Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005356.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05374, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7059
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.20, T:0.33
Found at i:2437 original size:973 final size:974
Alignment explanation
Indices: 5--2772 Score: 4752
Period size: 973 Copynumber: 2.8 Consensus size: 974
1 CATT
* * * *
5 AAGGTCCAGCCCAACATAGGTGATTATCTTGATAATTTAATATGGATTAAATTTTACACGGATAA
1 AAGGTCCAGCCCAACATAGGTGATTATGTTGGTAATTTAATCTGGATTAAATTTTACAAGGATAA
* * * *
70 TAAGAGATCATTTCTATTTCTTGATAAAATTATTTGAGAATTAAATCAGAAATCATTTAATTAGT
66 TAAGAG---A--TC-ATTTCTTGATAAAATTACTTGGGAATTAAATCAGAAATCATTTCAGTAGT
*
135 ATTCAACTGGAATACAACATCTCTAATATAAAAGGAGAAAAAATACGTTAGTTTTTCACTTCACT
125 ATTCAACTGGAATACAACATCTCTAATATAAAAGGAGAAAAACTACGTTAGTTTTTCACTTCAC-
*
200 TTTTTCCATCAGAAAGTTGAGAGCTTTCCAAACACAAAAGTTTTCTCCCTCCATTGCTAAGAAGA
189 TTTTTCCATCAGAAAGTTGAGAGCTTTCCACACACAAAAG-TTT-T--CTCC----CT------A
*
265 AGATTTTTGCACTATGAAGAGTAAGGCTTCTGCTCATCTCTGTATTAGAAGTCCACCACGAGTAT
240 AGATTTTTGCACTATGAAGAGTAAGGCTTCTGCTCATCTCTGTATTAGAAGTCCACCATGAGTAT
*
330 CGAAGATCAACAAACATCGTAATCGACCCCAGAGATCCTGGTTTGATTTCTTTTAGCTTCCACAA
305 CGAAGATCAACAAACATCGTAATCGACCCCAAAGATCCTGGTTTGATTTCTTTTAGCTTCCACAA
* *
395 ATTATTTGATTAACATGATTAATTATCTTAATCCATGTTTCGATTGCTATGCTCCATATATCATG
370 ATTATTTGATTAACATGATTAATTATTTTAATCCATGTCTCG-TTGCTATGCTCCATATATCATG
*
460 TTTTTCCTACATTGGTATCCGAGCTGAATAGGATCTTTTTGTGTTTGTGATCTATTTTGTTGGCT
434 TTTTTCCTACATTGGTATCCGAGCTTAATAGGATCTTTTTGTGTTTGTGATCTATTTTGTTGGCT
* * *
525 ATTCGGCATGATTTTTGTTTCAATAGAACATGAAATTAGGCCTTGATATTCTGGTGATTTGATCA
499 ATTCGACATGATTTTCGTTTCAATAGAACATGAAATTAAGCCTTGATATTCTGGTGATTTGATCA
590 TAATATGATGATTATATGATCTGCTATTTTTGAGATGCAAATGGCCTGTTTCGATTGAGTTTTCT
564 TAATATGATGATTATATGATCTGCTATTTTTGAGATGCAAATGGCCTGTTTCGATTGAGTTTTCT
* *
655 CGGGTCAAACTAGTTAGAACCATAACTTTGACCATAAA-ATCTGATCTCTGTAAAATGCAAATTG
629 CGGGTCAAACTAGTTAGAACCGTAACTTTGACCATAAATTTC-GATCTCTGTAAAATGCAAATTG
*
719 ATGCATGAAACTTATACCATTAGAATCCTTATTTCCTATGTTTTCCAGCAATATATTATTTGCGT
693 ATGCATGAAACTTATACCATTAGAATCCTTATTTCCTATGTTTTCCAACAATATATTATTTGCGT
784 TAATCG-GATTTCTATGTTGGGAGAATTTTACGTTTTAAGTTTTTTTGATCGATCTATATATATA
758 TAAT-GAGATTTCTATGTTGGGAGAATTTTACGTTTTAAGTTTTTTTGATCGATCTATATATATA
*
848 AAGAATAATCCTGCTTCTAAACGTTGTTTACTCGAATGGGAGAATGGTTAAATCAGAATGCTCTT
822 AAGAATAATCCTGCTTCTAAACGTTGTTTACTCAAATGGGAGAATGGTTAAATCAGAATGCTCTT
913 TATCTCCTCGTCTTCTTTTAGAATCAACAAAACAAAAAAGAAAAGAAAACCAATTATGAATGTTG
887 TATCTCCTCGTCTTCTTTTAGAATCAACAAAACAAAAAAGAAAAGAAAACCAATTATGAATGTTG
978 GACAATTGGGCTTTACATCCATA
952 GACAATTGGGCTTTACATCCATA
1001 AAGGTCCAGCCCAACATAGGTGATTATGTTGGTAATTTAATCTGGATTAAATTTTACAAGGATAA
1 AAGGTCCAGCCCAACATAGGTGATTATGTTGGTAATTTAATCTGGATTAAATTTTACAAGGATAA
1066 TAAGAGATCATTTCTTGATAAAATTACTTGGGAATTAAATCAGAAATCATTTCAGTAGTATTCAA
66 TAAGAGATCATTTCTTGATAAAATTACTTGGGAATTAAATCAGAAATCATTTCAGTAGTATTCAA
* *
1131 CTGGAACACAACATCTCTAATATAAAAGGAGAAAAACTACGTTAATTTTTCACTTCACTTTTTCC
131 CTGGAATACAACATCTCTAATATAAAAGGAGAAAAACTACGTTAGTTTTTCACTTCACTTTTTCC
1196 ATCAGAAAGTTGAGAGCTTTCCACACACAAAAGTTTTCTCCCTAAGATTTTTGCACTATGAAGAG
196 ATCAGAAAGTTGAGAGCTTTCCACACACAAAAGTTTTCTCCCTAAGATTTTTGCACTATGAAGAG
* *
1261 TAAGGCTTCTGCTCATATCTGTATTAGAAGTCCATCATGAGTATCGAAGATCAACAAACATCGTA
261 TAAGGCTTCTGCTCATCTCTGTATTAGAAGTCCACCATGAGTATCGAAGATCAACAAACATCGTA
*
1326 ATCGATCCCAAAGATCCTGGTTTGATTTCTTTTAGCTTCCACAAATTATTTGATTAACATGATTA
326 ATCGACCCCAAAGATCCTGGTTTGATTTCTTTTAGCTTCCACAAATTATTTGATTAACATGATTA
1391 ATTATTTTAATCCATGTCTCGTTGCTATGCTCCATATATCATGTTTTTCCTACATTGGTATCCGA
391 ATTATTTTAATCCATGTCTCGTTGCTATGCTCCATATATCATGTTTTTCCTACATTGGTATCCGA
* *
1456 GTTTAATAGGATCTTTATGTGTTTGTGATCTATTTTGTTGGCTATTCGACATGATTTTCGTTTCA
456 GCTTAATAGGATCTTTTTGTGTTTGTGATCTATTTTGTTGGCTATTCGACATGATTTTCGTTTCA
* * *
1521 ATATAACATGAAATTAAGCCTTGATATTCTAGTGATTTCATCATAATATGATGATTATATGATCT
521 ATAGAACATGAAATTAAGCCTTGATATTCTGGTGATTTGATCATAATATGATGATTATATGATCT
*
1586 GCTATTTTTGAGATGCAAATGGCCTGTTTCGATTGAGTTTTCTCGGGTCAAACTAGTTAGAACTG
586 GCTATTTTTGAGATGCAAATGGCCTGTTTCGATTGAGTTTTCTCGGGTCAAACTAGTTAGAACCG
* * *
1651 TAACTTTGATCATAAATTTCGATCTCTGTAAAATGCAAATTGATTCATGAAACCTATACCATTAG
651 TAACTTTGACCATAAATTTCGATCTCTGTAAAATGCAAATTGATGCATGAAACTTATACCATTAG
*
1716 AATGCTTATTTCCTATGTTTTCCAACAATATATTATTTGCGTTAATGAGATTTCTATGTTGGGAG
716 AATCCTTATTTCCTATGTTTTCCAACAATATATTATTTGCGTTAATGAGATTTCTATGTTGGGAG
* *
1781 AATTTTCCGTTTTAAGTTTTTTTGATCGATCTATATATATATAGAATAATCCTGCTTCTAAACGT
781 AATTTTACGTTTTAAGTTTTTTTGATCGATCTATATATATAAAGAATAATCCTGCTTCTAAACGT
*
1846 TGTTTACTCAAATGGGAGAATGGTTAAATCAGAATGCTCTTTATCTCCTCGTCTTGTTTTAGAAT
846 TGTTTACTCAAATGGGAGAATGGTTAAATCAGAATGCTCTTTATCTCCTCGTCTTCTTTTAGAAT
* * *
1911 CAACAAAAC-AAAAAGACAAGAAAACCAATTATGAATGTTGGACATTTGGGCTTTACATCCATG
911 CAACAAAACAAAAAAGAAAAGAAAACCAATTATGAATGTTGGACAATTGGGCTTTACATCCATA
*
1974 AAGGTTCAGCCCAACATAGGTGATTATGTTGGTAATTTAATCTGGATTAAATTTTACAAGGATAA
1 AAGGTCCAGCCCAACATAGGTGATTATGTTGGTAATTTAATCTGGATTAAATTTTACAAGGATAA
*
2039 TAAGAGATCATTTCTTGATAAAATTACTTGGGAATTAAATCAGAAATCATTTCGGTAGTATTCAA
66 TAAGAGATCATTTCTTGATAAAATTACTTGGGAATTAAATCAGAAATCATTTCAGTAGTATTCAA
2104 CTGGAATACAACATCTCTAATATAAAAGGAGAAAAACTACGTTAGTTTTTCACTTCACTTTTTCC
131 CTGGAATACAACATCTCTAATATAAAAGGAGAAAAACTACGTTAGTTTTTCACTTCACTTTTTCC
2169 ATCAGAAAGTTGAGAGCTTTCCACACACAAAAGTTTTCTCCCTAAGATTTTTGCACTATGAAGAG
196 ATCAGAAAGTTGAGAGCTTTCCACACACAAAAGTTTTCTCCCTAAGATTTTTGCACTATGAAGAG
*
2234 TAAGGCTTCTACTCATCTCTGTATTA-AACGTCCACCATGAGTATCGAAGATCAACAAACATCGT
261 TAAGGCTTCTGCTCATCTCTGTATTAGAA-GTCCACCATGAGTATCGAAGATCAACAAACATCGT
2298 AATCGACCCCAAAGATCCTGGTTTGATTTCTTTTAGCTTCCACAAATTATTTGATTAACATGATT
325 AATCGACCCCAAAGATCCTGGTTTGATTTCTTTTAGCTTCCACAAATTATTTGATTAACATGATT
*
2363 AATTATTTTAATCCATGTCTCGTTGCTATGCTCCATATATCATGTTTTTCCTACATTGGTATCCA
390 AATTATTTTAATCCATGTCTCGTTGCTATGCTCCATATATCATGTTTTTCCTACATTGGTATCCG
2428 AGCTTAATAGGATCTTTTTGTGTTTGTGATCTATTTTGTTGGCTATTCGACATGATTTTCGTTTC
455 AGCTTAATAGGATCTTTTTGTGTTTGTGATCTATTTTGTTGGCTATTCGACATGATTTTCGTTTC
* *
2493 AATAGAACATGAAATTAACCCTTGATATTCTGGTGATTTGATCATAATATGAAGATTATATGATC
520 AATAGAACATGAAATTAAGCCTTGATATTCTGGTGATTTGATCATAATATGATGATTATATGATC
2558 TGCTATTTTTGAGATGCAAATGGCCTGTTTCGATTGAGTTTTCTCGGGTCAAACTAGTTAGAACC
585 TGCTATTTTTGAGATGCAAATGGCCTGTTTCGATTGAGTTTTCTCGGGTCAAACTAGTTAGAACC
* *
2623 GTAACTTTGACCATAAATTACGATCTCTGTAAACTGCAAATTGATGCATGAAACTTATACCATTA
650 GTAACTTTGACCATAAATTTCGATCTCTGTAAAATGCAAATTGATGCATGAAACTTATACCATTA
* * * * * *
2688 GAATCCTTATTTCCTAAGCTTTGCAACAGTATATTATTTGCGTTAATCAGATTTCTACGTTGGGA
715 GAATCCTTATTTCCTATGTTTTCCAACAATATATTATTTGCGTTAATGAGATTTCTATGTTGGGA
* *
2753 GAATTTTTCGTTTTATGTTT
780 GAATTTTACGTTTTAAGTTT
2773 CAAGGACTTA
Statistics
Matches: 1695, Mismatches: 74, Indels: 29
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
972 2 0.00
973 817 0.48
974 482 0.28
975 168 0.10
981 2 0.00
985 4 0.00
987 1 0.00
988 3 0.00
989 39 0.02
990 107 0.06
991 2 0.00
993 1 0.00
996 67 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (974 bp):
AAGGTCCAGCCCAACATAGGTGATTATGTTGGTAATTTAATCTGGATTAAATTTTACAAGGATAA
TAAGAGATCATTTCTTGATAAAATTACTTGGGAATTAAATCAGAAATCATTTCAGTAGTATTCAA
CTGGAATACAACATCTCTAATATAAAAGGAGAAAAACTACGTTAGTTTTTCACTTCACTTTTTCC
ATCAGAAAGTTGAGAGCTTTCCACACACAAAAGTTTTCTCCCTAAGATTTTTGCACTATGAAGAG
TAAGGCTTCTGCTCATCTCTGTATTAGAAGTCCACCATGAGTATCGAAGATCAACAAACATCGTA
ATCGACCCCAAAGATCCTGGTTTGATTTCTTTTAGCTTCCACAAATTATTTGATTAACATGATTA
ATTATTTTAATCCATGTCTCGTTGCTATGCTCCATATATCATGTTTTTCCTACATTGGTATCCGA
GCTTAATAGGATCTTTTTGTGTTTGTGATCTATTTTGTTGGCTATTCGACATGATTTTCGTTTCA
ATAGAACATGAAATTAAGCCTTGATATTCTGGTGATTTGATCATAATATGATGATTATATGATCT
GCTATTTTTGAGATGCAAATGGCCTGTTTCGATTGAGTTTTCTCGGGTCAAACTAGTTAGAACCG
TAACTTTGACCATAAATTTCGATCTCTGTAAAATGCAAATTGATGCATGAAACTTATACCATTAG
AATCCTTATTTCCTATGTTTTCCAACAATATATTATTTGCGTTAATGAGATTTCTATGTTGGGAG
AATTTTACGTTTTAAGTTTTTTTGATCGATCTATATATATAAAGAATAATCCTGCTTCTAAACGT
TGTTTACTCAAATGGGAGAATGGTTAAATCAGAATGCTCTTTATCTCCTCGTCTTCTTTTAGAAT
CAACAAAACAAAAAAGAAAAGAAAACCAATTATGAATGTTGGACAATTGGGCTTTACATCCATA
Found at i:7035 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 7025--7055 Score: 53
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
7015 ATACAAAAAA
*
7025 AT AT GT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
7056 GAAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.