Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005557.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05575, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3216
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Found at i:1986 original size:322 final size:322
Alignment explanation
Indices: 712--3214 Score: 3117
Period size: 322 Copynumber: 7.7 Consensus size: 322
702 TCGATTTAAT
* *
712 GACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAAC-AAGATCTCAGCCAC-ATTGGATTTAAGGATTTGT
1 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAA-ATCTCAGCCACAATT-GATTTAAGGAATTGT
* * * **
775 TTCTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAAATCGGAAAAATTATGAAAAAC
64 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGAAAAAC
* ** ** *
840 AATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTATAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTTATAAGTA
129 GATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA-GAATTTTTATGAGTA
* * * * *
905 -TAGTGGCAAAAAATTAAGAAAAAAATTTCCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGT---T
193 CT-GTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATAC-TAACC
* * * * * *
966 ATAACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCTCGACTCACTTTTGCATGGTTTTTGACATA
256 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACACAGTTTTGCATGGTTTTTGACATA
1031 AA
321 AA
* ** * *
1033 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAATTCTCAGCCGGAATTGATTTAAGGATTTATTT
1 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAGGAATTGTTT
* *
1098 TTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA-AAATTC-GAAAAAAAATGAAAAATGA
66 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGAAAAACGA
* * * * * * *
1161 TATTAGAAGCGTTAAAAATCATGTAATCTTTTAT-GTGTTGAATTATTGATTTTTTATGAGTATT
131 TATTAGAAGCGTGAAAAATCCTGCAATCTTTT-TGGCGTTGAATTATAGAATTTTTATGAGTACT
* * *
1225 GTGGAAAAAAACTGAG-AAAAAATGTTTCGGGT-ATGTTTTTAGCCGAAATCGTCTACTAACCAT
195 GTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAT-TTTCGGGTCA-GTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCAT
* * * * *
1288 CACGATTTTTGGCTAAAAATGCGTTTC-GGTGCCACGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTGATATAA
258 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGG-GCCTCGACACAGTTTTGCATGGTTTTTGACATAA
1352 A
322 A
* * *
1353 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTAAGCCACAATTGA-TTAAAGAATTTCTT
1 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAGGAA-TTGTT
* * *
1417 TTTACGAGCATCTAAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAATATGAAAAAC
65 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGAAAAAAAATGAAAAAC
* * *
1482 GATATCAGAAGCATGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATAG-ATTTTTCATGAGTA
129 GATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAATTTTT-ATGAGTA
* * *
1546 CTATGGCAAAAAATTGAAAAAAAAATTATTACGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGT---
193 CTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATT-TT-CGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATAC-TAAC
* * * *
1608 TATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACTA-AGTTTTCCATGGTTTTTGATA
255 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGAC-ACAGTTTTGCATGGTTTTTGACA
1672 TAAA
319 TAAA
*
1676 GACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCGT-AGCCACAATTGATTTAAGGAATTGTT
1 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATC-TCAGCCACAATTGATTTAAGGAATTGTT
* *
1740 TTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGAAAAACG
65 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGAAAAACG
* * * *
1805 ATATTAGAAGTGCGAAAAATCTTGCAATCTTTTTGGCGTTGCATTATAGAATTTTTATGAGTACT
130 ATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAATTTTTATGAGTACT
* *
1870 GTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCA
195 GTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCA
* ** * *
1935 CGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCCTGGCCTCGACACAATTTTGCATGGTTTTTGACATAAT
260 CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACACAGTTTTGCATGGTTTTTGACATAAA
* *
1998 GACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAAC-AAGATCTCAGCCAC-ATTGAACTTAAGG-ATTGG
1 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAA-ATCTCAGCCACAATTG-ATTTAAGGAATT-G
* * *
2060 TTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGGAAAAAATTTATGAAA
63 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAA--AATGAAA
* * * ** *
2125 AACGATATTAGAAACGTAAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATGTTTTTTTAAGA
126 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA-GAATTTTTATGA
** * * *
2190 AAATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCTGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAA
190 GTACTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAA
* *
2255 CCATCACGGTTTTTGACTAGAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACTA-AGTTTTGCATGGTTTTTGAC
254 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGAC-ACAGTTTTGCATGGTTTTTGAC
2319 ATAAA
318 ATAAA
* * * *
2324 GTCTACTTGAAATATCTATATTTATCCAACTAAATCGT-AGCCACAATTGATTTAAGGAATTGTT
1 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATC-TCAGCCACAATTGATTTAAGGAATTGTT
* * * *
2388 TTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAGATATAAATTCGGGAAAAAAATGAAAAACG
65 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGAAAAACG
* *
2453 ATATTAGAAGTGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAA-ATTTATGAGTACT
130 ATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAATTTTTATGAGTACT
* *
2517 GTGGCAAAAAATTGGGAAAATAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG-AATCATATACTAACCATC
195 GTGGCAAAAAATTGAGAAAA-AAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATC
* * ** * *
2581 ACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCCTGGCCTCGACACAATTTTGCATGGTTTTTGACATAAT
259 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACACAGTTTTGCATGGTTTTTGACATAAA
* *
2645 GACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAAC-AAGATCTCAGCCAC-ATTGAACTTAAGG-ATTGG
1 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAA-ATCTCAGCCACAATTG-ATTTAAGGAATT-G
* * *
2707 TTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAATTTATGAA
63 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAA---ATGAA
* * ** *
2772 AAACGATATTAGAAGCGTAAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATGTTTTTTTAAG
125 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA-GAATTTTTATG
* * * * * * * *
2837 AATATTGCGGCCAAAATTTCAGAAAAAACAAATTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTATACT
189 AGTACTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAA-AATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACT
* * *
2902 AACCATTACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTTTAGGGCCTCGACTA-AGTTTTGCATGGTTTTTG
252 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGAC-ACAGTTTTGCATGGTTTTTG
2966 ACATAAA
316 ACATAAA
* *
2973 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATTAAATCGT-AGCCACAATTGATTTAAGGAATTGTT
1 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATC-TCAGCCACAATTGATTTAAGGAATTGTT
* * *
3037 TTTACAAGCATCTAAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAAATGAAAAAC
65 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGAAAAAAAATGAAAAAC
* * * ** *
3102 GATATTAGAAGTGCGAAAAATCTTGCAATCTTTTTGGCGTTTCATTATAGAA-ATTTATGAGTAC
129 GATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAATTTTTATGAGTAC
*
3166 CGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
194 TGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
3215 TC
Statistics
Matches: 1895, Mismatches: 224, Indels: 124
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
317 9 0.00
318 54 0.03
319 65 0.03
320 187 0.10
321 276 0.15
322 303 0.16
323 259 0.14
324 205 0.11
325 55 0.03
326 267 0.14
327 37 0.02
328 158 0.08
329 20 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (322 bp):
GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCAGCCACAATTGATTTAAGGAATTGTTT
TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGAAAAACGA
TATTAGAAGCGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAATTTTTATGAGTACTG
TGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCAC
GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACACAGTTTTGCATGGTTTTTGACATAAA
Found at i:2459 original size:648 final size:643
Alignment explanation
Indices: 708--3214 Score: 3542
Period size: 648 Copynumber: 3.9 Consensus size: 643
698 CGTTTCGATT
* *
708 TAATGACT-CATTGAAATATCTATATTCATCTAACAAGATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
1 TAATGACTAC-TTGAAATATCTATATTCATCTAACAAGATCTCAGCCACATTGAACTTAAGGATT
* * * * * * *
772 TGTTTCTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAAATCGG-AAAAATTATGAA
65 GGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGGAAAAAATTATGAA
* * ** *
836 AAACAATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTATAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTTATA
130 AAACGATATTAGAAGCGTAAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATGTTTTTTTA-A
* * * * *
901 -AGTATAGTGGCAAAAAATT-AAGAAAAAAATTTCCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACG
194 GAATATTGTGGCAAAAAATTGAAAAAAAAAATTT-CGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACG
* * * * * *
964 TTATAACGGTTTTTTG-CTAAAAACGCATTTCGGGGCCTCGACTCACTTTTGCATGGTTTTTGAC
258 TCATCACGG-TTTTTGACTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACTAAGTTTTGCATGGTTTTTGAC
* * ** *
1028 ATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAATTC-TCAGCCGGAATTGATTTAAGGAT
322 ATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAACTAAATCGT-AGCCACAATTGATTTAAGGAA
* * * *
1092 TTATTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA-AAATTC-GAAAAAAAATGAA
386 TTGTTTTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGAA
* * ** * * * * **
1155 AAATGATATTAGAAGCGTTAAAAATCATGTAATCTTTTAT-GTGTTGAATTATTGATTTTTTATG
451 AAACGATATTAGAAGTGCGAAAAATCTTGCAATCTTTT-TGGCGTTGAATTATAGA-AATTTATG
* * * * *
1219 AGTATTGTGGAAAAAAACTGAG-AAAAAATGTTTCGGGT-ATGTTTTTAGCCGAAATCGTCTACT
514 AGTACTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAT-TTTCGGGTCA-GTTTTTAGCCGAAATCATATACT
* * * * * * *
1282 AACCATCACGATTTTTGGCTAAAAATGCGTTT-CGGTGCCACGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTG
577 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCCTG-GCCTCGACACAATTTTGCATGGTTTTTG
*
1346 ATA
641 ACA
* * * *
1349 TAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAA-ATCTAAGCCACAATTG-A-TTAAAGAA
1 TAATGACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAAC-AAGATCTCAGCCAC-ATTGAACTT-AAGGA
** * * *
1411 TTTCTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAA-TAT
63 TTGGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATT-AGGAAAAAATTAT
* * * ** * *
1475 GAAAAACGATATCAGAAGCATGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATA-GATTTTTC
127 GAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATGTTTTTTT
* * * * * *
1539 ATGAGTACTATGGCAAAAAATTGAAAAAAAAATTATTACGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
192 AAGAATATTGTGGCAAAAAATTGAAAAAAAAA--ATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTAT
* * * *
1604 ACGTTATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACTAAGTTTTCCATGGTTTTTG
255 ACGTCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACTAAGTTTTGCATGGTTTTTG
* * *
1669 ATATAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCGTAGCCACAATTGATTTAAGGA
320 ACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAACTAAATCGTAGCCACAATTGATTTAAGGA
1734 ATTGTTTTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGA
385 ATTGTTTTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGA
* *
1799 AAAACGATATTAGAAGTGCGAAAAATCTTGCAATCTTTTTGGCGTTGCATTATAGAATTTTTATG
450 AAAACGATATTAGAAGTGCGAAAAATCTTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAA-ATTTATG
*
1864 AGTACTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAA
514 AGTACTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATATACTAA
1929 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCCTGGCCTCGACACAATTTTGCATGGTTTTTGACA
579 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCCTGGCCTCGACACAATTTTGCATGGTTTTTGACA
1994 TAATGACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAGATCTCAGCCACATTGAACTTAAGGATTG
1 TAATGACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAGATCTCAGCCACATTGAACTTAAGGATTG
*
2059 GTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGGAAAAAATTTATGAA
66 GTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGGAAAAAA-TTATGAA
*
2124 AAACGATATTAGAAACGTAAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATGTTTTTTTAAG
130 AAACGATATTAGAAGCGTAAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATGTTTTTTTAAG
* *
2189 AAAATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCTGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATAC-T
195 AATATTGTGGCAAAAAATTGA-AAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACGT
*
2253 AACCATCACGGTTTTTGACTAGAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACTAAGTTTTGCATGGTTTTTGA
259 ---CATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACTAAGTTTTGCATGGTTTTTGA
* * *
2318 CATAAAGTCTACTTGAAATATCTATATTTATCCAACTAAATCGTAGCCACAATTGATTTAAGGAA
321 CATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAACTAAATCGTAGCCACAATTGATTTAAGGAA
* *
2383 TTGTTTTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAGATATAAATTCGGGAAAAAAATGAA
386 TTGTTTTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGAA
* *
2448 AAACGATATTAGAAGTGTGAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAAATTTATGAG
451 AAACGATATTAGAAGTGCGAAAAATCTTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAAATTTATGAG
*
2513 TACTGTGGCAAAAAATTGGGAAAATAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG-AATCATATACTAAC
516 TACTGTGGCAAAAAATTGAGAAAA-AAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATATACTAAC
*
2577 CATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCCTGGCCTCGACACAATTTTGCATGGTTTTTGACA
580 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCCTGGCCTCGACACAATTTTGCATGGTTTTTGACA
2641 TAATGACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAGATCTCAGCCACATTGAACTTAAGGATTG
1 TAATGACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAGATCTCAGCCACATTGAACTTAAGGATTG
*
2706 GTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAATTTATGA
66 GTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGG-AAAAAA-TTATGA
2771 AAAACGATATTAGAAGCGTAAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATGTTTTTTTAA
129 AAAACGATATTAGAAGCGTAAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATGTTTTTTTAA
* * * * *
2836 GAATATTGCGGCCAAAATTTCAGAAAAAACAAATTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTATAC
194 GAATATTGTGGCAAAAAATT--GAAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATAC
* *
2901 -TAACCATTACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTTTAGGGCCTCGACTAAGTTTTGCATGGTTTTT
257 GT---CATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACTAAGTTTTGCATGGTTTTT
*
2965 GACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAATTAAATCGTAGCCACAATTGATTTAAGG
319 GACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAACTAAATCGTAGCCACAATTGATTTAAGG
*
3030 AATTGTTTTTACAAGCATCTAAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAAAT
384 AATTGTTTTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGAAAAAAAAT
**
3095 GAAAAACGATATTAGAAGTGCGAAAAATCTTGCAATCTTTTTGGCGTTTCATTATAGAAATTTAT
448 GAAAAACGATATTAGAAGTGCGAAAAATCTTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAAATTTAT
*
3160 GAGTACCGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
513 GAGTACTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
3215 TC
Statistics
Matches: 1693, Mismatches: 137, Indels: 62
0.89 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
640 2 0.00
641 114 0.07
642 76 0.04
643 180 0.11
644 25 0.01
645 262 0.15
646 95 0.06
647 246 0.15
648 358 0.21
649 211 0.12
650 119 0.07
651 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (643 bp):
TAATGACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAGATCTCAGCCACATTGAACTTAAGGATTG
GTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGGAAAAAATTATGAAA
AACGATATTAGAAGCGTAAAAAATCCTGCAATCTTTTTGGCGTCGAATTATATGTTTTTTTAAGA
ATATTGTGGCAAAAAATTGAAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACGTCA
TCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTTCAGGGCCTCGACTAAGTTTTGCATGGTTTTTGACATAA
AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCCAACTAAATCGTAGCCACAATTGATTTAAGGAATTGTT
TTTACAAGCATCTGAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAATGAAAAACG
ATATTAGAAGTGCGAAAAATCTTGCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAGAAATTTATGAGTACTG
TGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATATACTAACCATCAC
GGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCCTGGCCTCGACACAATTTTGCATGGTTTTTGACA
Done.