Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005120.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05138, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5455
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Found at i:1449 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1412--1450 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
1402 TTTAGAAGCA
*
1412 ATTAATTAAAAGCATTAAAC
1 ATTAATTAAAAACATTAAAC
1432 ATTAATTAAAAACAATTAA
1 ATTAATTAAAAAC-ATTAA
1451 GGAAGGGAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.71
21 5 0.29
ACGTcount: A:0.59, C:0.08, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (20 bp):
ATTAATTAAAAACATTAAAC
Found at i:1544 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 1457--1613 Score: 262
Period size: 74 Copynumber: 2.1 Consensus size: 74
1447 TTAAGGAAGG
* *
1457 GAAATGTGTAATTACGAAAAAGGGTAGAAGCAAAAGGAATGGGGGAAACTCATAGAGGGGCTTTT
1 GAAAAGTGTAATTACGAAAAAGGGTAGAAGCAAAAGGAATAGGGGAAACTCATAGAGGGGCTTTT
1522 TAGTCATCC-
66 TAGTCA-CCT
* *
1531 GAAAAGTGTAATTACGAAAAATGGTAGAAGGAAAAGGAATAGGGGAAACTCATAGAGGGGCTTTT
1 GAAAAGTGTAATTACGAAAAAGGGTAGAAGCAAAAGGAATAGGGGAAACTCATAGAGGGGCTTTT
1596 TAGTCACCT
66 TAGTCACCT
1605 GAAAAGTGT
1 GAAAAGTGT
1614 GAAAAGACCA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 4, Indels: 2
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
73 2 0.03
74 76 0.97
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.29, T:0.22
Consensus pattern (74 bp):
GAAAAGTGTAATTACGAAAAAGGGTAGAAGCAAAAGGAATAGGGGAAACTCATAGAGGGGCTTTT
TAGTCACCT
Found at i:3145 original size:197 final size:197
Alignment explanation
Indices: 2330--3471 Score: 1216
Period size: 197 Copynumber: 5.8 Consensus size: 197
2320 TTTCTCCCGG
*
2330 CTGCACGTG-GAAGG-TTTAAGGGTTGACATGT-TTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAA
1 CTGCACGTGCG-AGGTTTTTAGGGTTGACATGTATT-CCCTTAGGGAATATGTATTAATATT--A
* * *
2392 TATTTAATTAATTTTGAAATGTG-TATGTG------TC---ACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTT
62 TATTTAATTAATTATGAAATGGGATATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTT
*
2447 ACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTT
127 ACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACA-CGTCAGTGGAGTT
2512 TAGCAGA
191 TAGCAGA
* * *
2519 CTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATT
1 CTGCACGTGCGAGG-TT---TTT-AGGGTTGACATGTATTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT
* * * * *
2584 A-A-ATATTTAATTATGAAATGGGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATTGAGTCCAAAATT
61 ATATTTAATTAATTATGAAATGGGATATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATT
* ** * *
2647 TACACTGACAGTGTATTATATAATAATTTTATAAGAAAAATTATACAATGTC-CGTCAGTGGATT
126 TACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAAT-ACACGTCAGTGGAGT
2711 TTAGCAGA
190 TTAGCAGA
* * * * * *
2719 TTACACGTGC-AGGATTTAAGGGTTGACATGT-GTCCCTTTTGGGAATATGTATTAATATTAAAT
1 CTGCACGTGCGAGGTTTTTAGGGTTGACATGTATTCCC-TTAGGGAATATGTATTAATATT--AT
* * * *
2782 ATTTAATTAATTATG-AATTGAAGCATGTGTCAACTTCTTAATTAACCCGCTTATGGAGTTCAAA
63 ATTTAATTAATTATGAAATGGGA-TATGTGTCAACTTC----TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAA
* * *
2846 ATTTATACTGACAATGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATGCAATACACCGTCAGTGG
123 ATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACA-CGTCAGTGG
2911 AGTTTAGCAGA
187 AGTTTAGCAGA
* *
2922 CTGCACGTGCGAGG-TTTAATGGTTGACATGTATTCCCTTAGGGAATATGTATTAATA-T-TATT
1 CTGCACGTGCGAGGTTTTTAGGGTTGACATGTATTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATT
* *
2984 TAATTAATTATGAAATAGGGTATATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTTCAAAATTTAC
66 TAATTAATTATGAAAT-GGG-ATATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTAC
* * *
3049 AATGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAA-AAAAATTGTACAATACACAGTCAGTGGAGTTT-
129 ACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACAC-GTCAGTGGAGTTTA
3112 GCCAGA
193 G-CAGA
* * *
3118 CTGCACGTGCGGGGTTTTTGGGGTTGACA--TATGTCCTCTTAGAGAATATGTATTAATATTTTA
1 CTGCACGTGCGAGGTTTTTAGGGTTGACATGTAT-TCC-CTTAGGGAATATGTATTAATA--TTA
* * *
3181 TATTTAATTAATTATGAAATAGGG-TA--TGTCAACTTCTTATCCTGCTTATGGAGTTCAAAATT
62 TATTTAATTAATTATGAAAT-GGGATATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATT
* * * *
3243 TAC-CTTAACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA-AAATGATTCTACAATACATCGTCAGTGAA
126 TACAC-TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAA-AATTATACAATACA-CGTCAGTGGA
3306 GTTTAGCAGA
188 GTTTAGCAGA
* * * * *
3316 CTGCACGTGC-ATGG-TTTAAGGGTTGAGATGTGTCCCCATAGGGAATATGTATTAATATTAAAT
1 CTGCACGTGCGA-GGTTTTTAGGGTTGACATGTATTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT--AT
** *
3379 ATTTAATTAATTATGAAATGGGGCATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA
63 ATTTAATTAATTATGAAATGGGATATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTA
* *
3444 CATTGACAATGTATTGTATAATAATCCT
128 CACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCT
3472 TATTATAAAG
Statistics
Matches: 809, Mismatches: 86, Indels: 106
0.81 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
189 11 0.01
190 1 0.00
191 17 0.02
192 6 0.01
193 4 0.00
194 36 0.04
195 47 0.06
196 53 0.07
197 209 0.26
198 68 0.08
199 82 0.10
200 31 0.04
201 105 0.13
202 70 0.09
203 62 0.08
204 7 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (197 bp):
CTGCACGTGCGAGGTTTTTAGGGTTGACATGTATTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATT
TAATTAATTATGAAATGGGATATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAC
TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACGTCAGTGGAGTTTAGCA
GA
Found at i:3315 original size:394 final size:390
Alignment explanation
Indices: 2344--3469 Score: 1375
Period size: 394 Copynumber: 2.9 Consensus size: 390
2334 ACGTGGAAGG
* *
2344 TTTAAGGGTTGACATGTTTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTTTGA
1 TTTAAGGGTTGACATGTGT-CCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
* * * *
2409 AAT-GTGTATGT----GTC--A-CCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTA
65 AATAGCGTATGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTAC-CTGACAGTGTATTGTA
* *
2466 TAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGG
129 TAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGA
** *
2531 GGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT
194 GGTTTAA---T---GGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATTTAATTAATT
* * *
2596 ATGAAATGGGGTATA--TGTCAACTTCTTAACCCGCTTATTGAGTCCAAAATTTACACTGACAGT
253 ATGAAAT-GGGTATATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAATGACAGT
* ** * * *
2659 GTATTATATAATAATTTTATAAGAAAAATTATACAATGTCCGTCAGTGGATTTTAGCAGATTACA
317 GTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACAATGACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACA
2724 CGTGCAGGA
382 CGTGCAGGA
*
2733 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTTTGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCC-TTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
* * * * *
2798 ATTGAAGCATGTGTCAACTTCTTAATTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTATACTGACAATGT
65 AAT--AGCGTATGTCAACTTCTT-A-T--CCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTA-CCTGACAGTGT
*
2863 ATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC
123 ATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC
* *
2928 GTGCGAGGTTTAATGGTTGACATGTATTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATTTAATTAATT
188 GTGCGAGGTTTAATGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATTTAATTAATT
*
2993 ATGAAATAGGGTATATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACAATGACAGT
253 ATGAAAT-GGGTATATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAATGACAGT
*
3058 GTATTGTATAATAATCATATAA-AAAAATTGTACAAT-ACACAGTCAGTGGAGTTT-GCCAGACT
317 GTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACAATGAC-C-GTCAGTGGAGTTTAG-CAGACT
* * *
3120 GCACGTGCGGGGT
379 ACACGTGC-AGGA
** * * **
3133 TTTTGGGGTTGACATATGTCCTCTTAGAGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGA
1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCC-CTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
* * *
3198 AATAGGGTATGTCAACTTCTTATCCTGCTTATGGAGTTCAAAATTTACCTTAACAGTGTATTGTA
65 AATAGCGTATGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACC-TGACAGTGTATTGTA
* * * *
3263 TAATAATCCTATAA-AAATGATTCTACAATACATCGTCAGTGAAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-
129 TAATAATCCTATAAGAAA-AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCG
* * * *
3326 ATGGTTTAAGGGTTGAGATGTGTCCCCATAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATT
193 A-GGTTTAATGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATA-T---TATTTAATTAATT
** * *
3391 ATGAAATGGG-GCATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAATG
253 ATGAAATGGGTATATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAATGACAGTG
3455 TATTGTATAATAATC
318 TATTGTATAATAATC
3470 CTTATTATAA
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 65, Indels: 53
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
388 3 0.00
389 60 0.09
392 5 0.01
393 5 0.01
394 130 0.20
395 1 0.00
396 67 0.10
397 65 0.10
398 50 0.08
399 88 0.14
400 61 0.10
401 1 0.00
403 106 0.17
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (390 bp):
TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAA
ATAGCGTATGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACCTGACAGTGTATTGTATA
ATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGG
TTTAATGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATTTAATTAATTATGAAATG
GGTATATGTGTCAACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAATGACAGTGTATTGTAT
AATAATCATATAAGAAAAATTATACAATGACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACGTGCAGGA
Done.