Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005477.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05495, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Alignment explanation
Indices: 1--4128 Score: 5306
Period size: 680 Copynumber: 6.1 Consensus size: 659
* *
1 TCATAAAAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACGTTTCACGCTTTTAAATATCGCT
1 TCATAAAAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGTT
66 TTTCATATTTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAAC
66 TTTCATA-TTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAAC
131 AAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGA-TTCTTG
130 AAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGAGTT-TTG
* * * *
195 GCACAAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGTTCCCGGAACGCTTTTTTTTTTTTTCCAAAAACGCA
194 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGTTCCCGGAACGC------TTTTTTT------GC-CA
* * **
260 AAAACTGTGATGATTATTGCACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCTAAAAGATATTT
246 AAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCTGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTT
* * *
325 CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCGT-AAAAATATTTAATTTAATGCCAAAAATATTGAAGGGCT
311 -C-C----TTTGGCTAAAATACTCGTAAAAAATATTTAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCT
* *
389 TTTAACATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTGCG--ATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
370 TTTGACATTTCTAATATCCTTTTTCCTATTTTTGCGTTATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
*
452 GATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTCTTAGATGAATAT
435 GATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATAT
*
517 AGATACTTCAGGAAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCATT
500 AGATACTTCAAGAAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCATT
*
582 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGCCCCG
565 TTTAGCCAAAAACTGTGAT-G-GTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCG
*
647 AAAAATGTTTCCTCAATTTTTAGATAAAATAA
628 AAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAA
* * * *
679 TCATAAAAATATATATGATTTAACACAAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCAT
1 TCATAAAAA-ATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGT
*
744 TTTTCATATTTTTTCAGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAAC
65 TTTTCATATTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAAC
* * * *
809 AAATTCATAAATACAATGTGGCTAAGATTATATTAGATTTGTATGGATATCTTAAGAAGTTTTGG
130 AAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGAGTTTTGG
*
874 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGTTCCCGGAACGCTTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATTA
195 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGTTCCCGGAACGC-TTTTTTTGCCAAAAACTGTGATGA
*
939 TTATTACACGATTTCTGCTAAAATTTTGTAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCC-TTGGCTAAAA
259 TTATTACACGATTTCTGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTTTGGCTAAAA
1003 TACTCGTAAAAAATATTTAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAATATCC
324 TACTCGTAAAAAATATTTAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAATATCC
1068 TTTTTCCTATTTTTGCGATTTAATTTATAATTAAATTGAAACAAGACTCTAATTAAATCGAAACA
389 TTTTTCCTATTTTTGCG-------TTAT--TT-AATT----------TCTAATTAAATCGAAACA
*
1133 AGATTTAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTGTT-TTAGATGAAT
434 AGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATT-TTATTAGATGAAT
*
1197 ATAGATACTTCAAGAAGTCTCGGCACCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCA
498 ATAGATACTTCAAGAAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCA
* *
1262 TTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGCCCCG
563 TTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCG
*
1327 AAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATAA
628 AAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAA
*
1359 TCATAAAAATATATATAATTTAACACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGT
1 TCATAAAAA-ATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGT
* * * *
1424 TTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTATAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATTCTCGTAGAAAC
65 TTTTCATATTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAAC
* * * *
1489 AAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT-TGCTT--ATGTATATGGATATCTTAAGGAGTCTTG
130 AAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTAT-ATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGAGTTTTG
* * * ** * * *
1551 GTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTAGGGT-CCATAACGCTTTTTTAGCAAAAAACTTTGATG
194 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-GGTTCCCGGAACGCTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATG
* *
1615 ATAATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTTAATTTTTG
258 ATTATTACACGATTTCTGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCC------TTTG
* * * * *
1680 GCTAAAACACTCGTAAAAAATTATTTAATTCAGA-GCAAAAAAGATTGAAGGGTTTTTGACGTTT
317 GCTAAAATACTCGTAAAAAA-TATTTAATT-AAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTT
** *
1744 CTAATATTGTTTTTCCTATTTTT--GTGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATG
380 CTAATATCCTTTTTCCTATTTTTGCGTTATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATG
* *
1807 CTCGTAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATAGAGATACTTCA
445 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATACTTCA
* * *
1872 AGAAGTCTCGGTGCCAAAAATCATTGAAAACTGAGCCATGGCTCCGAAATGCATTTTTAGCCAAA
510 AGAAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCATTTTTAGCCAAA
* *
1937 AACTATGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAAATGTTTCC
575 AACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATGTTTCC
*
2002 TCAATTTTTGGATACAATAA
640 TCAATTTTTGGATAAAATAA
* * * * *
2022 TTATTAGAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGCAGGACTTTACACGCTTTTAAATATCGTT
1 TCATAAAAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGTT
*
2087 TTTCATATTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGAAGAAACA
66 TTTCATATTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAACA
2152 AATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGAGTTTTGGC
131 AATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGAGTTTTGGC
* * *
2217 GCCAAAAATCATACAAAACTGATCTGGTTTCCCGGAACGCTTTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATT
196 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGG-TTCCCGGAACGC--TTTTTTTGCCAAAAACTGTGATG
* * *
2282 ATTATTACACAATTTCCGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTTATCAATTATTG
258 ATTATTACACGATTTCTGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATA--TT-TC--CT-TTG
*
2347 GCTAAAATACTCGTAAAAAATATTTAATTAAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTGACATTTCT
317 GCTAAAATACTCGTAAAAAATATTTAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCT
*
2412 AATATCC-TTTTCCTATTTTTGCGATTTAATTTCTAATTAAATTTAAACAAGACTGTAAATAAAT
382 AATATCCTTTTTCCTATTTTTGCG--TT-A----T--TT-AATTT--------C--TAATTAAAT
*
2476 CGAAACAA-ATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAG
427 CGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAG
* * * * *
2540 ATGAATAGAGATACTTTAAGAAGTCTCGGCGCCAAAAATTATTGAAAACTGAGTCAGGGCTCCGA
492 ATGAATATAGATACTTCAAGAAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGA
* * *
2605 AATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGG-T--T--ACGAGTTTCGTTAAAATTTTAC-AAAAAT
557 AATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAAT
*
2664 GACCCAAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAA
622 GACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAA
* * * *
2702 TTATTAAAAAA-ATATTATTTAACACCAAAAAGATTGCAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGC
1 TCA-TAAAAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGT
*
2766 TTTTCATATTTTTTTTTGAACTAATTTATAATT--A--GAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAA
65 TTTTCATA-TTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAA
*
2827 CAAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGAGTTTTA
129 CAAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGAGTTTTG
*
2892 GCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGCTGGTTCCCGGAACGCTTTTTTTGCCAAAAAACTGTGAT-
194 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGTTCCCGGAACGCTTTTTTTGCC-AAAAACTGTGATG
*
2956 ATTTATTACACGATTT-TGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCTGAAAGATATTAT-C-TTGGCT
258 A-TTATTACACGATTTCT-GCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATT-TCCTTTGGCT
* *
3018 AAAATAATCGTAAAAAATATTTAATTAAACGCCCAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAAT
320 AAAATACTCGTAAAAAATATTTAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAAT
3083 ATCCTTTTTCCTATTTTTGCGATTTAATTTATAATTAAATTGAAACAAGACTCTAATTAAATCGA
385 ATCCTTTTTCCTATTTTTGCG-------TTAT--TT-AATT----------TCTAATTAAATCGA
* * * * *
3148 ACCAA-ATTTTGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTATCAGATTATT-TTAGAT
430 AACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATT-TTATTAGAT
* * * * * *
3211 GAATATAGTTACTTCAAGAAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCTCCGAAA
494 GAATATAGATACTTCAAGAAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAA
* * *
3276 TGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAATACATGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAAATG
559 TGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGC-AAAAAATG
*
3341 ATCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAA
623 ACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAA
* * *
3378 TCAT-AAAAATATATAATTTAACATCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATTGTT
1 TCATAAAAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGTT
* *
3442 TTTCATA-TTTTTCTGAA-TAATTTATAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAGAAACA
66 TTTCATATTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAACA
* * * * * *
3505 AATTATTAAATCCAATGTAGCTGAGATT-TGCTT--ATGTATATGGATATCTTAAGGAGTCTTGG
131 AATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTAT-ATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGAGTTTTGG
* * * * * * *
3567 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGATAGG-GCCCAGAACGCTTTTTTAGCAAAAAAACTTTGATG
195 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCT-GGTTCCCGGAACGCTTTTTTTGC-CAAAAACTGTGATG
* *
3631 ATAATTACATGATTT-TGGCTAAAATTTTGT-AAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTTAATTTTT
258 ATTATTACACGATTTCT-GCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCC------TTT
* * * *
3694 GGCTAATACACTCGTAAAAAATTATTTAATTCAAA-GCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACGTT
316 GGCTAAAATACTCGTAAAAAA-TATTTAATT-AAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATT
* ** * *
3758 TCTAGTATTGTTTTTCCTATTTTT--GTGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACGAGATTTAGAT
379 TCTAATATCCTTTTTCCTATTTTTGCGTTATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGAT
* *
3821 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAACGTGTCTAAGATTATATTAGATGAATATAGATACTTC
444 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATACTTC
* *
3886 AAGAAGTCTCGGCGCCAAAAATCATTGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCAATTTTAGCCAA
509 AAGAAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCATTTTTAGCCAA
* * * * *
3951 AAACTATGAT-GTAACGTACACGCTTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATAACCCGAAAAAAGTTT
574 AAACTGTGATGGTTA-GTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATGTTT
** *
4015 CCTCAATTTTTGCTTAAAATAT
638 CCTCAATTTTTGGATAAAATAA
* * * **
4037 TCATAAAATATAAATAATCTAACGTCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGTT
1 TCATAAAAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGTT
4102 TTTCATATTTTTTCT-AACTAATTTATA
66 TTTCATATTTTTTCTGAACTAATTTATA
4129 GATATATTTA
Statistics
Matches: 3080, Mismatches: 242, Indels: 273
0.86 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
659 81 0.03
660 285 0.09
661 16 0.01
662 144 0.05
663 237 0.08
664 51 0.02
665 23 0.01
666 104 0.03
667 90 0.03
668 72 0.02
669 184 0.06
670 8 0.00
671 3 0.00
672 21 0.01
673 47 0.02
674 146 0.05
675 117 0.04
676 115 0.04
677 194 0.06
678 216 0.07
679 66 0.02
680 346 0.11
681 104 0.03
682 165 0.05
683 4 0.00
684 22 0.01
685 59 0.02
686 144 0.05
687 16 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (659 bp):
TCATAAAAAATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGTT
TTTCATATTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAACA
AATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATGGATATCTTAAGGAGTTTTGGC
GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGTTCCCGGAACGCTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATGATT
ATTACACGATTTCTGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTTTGGCTAAAATA
CTCGTAAAAAATATTTAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAATATCCTT
TTTCCTATTTTTGCGTTATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAC
AAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATACTTCAAGAAGTCTCGG
CGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGG
TTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGG
ATAAAATAA
Found at i:1887 original size:331 final size:328
Alignment explanation
Indices: 4--4113 Score: 3051
Period size: 331 Copynumber: 12.2 Consensus size: 328
1 TCA
* * * * *
4 TAAAAAATATATAATTTAA-CACCAAAAAGATTGGAGGACGTTTCACGCTTT-TAAATATCGCTT
1 TAAAAAATATTTAATTTAAGCA--AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG-TTTCT-AATATCGTTT
* * ** * * *
67 TTCATATTTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAACA
62 TTCCTA--TTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * * ** * *
132 AATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATG-GATATCTTAAGGATTCTTGG
125 AATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATA-GAGATA-CTTAAGAAGTCTTGG
* * * * * * * * *
196 CACAAAAAATCATGCAAAATTGAG-CTGGTTCCCGGAACGCTTTTTTTTTTTTTCCAAAAACGCA
188 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGT-CCGAAATGC-------ATTTTT-----AGC-CA
* * **
260 AAAACTGTGATGATTATTGCACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCTAAAAGATATTT
239 AAAACTGTGATGATTATTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTT
*
325 CCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCG
304 CCTCAATTTTTGGCTAAAATAATCG
* * * *
350 T-AAAAATATTTAATTTAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTAACATTTCTAATATCGTTTTTC
1 TAAAAAATATTTAATTTAA-GCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTC
* *
414 CTATTTTTGCGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
65 CTATTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * *
479 TTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTCTTAGATGAATATAGATACTTCAGGAAGTCTCGGCGCCAA
130 TTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATAGAGATACTT-AAGAAGTCTTGGCGCCAA
* * *
544 AAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTGTTAG
194 AAATCATGCAAAACTGAGCCAGGG-TCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G-ATTAT
* * * * * * * *
609 TACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGCCCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTAGATAA
256 TACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAA
*
674 AATAATCA
321 AATAATCG
* * * * * * *
682 TAAAAATATATATGATTTAACACAAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTT-TAAATATCATTT
1 TAAAAA-ATATTTAATTTAA-GCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG-TTTCT-AATATCGTTT
* ** * * *
746 TTCATATTTTT-TCAGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAACA
62 TTCCTATTTTTGT--GATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * * * *
810 AATTCATAAATACAATGTGGCTAAGATTATATTAGATTTGTAT-G-GATATCTTAAGAAGTTTTG
125 AATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGA--TGAATAGAGATA-CTTAAGAAGTCTTG
* * * * * *
873 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CTGGTTCCCGGAACGCTTTTTTTTGCCAAAAACTGTGAT
187 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGT-CCGAAATGC-ATTTTTAGCCAAAAACTGTGAT
* *
937 TATTATTACACGATTTCT-GCTAAAATTTTGTAAAAATTGATCCGAAAGATATTT-C-C-----T
250 GATTATTACACGATTT-TGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTT
*
994 TGGCTAAAATACTCG
314 TGGCTAAAATAATCG
* * * * *
1009 TAAAAAATATTTAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAATATCCTTTTTC
1 TAAAAAATATTTAATTTAA-GCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTC
*
1074 CTATTTTTGCGATTTAATTTATAATTAAATTGAAACAAGACTCTAATTAAATCGAAACAAGATTT
65 CTATTTTT--G---TGA-TT-TAA-T---TT--------A---TAATTAAATCGAAACAAGATTT
* *
1139 AGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTGTT-TTAGATGAATATAGAT
108 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATT-TTATTAGATGAATAGAGAT
* * *
1203 ACTTCAAGAAGTCTCGGCACCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCATTTTTA
172 ACTT-AAGAAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGG-TCCGAAATGCATTTTTA
* * * * * *
1268 GCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGCCCCGAAAAAT
235 GCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGAT
* * *
1333 GTTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATAATCA
300 ATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAATCG
* * * *
1362 TAAAAATATATATAATTTAA-CACCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTT-TAAATATCGTT
1 TAAAAA-ATATTTAATTTAAGCA--AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG-TTTCT-AATATCGTT
* * * * * * *
1425 TTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTATAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATTCTCGTAGAAACA
61 TTTCCTA-TTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * ** * *
1490 AATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGCTT--ATGTATATG-GATATCTTAAGGAGTCTTGG
125 AATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATA-GAGATA-CTTAAGAAGTCTTGG
* ** * * * *
1552 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTAGGGTCC-ATAACGCTTTTTTAGCAAAAAACTTTGATGA
188 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGTCCGA-AATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGA
* * *
1616 TAATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTTAATTTTTGG
252 TTATTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGG
* *
1681 CTAAAACACTCG
317 CTAAAATAATCG
* * * *
1693 TAAAAAATTATTTAATTCAGAGCAAAAAAGATTGAAGGGTTTTTGACGTTTCTAATATTGTTTTT
1 TAAAAAA-TATTTAATTTA-AGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTT
* *
1758 CCTATTTTTGTGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAATAAATC
64 CCTATTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATC
* *
1823 CTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATAGAGATACTTCAAGAAGTCTCGGTGCCA
129 CTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATAGAGATACTT-AAGAAGTCTTGGCGCCA
* * * *
1888 AAAATCATTG-AAAACTGAGCCATGGCTCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAG
193 AAAATCA-TGCAAAACTGAGCCA-GGGTCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAT
* * * * * * * *
1952 TACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAC
256 TACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAA
**
2017 AATAATTA
321 AATAATCG
* * * * * *
2025 TTAGAAATATATAATTTAA-CACCAAAAAGATTGCAGGACTTTACACGCTTT-TAAATATCGTTT
1 TAAAAAATATTTAATTTAAGCA--AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG-TTTCT-AATATCGTTT
* * ** * *
2088 TTCATATTTTTTCTGAACTAATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCG-AAGAAACA
62 TTCCTA-TTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAA-AAACA
* * * * * ** * *
2152 AATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATG-GATATCTTAAGGAGTTTTGG
125 AATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATA-GAGATA-CTTAAGAAGTCTTGG
* * * * * * * *
2216 CGCCAAAAATCATACAAAACTGA-TCTGGTTTCCCGGAACGCTTTTTTTTTGCCAAAAACTGTGA
188 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGG-GT-CCGAAATGC--ATTTTTAGCCAAAAACTGTGA
* * ** ** *
2280 TTATTATTACACAATTTCCGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTTATCAATTAT
249 TGATTATTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTT
*
2345 TGGCTAAAATACTCG
314 TGGCTAAAATAATCG
* * * * * *
2360 TAAAAAATATTTAATTAAACGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAATATC-CTTTTC
1 TAAAAAATATTTAATTTAA-GCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTC
*
2424 CTATTTTTGCGATTTAATTTCTAATTAAATTTAAACAAGACTGTAAATAAATCGAAACAA-ATTT
65 CTATTTTTGTGATTTAA----T--TT--A--T-----A-A---T---TAAATCGAAACAAGATTT
*
2488 TGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATAGAGATA
108 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATAGAGATA
* * *
2553 CTTTAAGAAGTCTCGGCGCCAAAAATTATTG-AAAACTGAGTCAGGGCTCCGAAATGCATTTTTA
173 C-TTAAGAAGTCTTGGCGCCAAAAATCA-TGCAAAACTGAGCCAGGG-TCCGAAATGCATTTTTA
* * * * ** * *
2617 GCCAAAAACTGTGATG---GTT--ACGAGTTTCGTTAAAATTTTACAAAAA-TGACCCAAAAAAT
235 GCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGAT
* * **
2676 GTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAATTAT
300 ATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAA-TCG
* * *
2706 TAAAAAA-ATATT-ATTTAA-CACCAAAAAGATTGCAGGACTTTTCACGCTTT-TAAATATCGCT
1 TAAAAAATAT-TTAATTTAAGCA--AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG-TTTCT-AATATCGTT
* * ** * * *
2767 TTTCATATTTTTTTTTGAACTAATTTATAATT--A--GAAATAAGATTCAGATGCTCGTAGAAAC
61 TTTCCTA--TTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAC
* * * * * ** * * *
2828 AAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTATATTAGATTTATATG-GATATCTTAAGGAGTTTTA
124 AAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATA-GAGATA-CTTAAGAAGTCTTG
* * * * * * *
2892 GCGCCAAAAATCATACAAAACTGAG-CTGGTTCCCGGAACGCTTTTTTTGCCAAAAAACTGTGAT
187 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGT-CCGAAATGCATTTTTAGCC-AAAAACTGTGAT
* *
2956 -ATTTATTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCTGAAAGATA--T--T--A-TCT
250 GA-TTATTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTT
3013 TGGCTAAAATAATCG
314 TGGCTAAAATAATCG
* ** * * *
3028 TAAAAAATATTTAATTAAACGCCCAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAATATCCTTTTTC
1 TAAAAAATATTTAATTTAA-GCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTC
* *
3093 CTATTTTTGCGATTTAATTTATAATTAAATTGAAACAAGACTCTAATTAAATCGAACCAAATTTT
65 CTATTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAG------ATT---T--------A----
* * * * *
3158 GATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTATCAGATTATT-TTAGATGAATATAGTTA
109 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATT-TTATTAGATGAATAGAGATA
* * * *
3222 CTTCAAGAAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCTCCGAAATGCATTTTTAG
173 CTT-AAGAAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGG-TCCGAAATGCATTTTTAG
* * * * * * * * *
3287 TCAAAAACTGTGATGGTTAATACATGATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAAATGATCCGAAAAAT
236 CCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTTGGCTAAAATTTTG-TAAAAATTGACCCGAAAGAT
* * *
3352 GTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAATCA
300 ATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAATCG
* * * * *
3381 T-AAAAATATATAATTTAA-CATCAAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTT-TAAATATTGTTT
1 TAAAAAATATTTAATTTAAGCA--AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG-TTTCT-AATATCGTTT
* * * * * *
3443 TTCATATTTTTCTGA-ATAATTTATAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAGAAACAAA
62 TTCCTATTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAA
** * * ** * * *
3507 TTATTAAATCCAATGTAG-CTGAGATTTGCTT--ATGTATATG-GATATCTTAAGGAGTCTTGGT
127 TCCTTAAATGCAATGT-GTCTAAGATTTTATTAGATGAATA-GAGATA-CTTAAGAAGTCTTGGC
** * * * * *
3568 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGATAGGG-CCCAGAACGCTTTTTTAGCAAAAAAACTTTGATGA
189 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGTCCGA-AATGCATTTTTAGC-CAAAAACTGTGATGA
* * *
3632 TAATTACATGATTTTGGCTAAAATTTTGT-AAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTTAATTTTTGG
252 TTATTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGG
* * *
3696 CTAATACACTCG
317 CTAAAATAATCG
* * * *
3708 TAAAAAATTATTTAATTCAAAGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACGTTTCTAGTATTGTTTTT
1 TAAAAAA-TATTTAATT-TAAGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTT
* *
3773 CCTATTTTTGTGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACGAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATC
64 CCTATTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATC
* * * *
3838 CTTAAATGCAACGTGTCTAAGATTATATTAGATGAATATAGATACTTCAAGAAGTCTCGGCGCCA
129 CTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATAGAGATACTT-AAGAAGTCTTGGCGCCA
* * *
3903 AAAATCATTG-AAAACTGAGCCAGGGCTCCGAAATGCAATTTTAGCCAAAAACTATGATG-TAAC
193 AAAATCA-TGCAAAACTGAGCCAGGG-TCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTA-
* * * * * * *
3966 GTACACGCTTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAAATAACCCGAAA-AAAGTTTCCTCAATTTTT-GCT
255 TTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATA-TTTCCTCAATTTTTGGC-
* *
4029 TAAAATATTCA
318 TAAAATAATCG
* ** * * *
4040 TAAAATATAAATAATCTAACGTC-AAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTT-TAAATATCGTTT
1 TAAAAAATATTTAATTTAA-G-CAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG-TTTCT-AATATCGTTT
*
4103 TTCATATTTTT
62 TTCCTATTTTT
4114 TCTAACTAAT
Statistics
Matches: 2955, Mismatches: 587, Indels: 458
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
320 19 0.01
322 28 0.01
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325 26 0.01
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330 65 0.02
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337 5 0.00
338 6 0.00
339 1 0.00
340 1 0.00
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356 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (328 bp):
TAAAAAATATTTAATTTAAGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCC
TATTTTTGTGATTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
TAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTATTAGATGAATAGAGATACTTAAGAAGTCTTGGCGCCAAAA
ATCATGCAAAACTGAGCCAGGGTCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTATTACAC
GATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAA
TCG
Found at i:5808 original size:329 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4416--7506 Score: 2696
Period size: 332 Copynumber: 9.2 Consensus size: 331
4406 TATTCTGATG
4416 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
1 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
* * * * *
4481 TTAGATGAATATAGATA-CTTTAAAGAGTCTCGACGCCAAAAATTATGGAAACCTGAACCGGGGC
66 TTAGATGAATATAGATATC-TTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGGGC
* *
4545 CCCAAAATGCATTTTTAGCCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCA
130 CCCGAAATGCATTTTTAGCC-AAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGAA
* * * * * * *
4610 GAAAATAACCCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAATCATAAAATATATATAATTGA
194 AAAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATTTAATTCA
** * * ** * * * **
4675 ACTTCAGAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAATATCGTTTTTCATATTTTT-CTAACTAA
259 ACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTAGACG-TTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGCGATTTAA
*
4739 TTTATAATT
323 TTTCTAATT
* * * *
4748 AAATTGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAACAATTTTTTTTTGGTTAAAAAAACAAATTCTTA
1 AAATCGAAACAAGATTTAG--A-T-G------C----------TCG-T--AAAAACAAATCCTTA
* * * * *
4813 AATCCAATGTGGCTGAGATTTTTGATTAG-TTATATACATATATATATATATATATATATCTTAA
43 AATGCAATGTGTCTAAGA-TTTT-ATTAGATGA-AT----------------ATAGATATCTTAA
* * * * * * * * *
4877 GGAGTCTTGGCGCCAGAAATCATGCAAAACTAAG-CTGGGTCCCGGAACGCTTTTTTAGCCAAAA
89 GGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAA
* * * * ** * * * * *
4941 ATTGTGATGATTATTGCTTGATTTTGGTTAAAATTTTGTAAAAATTGACTCGAAAGATATTTCCT
154 ACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGAAAAAAATGACCCGAAAAATGTTTCCT
* * * * *
5006 CACTTTTTGGCTAAAATACT-AGTAAAATATATTTAATTCAACGTCCAAAAAGATTAAAGGGCTT
219 CAATTTTTGGATAAAATACTCA-TAAAAAATATTTAATTCAACG-CCAAAAAGATTGAAGGACTT
* * * * * *
5070 TGGATGTTTCTAATATCATTTGTCCTATTTTTGTGATTTAATTTCTAATT
282 TAGACGTTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGCGATTTAATTTCTAATT
* * **
5120 AAATCGAAACAAGATTTAGATACTTGTAAAATTAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
1 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
* * *
5185 TTAGATGAATACT-GATA-CTTTACGGAGTC-CTGGCACCAAAAATCATGGAAAACTGAGTCGGG
66 TTAGATGAATA-TAGATATC-TTAAGGAGTCTC-GGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGG
*
5247 GCCCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGC
128 GCCCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTG-
* * * * *
5312 AAAAAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAAATTTTGGATAAAATTCTCATAATATATATATAATT
192 AAAAAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATTTAATT
* * * * * * * * * *
5377 TAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCAGGC-TTTTAAAAACCGTTTTTCATATTTTTTCTGAA
257 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGAC-TTT-AGACGTTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGC-GAT
* *
5441 CTAATTTATAA-T
319 TTAATTTCTAATT
** * * * * * *
5453 AATATCGAAAC-A-ATTCCGATGCTCGTAGAAACAAATTCTTAAATACAATGTGCCTGAGATTTG
1 AA-ATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTT
** * * * * **
5516 ATTAGATGTGTATAGATATCTTAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAATGCAAAACTAAGTTGGGG-
65 ATTAGATGAATATAGATATCTTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGGGC
* * * * * * *
5580 CCCGGAATGC-TTTATAGCCAAAAACTGTGATGCTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAA
130 CCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGAAA
* * * * * *
5644 AAATTGACCCGAAAGATGTTTCCTCAGTTTTTGGCTAAAGTACTCGTAAAAAATATTTAATTCAA
195 AAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATTTAATTCAA
* * *
5709 CGCCAAAAATATTGAATGG-CTTTAGACGTTTCCAATATCGCTTTTCCTATTTTTGCGATTTAAT
260 CGCCAAAAAGATTGAA-GGACTTTAGACGTTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGCGATTTAAT
*
5773 TTCTTATT
324 TTCTAATT
5781 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAA--T-TCTAAGATTTTA
1 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
* * * *
5843 TCAGATGAATATAGATA-CTTTAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGGAAAACTGTGTCGGGGC
66 TTAGATGAATATAGATATC-TTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGGGC
* * *
5907 CCGGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTACTACACGA-TTTGGTTAAAATTTTGCAA
130 CCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGAAA
* * * *
5971 AAAATGATCCGAAAAATGTTACCTAAAATTTTGGATAAAATACTCATAAAAAAATATTTAATTCA
195 AAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCAT-AAAAAATATTTAATTCA
* * * * * **
6036 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAATAT--TTTTCCCTATTTTTGCGA-ACAAG
259 ACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTAGACGTTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGCGATTTAA-
*
6098 ATTCTAATT
323 TTTCTAATT
* * *
6107 AATTCGAAACAAGTTTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT-AATGCAATATGTCTAAGATTTTA
1 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
* * * * * *
6171 TCAGATAAATATAGATAGT-TCAAGAAGTCTCGACGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCTGGGGC
66 TTAGATGAATATAGATA-TCTTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGGGC
*
6235 CCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCAA
130 CCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGAAA
* * *
6300 ACAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACCCGT-AAAAATATTTAATTCAA
195 AAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATTTAATTCAA
* * *
6364 CGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTGACGTTTCCAATATCGTTTTTCCTATTTTTGTGATTTAGTT
260 CGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTAGACGTTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGCG----A--T
6429 TCTAATTAAAGCGAAACAAGATTCTAATT
319 T-TAA-T--------------TTCTAATT
*
6458 AAATCGAAACAAGATTTAGACGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
1 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
* * * * * * **
6523 TTAGATGAATACAGAT-GCTTCAAGAAGTCTCCGCACCAAAAATCACGGAAAACTGAGTGGGGGC
66 TTAGATGAATATAGATATCTT-AAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGGGC
*
6587 CCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACAATTTTGGTTAAAATTTTGCAA
130 CCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTG-AA
* * * * * *
6652 AAAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAAATTTTAGATAAAACACTCATAAAATATATATAATTTA
194 AAAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATTTAATTCA
* * * * * * **
6717 ACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCAGGC-TTTTAAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAACT
259 ACGCCAAAAAGATTGAAGGAC-TTT-AGACGTTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGC-GATTT
*
6781 AATTTATAATT
321 AATTTCTAATT
* ** * * * * * **
6792 ATATCGAAAC-A-ATTCCGATGCTCGTAGAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGC
1 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
* * * * **
6855 TTAGATGTATATAGATATCTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATACATGCAAAACTGAGCAAGGG-
66 TTAGATGAATATAGATATCTTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAAT-CATGGAAAACTGAGCCGGGGC
* * * * * * *
6919 CCCGTAACGC-TTTTATAGCGAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCT-GCTAAAATTTTGT
130 CCCGAAATGCATTTT-TAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTT-TGGTTAAAATTTTGA
** * * * * *
6982 AAAATTTGACCCGAAAGATATTTCCTAAATTTTTGGTTAAAATACTCGTAAAAAATATTTAATTC
193 AAAAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATTTAATTC
* ** * ** *
7047 AACGGCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTGACGTTTTTAATATCGTTTTTTCTATTTTTGCGATTTAA
258 AACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTAGACGTTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGCGATTTAA
7112 TTTCTAATT
323 TTTCTAATT
* * * * * * *
7121 AAATTGAAAAAAAAATTTAGGTGCTCGTAAAAACAACTCTTTAAATGCAACGTGTCTAAGATTTT
1 AAATCG-AAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTT
* * *
7186 ATTAGATGAATATAGATA-CTTTAAAGAGTCTCGGCACCAAAAATTATGGAAAACTGAGCCGGGG
65 ATTAGATGAATATAGATATC-TTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGGG
* * * * * * *
7250 CCCCAAAATGCTTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTGAGTACACAATTTTTGTTAAAATTTT-AA
129 CCCCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGAA
* * ** * ** *
7314 ATAAAATGACCCGAAAAATGTTTCGTCAATTTTTTGATAAAATTTTCATAAAATATATAAAATTT
194 A-AAAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATTTAATTC
* * * * * * *
7379 AATGTCAAAAAGATT-AGAGGACTTTTCACAC-TTTTAAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAA
258 AACGCCAAAAAGATTGA-AGGAC-TTT-AGACGTTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGC-GAT
* *
7442 CTAATTTATAATT
319 TTAATTTCTAATT
* * * *
7455 AAA-CTGAAACAAGATTCATATGCTCGT-AAAACAAATTCTTAAATTCAATGTG
1 AAATC-GAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTG
7507 GTTGAGATTT
Statistics
Matches: 2212, Mismatches: 420, Indels: 254
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
325 10 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGTCTAAGATTTTA
TTAGATGAATATAGATATCTTAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGGGCC
CCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGAAAA
AAATGACCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAAAATATTTAATTCAAC
GCCAAAAAGATTGAAGGACTTTAGACGTTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTGCGATTTAATTT
CTAATT
Found at i:6456 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 6428--6473 Score: 83
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
6418 GTGATTTAGT
6428 TTCTAATTAAAGCGAAACAAGA
1 TTCTAATTAAAGCGAAACAAGA
*
6450 TTCTAATTAAATCGAAACAAGA
1 TTCTAATTAAAGCGAAACAAGA
6472 TT
1 TT
6474 TAGACGCTCG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.13, G:0.11, T:0.28
Consensus pattern (22 bp):
TTCTAATTAAAGCGAAACAAGA
Done.