Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005532.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05550, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7762
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.18, T:0.32
Found at i:812 original size:213 final size:211
Alignment explanation
Indices: 134--865 Score: 760
Period size: 218 Copynumber: 3.4 Consensus size: 211
124 GAAAGATTTA
* * * *
134 GACATGTGTCAACTCCTCATCCCGCTTGTGGAGTCCAAATTTTACATTGACAGTGTATCAAATAA
1 GACATGTGTCAACTCCACAACCCGCTTGTGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATCAAATAA
* *
199 TTATCCATTAAGTATTAGGGTTTTTAAATTATAGGTAAATTATTTAATACACCGTCAATGGAGTT
66 TTATCCATTAAGTATTTGGG-TTTTAAATTATAGGAAAATTATTTAATACACCGTCAATGGAGTT
* *
264 TAGCAGACTATATATGCGGGTCCTGAATGGTGACATGTGTCCTATAGGGACTAGATTGAAATATT
130 TAGCAGACTACATAT----G---TGAAGGGTGACATGTGTCC-ATAGGGACTAGATTGAAATATT
**
329 TAAAACCTAATTAATTTAAAAAATT
187 TAAAATATAATTAATTTAAAAAATT
* * *
354 GACATGTGTCAACTCCACAACCCGCTTGTGGAGTCCAAAATTTACACTGTCGGTATATCAAATAA
1 GACATGTGTCAACTCCACAACCCGCTTGTGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATCAAATAA
* * * ** * * * * * *
419 TTACCCATTGAGAAAACT--ATATT-AAGTAT-GGAAAATTTTTTAATACACCATCAGTGGAGTT
66 TTATCCATTAAG-TATTTGGGTTTTAAATTATAGGAAAATTATTTAATACACCGTCAATGGAGTT
* * * * * * * *
480 TAGCCA-ACTGCACGTGCAGGTCTAGACGGGAGA-ATGTGTCCCCTAAGGATTAGATTGAAAGAT
130 TAG-CAGACT--ACAT--A--TGT-GAAGGGTGACATGTGT-CCATAGGGACTAGATTGAAATAT
* * *
543 TTAGAATTTATTAATTAATTCAAAAAATG
186 TTA-AA-ATA-TAATTAATTTAAAAAATT
* * * * * *
572 GACACGTGTCAACACCTC-ACGCCGCTTGTGGAGTCGAAATTTTACACTGACAGTGTATCAGATA
1 GACATGTGTCAACTCCACAAC-CCGCTTGTGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATCAAATA
636 ATTATCCATTAAGTATTTGGGTGTTTAAATTATAGGAAAATTATTTAATACACCGTCAATGGAGT
65 ATTATCCATTAAGTATTTGGGT-TTTAAATTATAGGAAAATTATTTAATACACCGTCAATGGAGT
*
701 TTAGTAGACTACATATGTGAAGGGTGACATGTGTCACATAGGGACTAGATTGAAATATTTAAAAT
129 TTAGCAGACTACATATGTGAAGGGTGACATGTGTC-CATAGGGACTAGATTGAAATATTTAAAAT
766 ATAATTAATTTAAAAAATT
193 ATAATTAATTTAAAAAATT
* * *
785 GACATGTGTCAACTCCACAACCCGCTTGTGGAGTCCAAAATTTACACCGTCGGTGTATCAAATAA
1 GACATGTGTCAACTCCACAACCCGCTTGTGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATCAAATAA
* *
850 TTA-CCCTTAATTATTT
66 TTATCCATTAAGTATTT
866 TAGGATCATC
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 78, Indels: 54
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
212 11 0.03
213 72 0.18
214 4 0.01
215 37 0.09
216 73 0.18
217 11 0.03
218 85 0.21
219 1 0.00
220 74 0.18
221 7 0.02
222 36 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (211 bp):
GACATGTGTCAACTCCACAACCCGCTTGTGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATCAAATAA
TTATCCATTAAGTATTTGGGTTTTAAATTATAGGAAAATTATTTAATACACCGTCAATGGAGTTT
AGCAGACTACATATGTGAAGGGTGACATGTGTCCATAGGGACTAGATTGAAATATTTAAAATATA
ATTAATTTAAAAAATT
Done.