Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005511.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05529, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 924
Length: 1540
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Found at i:608 original size:333 final size:334
Alignment explanation
Indices: 1--1540 Score: 2130
Period size: 333 Copynumber: 4.6 Consensus size: 334
* ** *
1 CCGAAAAATATTTTCCTCAATTTTTTTCCACAACACTCATAAAAACTCTATAACTTAACACCAAA
1 CCGAAAAATATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATTTAACACCAAA
* *
66 AATATTGAAGAGTTTTTACACGCTTCAAATATCG-TTTTCTTATTTTTTCTGAATTAAGTTTTAA
66 AATATTGAAGAGTTTTT-CACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTTTAA
* * *
130 TTAAATCAAAATAAGATTCAGAAGCTCGTAAATAGAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTT
130 TTAAATCAAAATAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGAATT
* * * * ** *
195 AGTTAGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTTTCGGTGCCAAAAATAATGAAAAATTGAGTTGGAA
195 GGTTAGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATAATGCAAAATTGAGCAGGGA
* * * *
260 CCCTGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGATTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTAC
260 CCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGC
*
324 AAAAATTGAA
325 AAAAATTGAC
* * * * *
334 TCGAAAAATTTTTTTCCTGAATTTTTGTCCACAACACTCATAAAAAATCTATAATTTAGCACCAA
1 CCGAAAAA-TATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATTTAACACCAA
*
399 AAATGA-TGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTA-TTTTTCTGAATTAGTTTTTA
65 AAAT-ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTTTA
* * * *
462 ATTAAATGAAAATAAGATTTAGAAGATCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATATGACTGAGAAT
129 ATTAAATCAAAATAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGAAT
* * * * * * * *
527 TGGTTATATGAATATTGATAATTGAAGGTGTCTCGGCGTCAAAAATAATGCAAAATTGGGCCGGG
194 TGGTTAGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATAATGCAAAATTGAGCAGGG
* * *
592 TCCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATTATTTCGGCTAAAATTTTG
259 ACCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTG
657 CAAAAATTGAC
324 CAAAAATTGAC
* * *
668 CCGAAAAATACTTTCCTGAATTTTTGGCCAAAACACTCATAAAAACTATATAATTTAACACCAAA
1 CCGAAAAATATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATTTAACACCAAA
* * * *
733 AATATTTAAAAGTTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTTTTAAT
66 AATATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTTTAAT
* *
798 TAAATCAAAATAAGATTCAAAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAG-ATTC
131 TAAATCAAAATAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGAATT-
** * * * *
862 ACTTCGATAAATATAGATAA-TCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTTAGGG
195 GGTTAGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATAATGCAAAATTGAG-CAGGG
* * * * ** *
926 CCCCCGAAACGCGTTTTTAGCC-CAAAACCATGATGGTTAGTACATGATTTCGATTGAAATTTTG
259 ACCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTG
990 CAAAAATTGAC
324 CAAAAATTGAC
* *
1001 TCGAAAAATATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATACAAAA-TCTATAATTTAGCACCAA
1 CCGAAAAATATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATA-AAAACTCTATAATTTAACACCAA
*
1065 AAATATTGAAGAG-TTTTCATGCTTCTAATATCG-TTTTCTTATTTTTTCTAGAATTAATTTTTA
65 AAATATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCT-GAATTAATTTTTA
* * *
1128 ATTAAATGAAAATAAGATTCAGAAGATCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACCGAGAAT
129 ATTAAATCAAAATAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGAAT
* * * * * * * * *
1193 AGGTTGGATGAATATAGATATTTCAGGGATTCTTGGCGCGAAAAATCATGCAAAATTGAGCAGGG
194 TGGTTAGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATAATGCAAAATTGAGCAGGG
* *
1258 ACCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTG
259 ACCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTG
1323 CAAAAATTGAC
324 CAAAAATTGAC
* * *
1334 CCGAAGAAT-TTTTCCTAAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATATAACACCAAA
1 CCGAAAAATATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATTTAACACCAAA
* *
1398 AATATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTTTTAAT
66 AATATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTTTAAT
* * *
1463 TAAATCAAAATAAGATTCAAAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGATATTTG
131 TAAATCAAAATAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGAATTG
*
1528 GTTCGATAAATAT
196 GTTAGATAAATAT
Statistics
Matches: 1057, Mismatches: 134, Indels: 32
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
331 19 0.02
332 186 0.18
333 594 0.56
334 257 0.24
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (334 bp):
CCGAAAAATATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATTTAACACCAAA
AATATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTTTAAT
TAAATCAAAATAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGAATTG
GTTAGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATAATGCAAAATTGAGCAGGGAC
CCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
AAAATTGAC
Found at i:1295 original size:666 final size:667
Alignment explanation
Indices: 1--1540 Score: 2396
Period size: 666 Copynumber: 2.3 Consensus size: 667
* ** *
1 CCGAAAAATATTTTCCTCAATTTTTTTCCACAACACTCATAAAAACTCTATAACTTAACACCAAA
1 CCGAAAAATATTTTCCTAAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATTTAACACCAAA
* * *
66 AATATTGAAGAGTTTTTACACGCTTCAAATATCG-TTTTCTTATTTTTTCTGAATTAAGTTTTAA
66 AATATTGAAGAGTTTTT-CACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTTTTAA
* * *
130 TTAAATCAAAATAAGATTCAGAAGCTCGTAAATAGAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTT
130 TTAAATCAAAATAAGATTCAAAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTT
* *
195 AGTTAGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTTTCGGTGCCAAAAATAATGAAAAATTGAGTTGGAA
195 AGTTCGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATAATGAAAAATTGAGTTGGAA
* * *
260 CCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTACA
260 CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGATTAGTACATGATTTCGACTAAAATTTTACA
* *
325 AAAATTGAATCGAAAAATTTTTTTCCTGAATTTTTGTCCACAACACTCATAAAAAATCTATAATT
325 AAAATTGAATCGAAAAATTATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATCTATAATT
390 TAGCACCAAAAATGATGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTCTGAATTA
390 TAGCACCAAAAATGATGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTCTGAATTA
* *
455 GTTTTTAATTAAATGAAAATAAGATTTAGAAGATCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATATGAC
455 ATTTTTAATTAAATGAAAATAAGATTCAGAAGATCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATATGAC
* * * * *
520 TGAGAATTGGTTATATGAATATTGATAATTGAAGGTGTCTCGGCGTCAAAAATAATGCAAAATTG
520 CGAGAATAGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGTGTCTCGGCGTCAAAAATAATGCAAAATTG
* * * *
585 GGCCGGGTCCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATTATTTCGGCTAA
585 AGCAGGGACCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
650 AATTTTGCAAAAATTGAC
650 AATTTTGCAAAAATTGAC
* * * *
668 CCGAAAAATACTTTCCTGAATTTTTGGCCAAAACACTCATAAAAACTATATAATTTAACACCAAA
1 CCGAAAAATATTTTCCTAAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATTTAACACCAAA
* * *
733 AATATTTAAAAGTTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTTTTAAT
66 AATATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTTTTAAT
* *
798 TAAATCAAAATAAGATTCAAAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTCA
131 TAAATCAAAATAAGATTCAAAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTA
* * * **
863 CTTCGATAAATATAGATAA-TCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTTAGGGC
196 GTTCGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATAATGAAAAATTGAGTT-GGAA
* * * * *
927 CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCCAAAACCATGATGGTTAGTACATGATTTCGATTGAAATTTTGCA
260 CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGATTAGTACATGATTTCGACTAAAATTTTACA
* *
992 AAAATTGACTCGAAAAA-TATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATACAAAATCTATAATT
325 AAAATTGAATCGAAAAATTATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATCTATAATT
*
1056 TAGCACCAAAAAT-ATTGAAGAG-TTTTCATGCTTCTAATATCG-TTTTCTTATTTTTTCTAGAA
390 TAGCACCAAAAATGA-TGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTA-TTTTTCT-GAA
*
1118 TTAATTTTTAATTAAATGAAAATAAGATTCAGAAGATCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGT
452 TTAATTTTTAATTAAATGAAAATAAGATTCAGAAGATCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATAT
* * * * *
1183 GACCGAGAATAGGTTGGATGAATATAGATATTTCAGGGAT-TCTTGGCG-CGAAAAATCATGCAA
517 GACCGAGAATAGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGG-TGTCTCGGCGTC-AAAAATAATGCAA
*
1246 AATTGAGCAGGGACCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACGTGATGGTTAGTACATGATTTCG
580 AATTGAGCAGGGACCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATGATTTCG
1311 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
645 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
* *
1334 CCGAAGAAT-TTTTCCTAAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATATAACACCAAA
1 CCGAAAAATATTTTCCTAAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATTTAACACCAAA
*
1398 AATATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTTTTAAT
66 AATATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTTTTAAT
* *
1463 TAAATCAAAATAAGATTCAAAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGATATTTG
131 TAAATCAAAATAAGATTCAAAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTA
1528 GTTCGATAAATAT
196 GTTCGATAAATAT
Statistics
Matches: 795, Mismatches: 71, Indels: 16
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
664 8 0.01
665 212 0.27
666 320 0.40
667 255 0.32
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (667 bp):
CCGAAAAATATTTTCCTAAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAACTCTATAATTTAACACCAAA
AATATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTTTTAAT
TAAATCAAAATAAGATTCAAAAGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTA
GTTCGATAAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATAATGAAAAATTGAGTTGGAAC
CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGATTAGTACATGATTTCGACTAAAATTTTACAA
AAATTGAATCGAAAAATTATTTTCCTGAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATCTATAATTT
AGCACCAAAAATGATGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTCTGAATTAA
TTTTTAATTAAATGAAAATAAGATTCAGAAGATCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATATGACC
GAGAATAGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGTGTCTCGGCGTCAAAAATAATGCAAAATTGA
GCAGGGACCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAA
ATTTTGCAAAAATTGAC
Done.