Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005278.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05296, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19330
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.18, T:0.34
Found at i:512 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 460--522 Score: 83
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
450 GATCCCATTA
*
460 AAATGAGAAGTTGTATAGTATTGACCCCACT
1 AAATGAGAAGTTGTATACTATTGACCCCA-T
* *
491 AAATGA-AAGTTTTATACTATTGACTCCAT
1 AAATGAGAAGTTGTATACTATTGACCCCAT
520 AAA
1 AAA
523 AAATGAAATG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.14
30 19 0.66
31 6 0.21
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (30 bp):
AAATGAGAAGTTGTATACTATTGACCCCAT
Found at i:1701 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1675--1722 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
1665 TATATTTTTA
*
1675 TATATTGTTCCTATTTCTACTG
1 TATATTGTTCATATTTCTACTG
1697 TATATTGTTCATATTTCTACTG
1 TATATTGTTCATATTTCTACTG
1719 TATA
1 TATA
1723 ACCCCTTTTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 25 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.15, G:0.08, T:0.54
Consensus pattern (22 bp):
TATATTGTTCATATTTCTACTG
Found at i:3107 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 3089--3123 Score: 70
Period size: 13 Copynumber: 2.7 Consensus size: 13
3079 TCCTAAAACT
3089 CAAGCAAAATAAA
1 CAAGCAAAATAAA
3102 CAAGCAAAATAAA
1 CAAGCAAAATAAA
3115 CAAGCAAAA
1 CAAGCAAAA
3124 ATGGGTTTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 22 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.17, G:0.09, T:0.06
Consensus pattern (13 bp):
CAAGCAAAATAAA
Found at i:6929 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 6837--7419 Score: 551
Period size: 35 Copynumber: 16.9 Consensus size: 34
6827 TTCTTACTAA
6837 ACTTAACTT-CCCTGAATTAAGTTACTTATTGAAC-T
1 ACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTA-TTATTG-ACTT
* * * *
6872 ACTTAAGCTATCCTGAATTAAGTTGATTATTAACTC
1 ACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTT-ATTATTGACTT
* *
6908 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATTGACTT
* *
6943 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTATTGACTT
** *
6978 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTATTGACTT
* *
7013 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTATTGACTT
* *
7048 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TGTTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTATTGACTT
* *
7082 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTAACTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATTGAC-TT
* * *
7118 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATTGAC-TT
* * * *
7154 ACCTAATTACCCTGAATTAAGCTA--CTT-ACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTGACTT
* *
7185 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTATTGACTT
* *
7220 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATTGACTT
7255 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTT-A-TT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTA-TTGACTT
* * *
7289 GACTTAATCACCCTGGATTAAGTTACCTATT-ACTT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATTGACTT
** *
7324 ACTTAATTACCCTGAATTAAG---TTGCTGATTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTGACTT
* *
7355 ACCTAATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ATTGACTT
*
7390 ACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTACTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTATT
7420 ACTGATTCAC
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 53, Indels: 48
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.00
31 44 0.09
32 4 0.01
33 2 0.00
34 62 0.13
35 269 0.57
36 87 0.18
37 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (34 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATTGACTT
Found at i:6941 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6919--6974 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
6909 CTTAATTACC
6919 CTGAATTAAGTTACTTA
1 CTGAATTAAGTTA-TTA
*
6936 CTGAATT-ACTTAATTA
1 CTGAATTAAGTT-ATTA
6952 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 --CTGAATTAAGTT-ATTA
6971 CTGA
1 CTGA
6975 CTCACTTAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 8
0.74 0.07 0.19
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
17 12 0.38
18 7 0.22
19 7 0.22
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
CTGAATTAAGTTATTA
Found at i:6984 original size:70 final size:69
Alignment explanation
Indices: 6837--7413 Score: 619
Period size: 70 Copynumber: 8.3 Consensus size: 69
6827 TTCTTACTAA
* * * *
6837 ACTTAACTT-CCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACTTAAGCTATCCTGAATTAAGTTGA-TT
1 ACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAATTACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTT-ACTT
* * *
6900 ATTAACTC
62 ACTGACTT
6908 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTAC
*
6972 TGACTC
64 TGACTT
* * *
6978 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTAC
*
7042 TGAATT
64 TGACTT
*
7048 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATGT--TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTAAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-AT-TACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTAC
7111 TGACTTT
64 TGAC-TT
* * * * *
7118 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACTGACTTTACCTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA-ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTAC
7183 TG----
64 TGACTT
* * *
7185 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACT
7250 GACTT
65 GACTT
* * * *
7255 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-TATTGACTTAATCACCCTGGATTAAGTTACCTA-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTAC
*
7318 TTACTT
64 TGACTT
* * *
7324 ACTTAATTACCCTGAATTAAG---TTGCTGATTTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTCACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTT-ACT
7385 GACTT
65 GACTT
*
7390 ACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA
7414 CTTATTACTG
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 46, Indels: 46
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
64 1 0.00
65 26 0.06
66 56 0.13
67 26 0.06
68 4 0.01
69 62 0.14
70 192 0.44
71 41 0.09
72 30 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (69 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
ACTT
Found at i:7274 original size:242 final size:236
Alignment explanation
Indices: 6911--7417 Score: 698
Period size: 242 Copynumber: 2.1 Consensus size: 236
6901 TTAACTCACT
6911 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG-A--ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
*
6976 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
63 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATGACCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
* *
7041 CTGAATT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TGTTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
128 CT-AATTGACTTAATCACCCTGAATTAAGTT-ACTATT-AATTACTTAATTACCCTGAATTAAG-
*
7104 TACTAACTGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACTGACTTTACC
189 T--T-ACTGA-TTTACCTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACTGAC-TTACC
* * *
7157 TAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTGA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCA
* *
7221 CTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTGACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
66 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TGACCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* * * *
7285 TATTGACTTAATCACCCTGGATTAAGTTACCTATTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCT
130 AATTGACTTAATCACCCTGAATTAAGTTA-CTATTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACT
* * * *
7350 GATTTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACTTACT
194 GATTTACCTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACTGACTTACC
*
7393 TAATTGCCCTGAATTAAGTTACTTA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTA
7418 TTACTGATTC
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 19, Indels: 18
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
236 27 0.11
237 32 0.13
238 4 0.02
239 1 0.00
241 6 0.03
242 138 0.58
243 3 0.01
246 27 0.11
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (236 bp):
TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCA
CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATGACCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTA
ATTGACTTAATCACCCTGAATTAAGTTACTATTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGA
TTTACCTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACTGACTTACC
Found at i:8815 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 8808--8841 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
8798 TGAAAATGTG
8808 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
8842 GCCCTCTGCC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:10417 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10389--10432 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
10379 TGTTATATTA
10389 TACTAAATG-CAAGAAGTGAATT
1 TACTAAATGCCAA-AAGTGAATT
10411 TACTAAATGCCAAAAGTGAATT
1 TACTAAATGCCAAAAGTGAATT
10433 AGAAAATGAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 18 0.86
23 3 0.14
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.16, T:0.27
Consensus pattern (22 bp):
TACTAAATGCCAAAAGTGAATT
Found at i:10686 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 10648--10712 Score: 130
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
10638 AAGGGGCATT
10648 CTCTCATGGTTCTTTATTTTTTTGCAGGCCA
1 CTCTCATGGTTCTTTATTTTTTTGCAGGCCA
10679 CTCTCATGGTTCTTTATTTTTTTGCAGGCCA
1 CTCTCATGGTTCTTTATTTTTTTGCAGGCCA
10710 CTC
1 CTC
10713 GAAATTCTGT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 34 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.25, G:0.15, T:0.48
Consensus pattern (31 bp):
CTCTCATGGTTCTTTATTTTTTTGCAGGCCA
Found at i:11154 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 11129--11188 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
11119 AGAATAATAC
*
11129 ATAATAATATTATGTATATA
1 ATAATAATATTAT-AATATA
*
11149 ATAATAATTTTATAATATA
1 ATAATAATATTATAATATA
*
11168 AT-AT-ATATTACTAATAAA
1 ATAATAATATTA-TAATATA
11186 ATA
1 ATA
11189 TAACTATACT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 5
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.15
18 10 0.29
19 7 0.21
20 12 0.35
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
ATAATAATATTATAATATA
Found at i:18187 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 18152--18217 Score: 105
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
18142 TGGCAATTTG
*
18152 GAAATATATTTTTAAAAAAAGGGTATAATCA
1 GAAATATATTTTTAAAAAAAGGGTACAATCA
* *
18183 GAAATATATTTTTAAAAAAGGGGTACAATCG
1 GAAATATATTTTTAAAAAAAGGGTACAATCA
18214 GAAA
1 GAAA
18218 ACATAAGGTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (31 bp):
GAAATATATTTTTAAAAAAAGGGTACAATCA
Done.