Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005547.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05565, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:1000 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--3182 Score: 3925
Period size: 329 Copynumber: 9.6 Consensus size: 330
* * *
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGATTTCGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCCGACTCAGTTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTTT
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66 GCATGATA-TTTTGTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
* * * * * *
130 GTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCTTTTGAATCTTGTTTCGATTTAACTAGAAATTAAATA
130 GTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
* * ** * * * *
195 GGATAAAATAACAAACACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTTAATCTTTTTTTATGTCGAGTT
195 GAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAA--TATTTTTATGTCGAATT
*
260 ATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATAGCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
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*
325 ATTTTAAC
323 ATTTTAGC
* * * * * * *
333 CGAAGTCGTGTACTAACCATCA-GGATTTTTGGCTAATAACGCGTTTCAGGACCCGGCTCAGATT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTT
* * * * * *
397 TGCAAGAT-TTTTGGTGCCAAGAGT-CTTGAAATACCCATATTCATCTAACCAAATGTCAGTCGC
65 TGCATGATATTTT-GTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
* * * * * * *
460 ATTGGATTTAAGTATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTAT-TCTCGATCTAATTAAAAATCAAT
129 AGTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT-TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * * * * * *
524 TCGGAAAAAAAATAGGAAAAA-ATGATATTACAAGCATGAAAAGCACTCCAATCTTTTTAATGTT
193 TC-G-AAAAAAATAGGAAAAACA--ATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATATTTTT-ATGTC
* * * * * *
588 GAAATAAATATTTTTTATGAGTATTTTAGACAAATATTGAGGAAATATCTTACGGGTCAATTTTT
253 GAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTT
*
653 GCAAAATTTTTGC
318 GCAAAATTTTAGC
* * * * *
666 CGAAATCGTGTACTAACCATTACAGTTTTCGGCCAAAAACGCGTTTTGAGGCCCGGGTCAGTTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTTT
* * * *
731 GCATGATATTTTGTGGCAAGAGTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCTAAAG
66 GCATGATATTTTGTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAG
* * * *
796 TGGATTTAAAGATTTGCTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAAATTAATTCG
131 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
* * *
861 AAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTCAAAAGCCCTTAAATATTTTGATGTCGAATTATA
196 AAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATATTTTTATGTCGAATTATA
* * * *
926 TATTTTTTATGAGAATTTTATCCAAAAATTGTGGAAATATCTTAT-GGGTCAATTTTCGCAAAAT
261 TATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTT-TCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
990 TTTAGC
325 TTTAGC
* ** * ** * *
996 CGAAATCGTGTACTATCCATCATGGTTTTCGGCTAAAAACCCGTACCGGAGCCGGGCTCAGTTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTTT
* * * * * *
1061 GCATAATTTTTTGTGCCAAGTGTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAACCACAT
66 GCATGATATTTTGTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAG
* * * *
1126 TGGATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATATAATTAGTAATTAATT-G
131 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
* * * *
1190 GAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGTCCTTCAATCCTTTTTATGTCGAATTAT
196 AAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAAT-ATTTTTATGTCGAATTAT
1255 ATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTTT-GGGTCAATTTTTGCAAAAT
260 ATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
1319 TTTAGC
325 TTTAGC
* * * *
1325 CGAAATCGTGTACTAACCATCACCGTTTTCGGCTAAAAACGCATTTCGGGGTCCC-GCTCAGATC
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG-CCCGGCTCAGTTT
*
1389 TGCATGATATTTTGTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAGCCACA
65 TGCATGATATTTTGTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
* ** * ** * * *
1454 GTGGATTTAAGAATTTGTTTTTATTAGTATCAAAATCTTGTTTCGATATAATTAAAAATTAACTC
130 GTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
*
1519 G--AAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTATTTTTATGTCCAATT
195 GAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAA--TATTTTTATGTCGAATT
* *
1582 ATATA-TTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATCGGGGAAATATCTTTCAGGTCAATTTTTGCAAA
258 ATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
* *
1646 GTTTTAAC
323 ATTTTAGC
* * *
1654 CGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GATTTTTGACTAATAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTT
* * *
1718 TGCAAGAT-TTTTGCTGTCAAGAGT-CTTGAAATATCCT-TATTCATCTAACCAAATGTCAGCCA
65 TGCATGATATTTTG-TGCCAAGAGTCCTTGAAATAT-CTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
* * * * * *
1780 CATTGGATTTAAGTACTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTT-TTCTCGATTTAATTAAAAATCAA
128 CAGTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT-TCGATTTAATTAGAAATTAA
* * * * * * * *
1844 TTCGAAAAAAATTTGGAAAAACGATATTACAAGCATGAAAAGCACTTCAATCTTTTTAATGTTGA
192 TTCGAAAAAAA-TAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATATTTTT-ATGTCGA
* * * * * * * **
1909 ATTAAACAATTTCTATGAGTATTTTAGACAAAAATTGAGGAAATATCTTACATGTCAATTTTTGC
255 ATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGC
1974 AAAACTTTT-GC
320 AAAA-TTTTAGC
* * *
1985 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCTGACTCAGTTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTTT
2050 GCATGA-ATTTTTGTG-CAAGGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT-TCAGCCAC
66 GCATGATA-TTTTGTGCCAA-GAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
* * * *
2112 AGTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCTTTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATT
129 AGTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
* * * * *
2177 AGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAACGTTAACAGCCCTTCAATATTTTTGATGTCAAATT
194 CGAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATATTTTT-ATGTCGAATT
* ** * ** *
2242 ATATATTTTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTTTGGAAATAT-TATCAAGTCAATTTTCGCAAA
258 ATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
2306 ATTTTAGC
323 ATTTTAGC
* * ** * * *
2314 CAAAATCGTGTAATAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGTCCGGCTCAGTTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTTT
* *
2379 GCATAATTTTTTGTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAG
66 GCATGATATTTTGTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAG
* *
2444 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTT
131 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTC
* * * *
2509 G--AAAAATAGGAAAAACAATATCAGAAACGTTAACAGCCCTTCAATATTTTTTATGTCAAATTA
195 GAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATA-TTTTTATGTCGAATTA
* * *
2572 TATACTTTTTTTATGAGTATTTTTGCCAAAAATTGTGGAATTATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
259 TATA--TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
2637 AATTTTAGC
322 AATTTTAGC
* * *
2646 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAATGCGTTTCGGAGCCTGGCTCAGTTTT
1 CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTTT
* * * * *
2711 GCATGATTTTTTATGCCAAGAGTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATAA
66 GCATGATATTTTGTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAG
* * * * * *
2776 TGGATTTAAGGATTTGTTTTAACGAGCAGCTAAATCTTGTTTCGACTTAATTAGCAATAAATTCG
131 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
* * * * *
2841 GAAAAAATAGGAAAAATAATATGAGAAGCGTTAAAAGCCCATCAATAGTTTTGATGTCGAATTAT
196 AAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATA-TTTTTATGTCGAATTAT
* ** * * *
2906 ATATTTTTTATGAATATTTTTTCCAAATATTGGGGAAATATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAAT
260 ATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
*
2971 TTTTGC
325 TTTAGC
*
2977 CGAAATCGTGTACTAACTAGCCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAG
1 CGAAATCGTGTACT-A--A-CCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAG
* ** *
3042 TTTTGCATGAT-TTTTGGTGCCAATAGTCCTTGTTATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGC
62 TTTTGCATGATATTTT-GTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* *
3106 CACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT-GAAATTA
126 CACAGTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
3170 ATTCAGAAAAAAA
191 ATTC-GAAAAAAA
3183 ATAG
Statistics
Matches: 2452, Mismatches: 342, Indels: 109
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
327 2 0.00
328 180 0.07
329 529 0.22
330 473 0.19
331 453 0.18
332 328 0.13
333 211 0.09
334 125 0.05
335 151 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
CGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAGTTTT
GCATGATATTTTGTGCCAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAG
TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
AAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATATTTTTATGTCGAATTATA
TATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGGGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
TTAGC
Done.