Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01005219.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05237, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4584
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37


Found at i:1078 original size:20 final size:20

Alignment explanation


    Indices: 1055--1109  Score: 56
    Period size: 20  Copynumber: 2.7  Consensus size: 20

       1045 AAAAAGCTTT

                                
       1055 TAAGGTTATTAAAAAATTTA
          1 TAAGGTTATTAAAAAATTTA

                  * *   *       
       1075 TAAGGTGACTAATAAATTTA
          1 TAAGGTTATTAAAAAATTTA

            *  *           
       1095 AAATGTTATTGAAAA
          1 TAAGGTTATT-AAAA

       1110 GCTTAACAAT


Statistics
Matches: 26,  Mismatches: 8, Indels: 1
        0.74            0.23        0.03

Matches are distributed among these distances:
  20   23  0.88
  21    3  0.12

ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.13, T:0.36


Consensus pattern (20 bp):   
TAAGGTTATTAAAAAATTTA

Found at i:2978 original size:444 final size:444

Alignment explanation


    Indices: 2147--3194  Score: 1287
    Period size: 446  Copynumber: 2.3  Consensus size: 444

       2137 CGCGTTGCCT

                     *        *                      *   *  *                
       2147 TTTATTTTTGTATT-TTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGGTGATTTAAATGTCTATTAAAAGGTA
          1 TTTATTTTTTTATTCTTTGTTT-TATTTGTCCGATTAAGGTAATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTA

                   *                                              *          
       2211 ATTTCATAATCTACATA-TTTCATGCAAAACTCAAAAGTCAATTTTAATGTTTTGATTCTAAAAA
         65 ATTTCATGATCTACA-ACTTTCATG-AAAACTCAAAAG-CAATTTTAATGTTTTAATTCTAAAAA

                *           *       *                     *           **     
       2275 A-TGGTTCCAAAATTTTGTGATTTTGATTTGCCGGTCAATTTAATATCATATAATTTTTTATCCA
        127 ATTGCTTCCAAAATTTGGTGATTTCGATTTGCCGGTCAATTTAATACCATATAATTTTCGATCCA

                       *        *                    *  *        *           
       2339 CATATCCGATTGAAGTTATTGAAGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGCATGATTTAGGACTTTCATGA
        192 CATATCCGATTAAAGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTACTGAATGATTTACGACTTTCATGA

              *                       *         *                            
       2404 AGGACCCGAAAGCTAAATTTGATCTATGAGTTTCATGAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGCTT
        257 AGAACCCGAAAGCTAAATTTGATCTACGAGTTTCATAAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGCTT

                  *                          *    *                   *      
       2469 CAAGATCTCCATTAACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACCCTCATATTTTTCT
        322 CAAGATATCCATTAACAAACATTTTCTTATTTGAATTAGTTATCAAATGACCCTCATACTTTTCT

                                                                    *    * 
       2534 A-CTT-TA-TA-CTACTTAGTCCTTTACAAATTCTATCTTAATCTAACATCTAACGTTTAAGA
        387 ATCTTATATTAGCTACTTAGTCCTTTACAAATTCTATCTTAATC---CATCTAACGCTT--CA

                                                  * *     *              *   
       2593 TTTATTTTTTTATTCTTTGTTTTATTTGTCCGATTAAGTTTATTCATGTGTCTATTAAAAGATAA
          1 TTTATTTTTTTATTCTTTGTTTTATTTGTCCGATTAAGGTAATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAA

                                      *                 *                    
       2658 TTTCATGATCTACAACTTTCATGAAGGACTCAAAAGCAAATTTTTATGTTTTAATTC-AAAAAAT
         66 TTTCATGATCTACAACTTTCATGAA-AACTCAAAAGC-AATTTTAATGTTTTAATTCTAAAAAAT

                   *                      **    *                            
       2722 TGCTTCCTAAATTTGGTCG-TTTCGA-TTGTTGGTCTATTTAATACCATATAATTTTCGATCCAC
        129 TGCTTCCAAAATTTGGT-GATTTCGATTTGCCGGTCAATTTAATACCATATAATTTTCGATCCAC

              *                                                              
       2785 ATGTCCGATTAAAGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTACTGAATGATTTACGACTTTCATGAA
        193 ATATCCGATTAAAGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTACTGAATGATTTACGACTTTCATGAA

                         *                                               *   
       2850 GAACCCGAAAG-TTAATTTGATCTACGAGTTTCATAAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGTTTC
        258 GAACCCGAAAGCTAAATTTGATCTACGAGTTTCATAAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGCTTC

                          *   *                                              
       2914 AAGATATCCATTAAGAAATATTTTCTTATTTGAATTAGTTATCAAATGACCCTCATACTTTTCTA
        323 AAGATATCCATTAACAAACATTTTCTTATTTGAATTAGTTATCAAATGACCCTCATACTTTTCTA

             *                                     *      *  *          
       2979 TTTTATATTTTATGCTACTTAGTCCTTTACAAATTCTATTTTAATCGATTTAACGCTTCA
        388 TCTTATA--TTA-GCTACTTAGTCCTTTACAAATTCTATCTTAATCCATCTAACGCTTCA

                                   *         *  *           *  *             
       3039 TTT-TTTTCTATT-TTCTTTGTTCTATTTGTCCAATCAAGGTAATTCAGGTTTCTATTAAAAGGT
          1 TTTATTTT-T-TTATTCTTTGTTTTATTTGTCCGATTAAGGTAATTCAAGTGTCTATTAAAAGGT

                 *                                        *     **           
       3102 AATTTTATGATCTACAACTTTCATGAAAAACTCAAAAGCTAATTTTCATGTTCCAATTCTAAAAA
         64 AATTTCATGATCTACAACTTTCATG-AAAACTCAAAAGC-AATTTTAATGTTTTAATTCTAAAAA

               *   ***      *            
       3167 A-TACTTTTGAAATTTTGTGATTTCGATT
        127 ATTGCTTCCAAAATTTGGTGATTTCGATT

       3195 GACAATCTAT


Statistics
Matches: 519,  Mismatches: 64, Indels: 37
        0.84            0.10        0.06

Matches are distributed among these distances:
 444  108  0.21
 445  118  0.23
 446  233  0.45
 447   18  0.03
 448    9  0.02
 449    2  0.00
 451   31  0.06

ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.12, T:0.43


Consensus pattern (444 bp):   
TTTATTTTTTTATTCTTTGTTTTATTTGTCCGATTAAGGTAATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAA
TTTCATGATCTACAACTTTCATGAAAACTCAAAAGCAATTTTAATGTTTTAATTCTAAAAAATTG
CTTCCAAAATTTGGTGATTTCGATTTGCCGGTCAATTTAATACCATATAATTTTCGATCCACATA
TCCGATTAAAGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTACTGAATGATTTACGACTTTCATGAAGAA
CCCGAAAGCTAAATTTGATCTACGAGTTTCATAAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGCTTCAAG
ATATCCATTAACAAACATTTTCTTATTTGAATTAGTTATCAAATGACCCTCATACTTTTCTATCT
TATATTAGCTACTTAGTCCTTTACAAATTCTATCTTAATCCATCTAACGCTTCA
Done.