Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005395.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05413, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7785
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Found at i:3254 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 3244--3278 Score: 61
Period size: 5 Copynumber: 6.8 Consensus size: 5
3234 CTCCCTGCTC
3244 CCCTT CCCTT CCCTT CCCTT CCCTT CCCTAT CCCT
1 CCCTT CCCTT CCCTT CCCTT CCCTT CCCT-T CCCT
3279 CAATCCCCAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
5 24 0.83
6 5 0.17
ACGTcount: A:0.03, C:0.60, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (5 bp):
CCCTT
Found at i:7364 original size:302 final size:303
Alignment explanation
Indices: 6205--7421 Score: 2307
Period size: 302 Copynumber: 4.0 Consensus size: 303
6195 TGATATATAC
6205 ATCTTATATATATATTTAAAACAATGTACACTACGAGAATGGTAACTCATTAAATGTTGAGGCTT
1 ATCTTATATATATATTTAAAACAATGTACACTACGAGAATGGTAACTCATTAAATGTTGAGGCTT
6270 CCAAATCTCGACAAG-TGTTATACCCCATTGATTGACACGTGTCTATAATTAAAAATTATTTATT
66 CCAAATCTCGACAAGATGTTATACCCCATTGATTGACACGTGTCTATAATTAAAAATTATTTATT
6334 TAATATTTTATATGTTAAACTATTTAAATGAATTAATATAATTGACTTAAATTTCAATACTAAAT
131 TAATATTTTATATGTTAAACTATTTAAATGAATTAATATAATTGACTTAAATTTCAATACTAAAT
*
6399 TTAACGTAATTGGAATGATTTTTTGAATTACTATTTACCGTAATTATTGATGAATATATTGCGTA
196 TTAACGTAATTGGAATGATTTTTTGAATTACTATTTACCGTAATTATGGATGAATATATTGCGTA
6464 GTATATTAACATTGATTTCAATTTGAATTTCTATGCAATTTCT
261 GTATATTAACATTGATTTCAATTTGAATTTCTATGCAATTTCT
6507 ATCTTATATATATATTTAAAACAATGTACACTACGAGAATGGTAACTCATTAAATGTTGAGGCTT
1 ATCTTATATATATATTTAAAACAATGTACACTACGAGAATGGTAACTCATTAAATGTTGAGGCTT
*
6572 CCAAATCTCGACAAGTTGTTATACCCCATTGATTGACACGTGTCTATAATTAAAAATTATTTATT
66 CCAAATCTCGACAAGATGTTATACCCCATTGATTGACACGTGTCTATAATTAAAAATTATTTATT
6637 TAATATTTTATATGTTAAACTATTTAAATGAATTAATATAATTGACTTAAATTTCAATACTAAAT
131 TAATATTTTATATGTTAAACTATTTAAATGAATTAATATAATTGACTTAAATTTCAATACTAAAT
*
6702 TTAACGTAATTGGAATGATTTTTTGAATTACTATTTACCGTAATTATTGATGAATATATTGCGTA
196 TTAACGTAATTGGAATGATTTTTTGAATTACTATTTACCGTAATTATGGATGAATATATTGCGTA
6767 GTATATTAACATTGATTTCAATTTGAATTTCTATGCAATTTCT
261 GTATATTAACATTGATTTCAATTTGAATTTCTATGCAATTTCT
6810 ATCTTATATATATATTTAAAACAATGTACACTACGAGAATGGTAACTCATTAAATGTTGAGG-TC
1 ATCTTATATATATATTTAAAACAATGTACACTACGAGAATGGTAACTCATTAAATGTTGAGGCT-
*
6874 TCGAAATCGTAGCGACAAGGGATGTTGATA-CCCATTGATTGACACGTGTCTATAATTAAAAATT
65 TCCAAATC-T--CGACAA--GATGTT-ATACCCCATTGATTGACACGTGTCTATAATTAAAAATT
6938 ATTTATTTAATATTTTATATGTTAAACTATTTAAATGAATTAATATAATTGACTTAAATTTCAAT
124 ATTTATTTAATATTTTATATGTTAAACTATTTAAATGAATTAATATAATTGACTTAAATTTCAAT
7003 ACTAAATTTAACGTAATTGGAATGATTTTTTGAATTACTATTTACCGTAATTATGGATGAATATA
189 ACTAAATTTAACGTAATTGGAATGATTTTTTGAATTACTATTTACCGTAATTATGGATGAATATA
7068 TTGCGTAGTATATTAACATTGATTTCAATTTGAATTTCTATGCAATTTCT
254 TTGCGTAGTATATTAACATTGATTTCAATTTGAATTTCTATGCAATTTCT
7118 ATCTTATATATATATTTAAAACAATGTACACTACGAGAATGGTAACTCATTAAATGTTGAGGCTT
1 ATCTTATATATATATTTAAAACAATGTACACTACGAGAATGGTAACTCATTAAATGTTGAGGCTT
7183 CCAAATCTCGACAAG-TGTTATACCCCATTGATTGACACGTGTCTATAATTAAAAATTATTTATT
66 CCAAATCTCGACAAGATGTTATACCCCATTGATTGACACGTGTCTATAATTAAAAATTATTTATT
7247 TAATATTTTATATGTTAAACTATTTAAATGAATTAATATAATTGACTTAAATTTCAATACTAAAT
131 TAATATTTTATATGTTAAACTATTTAAATGAATTAATATAATTGACTTAAATTTCAATACTAAAT
7312 TTAACGTAATTGGAATGATTTTTTGAATTACTATTTACCGTAATTATGGATGAATATATTGCGTA
196 TTAACGTAATTGGAATGATTTTTTGAATTACTATTTACCGTAATTATGGATGAATATATTGCGTA
7377 GTATATTAACATTGATTTCAATTTGAATTTCTATGCAATTTCT
261 GTATATTAACATTGATTTCAATTTGAATTTCTATGCAATTTCT
7420 AT
1 AT
7422 ATTTCCAACG
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 4, Indels: 20
0.97 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
301 3 0.00
302 301 0.33
303 292 0.32
304 1 0.00
305 6 0.01
306 6 0.01
307 1 0.00
308 287 0.32
309 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (303 bp):
ATCTTATATATATATTTAAAACAATGTACACTACGAGAATGGTAACTCATTAAATGTTGAGGCTT
CCAAATCTCGACAAGATGTTATACCCCATTGATTGACACGTGTCTATAATTAAAAATTATTTATT
TAATATTTTATATGTTAAACTATTTAAATGAATTAATATAATTGACTTAAATTTCAATACTAAAT
TTAACGTAATTGGAATGATTTTTTGAATTACTATTTACCGTAATTATGGATGAATATATTGCGTA
GTATATTAACATTGATTTCAATTTGAATTTCTATGCAATTTCT
Done.