Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005154.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05172, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16078
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Found at i:1382 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1342--1383 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
1332 TCTCACAAGA
* *
1342 TTCTAGCCGTTGGAGCTCTT
1 TTCTAGCCGTTAGAGCACTT
*
1362 TTCTAGCCGTTATAGCACTT
1 TTCTAGCCGTTAGAGCACTT
1382 TT
1 TT
1384 TCAACAATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.24, G:0.19, T:0.43
Consensus pattern (20 bp):
TTCTAGCCGTTAGAGCACTT
Found at i:3444 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3424--3453 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
3414 AGTATTTTTA
3424 TTCATATAAT-AATTG
1 TTCATATAATGAATTG
3439 TTCATATAATGAATT
1 TTCATATAATGAATT
3454 TTAGCAAATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (16 bp):
TTCATATAATGAATTG
Found at i:3581 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3534--3581 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
3524 ATGGTTAAAA
3534 TTATAACAACATGAATTTTAT
1 TTATAACAACATGAATTTTAT
*
3555 TGAATAA-AACAT-AATTTTAGT
1 T-TATAACAACATGAATTTTA-T
3576 TTATAA
1 TTATAA
3582 TATTCTCGGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 5
0.77 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.48
21 8 0.35
22 4 0.17
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
TTATAACAACATGAATTTTAT
Found at i:9585 original size:199 final size:198
Alignment explanation
Indices: 9064--10955 Score: 2354
Period size: 199 Copynumber: 9.5 Consensus size: 198
9054 AATTGAATTG
* *
9064 AAGAAGTTGACACGTACTTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * * *
9129 TGGGACACATGTCAACCCTTAAAACCGGCATGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGATGGTGTATTG
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * ** * *
9194 TATAATTATTCTTATAGGATTATTATACAGTAAACTGTCAAAGTAAATTTTGCAATCCATAAACG
131 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTG-ACTCCATAAGCG
9259 GGTT
195 GGTT
* * *
9263 GAGAAGTTGACACATATACC-CTATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCT
1 AAGAAGTTGACAC--ATACCTC-ATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCC
* * * *
9327 TAAGGCGACACATGTCAACCCTTAAAGCCAGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTTTA
63 TAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTA
* * **
9392 TTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACACGCTGTCAGTGTAAATTTTAGACTTTATAA
128 TTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTT-GACTCCATAA
9457 GCGGGTT
192 GCGGGTT
* * * * * *
9464 AAGAAGTTGATACATACCTCATTTCATCATCAATTAAATATTTAATATTAATACTTATTCCTTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
** * * * **
9529 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCATACATGCAATCTGCTAAACTCGACTGACGGTGTATAA
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * * * *
9594 AATAATTTTTCTTAAAGGATTATCATACAATACACTATCAGTATAAATTTGGGACTCCATAAGCG
131 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTT-TGACTCCATAAGCG
9659 GGTT
195 GGTT
* * * *
9663 AAGAAGTTTACACATACCCCATTTAATAATTAATAAAATACTTAATATTAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * * * * * * *
9728 GGGGACACATATCAACCTTTAAACCCCGCACGTGCAGTCGGATAAAATCCATTGACAGTGTAGTA
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * **
9793 TATAATTTTTCTTATAGGATTATTA-ACAACACGCTGTTAGTGTAAATTTTAGACTTTATAAGCG
131 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTT-GACTCCATAAGCG
9857 GGTT
195 GGTT
* * * * * *
9861 AAGAAGTTGACACATATCTCATTTCATCATCAATTAAATATATAATAATAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * *
9926 GGGGACACATGTCAACCGTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCGACTGACGGTGTATAG
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * * *
9991 AATAATTTTTCTTAAAGGATTATCATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAACG
131 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTT-GACTCCATAAGCG
*
10056 AGTT
195 GGTT
* * *
10060 AAGAAGTTAACACATACCACATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATAGTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * *
10125 GGGGACGCATGTCAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTACTG
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * ** * *
10190 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATAAATTGTCAAAGTAAATCTTGCACTCCATTAGCG
131 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTG-ACTCCATAAGCG
10255 GGTT
195 GGTT
* *
10259 AAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATAGTAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * * * *
10324 TGGGACACACGTCAACCCTTAAACCCTGGATGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * * ** *
10389 TATAATTGTACTTATAGGATTATTATGCAATAAACTATTAAAGAAAATTTTGCACTCCATAAGCG
131 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTG-ACTCCATAAGCG
10454 GGTT
195 GGTT
*
10458 AAGAAGTTGACACATAACC-CATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCTCTA
1 AAGAAGTTGACACAT-ACCTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTA
* ** * * *
10522 AGGGGACCCATGTCAACCCTT-AAGTCGGCACGTGCAGTCTGCTAAATTTCACTGACGGTGTATT
65 AGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATT
* * ** * *
10586 GTATAATTGTTCTTATAGGATTTTTATACAATAAACTGTCAAAGTAAATTTTGCAGTCCATAAAC
130 GTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTG-ACTCCATAAGC
10651 GGGTT
194 GGGTT
* * * * *
10656 GAGAAGTTGACACATA-CTCCATTTCATGATTAATTAAATATTTGATATTAATACATATTCCTTA
1 AAGAAGTTGACACATACCT-CATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTA
* * * *
10720 AGGGGACACATGTCAACCCTAAAAGCCGGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGGCGGTGTATT
65 AGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATT
* * * **
10785 GTATAATTGTTCTTATAGGCTTATTATACAACACATTGTCAGTGTAAATTTTAGACTTTATAAGC
130 GTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTT-GACTCCATAAGC
10850 GGGTT
194 GGGTT
* * * * *
10855 AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATCATCAATTAAATATATAATATTAATACATATTCTCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
*
10920 GGGGACACATGTTAACCCTTAAACCCCGCACGTGCA
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCA
10956 TGCAGTCTGC
Statistics
Matches: 1458, Mismatches: 220, Indels: 30
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
196 1 0.00
197 1 0.00
198 336 0.23
199 940 0.64
200 8 0.01
201 171 0.12
202 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (198 bp):
AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGACTCCATAAGCGG
GTT
Found at i:9929 original size:397 final size:397
Alignment explanation
Indices: 9064--10955 Score: 2385
Period size: 397 Copynumber: 4.8 Consensus size: 397
9054 AATTGAATTG
* *
9064 AAGAAGTTGACACGTACTTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATAC-TCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * * *
9129 TGGGACACATGTCAACCCTTAAAACCGGCATGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGATGGTGTATTG
65 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * * * *
9194 TATAATTATTCTTATAGGATTATTATACAGTAAACTGTCA-AAGTAAATTTTGCAATCCATAAAC
130 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTA-TAAATTTTGGACTCCATAAGC
* * *
9258 GGGTTGAGAAGTTGACACATATACCCTATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATAT
194 GGGTTAAGAAGTTGACAC--ATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATAT
* * * *
9323 TCCTTAAGGCGACACATGTCAACCCTTAAAGCCAGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG
257 TCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGG
* ** ** *
9388 TTTATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACACGCTGTCAGTGTAAATTTTAG-ACTT
322 TGTATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACAAACTGTCAAAGTAAATTTT-GCACTC
*
9452 TATAAGCGGGTT
386 CATAAGCGGGTT
* * * * *
9464 AAGAAGTTGATACATACCTCATTTCATCATCAATTAAATATTTAATATTAATACTTATTCCTTAA
1 AAGAAGTTGACACATA-CTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
** * * * **
9529 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCATACATGCAATCTGCTAAACTCGACTGACGGTGTATAA
65 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * * *
9594 AATAATTTTTCTTAAAGGATTATCATACAATACACTATCAGTATAAATTTGGGACTCCATAAGCG
130 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCG
* * *
9659 GGTTAAGAAGTTTACACATACCCCATTTAATAATTAATAAAATACTTAATATTAATACATATTCC
195 GGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCC
* * * * * * *
9724 CTAAGGGGACACATATCAACCTTTAAACCCCGCACGTGCAGTCGGATAAAATCCATTGACAGTGT
260 CTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGT
* * * ** * ** **
9789 AGTATATAATTTTTCTTATAGGATTATTA-ACAACACGCTGTTAGTGTAAATTTTAG-ACTTTAT
325 ATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACAAACTGTCAAAGTAAATTTT-GCACTCCAT
9852 AAGCGGGTT
389 AAGCGGGTT
* * * *
9861 AAGAAGTTGACACATATCTCATTTCATCATCAATTAAATATATAATAATAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATA-CTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * *
9926 GGGGACACATGTCAACCGTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCGACTGACGGTGTATAG
65 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * *
9991 AATAATTTTTCTTAAAGGATTATCATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAACG
130 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCG
* * * *
10056 AGTTAAGAAGTTAACACATACCACATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATAGTCC
195 GGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCC
* *
10121 CTAAGGGGACGCATGTCAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGT
260 CTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGT
* * * * *
10186 ACTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATAAATTGTCAAAGTAAATCTTGCACTCCATT
325 ATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACAAACTGTCAAAGTAAATTTTGCACTCCATA
10251 AGCGGGTT
390 AGCGGGTT
* * *
10259 AAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATAGTAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATA-CTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * * * *
10324 TGGGACACACGTCAACCCTTAAACCCTGGATGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
65 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * * *
10389 TATAATTGTACTTATAGGATTATTATGCAATAAACTATTAAAG-A-AAATTTTGCACTCCATAAG
130 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACT-GT-CAGTATAAATTTTGGACTCCATAAG
*
10452 CGGGTTAAGAAGTTGACACATAACCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATT
193 CGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATT
* * ** * * *
10517 CTCTAAGGGGACCCATGTCAACCCTT-AAGTCGGCACGTGCAGTCTGCTAAATTTCACTGACGGT
258 CCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGT
* * *
10581 GTATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTTTTATACAATAAACTGTCAAAGTAAATTTTGCAGTCCA
323 GTATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACAAACTGTCAAAGTAAATTTTGCACTCCA
*
10646 TAAACGGGTT
388 TAAGCGGGTT
* * * *
10656 GAGAAGTTGACACATACTCCATTTCATGATTAATTAAATATTTGATATTAATACATATTCCTTAA
1 AAGAAGTTGACACATACT-CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * *
10721 GGGGACACATGTCAACCCTAAAAGCCGGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGGCGGTGTATTG
65 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * * **
10786 TATAATTGTTCTTATAGGCTTATTATACAACACATTGTCAGTGTAAATTTTAGACTTTATAAGCG
130 TATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCG
* * * * * *
10851 GGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATCATCAATTAAATATATAATATTAATACATATTCT
195 GGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCC
*
10916 CTAAGGGGACACATGTTAACCCTTAAACCCCGCACGTGCA
260 CTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCA
10956 TGCAGTCTGC
Statistics
Matches: 1299, Mismatches: 183, Indels: 22
0.86 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
395 2 0.00
396 2 0.00
397 705 0.54
398 409 0.31
399 2 0.00
400 177 0.14
401 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (397 bp):
AAGAAGTTGACACATACTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAG
GGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGT
ATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGG
GTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCC
TAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTA
TTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACAAACTGTCAAAGTAAATTTTGCACTCCATAA
GCGGGTT
Found at i:10211 original size:596 final size:593
Alignment explanation
Indices: 9064--10955 Score: 2453
Period size: 596 Copynumber: 3.2 Consensus size: 593
9054 AATTGAATTG
* **
9064 AAGAAGTTGACACGTACTTCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * * *
9129 TGGGACACATGTCAACCCTTAAAACCGGCATGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGATGGTGTATTG
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * *
9194 TATAATTATTCTTATAGGATTATTATACAGTAAACTGTCAAAGTAAATTTTGCAATCCATAAACG
131 TATAATTATTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTTAAAGTAAATTTTGCACTCCATAAGCG
*
9259 GGTTGAGAAGTTGACACATATACCCTATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATT
196 GGTTAAGAAGTTGACACATAT-CCC-ATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATT
* *
9324 CCTTAAGGCGACACATGTCAACCCTTAAAGCCAGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGT
259 CCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAAGCCAGCACGTGCAGTCTGCTAAACT-CACTGACGGT
* * * * * **
9389 TTATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAACACGCTGTCAGTGTAAATTTTAGACTTTA
323 GTATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCA
* * * * *
9454 TAAGCGGGTTAAGAAGTTGATACATACCTCATTTCATCATCAATTAAATATTTAATATTAATACT
388 TAAACGGGTTAAGAAGTTGACACATACC-CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACA
** * * *
9519 TATTCCTTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCATACATGCAATCTGCTAAACTCGACTGA
452 TATTCCTTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGA
** * * * * *
9584 CGGTGTATAAAATAATTTTTCTTAAAGGATTATCATACAATACACTATCAGTATAAATTTGGGAC
517 CGGTGTAT-GTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACATTGTCAGTATAAATTT-GGAC
9649 TCCATAAGCGGGTT
580 TCCATAAGCGGGTT
* * *
9663 AAGAAGTTTACACATACCCCATTTAATAATTAATAAAATACTTAATATTAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * * * * * * *
9728 GGGGACACATATCAACCTTTAAACCCCGCACGTGCAGTCGGATAAAATCCATTGACAGTGTAGTA
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * ** ** **
9793 TATAATTTTTCTTATAGGATTATTA-ACAACACGCTGTTAGTGTAAATTTTAG-ACTTTATAAGC
131 TATAATTATTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTTAAAGTAAATTTT-GCACTCCATAAGC
* * * * *
9856 GGGTTAAGAAGTTGACACATATCTCATTTCATCATCAATTAAATATATAATAATAATACATATTC
195 GGGTTAAGAAGTTGACACATATCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTC
* * *
9921 CCTAAGGGGACACATGTCAACCGTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCGACTGACGGTG
260 CCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAAGCCAGCACGTGCAGTCTGCTAAACTC-ACTGACGGTG
* * * * *
9986 TATAGAATAATTTTTCTTAAAGGATTATCATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCAT
324 TATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCAT
* * *
10051 AAACGAGTTAAGAAGTTAACACATACCACATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACAT
389 AAACGGGTTAAGAAGTTGACACATACC-CATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACAT
* * * *
10116 AGTCCCTAAGGGGACGCATGTCAACCCTTAAACCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC
453 ATTCCTTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC
* * *
10181 GGTGTACTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATAAATTGTCA-AAGTAAATCTTGCAC
518 GGTGTA-TGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACATTGTCAGTA-TAAAT-TTGGAC
*
10245 TCCATTAGCGGGTT
580 TCCATAAGCGGGTT
*
10259 AAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATAGTAATACATATTCCCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
* * * * * *
10324 TGGGACACACGTCAACCCTTAAACCCTGGATGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
* * * * *
10389 TATAATTGTACTTATAGGATTATTATGCAATAAACTATTAAAGAAAATTTTGCACTCCATAAGCG
131 TATAATTATTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTTAAAGTAAATTTTGCACTCCATAAGCG
* * *
10454 GGTTAAGAAGTTGACACATAACCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCT
196 GGTTAAGAAGTTGACACATATCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC
* * * *
10519 CTAAGGGGACCCATGTCAACCCTT-AAGTCGGCACGTGCAGTCTGCTAAATTTCACTGACGGTGT
261 CTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAAGCCAGCACGTGCAGTCTGCTAAA-CTCACTGACGGTGT
* * * * *
10583 ATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTTTTATACAATAAACTGTCA-AAGTAAATTTTGCAGTCCAT
325 ATTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTA-TAAATTTTGGACTCCAT
* * *
10647 AAACGGGTTGAGAAGTTGACACATACTCCATTTCATGATTAATTAAATATTTGATATTAATACAT
389 AAACGGGTTAAGAAGTTGACACATAC-CCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACAT
* * * *
10712 ATTCCTTAAGGGGACACATGTCAACCCTAAAAGCCGGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGGC
453 ATTCCTTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC
* * * *
10777 GGTGTATTGTATAATTGTTCTTATAGGCTTATTATACAACACATTGTCAGTGTAAATTTTAGACT
518 GGTGTA-TGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACATTGTCAGTATAAA-TTTGGACT
**
10842 TTATAAGCGGGTT
581 CCATAAGCGGGTT
* * * * * *
10855 AAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATCATCAATTAAATATATAATATTAATACATATTCTCTAA
1 AAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
*
10920 GGGGACACATGTTAACCCTTAAACCCCGCACGTGCA
66 GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCA
10956 TGCAGTCTGC
Statistics
Matches: 1105, Mismatches: 176, Indels: 27
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
595 3 0.00
596 806 0.73
597 115 0.10
598 46 0.04
599 135 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (593 bp):
AAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATAAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA
GGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTG
TATAATTATTCTTATAGGATTATTATACAATAAACTGTTAAAGTAAATTTTGCACTCCATAAGCG
GGTTAAGAAGTTGACACATATCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC
CTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAAGCCAGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCACTGACGGTGTA
TTGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAA
ACGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATT
CCTTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGT
GTATGTATAATTGTTCTTATAGGATTATTATACAATACATTGTCAGTATAAATTTGGACTCCATA
AGCGGGTT
Found at i:15835 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15814--15844 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
15804 TTGAAAAATA
15814 TTACTAAATATTTATT
1 TTACTAAATATTTATT
*
15830 TTACTAAATTTTTAT
1 TTACTAAATATTTAT
15845 AATATGTAGA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (16 bp):
TTACTAAATATTTATT
Done.