Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005132.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05150, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5970
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Found at i:346 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6--319 Score: 395
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
1 TTTGT
* * * *
6 CAATCAAAGTTATAATTGATTGATGATTATTTGAATTTTGTCATAAATAAATGAATCAATTAGTA
1 CAATCAAAGTTATAACTAATTGATGATTATTTGAATATTGCCATAAATAAATGAATCAATTAGTA
* * * * *
71 AATTATGTTAGCAAAAAAAATAGATTGATTGAACATACTAAATAAATTAGGGAATCAAATTAGTC
66 AATTATGTTAGC-AAAAAAATAAATTGATTCAACATACTAAATAAATAAAGGAACCAAATTAGTC
* * * *
136 GTTAATTAATTTCCAAAAAAAGATTAGTAATTAACTTTTC
130 GCTAATAAATTGCCAAAAAAAGATTACTAATTAACTTTTC
*
176 CAATCAAAGTTATAACTAATTGGTGATTA-TT-ACATATTGCCATAAATAAATGAATCAATTAGT
1 CAATCAAAGTTATAACTAATTGATGATTATTTGA-ATATTGCCATAAATAAATGAATCAATTAGT
* * *
239 -AATTATGTTAGC-AAAAAATAAATTGATTCAACATGCTAAATAAATAAATGAACCAAGTTAGTC
65 AAATTATGTTAGCAAAAAAATAAATTGATTCAACATACTAAATAAATAAAGGAACCAAATTAGTC
302 -CTAAGTCAAAATTGCCAA
130 GCTAA-T--AAATTGCCAA
320 TCAAAGTTAC
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 16, Indels: 10
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.02
166 44 0.35
168 21 0.17
169 30 0.24
170 26 0.21
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
CAATCAAAGTTATAACTAATTGATGATTATTTGAATATTGCCATAAATAAATGAATCAATTAGTA
AATTATGTTAGCAAAAAAATAAATTGATTCAACATACTAAATAAATAAAGGAACCAAATTAGTCG
CTAATAAATTGCCAAAAAAAGATTACTAATTAACTTTTC
Found at i:576 original size:139 final size:141
Alignment explanation
Indices: 433--745 Score: 506
Period size: 141 Copynumber: 2.2 Consensus size: 141
423 AGTTAGTGAT
433 CGTTAGTTAATTTTTCCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATAATTA-ATTAATTTTACCAT-AAAT
1 CGTTAGTTAATTTTTCCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATAATTATA-TAATTTTACCATAAAAT
* *
496 CGCTA-CAAAAAAATTAACATGAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAAT
65 CGCCACCAAAAAAATTAACATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAAT
560 TATTGAACATGG
130 TATTGAACATGG
* *
572 CGTTAGTTAATTTTTTCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAATTTTACCATAAAATC
1 CGTTAGTTAATTTTTCCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATAATTATATAATTTTACCATAAAATC
* *
637 GCCACCAAAAAGATTACCATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATT
66 GCCACCAAAAAAATTAACATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATT
*
702 ATTGAACATGT
131 ATTGAACATGG
* * *
713 TGTTAATTAATTTTGCCAATCAAAGTTGTAATT
1 CGTTAGTTAATTTTTCCAATCAAAGTTGTAATT
746 AGATAACCCA
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 11, Indels: 4
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
139 55 0.34
140 9 0.06
141 96 0.60
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (141 bp):
CGTTAGTTAATTTTTCCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATAATTATATAATTTTACCATAAAATC
GCCACCAAAAAAATTAACATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATT
ATTGAACATGG
Found at i:1063 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 1029--1087 Score: 91
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
1019 TTGGACAAAA
*
1029 GGAAATAAATTAATTACTTTAGGTTGATTG
1 GGAAATAAATTAATTACTTTAGATTGATTG
* *
1059 GGAAATATATTAATTACTTTTGATTGATT
1 GGAAATAAATTAATTACTTTAGATTGATT
1088 AAATAGTTGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 26 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.17, T:0.44
Consensus pattern (30 bp):
GGAAATAAATTAATTACTTTAGATTGATTG
Found at i:3478 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 3448--3501 Score: 85
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 29
3438 CATACTAAAT
*
3448 AAATTAGTCGTTAATT-AA-TTGCCAAAA
1 AAATTAGTCGTCAATTAAATTTGCCAAAA
3475 AAATTAGTCGTCAATTAAATTTGCCAA
1 AAATTAGTCGTCAATTAAATTTGCCAA
3502 TCAAAGTTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 15 0.62
28 2 0.08
29 7 0.29
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
AAATTAGTCGTCAATTAAATTTGCCAAAA
Found at i:3527 original size:158 final size:155
Alignment explanation
Indices: 3320--3606 Score: 430
Period size: 158 Copynumber: 1.8 Consensus size: 155
3310 ATTGATCAAG
* * * * ** **
3320 TTAGTCGTTAATCAACTTTGTCAATCAAAGTTATAATTGATTGATGATTATTTGATTTTTTTTCA
1 TTAGTCGTCAATCAAATTTGCCAATCAAAGTTATAACTGATTGATGATTA-TT-ACATTTTGCCA
* * *
3385 TAAATAAATGAATCAATTAGTAATTATGTTAGCAAAGAAATAGATTGATTTAACATACTAAATAA
64 TAAATAAATGAATCAATTAGTAATTATGTTAGCAAA-AAATAAATTCATTCAACATACTAAATAA
3450 ATTAGTCGTTAATTAATTGCCAAAAAAA
128 ATTAGTCGTTAATTAATTGCCAAAAAAA
*
3478 TTAGTCGTCAATTAAATTTGCCAATCAAAGTTATAACTGATTGATGATTATTACATTTTGCCATA
1 TTAGTCGTCAATCAAATTTGCCAATCAAAGTTATAACTGATTGATGATTATTACATTTTGCCATA
*
3543 AATAAATGAATCAATTAGTAATTATGTTAGCAAAAAATAAATTCATTCAACATGCTAAATAAAT
66 AATAAATGAATCAATTAGTAATTATGTTAGCAAAAAATAAATTCATTCAACATACTAAATAAAT
3607 AAATGAACGA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 13, Indels: 3
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
155 26 0.22
156 43 0.37
157 2 0.02
158 45 0.39
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (155 bp):
TTAGTCGTCAATCAAATTTGCCAATCAAAGTTATAACTGATTGATGATTATTACATTTTGCCATA
AATAAATGAATCAATTAGTAATTATGTTAGCAAAAAATAAATTCATTCAACATACTAAATAAATT
AGTCGTTAATTAATTGCCAAAAAAA
Found at i:3916 original size:140 final size:141
Alignment explanation
Indices: 3757--4087 Score: 522
Period size: 141 Copynumber: 2.4 Consensus size: 141
3747 GTTAGTGATT
* * * * *
3757 GTTAGTTAATTTTGCCAATCAAAGTCGTAATTGATTGATAATTATTTAATTTTACCAT-AAATAG
1 GTTAGTTAATTTTGACAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAATTCTACCATAAAATAG
*
3821 CTACC-AAAAAATTAACATAAAGAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATTAAATT
66 CCACCAAAAAAATTAACATAAAGAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAA-TAAATT
3885 ATTGAACATGTC
130 ATTGAACATGTC
* *
3897 GTTAGTTAATTTTGTCAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAATTCTACCATAAAATCG
1 GTTAGTTAATTTTGACAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAATTCTACCATAAAATAG
* *
3962 CCACCAAAAAAATTACCATAAATAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATTA
66 CCACCAAAAAAATTAACATAAAGAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATTA
* *
4027 TTGAATATTTC
131 TTGAACATGTC
*
4038 GTTAGTTAATTTTGACAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATGTAAT
1 GTTAGTTAATTTTGACAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAAT
4088 CAAAGTTGTA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 13, Indels: 3
0.92 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
140 53 0.30
141 73 0.41
142 50 0.28
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (141 bp):
GTTAGTTAATTTTGACAATCAAAGTTGTAATTGATTGATGATTATATAATTCTACCATAAAATAG
CCACCAAAAAAATTAACATAAAGAAATAAATCAATTAGTAATTATGTTACCAAAAAAATAAATTA
TTGAACATGTC
Found at i:4528 original size:57 final size:56
Alignment explanation
Indices: 4415--4530 Score: 137
Period size: 57 Copynumber: 2.1 Consensus size: 56
4405 TTTTGATTGA
** *
4415 TTAATTAATTGATTTGAATAATTTGATCAATTAAAATCAATTAGTAAAAATTCTAT
1 TTAATTAATTGATTTGAATAATTTGATCAATTAAAATCAATTAACAAAAATGCTAT
* **
4471 TTAATTAATTG-TTAATGAA-AATTTTGATCAATTACAATCAATTAACATTAATGCTAT
1 TTAATTAATTGATT--TGAATAA-TTTGATCAATTAAAATCAATTAACAAAAATGCTAT
4528 TTA
1 TTA
4531 GCTGTTAATT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 5
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
55 2 0.04
56 13 0.25
57 36 0.71
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (56 bp):
TTAATTAATTGATTTGAATAATTTGATCAATTAAAATCAATTAACAAAAATGCTAT
Done.