Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005553.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05571, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1--760 Score: 1144
Period size: 333 Copynumber: 2.3 Consensus size: 331
* * * * *
1 TTGGTATTGAATTCTATATTTTTTATTAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAATAATATTTCTGGT
1 TTGGCATTGAATTCTATATTTTTTATGAGTATTATGGTAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGT
*
66 CAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACGTTAAATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGA
66 CAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACG-TAAATCACAGTTTTTGGCTAAAATCACGA
** ** *
131 TTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTGTATTCA
130 TTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTAAATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTCAAATATCTGTATTCA
* *
196 TCTAGCAAAATCTCAGCCACATGGGACTTAAGGATTTAATTTTATAAGCCTCAGAATCATGTTTT
195 TCTAGCAAAATATCAGCCACATGGGACTTAAGGATTTAATTTTATAAGCATCAGAATCATGTTTT
*
261 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAACCCATC
260 GATTTAATTAGAAACTAATTCGGAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAACCCATC
*
326 AATCTTT
325 AATCATT
*
333 TTGGCATTGAATTCTAATTTTTTTTATGAGTATTATGGTAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGG
1 TTGGCATTGAATTCT-ATATTTTTTATGAGTATTATGGTAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGG
* *
398 TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAATCAC
65 TCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACGTAA--ATCACAGTTTTTGGCTAAAATCAC
*
462 GATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTAAATGATTTTTGGCACCAAGACTCGTTCAAATATCTGTATT
128 GATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTAAATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTCAAATATCTGTATT
* * * *
527 CATCTTGCAAAATATCAGCCACATGGGATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTT
193 CATCTAGCAAAATATCAGCCACATGGGACTTAAGGATTTAATTTTATAAGCATCAGAATCATGTT
***
592 TTGATTTAATTAGAAACTAATTCGGAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGTCCA
258 TTGATTTAATTAGAAACTAATTCGGAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAACCCA
657 TCAATCATT
323 TCAATCATT
* * * * * * * * *
666 TTGTCATTGAATTATATATTTTTTAAGAGTTTTTTGGCAAAAAATTAAGGAGAAATATTTCGTGC
1 TTGGCATTGAATTCTATATTTTTTATGAGTATTATGGTAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGT
* *
731 CAATTTTCACAAAACTTTAGCCGAAATCGT
66 CAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
761 TGGCACGAAG
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 39, Indels: 6
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
331 3 0.01
332 83 0.22
333 300 0.78
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TTGGCATTGAATTCTATATTTTTTATGAGTATTATGGTAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGT
CAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACGTAAATCACAGTTTTTGGCTAAAATCACGAT
TCGGGGTCCCGACTCAGTTTTAAATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTCAAATATCTGTATTCAT
CTAGCAAAATATCAGCCACATGGGACTTAAGGATTTAATTTTATAAGCATCAGAATCATGTTTTG
ATTTAATTAGAAACTAATTCGGAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAACCCATCA
ATCATT
Found at i:975 original size:265 final size:265
Alignment explanation
Indices: 495--1022 Score: 849
Period size: 265 Copynumber: 2.0 Consensus size: 265
485 TAAATGATTT
**
495 TTGGCACCAAGACTCGTTCAAATATCTGTATTCATCTTGCAAAATATCAGCCACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTCAAATATCTGTATTCATCTAACAAAATATCAGCCACATGGGATTTAA
* * *
560 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAACTAATTCGGAAAAAATA
66 GGATTTCATTTAATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAACTAATTCAGAAAAAATA
* *
625 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGTCCATCAATCATTTTGTCATTGAATTATATATTTTTT
131 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT
* * * *
690 AAGAGTTTTTTGGCAAAAAATTAAGGAGAAATATTTCGTGCCAATTTTCACAAAACTTTAGCCGA
196 AAGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGCCAATTTTCACAAAACTTTAGCCGA
755 AATCG
261 AATCG
* * * *
760 TTGGCACGAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTCAAATATCTGTATTCATCTAACAAAATATCAGCCACATGGGATTTAA
825 GGATTTCATTTAATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAACTAATTCAGAAAAAATA
66 GGATTTCATTTAATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAACTAATTCAGAAAAAATA
* *
890 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTTT
131 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT
* * ** * *
955 ATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTTAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGA
196 AAGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGCCAATTTTCACAAAACTTTAGCCGA
1020 AAT
261 AAT
1023 TGTGTACCAA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 23, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
265 240 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (265 bp):
TTGGCACCAAGACTCGTTCAAATATCTGTATTCATCTAACAAAATATCAGCCACATGGGATTTAA
GGATTTCATTTAATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAACTAATTCAGAAAAAATA
GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT
AAGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGCCAATTTTCACAAAACTTTAGCCGA
AATCG
Found at i:2112 original size:976 final size:978
Alignment explanation
Indices: 760--3578 Score: 4053
Period size: 976 Copynumber: 2.9 Consensus size: 978
750 GCCGAAATCG
*
760 TTGGCACGAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACC-AATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* * *
825 GGATTTCATTTAATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAACTAATTCAGAAAAAATA
65 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
890 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTTT
130 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTTT
*
955 ATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTTAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGA
195 ATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGG-AAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGA
* * * *
1020 AATTGTGTACCAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGTGATTCGAGGTCCCGACTCT-GTTTTG
259 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACT-TAGTTTTG
* * *
1084 CATGATTTTTGGCACCAAAACTCGTTGAAATATCTGTATTCGTCTAACCAAATCGCAGCCAAATG
323 CATGATTTTTGGCACCAAAACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATG
* * *
1149 GGATTTAAGGATTTAATTTTATAAGAATCAAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
388 GGATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
* * *
1214 AAAAATACGATAAATTAGATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATT-T-T
453 AAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTAT
* * *
1277 TTTTTTTATCATTATTTGGCATAAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAGTCAATTTTCGGAAAATTTT
518 TTTTTTTATCAGTATTTGGCAAAAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAGTCAATTTTCGCAAAATTTT
*
1342 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACCGTTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGTCCCCGACTCA
583 AGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACAG-TTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGTCCCCGACTCA
* * * *
1407 GTTTTGCACGATTTTTGCACCAAAACTCGTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCA
646 GTTTTGCATGATTTTTGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCA
* * ** * *
1472 ACATTGGATTTAAGGATCTCATTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAA
711 ACATGGGATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
*
1537 TTCGAAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAATGTGAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGA
776 TTC-AAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGA
* * * *
1602 ATTCT-ATATTTTTTATGAGTATTGTGGTAAAAAAATT-ATG-AAAATATATTTCGGGTCAATTT
840 ATTCTAAT-TTTTTTATCAGTATT-TGG-AAAAAAATTAAGGTAAAA-A-ATTCCGGCTCAATTT
*
1664 TCGCAAAATTTTAG-C-C-G-A-A-ACAG-TTTTGGCTAAAATAGCGATTCGGGGTCACGACTCA
900 TCGCAAAATTTTAGTCACGGAACACACAGTTTTTGGCTAAAATAGCGATTCGGGGCCACGACTCA
1722 GTTTTGCATGATTT
965 GTTTTGCATGATTT
*
1736 TTGGCACCAAGACTCGTCGAAATATCTGTATTCATCTAACCAATCTCAGCCACATGGGATTTAAG
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAATCTCAGCCACATGGGATTTAAG
* * * *
1801 TATTTTATTTTATAAGCATCAGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAG
66 GATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAG
* * * * *
1866 GATAAATGATACTAGAAACGTCAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGTATTGAATTCTATGTTTTTT
131 GATAAATGATATTAGAAACGT-GAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTTT
* * * *
1931 ATTAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAATAGTATTTTGAGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGA
195 ATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAA-AATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGA
*
1996 AATCGTTTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTTAGTTTTGC
259 AATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTTAGTTTTGC
*
2061 ATGATTTTTGGCACCAACACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGG
324 ATGATTTTTGGCACCAAAACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGG
* *
2126 GATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAGA
389 GATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GG
* *
2191 AAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAACCCATCAATCTTGTTGGCATTGAATTCTAA
453 AAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCT-A
* * * * ** *
2256 TTTTTTTTTTCAGTATTTGGCAGAAAATTAAGGTAAAAAATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAGCTC
517 TTTTTTTTATCAGTATTTGGCAAAAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAGTCAATTTTCGCAAAATTT
* * *
2321 TAGACAAAATCGTG---TAACATCCACAGTTTTTGGCTAAAATCGTGATTCGGG-CTCCCGACTC
582 TAGCCGAAATCGTGTACTAACAT-CACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGTC-CCCGACTC
* *
2382 AGTTTTGCATGAATTTTGGCACGAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAG
645 AGTTTTGCATG-ATTTTTGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAG
* *
2447 CCACATGGGATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATT
709 CAACATGGGATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
2512 AATTCAGAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAA-CCCATCAATCTTTTTGGCATT
774 AATTCA-AAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATT
* * * *
2576 GAATTCTAATTTTTTTTTCAGTATTTGGCAGAAAATTAAGGTAAAAAATTCCGGCTCTATTTTCG
838 GAATTCTAATTTTTTTATCAGTATTTGGAAAAAAATTAAGGTAAAAAATTCCGGCTCAATTTTCG
*
2641 CAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTACTAACATCCACAGTTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGC
903 CAAAATTTTAGTC---A-CG-G----AACA--CACAG-TTTTTGGCTAAAATAGCGATTCGGGGC
*
2706 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTT
956 CACGACTCAGTTTTGCATGATTT
* *
2729 TTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTGTATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAAC-CAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* *
2794 GGATCTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAAT
65 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAAAAAT
* * *
2859 AGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGTCCATCAATATTTTTGGCATTGAATTCTTTATTTTT
129 AGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTT
* * * *
2924 TATGAGTTTTGTGGCAAAAAATTAAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACTG
194 TATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAA-GGAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCG
* *
2989 AAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTG
258 AAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTTAGTTTTG
* * * * *
3054 CATGATTTTTGACACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTTATCTAATCAAATCTTAGCCACATG
323 CATGATTTTTGGCACCAAAACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATG
* *
3119 TGATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
388 GGATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
* * * *
3184 AAAAAATAGGATAACTGATACTAGAAACGTCAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGTATTGAATTCT
453 -AAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGT-GAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCT
* * * * *
3249 ATATTTTTTATTAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAATAATATTTCTGA-TCAATTTTCGCAAAA
516 ATTTTTTTTATCAGTATT-TGGCAAAAAATTAAGGAAAAAAATTTC-GAGTCAATTTTCGCAAAA
* *
3313 TTTTAGCCGAAATCGTGTACGTTAA-ATCACAGTTTTTGGCTAAAATCCCAATTCGGGAT-CCCG
579 TTTTAGCCGAAATCGTGTAC--TAACATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGG-TCCCCG
** *
3376 ACTCAGTTTTGTGTGATTTTTCGCACCAAGACTCATTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATC
641 ACTCAGTTTTGCATGATTTTT-GCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATC
*
3441 TCAGCAACATGGGATTTAAGGATTTCATTTAATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
705 TCAGCAACATGGGATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * *
3506 AATTAATTCAGAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAACGTG-AAATGCCCATCAATCATTTTGGC
770 AATTAATTCAAAAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGC
3570 ATTGAATTC
835 ATTGAATTC
Statistics
Matches: 1645, Mismatches: 149, Indels: 77
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
974 33 0.02
975 113 0.07
976 403 0.24
977 211 0.13
978 1 0.00
980 69 0.04
982 1 0.00
987 1 0.00
988 1 0.00
991 4 0.00
993 85 0.05
994 385 0.23
995 112 0.07
996 4 0.00
997 60 0.04
998 157 0.10
999 2 0.00
1000 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (978 bp):
TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAATCTCAGCCACATGGGATTTAAG
GATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAG
GATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTTTA
TGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAA
TCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTTAGTTTTGCAT
GATTTTTGGCACCAAAACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGA
TTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
AATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATTTT
TTTTATCAGTATTTGGCAAAAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGC
CGAAATCGTGTACTAACATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGTCCCCGACTCAGTTTT
GCATGATTTTTGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCAACATG
GGATTTAAGGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAA
AAAAATAGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTA
ATTTTTTTATCAGTATTTGGAAAAAAATTAAGGTAAAAAATTCCGGCTCAATTTTCGCAAAATTT
TAGTCACGGAACACACAGTTTTTGGCTAAAATAGCGATTCGGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGA
TTT
Found at i:3072 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 760--3578 Score: 3937
Period size: 333 Copynumber: 8.6 Consensus size: 331
750 GCCGAAATCG
*
760 TTGGCACGAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* * *
825 GGATTTCATTTAATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAACTAATTCAGAAAAAATA
66 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
*
890 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTTT
131 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTTT
* * * *
955 ATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTTAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGA
196 ATCAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACCGA
* * * * *
1020 AATTGTGTACCAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGTGATTCGAGGTCCCGACTCTGTTTTGC
261 AATCGTGTACTAA-CATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTGC
1085 ATGATTT
325 ATGATTT
* * * *
1092 TTGGCACCAAAACTCGTTGAAATATCTGTATTCGTCTAACCAAATCGCAGCCAAATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* * *
1157 GGATTTAATTTTATAAGAATCAAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAATA
66 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
* * * *
1221 CGATAAATTAGATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATT-T-TTTTTTTT
131 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTTT
* * * * * *
1284 ATCATTATT-TGGCATAAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAGTCAATTTTCGGAAAATTTTAGCCGA
196 ATCAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACCGA
*
1348 AATCGTGTACTAACCATCACCGTTTTTTGGCTAAAATCGCGATTC-GGGTCCCCGACTCAGTTTT
261 AATCGTGTACTAA-CATCACAG-TTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGT-CCCGACTCAGTTTT
*
1412 GCACGATTT
323 GCATGATTT
* * * * *
1421 TT-GCACCAAAACTCGTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* ** * * *
1485 GGATCTCATTTTACGAGCATTAGAATCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATA
66 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
*
1550 GGATAAATGATATTAGAAATGTGAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTT
131 GGATAAATGATATTAGAAACGTG-AAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTT
* * *
1615 TATGAGTATTGTGGTAAAAAAATT-ATGAAAATATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTT-A-
195 TATCAGTATTGTGG-CAAAAAATTAAGGAAAA-ATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAAC
* * *
1677 -G----C-----C-GA-A--ACAG-TTTTGGCTAAAATAGCGATTCGGGGTCACGACTCAGTTTT
258 CGAAATCGTGTACTAACATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTT
1727 GCATGATTT
323 GCATGATTT
*
1736 TTGGCACCAAGACTCGTCGAAATATCTGTATTCATCTAACC-AATCTCAGCCACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* * * *
1800 GTATTTTATTTTATAAGCATCAGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATA
66 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
* * * *
1865 GGATAAATGATACTAGAAACGTCAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGTATTGAATTCTATGTTTTT
131 GGATAAATGATATTAGAAACGT-GAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTT
* * * * * * *
1930 TATTAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAATAGTATTTTGAGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCG
195 TATCAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACCG
* *
1995 AAATCGTTTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTTAGTTTTG
260 AAATCGTGTACTAA-CATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTG
2060 CATGATTT
324 CATGATTT
*
2068 TTGGCACCAACACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* *
2133 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATA
66 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
* * *
2198 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAACCCATCAATCTTGTTGGCATTGAATTCTAATTTTTTT
131 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCT-ATATTTTT
* * ** *
2263 TTTCAGTATT-TGGCAGAAAATTAAGGTAAAAA-ATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAGCTCTAGA-
195 TATCAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGG-AAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTA-AC
* * *
2325 CAAAATCGTG---TAACATCCACAGTTTTTGGCTAAAATCGTGATTCGGGCTCCCGACTCAGTTT
258 CGAAATCGTGTACTAACAT-CACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTT
*
2387 TGCATGAATT
322 TGCATGATTT
*
2397 TTGGCACGAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* *
2462 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
66 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
*
2527 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAACCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTA-ATTTTTT
131 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATA-TTTTT
* * * * * **
2591 TTTCAGTATT-TGGCAGAAAATTAAGGTAAAAA-ATTCCGGCTCTATTTTCGCAAAATTTTAGTC
195 TATCAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGG-AAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACC
* *
2654 AAAATCGTGTACTAACATCCACAGTTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGCCCCGACTCAGTTT
259 GAAATCGTGTACTAACAT-CACAG-TTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTT
2719 TGCATGATTT
322 TGCATGATTT
* *
2729 TTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTGTATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* *
2794 GGATCTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAAT
66 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAAAAAT
* * * *
2859 AGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAATGTCCATCAATATTTTTGGCATTGAATTCTTTATTTTT
130 AGGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTT
* * * *
2924 TATGAGTTTTGTGGCAAAAAATTAAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACTG
195 TATCAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACCG
*
2989 AAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTG
260 AAATCGTGTACTAA-CATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTG
3054 CATGATTT
324 CATGATTT
* * * * *
3062 TTGACACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTTATCTAATCAAATCTTAGCCACATGTGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
*
3127 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
66 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
* * * *
3192 GGATAACTGATACTAGAAACGTCAAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGTATTGAATTCTATATTTTT
131 GGATAAATGATATTAGAAACGT-GAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTT
* * * * * *
3257 TATTAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGAATAATATTTCTGATCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCG
195 TATCAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACCG
* * *
3322 AAATCGTGTACGTTAA-ATCACAGTTTTTGGCTAAAATCCCAATTCGGGATCCCGACTCAGTTTT
260 AAATCGTGTAC--TAACATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTT
**
3386 GTGTGATTT
323 GCATGATTT
* * *
3395 TTCGCACCAAGACTCATTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCAACATGGGATTTAA
1 TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
* *
3460 GGATTTCATTTAATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATA
66 GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
* * *
3524 GGAAAAATGATATTAGAAACGTGAAATGCCCATCAATCATTTTGGCATTGAATTC
131 GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTC
Statistics
Matches: 2212, Mismatches: 225, Indels: 101
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
314 34 0.02
315 196 0.09
316 38 0.02
317 4 0.00
319 1 0.00
321 2 0.00
322 1 0.00
326 1 0.00
327 2 0.00
328 247 0.11
329 320 0.14
330 32 0.01
331 104 0.05
332 500 0.23
333 632 0.29
334 92 0.04
335 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
TTGGCACCAAGACTCGTTGAAATATCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATGGGATTTAA
GGATTTCATTTTATAAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATA
GGATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTATATTTTTT
ATCAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAACCGA
AATCGTGTACTAACATCACAGTTTTTGGCTAAAATCGCGATTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTGCA
TGATTT
Done.