Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005562.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05580, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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258 TGAAGTGCAT
* * *
268 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCATCAATTTTTGGCCACAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAACCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATAC
*
333 TCAAATAAAATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
66 TCACA-AAAATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
*
398 ATCCTATATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACA
130 ATCC--TATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACA
* * *
463 AATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTATTGGT
193 AATCCTTAAATC-AATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCATCGAGTCTTGGC
* * * *
528 GCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCAGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAACTGTTATGGT
257 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGT
593 TAGTACAC
322 TAGTACAC
* * * *
601 GATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAACCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATAC
* * * * *
666 TCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTGCAGGGCGTTTAACGCTTCTAATATCCTTT
66 TCACAAAA-ATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
* * * *
731 ATCCTATTTCTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAAAGGTCGTAAAAACAAA
130 ATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAA
* * * * *
796 TCCTTAAATACAATGTGTCTGAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATCAAGTCTTGGCGT
195 TCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCATCGAGTCTTGGCGC
* * * * * *
861 CAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCTAAAAACTGTGATGGTTA
259 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
* *
926 TTACAT
324 GTACAC
* * *
932 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAGATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAACCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATAC
* * ** * *
997 TCATAAGAAATATATAATTCAAT-GCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCATTCTGCCAATATCATT
66 TCACAA-AAATATATAATTC-ATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
* * * *
1061 TAT-CTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTCTGATGCTAGTAAAAA
129 TATCCT-A-TTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAA
* *
1125 CAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAAT-GAGTCTT
191 CAAATCCTTAAATC-AATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATA-TTTCATCGAGTCTT
* * * *
1189 AGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCTAAAACTGTGAT
254 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT
1254 GGTTAGTACAC
319 GGTTAGTACAC
* * * *
1265 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTTGCCCACAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAACCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATAC
* *
1330 T-AAAAATATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
66 TCACAAA-A-ATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
* * *
1394 TATCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGCTTGTAAAAACAA
129 TATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAA
* * * *
1459 ATCCTTAAATGCAATGTGCCTAAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAACGAGTATTGGCG
194 ATCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCATCGAGTCTTGGCG
* * * * * * *
1524 CCAAAAATCATTCAAAACTGGGTTGGGATCCCGGAACGCGTGTTTAGCCCAAAACCGTGATGGTT
258 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
1589 AGTACAC
323 AGTACAC
* * * * * *
1596 GATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTTGCCATAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAACCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATAC
* * * *
1661 TCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTTAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCCTTT
66 TCACAAAA-ATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
* *
1726 ATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAA
130 ATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAA
* *
1791 TCCTTAAATACAATGTGCCTGAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATCGAGTCTTGGCGC
195 TCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCATCGAGTCTTGGCGC
* * * * * * *
1856 CAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCATCCTGGAACACGTTTTTCGCTAAAAACTGTGATGGTTA
259 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
* *
1921 ATACAT
324 GTACAC
* * * *
1927 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTG-ACACGAAAGATTATTCCTTAATTTTTAGCCACAATA
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAAC-CGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* * * ** * * *
1991 CTCATAAGAAATATATAATTCAAT-GCCAATAATATTGAAGGGCTTTTCATTCTGCCAACATCAT
65 CTCACAA-AAATATATAATTC-ATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAT
* * * *
2055 TTAT-CTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTCTGATGCTAGTAAAA
128 TTATCCT-A-TTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAA
* * *
2119 ACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAAT-GACTCT
190 ACAAATCCTTAAATC-AATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATA-TTTCATCGAGTCT
* * * * * * *
2183 TAGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTAAGTCGGGACCCTGGAACGCGTTCTTAGCCTAAAACTGTGA
253 TGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGA
2248 TGGTTAGTACAC
318 TGGTTAGTACAC
* * * *
2260 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTTGGCCATAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAACCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATAC
* * *
2325 TAAAATATATATATATATATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
66 -------T-CACA-A-A-A-ATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
* * *
2390 TAATATCATTTATCCTATTTTTTCGGATTAATTTCTAAATATATCGAAACAAGATTCTGATGCTC
119 TAATATCATTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTC
*** * * * * *
2455 GGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTTTTTGACATTTGGTTACATGAATACCGATATTCCAAC
184 -GTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCATC
* * * ** * * *
2519 GAGTCTTAGTGTCAAAAATTTTGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGTACGCCTTTTTAGCCTAAAA
247 GAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
*
2584 CTGTGATGGTTAGTACTC
312 CTGTGATGGTTAGTACAC
* * * * *
2602 GATTTTGCCTAAAATTTTACGAATATTG-ACACGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAAC-CGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* ** * *** *
2666 CTCACAAATAATATATAATTCAAT-ACTGAAAAGATTGAAGGGATTTTCATTTTTCCAATATCAT
65 CTCACAAA-AATATATAATTC-ATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAT
* *
2730 TTATCCTATATTTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAC
128 TTATCC--TATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAA
* * * *
2795 CAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGATATTTGGTTAGATAAATACAGATATTTTAACGAGTCTTG
191 CAAATCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCATCGAGTCTTG
* * * *
2860 GCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGACCTCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAATTGTGATG
255 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATG
*
2925 GTTTGTACAC
320 GTTAGTACAC
* * * * *
2935 GATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAAATTTTT-CTCAATTTTTTGCCATAATA
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAACCG-AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATA
* * * *
2999 CTCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTTAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCCTT
65 CTCACAAAA-ATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
* * *
3064 TATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCATAAAACCAA
129 TATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAA
* * *
3129 ATCCTTAAATACAATGTGCCTAAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATCGAGTCTTGGCG
194 ATCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCATCGAGTCTTGGCG
* * * * * *
3194 CCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCAAAAAACTGTGATGGTT
258 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
*
3259 AGTACAT
323 AGTACAC
3266 GATTTCGGCTAAAATTTTG
1 GATTTCGGCTAAAATTTTG
3285 TGAAGGGCTT
Statistics
Matches: 2294, Mismatches: 340, Indels: 102
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
330 10 0.00
331 1066 0.46
332 52 0.02
333 862 0.38
334 26 0.01
335 1 0.00
340 1 0.00
341 7 0.00
342 207 0.09
343 12 0.01
344 48 0.02
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGAACCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATAC
TCACAAAAATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTA
TCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAAT
CCTTAAATCAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCATCGAGTCTTGGCGCCA
AAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGT
ACAC
Found at i:1533 original size:664 final size:658
Alignment explanation
Indices: 268--3284 Score: 3670
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258 TGAAGTGCAT
* * *
268 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCATCAATTTTTGGCCACAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAA-AATTTTCCTCAATTTTTGGCCATAATAC
*
333 TCA-AATAAAATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
65 TCACAA-AACATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
* *
397 TATCCTATATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAAC
129 TATCC--TATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTAGTAAAAAC
* * * *
462 AAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTATTGG
192 AAATCCTTAAATCAAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAATGAGTCTTGG
* * * * *
527 TGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCAGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAACTGTTATGG
257 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCTAAAACTGTGATGG
* *
592 TTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGA-ACGGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTT
322 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACAC-G-AAAATTTTTCCTCAA-TTTTT
* * * * *
656 GCCACAATACTCACAAAA-CATATATAATTC-ATCGCGAAAAAGATTGCAGGGCGTTTAACGCTT
384 GCCACAATACTCA-AAAATAATATATAATTCAATCGC-CAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTT
* * * * * * *
719 CTAATATCCTTTATCCTATTTCTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAAAGGT
447 CCAATATCATTTATCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCT
* * * * *
784 CGTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGTCTGAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATC
512 CGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAAC
* * * * * **
849 AAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCTAAAAA
576 GAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAA
* *
914 CTGTGATGGTTATTACAT
641 CTGTGATGGTTAGTACAC
* *
932 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAGATTATTCCTCAATTTTTGGCCACAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAAATT-TTCCTCAATTTTTGGCCATAATAC
* * ** * *
997 TCATAAGAA-ATATATAATTCAAT-GCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCATTCTGCCAATATCAT
65 TCACAA-AACATATATAATTC-ATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAT
* * *
1060 TTAT-CTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTCTGATGCTAGTAAAA
128 TTATCCT-A-TTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTAGTAAAA
*
1124 ACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAATGAGTCTT
190 ACAAATCCTTAAATCAAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAATGAGTCTT
* * *
1189 AGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCTAAAACTGTGAT
255 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCTAAAACTGTGAT
* *
1254 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTT
320 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACACGAAA-ATTTTTCCTCAATTTTT
1319 GCCCACAATACT-AAAAATATATATATAATTC-ATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
384 G-CCACAATACTCAAAAATA-ATATATAATTCAATCGCCA-AAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
* *
1382 TCTAATATCATTTATCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGC
446 TCCAATATCATTTATCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGC
* *
1447 TTGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGCCTAAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAA
511 TCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAA
* * ** * *
1512 CGAGTATTGGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGGGTTGGGATCCC-GGAACGCGTGTTTAGCCCAA
575 CGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGA-CCCTGGAACGCGTTTTTAGCCCAA
*
1576 AACCGTGATGGTTAGTACAC
639 AACTGTGATGGTTAGTACAC
* * * * *
1596 GATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTTGCCATAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCG-AAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATAATAC
* * * *
1661 TCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTTAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCCTTT
65 TCACAAAACATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
* * *
1726 ATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAA
130 ATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTAGTAAAAACAAA
* * *
1791 TCCTTAAAT-ACAATGTGCCTGAGATTTTGTTAGATGTATACAGATA-TTTCATCGAGTCTTGGC
195 TCCTTAAATCA-AATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAAT-GAGTCTTGGC
* * * * * *
1854 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCATCCTGGAACACGTTTTTCG-CTAAAAACTGTGATGG
258 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCT-AAAACTGTGATGG
* * * *
1918 TTAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACACGAAAGATTATTCCTTAATTTTTAG
322 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACACGAAA-ATTTTTCCTCAATTTTT-G
* * ** *
1983 CCACAATACTCATAAGA-AATATATAATTCAAT-GCCAATAATATTGAAGGGCTTTTCATTCTGC
385 CCACAATACTCA-AAAATAATATATAATTCAATCGCCAA-AAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
* * * * *
2046 CAACATCATTTAT-CTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTCTGATG
448 CAATATCATTTATCCT-A-TTTTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATG
* *
2110 CTAGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTA
510 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC-AATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTA
* * * * * * *
2175 ATGACTCTTAGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACT-AAGTCGGGACCCTGGAACGCGTTCTTAGCCTA
574 ACGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAA-TCGGGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCCA
2239 AAACTGTGATGGTTAGTACAC
638 AAACTGTGATGGTTAGTACAC
* *
2260 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTTGGCCATAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAA-AATTTTCCTCAATTTTTGGCCATAATAC
* * * *
2325 TAAAATATATATATATATATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
65 -------T-CACA-A-A-ACATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
* * *
2390 TAATATCATTTATCCTATTTTTTCGGATTAATTTCTAAATATATCGAAACAAGATTCTGATGCTC
119 TAATATCATTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCT-
* * *** * * * ** *
2455 GGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTTTTTGACATTTGGTTACATGAATACCGATATTCCAAC
183 AGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAAT
* * * ** * *
2519 GAGTCTTAGTGTCAAAAATTTTGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGTACGCCTTTTTAGCCTAAAA
248 GAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCTAAAA
* * * * *
2584 CTGTGATGGTTAGTACTCGATTTTGCCTAAAATTTTACGAATATTGACACGAAAATTTTTTCCTC
313 CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACACGAAAA-TTTTTCCTC
* *
2649 AATTTTTGGCCACAATACTCACAAATAATATATAATTCAATACTG--AAAAGATTGAAGGGATTT
377 AATTTTT-GCCACAATACTCAAAAATAATATATAATTCAAT-C-GCCAAAAGATTGAAGGGCTTT
*** *
2712 TCATTTTTCCAATATCATTTATCCTATATTTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
439 TCACGCTTCCAATATCATTTATCCTAT-TTTTTCA-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* * *
2777 TTCTGATGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGATATTTGGTTAGATAAATACAG
502 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAG
* *
2842 ATATTTTAACGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGA-CCTCGGAACGCGTTT
566 ATATTTTAACGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGACCCT-GGAACGCGTTT
* *
2906 TTAGCCCAAAATTGTGATGGTTTGTACAC
630 TTAGCCCAAAACTGTGATGGTTAGTACAC
* * * * * *
2935 GATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCATAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCG-AAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATAATAC
* * * *
3000 TCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTTAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCCTTT
65 TCACAAAACATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
* *
3065 ATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCA-TAAAACCAA
130 ATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCT-AGTAAAAACAA
* * * *
3129 ATCCTTAAAT-ACAATGTGCCTAAGATTTTGTTAGATGTATACAGATA-TTTCATCGAGTCTTGG
194 ATCCTTAAATCA-AATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAAT-GAGTCTTGG
* * * * * **
3192 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCAAAAAACTGTGATGG
257 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCTAAAACTGTGATGG
*
3257 TTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTG
322 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
3285 TGAAGGGCTT
Statistics
Matches: 2012, Mismatches: 279, Indels: 124
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
661 12 0.01
662 269 0.13
663 51 0.03
664 1095 0.54
665 19 0.01
666 1 0.00
667 2 0.00
668 1 0.00
671 1 0.00
672 2 0.00
673 1 0.00
674 8 0.00
675 534 0.27
676 15 0.01
678 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (658 bp):
GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCATAATACT
CACAAAACATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTA
TCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTAGTAAAAACAAAT
CCTTAAATCAAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAATGAGTCTTGGCGCC
AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCTAAAACTGTGATGGTTAG
TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACACGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGCCACAA
TACTCAAAAATAATATATAATTCAATCGCCAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCCAATATCA
TTTATCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAAC
AAATCCTTAAATCAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAACGAGTCTTGGC
GCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAACTGTGATGGT
TAGTACAC
Found at i:2272 original size:995 final size:994
Alignment explanation
Indices: 268--3284 Score: 4422
Period size: 995 Copynumber: 3.0 Consensus size: 994
258 TGAAGTGCAT
*
268 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAGATTTTT-CATCAATTTTTGGCCACAATA
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCA-CAATTTTTGGCCACAATA
*
332 CTCAAATAA-A-ATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA
65 CT-AAATAATATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA
395 TTTATCCTATATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAA
129 TTTATCC--TATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAA
460 ACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTATT
192 ACAAATCCTTAAATC-AATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTATT
* * *
525 GGTGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCAGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAACTGTTAT
256 GGTGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAACTGTGAT
590 GGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAATTTTTCCTCAATTTTT
321 GGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAATTTTTCCTCAATTTTT
* *
655 TGCCACAATACTCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTGCAGGGCGTTTAACGCTTC
386 TGCCACAATACTCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTC
* * *
720 TAATATCCTTTATCCTATTTCTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAAAGGTC
451 TAATATCCTTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTC
* *
785 GTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGTCTGAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATCA
516 GTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTGAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATCG
*
850 AGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCTAAAAAC
581 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCA-CCTGGAACACGTTTTTCGCTAAAAAC
* *
915 TGTGATGGTTATTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAGATTATTCCTCA
645 TGTGATGGTTAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACACGAAAGATTATTCCTCA
*
980 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAGAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCA
710 ATTTTTAGCCACAATACTCATAAGAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCA
1045 TTCTGCCAATATCATTTATCTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTC
775 TTCTGCCAATATCATTTATCTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTC
1110 TGATGCTAGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATA
840 TGATGCTAGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATA
* *
1175 TTTTAATGAGTCTTAGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAG
905 TTTTAATGAGTCTTAGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTAAGTCGGGACCCTGGAACGCGTTTTTAG
1240 CCTAAAACTGTGATGGTTAGTACAC
970 CCTAAAACTGTGATGGTTAGTACAC
*
1265 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTTGCCCACAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTTGGCCACAATAC
1330 TAAA-AATATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
66 TAAATAATATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
* *
1394 TATCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGCTTGTAAAAACAA
131 TATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAA
* * *
1459 ATCCTTAAATGCAATGTGCCTAAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAACGAGTATTGGCG
196 ATCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTATTGGTG
* * * * *
1524 CCAAAAATCATTCAAAACTGGGTTGGGATCCCGGAACGCGTGTTTAGCCCAAAACCGTGATGGTT
260 CCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAACTGTGATGGTT
*
1589 AGTACACGATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTTGCC
325 AGTACACGATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCC
* *
1654 ATAATACTCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTTAAGGGCTTTTAACGCTTCTAAT
390 ACAATACTCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAAT
*
1719 ATCCTTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAA
455 ATCCTTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAA
1784 AAACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTGAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATCGAGTC
520 AAACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTGAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATCGAGTC
1849 TTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCATCCTGGAACACGTTTTTCGCTAAAAACTGTG
585 TTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCA-CCTGGAACACGTTTTTCGCTAAAAACTGTG
*
1914 ATGGTTAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACACGAAAGATTATTCCTTAATTT
649 ATGGTTAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACACGAAAGATTATTCCTCAATTT
*
1979 TTAGCCACAATACTCATAAGAAATATATAATTCAATGCCAATAATATTGAAGGGCTTTTCATTCT
714 TTAGCCACAATACTCATAAGAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCATTCT
*
2044 GCCAACATCATTTATCTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTCTGAT
779 GCCAATATCATTTATCTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTCTGAT
2109 GCTAGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTT
844 GCTAGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTT
* *
2174 AATGACTCTTAGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTAAGTCGGGACCCTGGAACGCGTTCTTAGCCTA
909 AATGAGTCTTAGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTAAGTCGGGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCTA
2239 AAACTGTGATGGTTAGTACAC
974 AAACTGTGATGGTTAGTACAC
*
2260 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTTGGCCATAATAC
1 GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTTGGCCACAATAC
2325 TAAAATATATATATATATATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
66 -------TA-A-ATA-ATATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
* *
2390 TAATATCATTTATCCTATTTTTTCGGATTAATTTCTAAATATATCGAAACAAGATTCTGATGCTC
121 TAATATCATTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGCTC
*** * * * *
2455 GGT-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTTTTTGACATTTGGTTACATGAATACCGATATTCCAAC
186 -GTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAAC
* * * * * * *
2519 GAGTCTTAGTGTCAAAAAT-TTTGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGTACGCCTTTTTAGCCTAAA
249 GAGTATTGGTGCCAAAAATCATT-CAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAA
* * * *
2583 ACTGTGATGGTTAGTACTCGATTTTGCCTAAAATTTTA-CGAATATTGACAC-GAAAATTTTTTC
313 ACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAA-TTTAGCGAAAATTGA-ACGGAAAAATTTTTC
* *
2646 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCACAAATA-ATATATAATTCAATAC-TG-AAAAGATTGAAGGG
376 CTCAATTTTTTGCCACAATACTCACAAA-ACATATATAATTC-AT-CGCGAAAAAGATTGAAGGG
* * *** * * *
2708 ATTTTCATTTTTCCAATATCATTTATCCTATATTTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
438 CTTTTAACGCTTCTAATATCCTTTATCC--TATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * * * **
2773 AAGATTCTGATGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGATATTTGGTTAGATAAAT
501 AAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTGAGATTTTGTTAGATGTAT
* * * * * *
2838 ACAGATATTTTAACGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGACCTCGGAACGCG
566 ACAGATATTTCATCGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCACCT-GGAACACG
* ** * ** * * *
2903 TTTTTAGCCCAAAATTGTGATGGTTTGTACACGATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGA-ACG
630 TTTTTCGCTAAAAACTGTGATGGTTAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACAC-
* * * * * *
2967 GAAAAAATT-TTTCTCAATTTTTTGCCATAATACTCACAA-AACATATATAATTC-ATCGCGAAA
694 G-AAAGATTATTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAGAA-ATATATAATTCAAT-GCCAAA
* * * ** * * * *
3029 AAGATTTAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCCTTTATCCT-A-TTTTTT-CGAATTAATTTCTA
756 AATATTGAAGGGCTTTTCATTCTGCCAATATCATTTAT-CTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTA
* * * * * *
3091 ATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCA-TAAAACCAAATCCTTAAAT-ACAATGTGCCTAAGA
820 TTTAAATCGAAACAATATTCTGATGCT-AGTAAAAACAAATCCTTAAATCA-AATGTGACTGAGA
* * * * * *
3154 TTTTGTTAGATGTATACAGATA-TTTCATCGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAA-T
883 TTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAAT-GAGTCTTAGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACT-AAGT
* * * ** *
3217 CGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACAT
946 CGGGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCTAAAACTGTGATGGTTAGTACAC
3266 GATTTCGGCTAAAATTTTG
1 GATTTCGGCTAAAATTTTG
3285 TGAAGGGCTT
Statistics
Matches: 1840, Mismatches: 146, Indels: 59
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
995 888 0.48
996 5 0.00
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1009 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (994 bp):
GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTTGGCCACAATAC
TAAATAATATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
TATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAA
ATCCTTAAATCAATGTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTATTGGTGC
CAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAACTGTGATGGTTA
GTACACGATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCA
CAATACTCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATA
TCCTTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAA
AACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTGAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATCGAGTCT
TGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCACCTGGAACACGTTTTTCGCTAAAAACTGTGAT
GGTTAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACACGAAAGATTATTCCTCAATTTTT
AGCCACAATACTCATAAGAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCATTCTGC
CAATATCATTTATCTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTCTGATGC
TAGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTTAA
TGAGTCTTAGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTAAGTCGGGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCTAAA
ACTGTGATGGTTAGTACAC
Found at i:3522 original size:250 final size:249
Alignment explanation
Indices: 3071--3534 Score: 655
Period size: 250 Copynumber: 1.9 Consensus size: 249
3061 CTTTATCCTA
* * *
3071 TTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCATAAAACCAAATCCTTA
1 TTTTTTCGAATTAAATTCTAATTAAAACGAAACAAGATTCTAATGCTCATAAAAACAAATCCTTA
* * * * * * *
3136 AATACAATGTGCCTAAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCATCGAGTCTTGGCGCCAAAAA
66 AATACAATGTGACTAACATTTGGTTAGATGAATACACATATTTAATCGAGTCTTAGCGCCAAAAA
* * * * *
3201 TCATGCAAAACTGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACAT
131 TCAAGCAAAACTGAATCGGCACCCCGGAACACGTTTCTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACAA
3266 GATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAGGGCTTTTCAATGGCTTTTCATTTATCTGAT
196 GATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAGGGCTTTTCAATGGCTTTTCATTTATCTGAT
* * *
3320 TTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAAACGAAACAATATTCTGATGCT-AGTAAAAACAAATCCT
1 TTTTTT-CGAATTAAATTCTAATTAAAACGAAACAAGATTCTAATGCTCA-TAAAAACAAATCCT
*
3384 TAAAT-CAAATGTGACTGACATTTGGTTAGATGAATACACATATTTTAAT-GAGTCTTAGCGCCA
64 TAAATAC-AATGTGACTAACATTTGGTTAGATGAATACACATA-TTTAATCGAGTCTTAGCGCCA
* * * **
3447 AAAGTCAAGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACACGTTTCTAGCCTAAAACTGTGATGGTTAGT
127 AAAATCAAGCAAAACTGAATCGGCACCCCGGAACACGTTTCTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGT
3512 ACAAGATTTCGGCTAAAATTTTG
192 ACAAGATTTCGGCTAAAATTTTG
3535 CGAAAATTGA
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 24, Indels: 7
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
249 8 0.04
250 174 0.93
251 5 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (249 bp):
TTTTTTCGAATTAAATTCTAATTAAAACGAAACAAGATTCTAATGCTCATAAAAACAAATCCTTA
AATACAATGTGACTAACATTTGGTTAGATGAATACACATATTTAATCGAGTCTTAGCGCCAAAAA
TCAAGCAAAACTGAATCGGCACCCCGGAACACGTTTCTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACAA
GATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAGGGCTTTTCAATGGCTTTTCATTTATCTGAT
Found at i:3830 original size:581 final size:581
Alignment explanation
Indices: 2726--3864 Score: 1784
Period size: 581 Copynumber: 2.0 Consensus size: 581
2716 TTTTCCAATA
* * *
2726 TCATTTATCCTATATTTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTA
1 TCATTTATCCTATATTTTTTAGAATTAAATTCTAATTAAAACGAAACAAGATTCTGATGCTAGTA
* * * * *
2791 AAACCAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGATATTTGGTTAGATAAATACAGATATTTTAACGAGT
66 AAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGACATTTGGTTAGATAAATACACATATTTTAACGAGT
* * * * *
2856 CTTGGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGACCTCGGAACGCGTTTTTAGCCCAAAATTGT
131 CTTAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACACGTTTCTAGCCCAAAACTGT
* * * *
2921 GATGGTTTGTACACGATTTTGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACGGAAAAAATTTTTCTCAATT
196 GATGGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACCGAAAAAATTTTTCTCAATT
* * * * *
2986 TTTTGCCATAATACTCACAAAACATATATAATTCATCGCGAAAAAGATTTAAGGGCTTTTAACGC
261 TTTTGCCACAATACTAAAAAAACATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGC
3051 TTCTAATATCCTTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATG
326 TTCTAATATCCTTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATG
* * *
3116 CTCATAAAACCAAATCCTTAAATACAATGTGCCTAAGATTTTGTTAGATGTATACAGATATTTCA
391 CTCATAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTAAGATTTTGTTAGATGAATACAGATATTCCA
*
3181 TCGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCAAAA
456 TCGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACCGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCAAAA
*
3246 AACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAGGGCTTTTCAATGGCTTT
521 AACTATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAGGGCTTTTCAATGGCTTT
* * *
3307 TCATTTAT-CTGAT-TTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAAACGAAACAATATTCTGATGCTAG
1 TCATTTATCCT-ATATTTTTT-AGAATTAAATTCTAATTAAAACGAAACAAGATTCTGATGCTAG
* *
3370 TAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGACATTTGGTTAGATGAATACACATATTTTAATGA
64 TAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGACATTTGGTTAGATAAATACACATATTTTAACGA
* *
3435 GTCTTAGCGCCAAAAGTCA-AGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACACGTTTCTAGCCTAAAAC
129 GTCTTAGCGCCAAAAATCATA-CAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACACGTTTCTAGCCCAAAAC
* * *
3499 TGTGATGGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCG-AAATATTTTTCCTC
193 TGTGATGGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACCGAAAAAATTTTT-CTC
* *
3563 AA-TTTTTGCCCACAATACTAAAAAAATATATATAATTCATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTT
257 AATTTTTTG-CCACAATACTAAAAAAACATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTT
* *
3627 CACGCTTCTAATATCCTTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTG
321 AACGCTTCTAATATCCTTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* *
3692 TAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTGAGATTTTGTTAGATGAATACAGATA
386 TAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTAAGATTTTGTTAGATGAATACAGATA
* *
3757 TTCCATCGAGTCTTGGTGCCAAAAATTATGCAAAACCGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCG
451 TTCCATCGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACCGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCG
*
3822 CTAAAAACTATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTT
516 CAAAAAACTATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTT
3865 ACAAAAATTG
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 46, Indels: 10
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
580 24 0.05
581 483 0.95
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (581 bp):
TCATTTATCCTATATTTTTTAGAATTAAATTCTAATTAAAACGAAACAAGATTCTGATGCTAGTA
AAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGACATTTGGTTAGATAAATACACATATTTTAACGAGT
CTTAGCGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACACGTTTCTAGCCCAAAACTGT
GATGGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTAGCGAAAATTGAACCGAAAAAATTTTTCTCAATT
TTTTGCCACAATACTAAAAAAACATATATAATTCATCGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGC
TTCTAATATCCTTTATCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATG
CTCATAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTAAGATTTTGTTAGATGAATACAGATATTCCA
TCGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACCGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCGCAAAA
AACTATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAGGGCTTTTCAATGGCTTT
Found at i:4171 original size:332 final size:329
Alignment explanation
Indices: 3307--4402 Score: 1443
Period size: 331 Copynumber: 3.3 Consensus size: 329
3297 CAATGGCTTT
* * *
3307 TCATTTATCTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAAACGAAACAATATTCTGATGCTAGTA
1 TCATTTATCTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCTGAAGCTAGTA
* * * * *
3372 AAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGACTGACATTTGGTTAGATGAATACACATATTTTAATGAGT
66 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATGAATACAAATTTTTTAATGAGT
* * * *
3437 CTTAGCGCCAAAAGTCAAGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACACGTTTCTAGCCTAAAACTGT
131 CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGA-CCCGGAACACGTTTTTAGCCTAAAACTGT
* * *
3502 GATGGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATT
194 GATGGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATT
* * * * **
3567 TTTGCCCACAATACTAAAAAAATATATATAATTC-ATCGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG
259 TTTGGCCACAATACTCAAAAAA-ATATATAATTCAAT-GCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCATT
*
3631 CTTCTAATA
322 CTTC-CATA
* * * * *
3640 TCCTTTATCCT-A-TTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGT-AATGCTCG
1 TCATTTAT-CTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCTGAA-GCTAG
* * * * * **
3701 TAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGCCTGAGATTTTGTTAGATGAATACAGA-TATTCCATCG
64 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATGAATACAAATTTTTTAAT-G
* * * * *
3765 AGTCTTGGTGCCAAAAATTATGCAAAACCGAATCGGCACCCTGGAACACGTTTTTCG-CTAAAAA
128 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG-ACCC-GGAACACGTTTTTAGCCT-AAAA
* * *
3829 CTATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTATTCCTC
190 CTGTGATGGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTC
3894 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTC
255 AATTTTTGGCCACAATACTCA-AAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTC
3959 ATTCTTCCATA
319 ATTCTTCCATA
*
3970 TCATTTATCCT-ATTTTTTTCCGAATTAAATCCTATTTAAATCGAAACAAGATTCTGAAGCTAGT
1 TCATTTAT-CTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCTGAAGCTAGT
* *
4034 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTAGATTAATACAAATTTTTTAATGAG
65 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATGAATACAAATTTTTTAATGAG
* * *
4099 TATTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGACTCCGTAACACGTTTTTAGCCTAAAGCTG
130 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGAC-CCGGAACACGTTTTTAGCCTAAAACTG
* *
4164 TGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAAT
193 TGATGGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAAT
* * *
4229 TTTTGGCCATAATACTCAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAGATATTGAAGGGCTTTTTATTC
258 TTTTGGCCACAATACTCAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCATTC
*
4294 TGCCAATA
323 TTCC-ATA
* * *
4302 TCATTTATTTGATTTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAATATTCTGATGCTAGT
1 TCATTTATCTGA-TTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCTGAAGCTAGT
* * *
4367 AAAAACAACTCCTTAATTCCAATGTGATTGAGATTT
65 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTT
4403 GATTA
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 78, Indels: 36
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
330 26 0.04
331 299 0.45
332 238 0.36
333 102 0.15
334 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (329 bp):
TCATTTATCTGATTTTTTTCCGAATTAAATTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCTGAAGCTAGTA
AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATGAATACAAATTTTTTAATGAGT
CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGACCCGGAACACGTTTTTAGCCTAAAACTGTGA
TGGTTAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTT
TGGCCACAATACTCAAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCATTCTTC
CATA
Done.