Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005246.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05264, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6536
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Found at i:275 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 263--293 Score: 55
Period size: 7 Copynumber: 4.6 Consensus size: 7
253 TTCATAATTA
263 AATATTT
1 AATATTT
270 AATATTT
1 AATATTT
277 AATATTT
1 AATATTT
284 AATA-TT
1 AATATTT
290 AATA
1 AATA
294 CATATTCCCT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.25
7 18 0.75
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (7 bp):
AATATTT
Found at i:763 original size:202 final size:200
Alignment explanation
Indices: 1--1522 Score: 1760
Period size: 199 Copynumber: 7.5 Consensus size: 200
*
1 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAATGAAGTTAACACATATTCC-ATTTCATAATTAAAT
1 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAA-GAAGTTAACACATA-CCCTATTTCATAATTAAAT
* *
65 ATTTAATATTAATACATACTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCCTTAAAGTTAAATCCCGCACGT
64 ATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAA-CCTTAAAGTTAAACCCCGCACGT
*
130 GCAGTCTGCTAAACTCCACTGATGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAATAC
128 GCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAATAC
*
195 ACTGTCAG
193 ACTGTCAA
* * * * *
203 TGTGAATTTTAGACTCCATAAACGGGTTAAGAATTTGACACATATCCC-ATTTCATAATTAAATA
1 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATA-CCCTATTTC---A-T--A-A
*
267 TTTAATATTTAATATTTAATATTAATACATATTCCCTGAGGGTACACATGTCAAGCCTTAAAGTT
58 --T--TA---AATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAA-CCTTAAAGTT
* * *
332 AAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAATGTATTATATTATATAAATTTTCTTAT
115 AAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC---G--GTGTATTGTATAAATTTTCTTAT
* * * *
397 AGGATAATTATACAATACAATGTTAG
175 AGGATTATTATACAATACACTGTCAA
*
423 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAATTTAACACATACCCTATTTCATAATTAAATAT
1 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACCCTATTTCATAATTAAATAT
* *
488 TTAATATTAATACATATTCCCTAAGAGTACACATGTCAACCCTTAAAGTTAAACCCCGCACATGC
66 TTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAA-CCTTAAAGTTAAACCCCGCACGTGC
*
553 AGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATGATTATACAATACAC
130 AGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAATACAC
618 TGTCAA
195 TGTCAA
*
624 TGTAAATTTTGGACTTCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACCCTAATTTCATAATTAAATA
1 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACCCT-ATTTCATAATTAAATA
689 TTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCGTTAAAGTTAAACCCCGCACGTG
65 TTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACC-TTAAAGTTAAACCCCGCACGTG
* * * * * *
754 CATTCTGCTAAACTCCACTGACGATGTATTATATAAATTTTCTTATAGGATAATTACACAATGCA
129 CAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAATACA
*
819 CTGTCAG
194 CTGTCAA
826 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACCCTATTTCATAATTAAATAT
1 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACCCTATTTCATAATTAAATAT
* * *
891 TTAATATTAAAACATATTCCCTAAGGGAACACATGTCAACCCTTAAAG------CCCGCATGTGC
66 TTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAA-CCTTAAAGTTAAACCCCGCACGTGC
*
950 AGTCTGCTAAACTCCA-TCGACGGTGTATTGTAT-AATTGTTCTTATAGGATTATTATACAGTAC
130 AGTCTGCTAAACTCCACT-GACGGTGTATTGTATAAATT-TTCTTATAGGATTATTATACAATAC
1013 ACTGTCAA
193 ACTGTCAA
* ** * * * *
1021 TATAAATTTTAAACTCCATAAACAGGTTAAGAAGTTGACATATACCGC-ATTTCATAATTAATTA
1 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACC-CTATTTC---A-TAATTA
* * * *
1085 AATAATTAATATTGATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACC-----CTTAAACCCCGCAC
61 AATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCTTAAAGTTAAACCCCGCAC
* * * * * * * *
1145 GTGCAGTATGCTAAAATTCACTTATGGTGTATAGTATAATTTTTCTTATATGATTATTATACAAT
126 GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAAT
1210 ACACTGTCAA
191 ACACTGTCAA
* * * *
1220 TGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGATATATA-CCTCATTACATCATGAATTA
1 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACCCT-ATT---TCAT-AATTA
* * * * **
1284 AATATATAATATTAATACATAATCCCTAAGGGGACACATGTCAACC-----CTTAAACCATGCAC
61 AATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCTTAAAGTTAAACCCCGCAC
** *
1344 GTGCAGTCTGCTAAACTATACTGACGGTGCATTGTAT-AATTGTTCTTATAGGATTATTATACAA
126 GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATT-TTCTTATAGGATTATTATACAA
*
1408 TACACCGTCAA
190 TACACTGTCAA
* * * ** * * * *
1419 TGTAAATTTTGAACTTCATAAGCGGGTTAAGAAATTGGCACATATTTCATATCATAATTAATTAA
1 TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATA--CCCTAT-TTCA-TAATTAA
* *
1484 ACATATAATATTAATACATATTCCCTAAGGAG-ACACATG
62 ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGG-GTACACATG
1523 CCCTTAAACC
Statistics
Matches: 1160, Mismatches: 109, Indels: 105
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
194 5 0.00
195 110 0.09
196 1 0.00
197 1 0.00
198 8 0.01
199 356 0.31
200 6 0.01
201 172 0.15
202 221 0.19
203 1 0.00
204 1 0.00
205 1 0.00
206 87 0.08
207 1 0.00
208 1 0.00
209 2 0.00
210 1 0.00
211 1 0.00
212 2 0.00
213 1 0.00
214 1 0.00
215 86 0.07
216 1 0.00
217 1 0.00
218 1 0.00
219 3 0.00
220 88 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (200 bp):
TGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACCCTATTTCATAATTAAATAT
TTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCTTAAAGTTAAACCCCGCACGTGCA
GTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACT
GTCAA
Found at i:2501 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 2472--2522 Score: 66
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
2462 TAACCTCACA
* *
2472 TTCTTAGAATTTTTAATAACCTTTCC
1 TTCTTACAAATTTTAATAACCTTTCC
* *
2498 TTCTTCCAAATTTTAGTAACCTTTC
1 TTCTTACAAATTTTAATAACCTTTC
2523 ATCAGTATCG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 21 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (26 bp):
TTCTTACAAATTTTAATAACCTTTCC
Done.