Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005334.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05352, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6435
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.20, T:0.29
Found at i:634 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 494--960 Score: 565
Period size: 35 Copynumber: 13.1 Consensus size: 35
484 TAAGAAGAAA
*
494 AAGTGAATCAGTAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTGAGTCAGTAAT---CAACTTAATTCAGGGTAATT
532 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTGAGTCAGTAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATT
568 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTGAGTCAGTAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATT
*
604 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTTAGGGTAATT
1 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
* *
639 AAGT-AGTACAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTGAGT-CAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
* * *
674 AAGT-AGTTCAATGAGT-AACTTAATTCAGGGCAATT
1 AAGTGAG-TCAGT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATT
709 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTGAGTCAGTAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATT
745 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTGAGTCAGTAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATT
* *
781 AAGTGAGTTAATAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTGAGTCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATT
* * *
816 AGGT-AGTTCAATAAGT-AGCTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTGAG-TCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATT
*
851 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATCCAGGGTAATT
1 AAGTGAGTCAGTAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATT
* * *
887 AAGTGAGTTAATAAGT-AACTTAATTCAAGGTAATT
1 AAGTGAGTCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATT
*
922 AAGT-AGTTCAATAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTGAG-TCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATT
957 AAGT
1 AAGT
961 TCAGTAAGAA
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 25, Indels: 31
0.87 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 10 0.03
35 190 0.49
36 174 0.45
37 2 0.01
38 14 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
AAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT
Found at i:740 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 494--960 Score: 644
Period size: 106 Copynumber: 4.4 Consensus size: 106
484 TAAGAAGAAA
*
494 AAGTGAATCAGTAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTC
1 AAGTGAGTCAGTAAT---CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTC
* *
559 AGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATT
63 AGGGTAATTAAGTGAGTTAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATT
* * *
604 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTTAGGGTAATTAAGT-AGTACAATAATTAAC-TTAATTCAG
1 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT-CAGTAATCAACTTTAATTCAG
* *
667 GGTAATTAAGT-AGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGCAATT
65 GGTAATTAAGTGAGTT-AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATT
709 AAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAG
1 AAGTGAGTCAGTAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAG
774 GGTAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATT
65 GGTAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATT
* * * *
816 AGGT-AGTTCAATAAGT-AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATCCA
1 AAGTGAG-TCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCA
*
879 GGGTAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAAGGTAATT
64 GGGTAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATT
*
922 AAGT-AGTTCAATAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AAGTGAG-TCAGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
961 TCAGTAAGAA
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 20, Indels: 22
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
105 37 0.11
106 181 0.55
107 91 0.28
108 5 0.02
110 14 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (106 bp):
AAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGG
GTAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATT
Found at i:813 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 506--960 Score: 647
Period size: 177 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177
496 GTGAATCAGT
*
506 AATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
571 TGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTTAGGGTA
66 TGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAATCAACTTAATTCAGGGTA
*
636 ATTAAGTAGTACAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTC
131 ATTAAGTAGTACAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TC
* *
683 AATGAGT-AACTTAATTCAGGGCAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAA
1 AAT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAA
*
747 GTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAATAAGT-AACTTAATTCAGGG
65 GTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAA-TCAACTTAATTCAGGG
* * *
811 TAATTAGGTAGTTCAATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
129 TAATTAAGTAGTACAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* * * * *
860 AGTAATCAACTTTAATCCAGGGTAATTAAGTGAGTTAATAAGT-AAC-TTAATTCAAGGTAATTA
1 AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTA
*
923 AGT-AGTTCAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGT
64 AGTGAG-TCAGTAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGT
961 TCAGTAAGAA
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 18, Indels: 17
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 24 0.10
177 193 0.77
178 34 0.13
179 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (177 bp):
AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAG
TGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAATCAACTTAATTCAGGGTA
ATTAAGTAGTACAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
Found at i:6001 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 5968--6028 Score: 68
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
5958 GAAATTCAAA
*
5968 AAAAGAAAGAAGAAAAAATCAATAAAAGG
1 AAAAGAAAGAAAAAAAAATCAA-AAAAGG
** * *
5997 AAAAGAGCGAAAAAAAAATGAAAAAATG
1 AAAAGAAAGAAAAAAAAATCAAAAAAGG
6025 AAAA
1 AAAA
6029 AATGAAAGTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 1
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 9 0.33
29 18 0.67
ACGTcount: A:0.74, C:0.03, G:0.16, T:0.07
Consensus pattern (28 bp):
AAAAGAAAGAAAAAAAAATCAAAAAAGG
Found at i:6020 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 6019--6066 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 7.5 Consensus size: 6
6009 AAAAAATGAA
* *
6019 AAAATG AAAAAATG AAAGTG AAAATG AAAATG AAAACTG AAAAAG AAA
1 AAAATG -AA-AATG AAAATG AAAATG AAAATG AAAA-TG AAAATG AAA
6067 GTAAAAGGAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 5
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
6 22 0.61
7 10 0.28
8 4 0.11
ACGTcount: A:0.69, C:0.02, G:0.17, T:0.12
Consensus pattern (6 bp):
AAAATG
Found at i:6022 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 6009--6035 Score: 54
Period size: 8 Copynumber: 3.4 Consensus size: 8
5999 AAGAGCGAAA
6009 AAAAAATG
1 AAAAAATG
6017 AAAAAATG
1 AAAAAATG
6025 AAAAAATG
1 AAAAAATG
6033 AAA
1 AAA
6036 GTGAAAATGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 19 1.00
ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.11, T:0.11
Consensus pattern (8 bp):
AAAAAATG
Found at i:6028 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 6010--6066 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 8.4 Consensus size: 7
6000 AGAGCGAAAA
6010 AAAAATG
1 AAAAATG
6017 AAAAAATG
1 -AAAAATG
6025 AAAAAATG
1 -AAAAATG
*
6033 -AAAGTG
1 AAAAATG
6039 -AAAATG
1 AAAAATG
6045 -AAAATG
1 AAAAATG
*
6051 AAAACTG
1 AAAAATG
6058 AAAAA-G
1 AAAAATG
6064 AAA
1 AAA
6067 GTAAAAGGAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 4
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
6 20 0.45
7 9 0.20
8 15 0.34
ACGTcount: A:0.70, C:0.02, G:0.16, T:0.12
Consensus pattern (7 bp):
AAAAATG
Found at i:6411 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 6396--6425 Score: 60
Period size: 10 Copynumber: 3.0 Consensus size: 10
6386 GAAGATAGAG
6396 AAAAAGAAAA
1 AAAAAGAAAA
6406 AAAAAGAAAA
1 AAAAAGAAAA
6416 AAAAAGAAAA
1 AAAAAGAAAA
6426 GCTCTAGGGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 20 1.00
ACGTcount: A:0.90, C:0.00, G:0.10, T:0.00
Consensus pattern (10 bp):
AAAAAGAAAA
Done.