Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005305.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05323, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7807
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Found at i:323 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 259--357 Score: 155
Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
249 AGGACAAGAT
259 TTAAG-AAAATGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTATAA
1 TTAAGTAAAATGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTATAA
* * *
301 TTAAGTAAAGTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAA
1 TTAAGTAAAATGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTATAA
*
344 TTAAGTAAATTGGT
1 TTAAGTAAAATGGT
358 GATTAAATTA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 4, Indels: 1
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 5 0.10
43 47 0.90
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (43 bp):
TTAAGTAAAATGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTATAA
Found at i:422 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 369--452 Score: 150
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
359 ATTAAATTAA
* *
369 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTGATTAAGTAAATTG
1 GTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
412 GTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
1 GTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
453 CGGTGATTAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 39 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (43 bp):
GTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
Found at i:441 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 270--616 Score: 514
Period size: 99 Copynumber: 3.5 Consensus size: 99
260 TAAGAAAATG
* * *
270 GTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTATAATTAAGTAAAGTGGTAATTTGGTAAACAACTTAAT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAAT
335 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
66 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
* *
369 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTGATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAAT
*
434 TCGGTGTAATTAAGTAAATCGGTGATTAAATTTAA
66 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAA-TTAA
* *
469 GTAATTGGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAATCAACTTAAT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAAT
* * * * * *
534 TCAGTGTAATTAAGCAATTTGATAATTAGATTAA
66 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
* ** * *
568 GTAACTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGAAAATTGGTAATT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT
617 AAGTTAAGTA
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 23, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
99 136 0.61
100 88 0.39
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (99 bp):
GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAAT
TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
Found at i:450 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 420--508 Score: 65
Period size: 27 Copynumber: 3.2 Consensus size: 27
410 TGGTAATCTG
420 GTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAA
1 GTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAA
* *** **
447 GTAAATCGGTGA-TTAAATT-TAAGTAATTGG
1 GTAAA-C---AACTT-AATTCGGTGTAATTAA
477 GTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAA
1 GTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAA
504 GTAAA
1 GTAAA
509 TTGGTAATTT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 12, Indels: 14
0.62 0.17 0.20
Matches are distributed among these distances:
26 5 0.12
27 18 0.42
28 1 0.02
29 1 0.02
30 13 0.30
31 5 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
GTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAA
Found at i:560 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 470--560 Score: 128
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
460 TAAATTTAAG
* * *
470 TAATTGGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
1 TAATTGGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGCAAATTGA
* * *
513 TAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGCAATTTGA
1 TAATTGGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGCAAATTGA
556 TAATT
1 TAATT
561 AGATTAAGTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 42 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
TAATTGGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGCAAATTGA
Found at i:566 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 542--582 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
532 ATTCAGTGTA
*
542 ATTAAGCAATTTGATAATTAG
1 ATTAAGCAACTTGATAATTAG
* *
563 ATTAAGTAACTTGGTAATTA
1 ATTAAGCAACTTGATAATTA
583 ACTTAATTCG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
ATTAAGCAACTTGATAATTAG
Found at i:637 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 512--644 Score: 178
Period size: 56 Copynumber: 2.4 Consensus size: 56
502 AAGTAAATTG
* * * *
512 GTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGCAATTTGATAATTAGATTAA
1 GTAATTTGGTAATTAACTTAATTCAGTGCAATTAAGAAAATTGATAATTAGATTAA
* * *
568 GTAACTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGAAAATTGGTAATTA-AGTTAA
1 GTAATTTGGTAATTAACTTAATTCAGTGCAATTAAGAAAATTGATAATTAGA-TTAA
*
624 GTAATTTGGTAATTAAATTAA
1 GTAATTTGGTAATTAACTTAA
645 GTAATTAACT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 9, Indels: 2
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
55 1 0.01
56 66 0.99
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
GTAATTTGGTAATTAACTTAATTCAGTGCAATTAAGAAAATTGATAATTAGATTAA
Found at i:646 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 597--650 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
587 AATTCGGTGC
* *
597 AATTAAGAAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
*
618 AGTTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
639 AATTAAGTAATT
1 AATTAAGTAATT
651 AACTCAATTC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATTA
Found at i:1725 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1699--1740 Score: 68
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1689 ATGTTACAAA
1699 ATGGAGCA-AAGGGCGAAAGTG
1 ATGGAGCATAA-GGCGAAAGTG
1720 ATGGAGCATAAGGCGAAAGTG
1 ATGGAGCATAAGGCGAAAGTG
1741 TCAAAAATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.90
22 2 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.40, T:0.12
Consensus pattern (21 bp):
ATGGAGCATAAGGCGAAAGTG
Found at i:3107 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3082--3124 Score: 77
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
3072 TGATCTAGTT
*
3082 GTGTTTTCAATTCAATG
1 GTGTGTTCAATTCAATG
3099 GTGTGTTCAATTCAATG
1 GTGTGTTCAATTCAATG
3116 GTGTGTTCA
1 GTGTGTTCA
3125 TATATATTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 25 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.12, G:0.23, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
GTGTGTTCAATTCAATG
Found at i:3284 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 3241--3307 Score: 118
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
3231 ATCAATCAAT
3241 TTATTAAATTCTATAGACTTTTT-ACCTATTCTAC
1 TTATTAAATTCTATAGACTTTTTAACC-ATTCTAC
3275 TTATTAAATTCTATAGACTTTTTAACCATTCTA
1 TTATTAAATTCTATAGACTTTTTAACCATTCTA
3308 TCCATATTAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 29 0.91
35 3 0.09
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.03, T:0.49
Consensus pattern (34 bp):
TTATTAAATTCTATAGACTTTTTAACCATTCTAC
Found at i:3307 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3248--3308 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 3.4 Consensus size: 20
3238 AATTTATTAA
3248 ATTCTATAGACTTTTT-ACC
1 ATTCTATAGACTTTTTAACC
*
3267 TATTC--T--ACTTATTAA--
1 -ATTCTATAGACTTTTTAACC
3282 ATTCTATAGACTTTTTAACC
1 ATTCTATAGACTTTTTAACC
3302 ATTCTAT
1 ATTCTAT
3309 CCATATTACC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 14
0.67 0.04 0.29
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.12
16 7 0.22
17 1 0.03
18 9 0.28
20 11 0.34
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.03, T:0.49
Consensus pattern (20 bp):
ATTCTATAGACTTTTTAACC
Found at i:3326 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 3290--3406 Score: 129
Period size: 30 Copynumber: 4.0 Consensus size: 30
3280 AAATTCTATA
* *
3290 GACTTTTTAACCATTCTATCCATATTACCC
1 GACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCC
3320 GACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCC
1 GACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCC
* *
3350 --CTTTCTCTCTCCCA-T-TA--TATATTACCC
1 GACTTT-T-T-ACCCATTCTACCCATATTACCC
3377 GACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCC
1 GACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCC
3407 CTTTCTCTCT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 6, Indels: 18
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
26 4 0.06
27 11 0.15
28 7 0.10
29 7 0.10
30 39 0.54
31 4 0.06
ACGTcount: A:0.23, C:0.35, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (30 bp):
GACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCC
Found at i:3399 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 3311--3424 Score: 228
Period size: 57 Copynumber: 2.0 Consensus size: 57
3301 CATTCTATCC
3311 ATATTACCCGACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCCCTTTCTCTCTCCCATTAT
1 ATATTACCCGACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCCCTTTCTCTCTCCCATTAT
3368 ATATTACCCGACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCCCTTTCTCTCTCCCATTAT
1 ATATTACCCGACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCCCTTTCTCTCTCCCATTAT
3425 TTTTATGGTG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
57 57 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.37, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (57 bp):
ATATTACCCGACTTTTTACCCATTCTACCCATATTACCCCTTTCTCTCTCCCATTAT
Found at i:6804 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6780--6809 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
6770 AGTTGAAATA
6780 TTAAGTATTGAATTTT
1 TTAAGTATTGAATTTT
6796 TTAAG-ATTGAATTT
1 TTAAGTATTGAATTT
6810 ATAAGTACTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.64
16 5 0.36
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
TTAAGTATTGAATTTT
Done.