Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005416.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05434, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2870
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Found at i:744 original size:201 final size:199
Alignment explanation
Indices: 398--1651 Score: 1482
Period size: 200 Copynumber: 6.3 Consensus size: 199
388 AGCACAAAAG
** * * * * *
398 CTTCTTAACATGCTTATGAAATCCAAAATTTACACTGATAGTATATTATATAAT-ATCCTATAAG
1 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAG
* * * * * *
462 AAAAATTATATATTACACCGTTAGTGGAGTTTAACAGACTACACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGTC
66 AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGAC
* *
527 ATGTATCCCCTTAGGGAATATGTACTAATATTAAATATTTACTAATTAATTATGAAATGGGGTAT
131 ATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA-TT--TAATTAATTATGAAATGGGGTAT
592 GTGTCAA
193 GTGTCAA
* * *
599 CTTCTTAACCCGCTTATTGAGTCCAAAATTTACACTAACAGTGTATTGTATAATAATCCAATAAG
1 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAG
** * **
664 AAAAATTATACAATAC-CCGTCAGAAGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGGTTTAAGGGTTCTC
66 AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGAC
*
728 ATGTGTCCCATTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAATGGGGTATGT
131 ATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATG-AAATGGGGTATGT
793 GTCAA
195 GTCAA
* *
798 CTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATTATAATCCTATAAG
1 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAG
** * * ** *
863 AAAAATCGTACAATGCACCGTCAATGGAGTTTAGCAGACTGCACAAGCGGGGTTTAAGGGTTTAC
66 AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGAC
928 ATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATGGGGTATGTG
131 ATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTG
989 TCAA
196 TCAA
* ** * * * * * *
993 CTTCTTAA--CG-GTAT--ATGT-CAACTTCTTAACCCGCTTAAGGAGTCTAAAATT-TACACTA
1 CTTCTTAACCCGCTTATGGA-GTCCAAAAT-TT-A--CAC-TGA-CAGTGT---ATTGTATAATA
*** * * *
1051 AAAGTCTAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGGGCGGGGTTT
56 ATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGG---
* *
1116 AACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTATGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTA
118 ---TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTA
1177 TGAAATGGGGTATGTGTCAA
180 TGAAATGGGGTATGTGTCAA
* * *
1197 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACTGTGTAGTATTATATAATAATTCTAT
1 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGAC--AGT-GTATTGTATAATAATCCTAT
*
1262 AAGAAAAATTATACAATAC-CCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGATTTAAGGGT
63 AAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGG-TTTAAGGGT
* * ** *
1326 TGACATGTGTACTCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTA
127 TGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTA
1391 TGTGTCAA
192 TGTGTCAA
* * *
1399 CTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTAC-CATAACAGTGTATTGTATAATAATCCCTATA
1 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAC-TGACAGTGTATTGTATAATAAT-CCTATA
**
1463 A-AAAAGATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCATGGTTTAAGGGTT
64 AGAAAA-ATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTT
1527 GACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATG-AA------AT
128 GACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTAT
1585 GTGTCAA
193 GTGTCAA
* *
1592 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGATAGTGTATTGTATAATAATCCT
1 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCT
1652 TACTATAAAG
Statistics
Matches: 912, Mismatches: 103, Indels: 85
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
190 5 0.01
191 4 0.00
192 7 0.01
193 62 0.07
194 2 0.00
195 28 0.03
196 13 0.01
198 114 0.12
199 115 0.13
200 159 0.17
201 153 0.17
202 83 0.09
203 35 0.04
204 112 0.12
205 4 0.00
206 3 0.00
207 4 0.00
208 4 0.00
209 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (199 bp):
CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAG
AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGAC
ATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTG
TCAA
Found at i:1011 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 981--1022 Score: 75
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
971 TATGAAATGG
*
981 GGTATGTGTCAACTTCTTAAC
1 GGTATATGTCAACTTCTTAAC
1002 GGTATATGTCAACTTCTTAAC
1 GGTATATGTCAACTTCTTAAC
1023 CCGCTTAAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
GGTATATGTCAACTTCTTAAC
Done.