Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01000550.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig00550, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 652

Length: 1088
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.17, T:0.37


Found at i:354 original size:198 final size:198

Alignment explanation


    Indices: 7--537  Score: 732
    Period size: 198  Copynumber: 2.7  Consensus size: 198

          1 TTTAAC

                               *            *           *                    
          7 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATGTGTATTAATATCAAATA--T--TTAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

               *                                 *                          *
         68 AATGGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTA
         66 AATAGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG

                     **     *                *  *        *                   
        133 TATAATAATTTTATAAGAAAAATTATACAATA-GCCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTACACGTGC
        131 TATAATAATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACGTGC

             *  
        197 ATGA
        196 -GGA

                  *                                                          
        201 TTTAAGAGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

                          *  *  *   *   *                                    
        266 AATAGGGTATGTGTCAAATTTTTAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
         66 AATAGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG

                                                                             
        331 TATAATAATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACGTGC
        131 TATAATAATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACGTGC

              *
        396 GGG
        196 GGA

               **            *   **                      **                  
        399 TTTTGGGGTTGACATGTCTCCTTTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGA
          1 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA

                                                   *              * *        
        464 AATAGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTAC-CATAATAGTGTATT
         66 AATAGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACAC-TGACAGTGTATT

                      
        528 GTATAATAAT
        130 GTATAATAAT

        538 TGTAAGACCA


Statistics
Matches: 295,  Mismatches: 36, Indels: 8
        0.87            0.11        0.02

Matches are distributed among these distances:
 194   46  0.16
 196    1  0.00
 197    1  0.00
 198  218  0.74
 199   29  0.10

ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.17, T:0.37


Consensus pattern (198 bp):   
TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
AATAGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
TATAATAATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTACACGTGC
GGA
Done.