCGAATTTATTTCGAATTCAATC-ATAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
66 TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA-AACAAGATTCAGATGCTCGAAAAAA
* * * *
3437 CAAATCCTTGTATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
130 CAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTT
* * ** * *
3502 GTGCCAAAAATAATGCAAAATTTAGCCGGGGCTCTAGAACACGTTCTTAGCCAAAAACCGTGATG
195 GTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC-GGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCCAAAACCGTGATG
* * * * *
3567 G-TACTACACGATTTCGGCTAAAAACTGAGCCGAAAAACTTTATT-TGAATTTTTT-CCACAAT
259 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCG-AAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
* * * * ** * *
3628 ACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGTCAAAAAGATTAACACGTTTTTCAAGATTCTAATATCGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* * *
3693 TTCTTCAATTTTTT-CTACATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC-ATAAAA
66 TTTTTCATTTTTTTCCGA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGA-AAAA
* * * * ** *
3756 AAAATATCCTTATATCCAATATGGTTGACATTTAGTTCGATGAATATAGATAATACAAGGAGTAT
129 ACAA-ATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCT
* * ** *
3821 TTGTCCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCAGGGCTCCGGAACACGTTTTTTCCCCAAAAATCGTG
193 TTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-CCGGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCC-AAAACCGTG
* *
3886 ATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCTACAA
256 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
3951 T
321 T
* ** ****
3952 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGAGTTTTTTCTTTATTCTAATATCG
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACG-GGCTTTTCAAGCTTCTAATATCG
* *
4017 TTTTTTCA-TTTTTTCCGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGAAAAAA
65 TTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAAA
* * * * * * *
4081 GAAATCCTTATATCTAATATGACTGAGATTTGGTTCGATGAGTATATAT-TTTTCATGGAGTCTT
130 CAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTT-AAGGAGTCTT
* * * * * *
4145 TCTG-CATAAAATCATTCAAAACTGTGTCAGGGCTCCCGAAACACGTTTTTA-CCCTAAAACCGT
194 TGTGCCA-AAAATCATGCAAAATTGAG-CCGGGCT-CCGGAACACGTTTTTAGCCC-AAAACCGT
* * *
4208 AATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAAACTGACACGAAAAGTTTTTTTCTCAA-TTTTTGCCAC
255 GATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG-TTTTTTCTCAATTTTTTGCCAC
4272 AAT
319 AAT
* * * * * * * *
4275 ACTCAG-AAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGTCGTGCTTTCCAAGCTTCAAATATTGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* *
4339 TTTTTCAATTTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAA
66 TTTTTC-ATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAAA
* * * *
4403 CAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTTAAAGAGTCTTT
130 CAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTT
* *** * ** *
4468 GTGCCAAAAATCATGCAAATTTTTTCCGGGCTCCTGAATGCGTTTTT-GACCAAAAACCGTGATG
195 GTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCTCCGGAACACGTTTTTAG-CCCAAAACCGTGATG
* * * * * *
4532 GTTAGTACGCGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAGAAGGTTTTTCTAAATCTTTTGCCACAGT
259 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
* *
4595 AATCAGAAAAAATATAT-ATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTAAAGCTTCTAATATCGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* * * * * *
4659 TTTTTCATTTTTTTTTCCGAATCAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGAATGAAATGCTCGAAGAA
66 TTTTTCA--TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAA
* * * * * *
4724 ATAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCCATGAATATAGAAAATTTAAGGAGTCAT
129 ACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT
* * * * *
4789 TCTGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGGCTCCCGAAACACGTTTTTA-CCC-CAA-C----
194 TGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC-GGGCT-CCGGAACACGTTTTTAGCCCAAAACCGTGA
*
4847 ----T--TACACGATTTCGGTTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
257 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
* * *
4906 ACTCGGAAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATAGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* * * *
4971 TTTTTCATTTTTTTCTCCTAATTAATTTCTAATTAATTCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAA
66 TTTTTCA-TTTTTT-TCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAA
* * * * * *
5036 ATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCAAGGGGACTT
129 ACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT
** * *
5101 TGTGTCC-AAAATCATGCAAAATTGA-CCTGGGGCTCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
194 TGTG-CCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC--GGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCCAAAACCGTG
* * * *
5164 ATGGTTAGTATACGATTTCGGCAAAAAATTGACACGAAAA-TTTTATTCTCAATTTTTT-CTCAC
256 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTT-TTCTCAATTTTTTGC-CAC
5227 AAT
319 AAT
* * * * * *
5230 A-TATAGAGAAAATATATAATTAAATGCCAAAAAATATTCACGGGATTTTCAAGCTTCTAATATC
1 ACT-CAGAAAAAATATATAATTCAATGCC-AAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATC
* *
5294 -TTATATTCATTTTTGTT--GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGAAA
64 GTT-TTTTCATTTTT-TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAA
* * * * * *
5356 AAAGAAATCCTTATATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTCGATGAATATAAATATTTCAAGGACTC
127 AAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTC
** * * * ** * * *
5421 CGTATGACAAAAATCTTATAAAAGTGAGCCAGGGCTCCAGAAACACGTTTTTACCCCAAAAACCG
192 TTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCC-GGGCTCC-GGAACACGTTTTTAGCCC-AAAACCG
* * * * * *
5486 TGATAGTTCGTACACGATTACGGCTAAAAACTGACTCTAAAAGTTCTTTCTCAATTTTTTGCCAC
254 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCAC
5551 AAT
319 AAT
* * *
5554 ACTCAGAAAAAATATATAGTTCAATGCCAAAAAGATTGATGAGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
1 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
* * * *
5619 TTTTTCATTTTTTTTACGAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGACATGCTCGAAGAA
66 TTTTTCA-TTTTTTTCCG-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAA
* *
5684 ACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTT
129 ACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTT
5739 TTGCTACAAT
Statistics
Matches: 4189, Mismatches: 670, Indels: 276
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
311 88 0.02
312 175 0.04
313 5 0.00
314 1 0.00
315 94 0.02
316 4 0.00
317 51 0.01
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327 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (321 bp):
ACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCAAGCTTCTAATATCGT
TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGAAAAAAC
AAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTTG
TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCCAAAACCGTGATGGT
TAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
Found at i:5884 original size:196 final size:195
Alignment explanation
Indices: 5539--5933 Score: 485
Period size: 196 Copynumber: 2.0 Consensus size: 195
5529 TTCTTTCTCA
* *
5539 ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAGTTCAATGCCAAAAAGATTGATGAGCTTTTCA
1 ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAGTTCAATGCAAAAAAGATTAATGAGCTTTTCA
*
5604 AGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTTACGAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
66 AGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTTACGAAATTAACTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
* * * **
5669 GACATGCTCGAAGAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGAT
131 GACATACTCGAAGAAACAAATCCTTATATCCAATATGACTGACATTTGGTTCAATGAATATAGAT
* * * *
5734 ATTTTTTGCTACAATACTCAGAGAAAAATATA-A-TTTAATGCAAAAAATATTAATGTGCTTTTC
1 ATTTTTTGCCACAATACTCAGA-AAAAATATATAGTTCAATGCAAAAAAGATTAATGAGCTTTTC
* * * * *
5797 AAGCTTGTAATATCGTTTTTTTTTCATTTTTTTTTCG-AATTAACTTCTAATTCAATTGTAACAA
65 AAGCTTCTAATATCG---TTTTTTCATTTTTTTTACGAAATTAACTTCTAATTAAATCGAAACAA
* * * * * *
5861 GATT-CCGTTACTCGTAA-AAACAAATCCTTGTGTCCAATGTGATTGACATTTGGTTCAATGAAT
127 GATTGAC-ATACTCG-AAGAAACAAATCCTTATATCCAATATGACTGACATTTGGTTCAATGAAT
*
5924 ATGGAT
190 ATAGAT
5930 ATTT
1 ATTT
5934 CAAGTAGTCT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 24, Indels: 11
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
194 39 0.23
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Consensus pattern (195 bp):
ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAGTTCAATGCAAAAAAGATTAATGAGCTTTTCA
AGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTTACGAAATTAACTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
GACATACTCGAAGAAACAAATCCTTATATCCAATATGACTGACATTTGGTTCAATGAATATAGAT
Found at i:6409 original size:324 final size:322
Alignment explanation
Indices: 5734--6815 Score: 1127
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5724 GAATATAGAT
* * * * * *
5734 ATTTTTTGCTACAATACTCAGAGAAAA-ATATAATTTAATGCAAAAAATATTAA-TGTGCTTTTC
1 ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTAACAG-GCTTTTC
* * * * * * *
5797 AAGCTTGTAATATCGTTTTTTTTTCATTTTTTTTTCGAATTAACTTCTAATTCAATTGTAACAAG
65 AAGCTTCTAATATC---ATTTTTTCA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * * * *
5862 ATTCCG-TTACTCGT-AAAAACAAATCCTTGTGTCCAATGTGATTGACATTTGGTTCAATGAATA
126 ATTCAGATT-CTCGTAAAAAAAAAATCCTTATATCCAATATGGTTGACATTTGGTTCAATGAATA
* * * * *
5925 TGGATATTTC-AAGTAGTCTTTGTGCAAAAAATAATGCAAAATTGAGCTAGGGCTCC-AGAACGC
190 TAGATATTTCAAAG-AGTATTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGC-AGGGCTCCGA-AACAC
** * * *
5988 G-TTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAGCTGACCCGAAAAGTTT
252 GTTTTTTCCCCAAAAA-CGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTT
* *
6052 TATCTGA
316 TTTCTCA
** * * *
6059 ATTTTTTGCCACAATACTTGGAAAAAATATACAATTTAATGCCAAAAATATTAACATGG-TTTTC
1 ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTAACA-GGCTTTTC
* *
6123 AAGCTTCTAATATCATTTTTTCA-TTTTATCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTC
65 AAGCTTCTAATATCATTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* **
6187 AGATTCTCGTAAAAAAAAAAATCCTTATATCCAATATGGTTGACATTTAGTTTGATGAATATAGA
130 AGATTCTCGT-AAAAAAAAAATCCTTATATCCAATATGGTTGACATTTGGTTCAATGAATATAGA
* * *
6252 TAATACAAAGAGTATTTGTGCCAAAAATCATGAAAAATTGAGTCAGGGCTCCGAAACACGTTTTT
194 TATTTCAAAGAGTATTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-CAGGGCTCCGAAACACGTTTTT
*
6317 TCCCCAAAAACCGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGCCCCGAAAAGTTTTTTCTC
258 TCCCCAAAAA-CGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTC
6382 A
322 A
* * *
6383 AGTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGCTTTTCA
1 ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTAACAGGCTTTTCA
* * * * *
6448 AGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATCAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGAATGA
66 AGCTTCTAATATCATTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
* * * * * *
6513 GATGCTCG-AAGAAATAAATCCTTATATCCAATATGGATGAGATTTGGTTCCATGAATATAGATA
131 GATTCTCGTAAAAAAAAAATCCTTATATCCAATATGGTTGACATTTGGTTCAATGAATATAGATA
* * * * * *
6577 TTTTAAGGAATCA-TTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCCGAAACACGTTTTT
196 TTTCAAAGAGT-ATTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-CAGGGCT-CCGAAACACGTTTTT
* * *
6641 TCCTC---AAC---------T-TACACGATTTCGGTTAAAAACTGACCTGAAAAGTTTTTTCTCA
258 TCCCCAAAAACGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
* *
6693 ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATACCAAAAAGATTGAC-GGACTTTTC
1 ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTAACAGG-CTTTTC
* *
6757 AAGTTTCTAATAT-AGTTTTTTTTTCATTTTTTCTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGA
65 AAGCTTCTAATATCA----TTTTTTCATTTTTT-TCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
6816 GAGAAAAATA
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 87, Indels: 51
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
309 2 0.00
310 110 0.17
311 1 0.00
313 14 0.02
314 23 0.04
320 1 0.00
321 42 0.06
322 2 0.00
323 184 0.28
324 161 0.25
325 66 0.10
326 42 0.06
327 1 0.00
328 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (322 bp):
ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTAACAGGCTTTTCA
AGCTTCTAATATCATTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
GATTCTCGTAAAAAAAAAATCCTTATATCCAATATGGTTGACATTTGGTTCAATGAATATAGATA
TTTCAAAGAGTATTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCAGGGCTCCGAAACACGTTTTTTCC
CCAAAAACGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
Done.