Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005360.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05378, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18914
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Found at i:13830 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 13792--13830 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
13782 TTTAGAAGCA
* *
13792 ATTAATTAAAAGCCTTAAAC
1 ATTAATTAAAAACATTAAAC
13812 ATTAATTAAAAACTATTAA
1 ATTAATTAAAAAC-ATTAA
13831 GGAAAGGAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.75
21 4 0.25
ACGTcount: A:0.54, C:0.10, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
ATTAATTAAAAACATTAAAC
Found at i:14430 original size:824 final size:823
Alignment explanation
Indices: 12364--14823 Score: 4165
Period size: 825 Copynumber: 3.0 Consensus size: 823
12354 ATAACAACAG
* * * *
12364 GTTATATTAGCCCGCGCTGGCGCTACGGGCGTTCTTTATTTTAGAGTGGTGCTTAATTAACTGAT
1 GTTATATTAGTCCGCGCTGGGGCTACGGGCGTTCTTTATTTTAGAATGGTGCTTGATTAACTGAT
*
12429 TGAATAAGGATATTAATATAATCAATTATATAAGGGCCAAGAACATTTTTTGTTCTAGAGTGCTG
66 TGAATAAGGATATTAATATAATCAATTATATAAGGGCCAAGAACATTTTTTGTTCTAGAGTGGTG
* * * *
12494 CTTGATTGATTAATTGATTGAATTATATAAAGTTGTAGTAAAAATTCAATTTAAATGGATTAGTT
131 CTTGATTGATTAATTGATTGAATTATCTAAGGTTGCAGTAAAAATGCAATTTAAATGGATTAGTT
*
12559 TTAATTATGTCTCTGGCATAAATCCTTGTAAGCTAACTTTTTAGACATGCAAAATTAAGAAGGTC
196 TTAATTATGTCTCTGGCATAAATCATTGTAAGCTAACTTTTTAGACATGCAAAATTAAGAAGGTC
* *
12624 AAGAACATGTTTTTATTTGTAATTAATAGGAAGTGCAAAGAGATAACAAAATATGTTGTTAATTG
261 AAGAACATGTTTTTATTTGTAAGTAATAGGAAGTGCAAAGAGATAATAAAATATGTTGTTAATTG
*
12689 GATAATATTACTCACATTGAACAAAGGGTGGTTTTAATTCAGAAGGGGAAAAATATTGAACGGTC
326 GATAATAATACTCACATTGAACAAAGGGTGGTTTTAATTCAGAAGGGGAAAAATATTGAACGGTC
* * * *
12754 CATGTTGAAGCGATGTAGACGGAGAAGAAAGAGGAAATAGATATGAAGGTGAAAACAGAGGGGAG
391 AATGTTGAAGGGATGGAGACGGAGAAGAAAGAGGAAAGAGATATGAAGGTGAAAACAGAGGGGAG
* * *
12819 TGATGGAAAGGTTTGATTTTTGGCAAAACTAAAGATTGATCAGCACCGAGGAGTTGAAAGGAAGC
456 TGATGGAAAGGTTTGATTTTTGGCAAACCTGAAGATTGGTCAGCACCGAGGAGTTGAAAGGAAGC
*
12884 AGCAACTGAGTTGGTGAGAGGAAAAAAGAAAACAGTGAGAGAAACATTAATTAAAAGTAATTAAG
521 AGCAACTGAGTTGGTGAGAGGAAAAAAGAAAACAGCGAGAGAAACATTAATTAAAAGTAATTAAG
*
12949 GGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTTAAACATTAATTAAAAACAATTAAGGAAAGA
586 GGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTTAAACATTAATTAAAAACAATTAAGGAAAGG
*
13014 AAATGTGTAATTACAAAAAAAGGTAGAAGGGAAAGGAATGGGAGAAACTCATAGAGGGGCTTTTT
651 AAATGTGTAATTACAAAAAAAGGTAGAAGGAAAAGGAATGGGAGAAACTCATAGAGGGGCTTTTT
* * * *
13079 AGTCATCTGAAAAATGAGAAATGACCAAAAATAGCCAAAGGGTTGCACCACATTAATCCTCAATT
716 AGTCATCCGAAAAGT-AGAAA-GAGCAAAAATAGCCAAAAGGTTGCACCACATTAATCCTCAATT
13144 TGGCCTTTTAGTAATTTAAATGGTAGTTAAAAATAATATATACAA
779 TGGCCTTTTAGTAATTTAAATGGTAGTTAAAAATAATATATACAA
*
13189 GTTATATTAGTCCGCGCTGGGGCTACGGGCGTTCTTTATTTTAGAATGGTACTTGATTAACTGAT
1 GTTATATTAGTCCGCGCTGGGGCTACGGGCGTTCTTTATTTTAGAATGGTGCTTGATTAACTGAT
* *
13254 TGAATAAGGATATTAATACAATCAATTATATAAGGGCTAAGAACATTTTTTGTTCTAGAGTGGTG
66 TGAATAAGGATATTAATATAATCAATTATATAAGGGCCAAGAACATTTTTTGTTCTAGAGTGGTG
*
13319 CTTGATTAATTAATTGATTGAATTATCTAAGGTTGCAGTAAAAATGCAATTTAAATGGATTAGTT
131 CTTGATTGATTAATTGATTGAATTATCTAAGGTTGCAGTAAAAATGCAATTTAAATGGATTAGTT
*
13384 TTAATTATGTCTCTGGCATAAATCATTGTAAGCTAACTTTTTAAACATGCAAAATTAAGAAGGTC
196 TTAATTATGTCTCTGGCATAAATCATTGTAAGCTAACTTTTTAGACATGCAAAATTAAGAAGGTC
13449 AAGAACATGTTTTTATTTGTAAGTAATAGGAAGTGCAAAGAGATAATAAAATATGTTGTTAATTG
261 AAGAACATGTTTTTATTTGTAAGTAATAGGAAGTGCAAAGAGATAATAAAATATGTTGTTAATTG
13514 GATAATAATACTCACATTGAACAAAGGGTGGTTTTAATTCAGAAGGGGAAAAATATTGAACGGTC
326 GATAATAATACTCACATTGAACAAAGGGTGGTTTTAATTCAGAAGGGGAAAAATATTGAACGGTC
*
13579 AATGTTGAAGGGATGGAGATGGAGAAGAAAGAGGAAAGAGATATGAAGGTGAAAACAGAGGGGAG
391 AATGTTGAAGGGATGGAGACGGAGAAGAAAGAGGAAAGAGATATGAAGGTGAAAACAGAGGGGAG
*
13644 TGATGGAAAGGTTTGATTTTTGGCAAACCTGAAGATTGGTCAGCATCGAGGAGTTGAAAGGAAGC
456 TGATGGAAAGGTTTGATTTTTGGCAAACCTGAAGATTGGTCAGCACCGAGGAGTTGAAAGGAAGC
*
13709 AGCAACTGAGTTGGTGAGAGGAAAAAGGAAAACAGCGAGAG-AACATTAATTAAAAGTAATTAAG
521 AGCAACTGAGTTGGTGAGAGGAAAAAAGAAAACAGCGAGAGAAACATTAATTAAAAGTAATTAAG
*
13773 GGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTTAAACATTAATTAAAAACTATTAAGGAAAGG
586 GGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTTAAACATTAATTAAAAACAATTAAGGAAAGG
* *
13838 AAATGTTTAATTACAAAAAAAGGTAGAAGGAAAAGGAATGGGAGAAACTCATAGA-AGGCTTTTT
651 AAATGTGTAATTACAAAAAAAGGTAGAAGGAAAAGGAATGGGAGAAACTCATAGAGGGGCTTTTT
*
13902 AGTCATCCGAAAAGTAAGAAAAGAGCAAAAATAGCCAAAAGGTTGCACAACATTAATCCTCAATT
716 AGTCATCCGAAAAGT-AG-AAAGAGCAAAAATAGCCAAAAGGTTGCACCACATTAATCCTCAATT
13967 TGGCCTTTTAGTAATTTAAATGGTAGTTAAAAATAATATATACAA
779 TGGCCTTTTAGTAATTTAAATGGTAGTTAAAAATAATATATACAA
14012 GTTATATTAGTCCGCGCTGGGGCTACGGGCGTTCTTTATTTTAGAATGGTGCTTGATTAACTGAT
1 GTTATATTAGTCCGCGCTGGGGCTACGGGCGTTCTTTATTTTAGAATGGTGCTTGATTAACTGAT
*
14077 TGAATAAGGATATTAATATAATCAATTATGTAAGGGCCAAGAACATTTTTTGTTCTAGAGTGGTG
66 TGAATAAGGATATTAATATAATCAATTATATAAGGGCCAAGAACATTTTTTGTTCTAGAGTGGTG
* *
14142 CTTGATTGATTAATTGATTGAATTATCTAAGGTTGCAGTGAAAATGCAATTTAAATGGATTACTT
131 CTTGATTGATTAATTGATTGAATTATCTAAGGTTGCAGTAAAAATGCAATTTAAATGGATTAGTT
* *
14207 TTAATTATGTCTCTGGCATAAATCTTTATAAAGCTAACTTTTTAGACATGCAAAATTAAGAAGGT
196 TTAATTATGTCTCTGGCATAAATCATTGT-AAGCTAACTTTTTAGACATGCAAAATTAAGAAGGT
*
14272 CAAGAACATGTTTTTATTTGTAAGTAATAGGAAGTGCAAAGAGGTAATAAAATATGTTGTTAATT
260 CAAGAACATGTTTTTATTTGTAAGTAATAGGAAGTGCAAAGAGATAATAAAATATGTTGTTAATT
* * *
14337 GGATAATAATACTCACATTGAATAAAGGGTGGTTTTAATTTAGAAGTGGAAAAATATTGAACGGT
325 GGATAATAATACTCACATTGAACAAAGGGTGGTTTTAATTCAGAAGGGGAAAAATATTGAACGGT
* * *
14402 CAATGTTGAAGGGATGGAGACAGAGAAGAAAGAGGAAAGCGATATGAAGGTGAAAACATAGGGGA
390 CAATGTTGAAGGGATGGAGACGGAGAAGAAAGAGGAAAGAGATATGAAGGTGAAAACAGAGGGGA
*
14467 GTGATGGAAAGGTTTGATTTTTGGCAAACCTGAAGATTGGTCAGCACCGAGAAGTTGAAA-GATA
455 GTGATGGAAAGGTTTGATTTTTGGCAAACCTGAAGATTGGTCAGCACCGAGGAGTTGAAAGGA-A
* * *
14531 GCAGCAACTGAGTTGGTGAGAGCAAAAAAGAAAACACCGAGAGAAACATTAAATAAAAGTAATTA
519 GCAGCAACTGAGTTGGTGAGAGGAAAAAAGAAAACAGCGAGAGAAACATTAATTAAAAGTAATTA
* * * *
14596 AGGGTTTATGGTTTATAAGCAATTAATTAAAAGCCTTAAATATTAATTAAAAACAATTAAGGAAG
584 AGGGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTTAAACATTAATTAAAAACAATTAAGGAAA
*
14661 GGAAATGTGTAATTAC-AAAAAAGAGCAGAAGGAAAAGGAATAGGG-GAAACTCATAGAGGGGCT
649 GGAAATGTGTAATTACAAAAAAAG-GTAGAAGGAAAAGGAAT-GGGAGAAACTCATAGAGGGGCT
* *
14724 TTTTAGTCATCCGAAAAGT-----GAG--AAAATA-CC-AAAGATGGCACCACATTAATCCTCAA
712 TTTTAGTCATCCGAAAAGTAGAAAGAGCAAAAATAGCCAAAAGGTTGCACCACATTAATCCTCAA
** *
14780 TTTGGCCTTTTAGTAATTTCCATGGTAGCTAAAAATAATATATA
777 TTTGGCCTTTTAGTAATTTAAATGGTAGTTAAAAATAATATATA
14824 GTATATACAA
Statistics
Matches: 1550, Mismatches: 78, Indels: 24
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
815 64 0.04
816 2 0.00
817 6 0.00
819 3 0.00
823 325 0.21
824 469 0.30
825 655 0.42
826 26 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.22, T:0.29
Consensus pattern (823 bp):
GTTATATTAGTCCGCGCTGGGGCTACGGGCGTTCTTTATTTTAGAATGGTGCTTGATTAACTGAT
TGAATAAGGATATTAATATAATCAATTATATAAGGGCCAAGAACATTTTTTGTTCTAGAGTGGTG
CTTGATTGATTAATTGATTGAATTATCTAAGGTTGCAGTAAAAATGCAATTTAAATGGATTAGTT
TTAATTATGTCTCTGGCATAAATCATTGTAAGCTAACTTTTTAGACATGCAAAATTAAGAAGGTC
AAGAACATGTTTTTATTTGTAAGTAATAGGAAGTGCAAAGAGATAATAAAATATGTTGTTAATTG
GATAATAATACTCACATTGAACAAAGGGTGGTTTTAATTCAGAAGGGGAAAAATATTGAACGGTC
AATGTTGAAGGGATGGAGACGGAGAAGAAAGAGGAAAGAGATATGAAGGTGAAAACAGAGGGGAG
TGATGGAAAGGTTTGATTTTTGGCAAACCTGAAGATTGGTCAGCACCGAGGAGTTGAAAGGAAGC
AGCAACTGAGTTGGTGAGAGGAAAAAAGAAAACAGCGAGAGAAACATTAATTAAAAGTAATTAAG
GGTTTAGGGTTTAGAAGCAATTAATTAAAAGCCTTAAACATTAATTAAAAACAATTAAGGAAAGG
AAATGTGTAATTACAAAAAAAGGTAGAAGGAAAAGGAATGGGAGAAACTCATAGAGGGGCTTTTT
AGTCATCCGAAAAGTAGAAAGAGCAAAAATAGCCAAAAGGTTGCACCACATTAATCCTCAATTTG
GCCTTTTAGTAATTTAAATGGTAGTTAAAAATAATATATACAA
Found at i:17675 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 17638--17676 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
17628 TTTAGAAGCA
*
17638 ATTAATTAAAAGCATTAAAC
1 ATTAATTAAAAACATTAAAC
17658 ATTAATTAAAAACAATTAA
1 ATTAATTAAAAAC-ATTAA
17677 GGAAGGGAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.71
21 5 0.29
ACGTcount: A:0.59, C:0.08, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (20 bp):
ATTAATTAAAAACATTAAAC
Done.