Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005513.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05531, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1902
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Found at i:1332 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 510--1900 Score: 2015
Period size: 331 Copynumber: 4.2 Consensus size: 331
500 ATCTATATTC
*
510 ATATTGGATTTATGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTAGTAATTAAT
1 ATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTAGTAATTAAT
* *
575 TC-GGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCCTGAAAAACCTTTAATTATTCTTAGTGTTGAGT
66 TCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGTTGAGT
* * * * *
639 TATATAGTATTTATGACTACCGTGGCAAAAAATTAAGAAGAACTCATTCATGTCAATTTTGGCAA
131 TATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAACTCATTCAGGTCAATTTTCGCAA
* * * * *
704 AATTTTAGCCGAAATTGTTTACAAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAATCGCGTTCTGAGGTACCA
196 AATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCTGGGGCACCA
* *
769 GATCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGACAACACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
261 GATCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* *
834 AAAGCA
326 TAAGCG
* * * * *
840 ATATTGGAGTTAAT--AATTGATTTTACGAGCCTCTAAATCATGTTACGATTAATTAGTAATTAA
1 ATATTGGA-TTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTAGTAATTAA
* * *
903 TTCGGAAAAAATATGAAAAACGATACTAAAAGAGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGTTGAG
65 TTCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGTTGAG
* **
968 TTGTATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGATTTCATTCAGGTCAATTTTCGCA
130 TTATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAACTCATTCAGGTCAATTTTCGCA
* * ** *
1033 AAATTTTAGCCGAAATTGTATACTAACCATCACAGTTTTTATCCAAAAACGCGTTCTGGGGCCCC
195 AAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCTGGGGCACC
* * * * *
1098 AGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTTATTAAAATATCTATATTCATCAAACCAAAT
260 AGATCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT
1163 CTAAGCG
325 CTAAGCG
* *
1170 ATATTGGATTTATGGATTTATTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTAGTAATTAAC
1 ATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTAGTAATTAAT
* *
1235 TCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAAGCTTTCATTATTTTTAGTGTTGAGT
66 TCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGTTGAGT
* * *
1300 TATATAGTTCTTATGACTACCGTGGTCAAAAATTGAGAAGAATTCAATT-AGGTCAATTTTCGCA
131 TATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAACTC-ATTCAGGTCAATTTTCGCA
* *
1364 AAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCCAAAAACGCGTT-TCGGGGTAC
195 AAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCT-GGGGCAC
* * * *
1428 CAAATCAATTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTTAAATATCCATATTCATCTAACCAAA
259 CAGATCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAA
* *
1493 TCTAGGCC
324 TCTAAGCG
* *
1501 ACT-TTGGATTTAAT-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATAAATTAGTAATTA
1 A-TATTGGATTT-ATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTAGTAATTA
* * * *
1564 ATTCGAGAAAATTATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTTTTACTGTTGA
64 ATTCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGTTGA
* *
1629 TTTATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAACTCATTCATGTCAATTTTCGC
129 GTTATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAACTCATTCAGGTCAATTTTCGC
* * * * * *
1694 AAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCA-TGTTGTTTGTCCAAAAATGCATTCTTGGGCC
194 AAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTT-TTTGGCCAAAAACGCGTTCTGGGGCA
* * * * *
1758 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCATGGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
258 CCAGATCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
1823 ATCTAAGCG
323 ATCTAAGCG
*
1832 ATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATATTTCGATTAATTAGTAATTAAT
1 ATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTAGTAATTAAT
1897 TCGG
66 TCGG
1901 AA
Statistics
Matches: 943, Mismatches: 105, Indels: 25
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
329 52 0.06
330 258 0.27
331 626 0.66
332 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
ATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTAGTAATTAAT
TCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGTTGAGT
TATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAACTCATTCAGGTCAATTTTCGCAA
AATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCTGGGGCACCA
GATCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
TAAGCG
Found at i:1839 original size:662 final size:659
Alignment explanation
Indices: 1--1900 Score: 2767
Period size: 641 Copynumber: 2.9 Consensus size: 659
*
1 ATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAATAATTCATTCATGTCAATTTTCGCAAAAT
1 ATAG-TTTTATGACTACCGTGG-CAAAAATTGAGAAGAATTCATTCATGTCAATTTTCGCAAAAT
* * * *
66 TTTAGCCGAAATTATGTACTAACCATCACGGTTTTTGTCCAAAAACGCGTTCTGGGG--CTCGGC
64 TTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCTGGGGTAC-CAGA
*
129 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCAA
128 TCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCAA
* * *
194 AGCAATATTGGAGTT-ATGTATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCAAGTTTCGATGAATTAGAAA
193 AGCAATATTGGAGTTAATG-ATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATAAATTAGTAA
* *
258 TTAATTCGGGAAAATTATGAAAAACGATTCTAGAAGCGTGAAAAACATTTCATTATTCTTAGTGT
257 TTAATTC-GGAAAATTATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGT
*
323 TGAGTTATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAATAATTCATTCAGGTCAATTTT
321 TGAGTTATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAATTCATTCAGGTCAATTTT
* * * *
388 CGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGTGTTCCGGGG
386 CGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGTCCAAAAACGCGTTCTGGGG
** * * * *
453 TACCAGATCAGTTTTGCATAATTGTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATC-----T-A--T----
451 CCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACC
*
506 --AT-T---C-ATATTGGATTTATGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAAT
516 AAATCTAAGCGATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAAT
564 TAGTAATTAATTC-GGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCCTGAAAAACCTTTAATTATTCT
581 TAGTAATTAATTCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCCTGAAAAACCTTTAATTATTCT
628 TAGTGTTGAGTTAT
646 TAGTGTTGAGTTAT
* * *
642 ATAGTATTTATGACTACCGTGGCAAAAAATTAAGAAGAACTCATTCATGTCAATTTTGGCAAAAT
1 ATAGT-TTTATGACTACCGTGGC-AAAAATTGAGAAGAATTCATTCATGTCAATTTTCGCAAAAT
* * * *
707 TTTAGCCGAAATTGTTTACAAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAATCGCGTTCTGAGGTACCAGAT
64 TTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCTGGGGTACCAGAT
* * *
772 CAGTTTTGCATAATTTTTGGCGACAACACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCAAA
129 CAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCAAA
* * * *
837 GCAATATTGGAGTTAAT-AATTGATTTTACGAGCCTCTAAATCATGTTACGATTAATTAGTAATT
194 GCAATATTGGAGTTAATGATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATAAATTAGTAATT
* * *
901 AATTCGGAAAAAATATGAAAAACGATACTAAAAGAGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGTTG
259 AATTCGG-AAAATTATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGTTG
* *
966 AGTTGTATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGATTTCATTCAGGTCAATTTTCG
323 AGTTATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAATTCATTCAGGTCAATTTTCG
* *
1031 CAAAATTTTAGCCGAAATTGTATACTAACCATCACAGTTTTTATCCAAAAACGCGTTCTGGGGCC
388 CAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGTCCAAAAACGCGTTCTGGGGCC
* * *
1096 CCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTTATTAAAATATCTATATTCATCAAACCAA
453 CCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
*
1161 ATCTAAGCGATATTGGATTTATGGATTTATTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTA
518 ATCTAAGCGATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTA
* * * * *
1226 GTAATTAACTCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAAGCTTTCATTATTTTTA
583 GTAATTAATTCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCCTGAAAAACCTTTAATTATTCTTA
1291 GTGTTGAGTTAT
648 GTGTTGAGTTAT
*
1303 ATAGTTCTTATGACTACCGTGGTCAAAAATTGAGAAGAATTCAATT-AGGTCAATTTTCGCAAAA
1 ATAGTT-TTATGACTACCGTGG-CAAAAATTGAGAAGAATTC-ATTCATGTCAATTTTCGCAAAA
* *
1367 TTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTCGGCCAAAAACGCGTT-TCGGGGTACCAA
63 TTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCT-GGGGTACCAG
* * * *
1431 ATCAATTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTTAAATATCCATATTCATCTAACCAAATCT
127 ATCAGTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCA
* * * * *
1496 AGGCCACT-TTGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATAAATTAGTA
192 AAG-CAATATTGGAGTTAATGATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATAAATTAGTA
* *
1560 ATTAATTCGAGAAAATTATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTTTTACTG
256 ATTAATTCG-GAAAATTATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTG
* * *
1625 TTGATTTATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAACTCATTCATGTCAATTT
320 TTGAGTTATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAATTCATTCAGGTCAATTT
* * * *
1690 TCGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCA-TGTTGTTTGTCCAAAAATGCATTCTTG
385 TCGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACAGTT-TTTGTCCAAAAACGCGTTCTGG
* * *
1754 GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCATGGAAATATCTATATTCATCTAA
449 GGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAA
*
1819 CCAAATCTAAGCGATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATATTTCGATTA
514 CCAAATCTAAGCGATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTA
1884 ATTAGTAATTAATTCGG
579 ATTAGTAATTAATTCGG
1901 AA
Statistics
Matches: 1123, Mismatches: 102, Indels: 47
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
640 4 0.00
641 367 0.33
642 78 0.07
643 3 0.00
646 1 0.00
647 1 0.00
655 2 0.00
656 1 0.00
659 1 0.00
660 66 0.06
661 243 0.22
662 355 0.32
663 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (659 bp):
ATAGTTTTATGACTACCGTGGCAAAAATTGAGAAGAATTCATTCATGTCAATTTTCGCAAAATTT
TAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCTGGGGTACCAGATCA
GTTTTGCATAATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCAAAGC
AATATTGGAGTTAATGATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATAAATTAGTAATTAA
TTCGGAAAATTATGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCATTATTCTTAGTGTTGAGT
TATATAGTTTTTATGACTACCGTGGCCAAAAATTGAGAAGAATTCATTCAGGTCAATTTTCGCAA
AATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGTCCAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCA
GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
TAAGCGATATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCATGTTTCGATTAATTAGTA
ATTAATTCGGGAAAAATATGAAAAACGATACTAGAAGCCTGAAAAACCTTTAATTATTCTTAGTG
TTGAGTTAT
Done.