Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005320.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05338, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5054
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.16, T:0.33
Found at i:2065 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 2054--2082 Score: 58
Period size: 6 Copynumber: 4.8 Consensus size: 6
2044 CGAAACCCGT
2054 CCGAAC CCGAAC CCGAAC CCGAAC CCGAA
1 CCGAAC CCGAAC CCGAAC CCGAAC CCGAA
2083 ATTACCCGAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 23 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.48, G:0.17, T:0.00
Consensus pattern (6 bp):
CCGAAC
Found at i:2152 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2113--2158 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
2103 AAGTCAACGT
2113 CCCGAACCCGAACCCGA
1 CCCGAACCCGAACCCGA
**
2130 GAC-AACCCGAACCCG-
1 CCCGAACCCGAACCCGA
2145 CCCGAACCCGAACC
1 CCCGAACCCGAACC
2159 TAGCCCAAGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 3
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.04
16 22 0.92
17 1 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.52, G:0.17, T:0.00
Consensus pattern (17 bp):
CCCGAACCCGAACCCGA
Found at i:3314 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3274--3656 Score: 461
Period size: 35 Copynumber: 10.8 Consensus size: 36
3264 TTCTTACTGA
3274 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACT-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTC
*
3309 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTTACTTATT-AACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTC
* *
3344 ACTTAATTACCCTGGATTAAAGTTGA-TTACTG-ACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ACTTATTGAACTC
*
3380 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGAACT-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTC
* * *
3415 ACCTAATTATCCTGAATTTAGTTACTTATT-AACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTC
*
3450 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGA-TTACTG-ACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ACTTATTGAACTC
* *
3486 ACTTTATTACCCTGAATTAAGTTACTCATTGAACT-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTC
*
3521 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTGAACT-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTC
* *
3556 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGA-TTACTG-ACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGAACTC
*
3591 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGA-TTACTG-ACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ACTTATTGAACTC
* *
3627 ACTAAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATT
3657 ACTGATTCAC
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 27, Indels: 32
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 13 0.04
35 190 0.62
36 100 0.33
37 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (36 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTC
Found at i:3415 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 3274--3657 Score: 587
Period size: 106 Copynumber: 3.6 Consensus size: 106
3264 TTCTTACTGA
*
3274 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTACTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATT
*
3339 AACTCACTTAATTACCCTGGATTAAAGTTGATTACTGACTC
66 AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTC
* * * *
3380 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTATTGAACTACCTAATTATCCTGAATTTAGTTACTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATT
3445 AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTC
66 AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTC
* * *
3486 ACTTTATTACCCTGAATTAAGTTACTCATTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATT
*
3551 GAACT-ACTTAATTACCCTAAATT-AAGTTGATTACTGACTC
66 -AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTC
* * *
3591 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGA-TTACTG-ACTCACTAAATTACCCTGAATTAAGTTGCTT
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ACTTATTGAACT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTT
3654 ATTA
63 ATTA
3658 CTGATTCACT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 20, Indels: 9
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
105 38 0.15
106 211 0.83
107 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (106 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATT
AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTC
Found at i:3458 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 3277--3668 Score: 508
Period size: 141 Copynumber: 2.8 Consensus size: 141
3267 TTACTGAACT
* *
3277 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGAACT-ACTTAATTACCTTGAATT-AAGTT-ACTTATT
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATT-AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGA-TTACT
* *
3339 AACTCACTTAATTACCCTGGATTAAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTA
64 GACTCACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTA
*
3404 CTTATTGAACTACC
128 ATTATTGAACTACC
* *
3418 TAATTATCCTGAATTTAGTTACTTATTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGA
* * * *
3483 CTCACTTTATTACCCTGAATTAAGTT-ACTCATTGAACT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAA
66 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTAA
*
3546 TTATTGAACTACT
129 TTATTGAACTACC
* * *
3559 TAATTACCCTAAATTAAGTTGA-TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTG
1 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTG
* *
3623 ACTCACTAAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATTACTGATTCACTT
65 ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---ATTACTGACTCACTT
3669 TTTCTTACTT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 22, Indels: 19
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
140 5 0.02
141 168 0.77
142 33 0.15
143 3 0.01
144 8 0.04
145 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (141 bp):
TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGA
CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTAATT
ATTGAACTACC
Done.