Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005565.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05583, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* *
1 CAAAATTAA-GGAAAATATTTCGGGGCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
1 CAAAAATAAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * *
65 ATCACAGTTTTTGGCGAAAAACGCGTTCCGAGACCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGGTGCC
66 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGTCTCAGATTTGCATGATTTTTGG-CCC
* * * * * *
130 AAGACTGCTTGAAATATCTATATTCGTCTAACGAAATGTCTGCCATATTGGATTTAAGGATTTGT
129 AAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-
* * *
195 TTTTACGAGCATATGGATCTTGTTTCGATTTAATCCGAAATTTATTCAGAAAAAA-AGGAAAAAC
193 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCAGAAAAAATAGGAAAAAC
* *
259 GATATTAGAAACTTGAAAAGTCCTTCAATCCTTTTGGCGGTT--TTATATATATCTATTATGAGT
258 GATATTAGAAACTTGAAAA-TCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATAT-TTTA-TATGAGT
*** * * *
322 ACT-GT--ATTAAAATTAAGGAAAAATA-TTTGTGGTCAGTTTTTG-ATAAATTTTAGCAGAAAT
320 A-TGGTGGCCAAAAATTAAGGAGAAATATTTTG-GGTCAATTTTTGCA-AAATTTTAGCCGAAAT
*** *
382 CGTGTACTAACCATCTTAGTTTTTGGCAAAAAAAAAACGC-GTCCCGGGGCCCCGGCTCAAATTT
382 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC----TAAAAACGCGGT-CCGGGGCCCCGGCTCAAATTT
* * * * * *
446 GCATGGTTTTTGGCGCCAAGACTGCTCGAAATA--TATATTCATCTAGCCAAATGTTAGCCACAT
442 GCATGATTTTTTGCGCCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACAT
*
509 TGGATTTAAGGATTTCTTTGTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCG
507 TGGATTTAA-G-TTT-TTT-TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCG
* *
574 GAAAAAAATA-GAAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGAAGGTTAATTA
568 GAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTA
* *
638 TGTATTTTATATGAGTACGGTGGG
633 TATATTTTATATGAGTACGGTGGC
* * * * *
662 CAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCCATTTTTGCATAGTTTTAGCCGAAATCGTG---T---
1 CAAAAA-TAAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * * * *
721 CATCACGGTTTTTGACTAGAAACGCGTTTCGGGGCCCCGTCTCAGATTTGCATGGTTTTTAGCGC
65 CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGGCCCCGTCTCAGATTTGCATGATTTTTGGC-C
* * * *
786 CAAGACTGCTCGAAATATATATATAT-ATATATATTCATCTAAATCTCAGCCACTTTAGATTTAA
128 CAAGACTGCTCGAAATATCTATAT-TCATCTA-A--C--C-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAA
* * *
850 GGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA--AAAAAATTATTCA-AAAAAATA
186 GGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCAGAAAAAATA
* * *
912 GGAAAAACGAGATTAGAAGCTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATGTATTTTAT
250 GGAAAAACGATATTAGAAACTTGAAAAT-CCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTAT
* * *
977 ATGAGTACGGTGGCCAAAAATTAAAGA-AAATTATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTG
314 ATGAGTATGGTGGCCAAAAATTAAGGAGAAA-TATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
* * * ** *
1041 AAATCGTGTACGT-TCCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTTGCTCAGATTT
378 AAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTCCGGGGCCCCGGCTCAAATTT
* *
1105 GCATGATTTTTTGCGTCAAGA-TAGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATATCAGCCACA
442 GCATGATTTTTTGCGCCAAGACT-GCTCGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACA
1169 TTGGATTTAAGTATTTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGG
506 TTGGATTTAAG--TTTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGG
* * * * ** *
1234 AAAAAAAATATGAAAAACGATATTAGAATCTTGAAAAGT-CCATCAATCATTTTGGCCGTTAAAT
569 -AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAA-TCCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATT
* **
1298 ATATATCTATTA-A-GAGTACTGT-TT
632 ATATAT-T-TTATATGAGTACGGTGGC
* *
1322 TAAAATTAAGGGAAAATATTT-GTGGTCAA-TTTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
1 CAAAAATAAGGGAAAATATTTCG-GGTCAATTTTTA-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* * * * * * * *
1385 CAATCTCGGTTTTTGGCAAAAAAACTCGTTCCGGGGCCCCGACTCAAATTTGCATGAGTTTTGGC
64 CCATCACAGTTTTTGGC-TAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGTCTCAGATTTGCATGATTTTTGGC
* * * * *
1450 GCCAAAACTGCTCGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATGTTAGCCACATTGGATTTAAGCATT
127 -CCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
* * * *
1515 TGCTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTTGATTTAATCAGAAATTTATCCAGAAAAAATGGGAAA
191 TG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCAGAAAAAATAGGAAA
1580 AACGATATTAGAAACTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTCT-GAGGTTAATTATATATTTTATATGA
255 AACGATATTAGAAACTTGAAAAT-CCTTCAATCCTTT-TGGAGGTTAATTATATATTTTATATGA
* * *
1644 GTATGGTGGCCAAAAAGTAAGGAGAAATATTTCGGGTACACTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
318 GTATGGTGGCCAAAAATTAAGGAGAAATATTTTGGGT-CAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
* * * ** *
1709 TGTGTACTAATAACCATCACGGTATTTGGCTAAAAACGCGGTCCTGGGCCTTGGCTCAGATTTG-
382 CGTGTAC---TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTCCGGGGCCCCGGCTCAAATTTGC
*** * * *
1773 ACTGATTTTTAAAGCCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATT
444 A-TGATTTTTTGCGCCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATT
* * *
1838 TGATTTAAAGTTTCGTCTTTACGAGTATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGG
508 GGATTT-AAGTTT--T-TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGG
* *
1903 -AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAATGCTTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTAT
569 AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTAT
1967 ATATTTTTATATGAGTACGGTGGC
634 ATA-TTTTATATGAGTACGGTGGC
* *
1991 CAAAAATAAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTACAAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
1 CAAAAATAAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * **
2056 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGTGTCCCGTCTCAAAATTTGTTTGATTTTTGGACC
66 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG-GCCCCGTCTC-AGATTTGCATGATTTTTGG-CC
* * * *
2121 CAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTTGATTTAAAGATTCG
128 CAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * *
2186 TCTTTACTAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCCGAAAAAATAGGAAAAA
193 T-TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCAGAAAAAATAGGAAAAA
* * * *
2251 CGATATTAGAAGCTTGAAAATGCTTTCGATCCTTTTGGAGGTGAATTATATATTTTTATATGAGT
257 CGATATTAGAAACTTGAAAAT-CCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATA-TTTTATATGAGT
* * *
2316 ATGGTGGCCAAAAA-TAAGG-GAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAGATTTTAGTCAAAATCG
320 ATGGTGGCCAAAAATTAAGGAG-AAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * * * * *
2379 TGTACTAACCATTACTGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGATCAAATTTGCATGA
384 TGTACTAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTCCGGGGCCCCGGCTCAAATTTGCATGA
* * * *
2444 TTTTTTGTGCCAAGACTGTTGGAAATATCTATATTCATTTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATT
448 TTTTTTGCGCCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATT
* * * *
2509 T-AG-TTTTTTACCAACATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATCAGAATTTTATTCGG-AAAAAATA
513 TAAGTTTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAAATA
* * * *
2571 GGAAAAACGATATTGGAAACTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGGCGGTTAATTATGTATTTTAT
578 GGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTAT
2636 ATGAGTACGGTGGC
643 ATGAGTACGGTGGC
* * *
2650 CAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACGT--
1 CAAAAA-TAAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAA
* * *
2713 -TATCACAGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCCAG-CTCAGATTTGCATGATTTTCGGT
64 CCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCC-GTCTCAGATTTGCATGATTTTTGG-
* * *
2776 GCCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCGTCTAACGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
126 CCCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
* *
2841 TGTTTTAACGAGCATCTGGATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTC-GAAAAAAAAGGAAA
191 TGTTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCAGAAAAAATAGGAAA
* *
2905 AACGATATTAGAAACTTGAAAAGTCCTTCAATCCTTTTGGCGGTT--TTATATATATCTATTATG
255 AACGATATTAGAAACTTGAAAA-TCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATAT-TTTA-TATG
*** * *
2968 AGTAAT-GT--TTTAAAATTAAGGA-AAA-ATCTTTGTGGTCAATTTTT-AATAAATTTTAGCAG
317 AGT-ATGGTGGCCAAAAATTAAGGAGAAATAT-TTTG-GGTCAATTTTTGCA-AAATTTTAGCCG
** * * * * *
3027 AAATCGTGTACTAACCATCTTGCTTTTTTGGCAAAAAATTTGC-GTCCTGAGGCCTCGGCTCAAA
378 AAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAA--CGCGGTCC-GGGGCCCCGGCTCAAA
* * *
3091 TTTGCATGGTTTTTGGCGCCAAGACTGCTCAAAAT
439 TTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTGCTCGAAAT
Statistics
Matches: 2092, Mismatches: 280, Indels: 189
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
652 2 0.00
653 14 0.01
654 65 0.03
655 12 0.01
656 99 0.05
657 191 0.09
658 47 0.02
659 166 0.08
660 235 0.11
661 169 0.08
662 23 0.01
663 269 0.13
664 43 0.02
665 27 0.01
666 164 0.08
667 165 0.08
668 65 0.03
669 303 0.14
670 33 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (656 bp):
CAAAAATAAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGTCTCAGATTTGCATGATTTTTGGCCCAA
GACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGAT
ATTAGAAACTTGAAAATCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTATATGAGTATGGTG
GCCAAAAATTAAGGAGAAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTCCGGGGCCCCGGCTCAAATTTGCATGATTTTTTGC
GCCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGTTTT
TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAAATAGGAAAAAC
GATATTAGAAGCTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTATATGAGTAC
GGTGGC
Found at i:2208 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--3125 Score: 3225
Period size: 333 Copynumber: 9.4 Consensus size: 330
* * *
1 CAAAATTAA-GGAAAATATTTCGGGGCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
1 CAAAAATAAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * *
65 ATCACAGTTTTTGGCGAAAAACGCGTTCCGAGACCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGGTGCC
66 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGG-CCC
* * * * * * *
130 AAGACTGCTTGAAATATCTATATTCGTCTAACGAAATGTCTGCCATATTGGATTTAAGGATTTGT
129 AAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGT
* * * * *
195 TTTTACGAGCATATGGATCTTGTTTCGATTTAATCCGAAATTTATTCAGAAAAAA-AGGAAAAAC
194 CTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAATAGGAAAAAC
* * *
259 GATATTAGAAACTTGAAAA-GTCCTTCAATCCTTTTGGCGGTT--TTATATATATCTATTATGAG
259 GATATTAGAAACTTGAAAATG-CCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTTA-TATGAG
* **
321 TACTGT-AT
322 TACGGTGGC
* * * * * *
329 TAAAATTAAGGAAAAATA-TTTGTGGTCAGTTTTTGA-TAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA
1 CAAAAATAAGGGAAAATATTTTG-GGTCAATTTTT-ACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
** * * * *
392 CCATCTTAGTTTTTGGCAAAAAAAAAACGCGTCCCGGGGCCCCGGCTCAAATTTGCATGGTTTTT
64 CCATCACAGTTTTTGGC----TAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTT
* * * *
457 GGCGCCAAGACTGCTCGAAATA--TATATTCATCTAGCCAAATGTTAGCCACATTGGATTTAAGG
124 GGC-CCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAG
* *
520 ATTTCT-TTGTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAAATA
188 ATTTGTCTT-TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGG-AAAAAATA
* * * * *
584 -GAAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGAAGGTTAATTATGTA-TTTTA
251 GGAAAAACGATATTAGAAACTTGAAAATGCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTTA
*
647 TATGAGTACGGTGGG
316 TATGAGTACGGTGGC
* * * * * *
662 CAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCCATTTTTGCATAGTTTTAGCCGAAATCGTG---T---
1 CAAAAA-TAAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * * * * *
721 CATCACGGTTTTTGACTAGAAACGCGTTTCGGGGCCCCGTCTCAGATTTGCATGGTTTTTAGCGC
65 CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGGC-C
* * * *
786 CAAGACTGCTCGAAATATATATATAT-ATATATATTCATCTAAATCTCAGCCACTTTAGATTTAA
128 CAAGACTGCTCGAAATATCTATAT-TCATCTA-A--C--C-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAA
* * * * * *
850 GGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA--AAAAAATTATTC-AAAAAAATA
186 AGATTTGTCTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAATA
* * * *
912 GGAAAAACGAGATTAGAAGCTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATGTA-TTTTA
251 GGAAAAACGATATTAGAAACTTGAAAATGCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTTA
976 TATGAGTACGGTGGC
316 TATGAGTACGGTGGC
* * *
991 CAAAAATTAA-AGAAAATTATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACGT-
1 CAAAAA-TAAGGGAAAA-TATTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TA
* ** *
1054 TCCATCAC-GATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCTTGCTCAGATTTGCATGATTTTTTG
63 ACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGG
* * *
1118 CGTCAAGA-TAGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATATCAGCCACATTGGATTT-AAGT
126 C-CCAAGACT-GCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAG-
1181 ATTT-T-TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAAAATA
188 ATTTGTCTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGG--AAAAAATA
* * * * ** * *
1244 TGAAAAACGATATTAGAATCTTGAAAA-GTCCATCAATCATTTTGGCCGTTAAATATATATCTAT
251 GGAAAAACGATATTAGAAACTTGAAAATG-CCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATAT-TTT
* **
1308 TA-A-GAGTACTGT-TT
314 TATATGAGTACGGTGGC
* *
1322 TAAAATTAAGGGAAAATA-TTTGTGGTCAA-TTTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
1 CAAAAATAAGGGAAAATATTTTG-GGTCAATTTTTA-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* * * * * * * *
1385 CAATCTCGGTTTTTGGCAAAAAAACTCGTTCCGGGGCCCCGACTCAAATTTGCATGAGTTTTGGC
64 CCATCACAGTTTTTGGC-TAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGGC
* * * *
1450 GCCAAAACTGCTCGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATGTTAGCCACATTGGATTT-AAGCAT
127 -CCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAG-AT
* * * * *
1514 TTG-CTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTTGATTTAATCAGAAATTTATCCAGAAAAAATGGGA
190 TTGTC-TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAATAGGA
*
1578 AAAACGATATTAGAAACTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTCT-GAGGTTAATTATATA-TTTTATA
254 AAAACGATATTAGAAACTTGAAAATGCCTTCAATCCTTT-TGGAGGTTAATTATATATTTTTATA
*
1641 TGAGTATGGTGGC
318 TGAGTACGGTGGC
* * * *
1654 CAAAAAGTAA-GGAGAAATATTTCGGGTACACTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTA
1 CAAAAA-TAAGGGA-AAATATTTTGGGT-CAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC--
* * * **
1718 ATAACCATCACGGTATTTGGCTAAAAACGCGGTCCTGGGCCTTGGCTCAGATTTG-ACTGATTTT
61 -TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGATTTGCA-TGATTTT
* * * *
1782 TAAAG-CCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTTGATTTAA
123 T--GGCCCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA
* *
1846 AG-TTTCGTCTTTACGAGTATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAAT
186 AGATTT-GTCTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAAT
* *
1910 AGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAATGCTTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTT
250 AGGAAAAACGATATTAGAAACTTGAAAATGCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTT
1975 ATATGAGTACGGTGGC
315 ATATGAGTACGGTGGC
*
1991 CAAAAATAAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTACAAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
1 CAAAAATAAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * **
2056 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGTGTCCCGTCTCAAAATTTGTTTGATTTTTGGACC
66 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG-GCCCCGGCTC-AGATTTGCATGATTTTTGG-CC
* * *
2121 CAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTTGATTTAAAGATTCG
128 CAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTG
* * *
2186 TCTTTACTAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCCGAAAAAATAGGAAAAA
193 TCTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAATAGGAAAAA
* * * *
2251 CGATATTAGAAGCTTGAAAATGCTTTCGATCCTTTTGGAGGTGAATTATATATTTTTATATGAGT
258 CGATATTAGAAACTTGAAAATGCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTTATATGAGT
*
2316 ATGGTGGC
323 ACGGTGGC
* * * *
2324 CAAAAATAAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAGATTTTAGTCAAAATCGTGTACTAACC
1 CAAAAATAAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * *
2389 ATTACTGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGATCAAATTTGCATGATTTTTTGTG-
66 ATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGA-TTTTTG-GC
* * * *
2453 CCAAGACTGTTGGAAATATCTATATTCATTTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTT--AG--TT
127 CCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTT
* * * *
2514 -T-TTTACCAACATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATCAGAATTTTATTCGGAAAAAATAGGAAAA
192 GTCTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAATAGGAAAA
* * * *
2577 ACGATATTGGAAACTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGGCGGTTAATTATGTA-TTTTATATGAG
257 ACGATATTAGAAACTTGAAAATGCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTTATATGAG
2641 TACGGTGGC
322 TACGGTGGC
* * * *
2650 CAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACGT--
1 CAAAAA-TAAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAA
* * * * *
2713 -TATCACAGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCCAGCTCAGATTTGCATGATTTTCGGTG
64 CCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGG-C
* * *
2777 CCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCGTCTAACGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
127 CCAAGACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTT
* *
2842 GT-TTTAACGAGCATCTGGATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTC-GAAAAAAAAGGAAA
192 GTCTTT-ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAATAGGAAA
* * *
2905 AACGATATTAGAAACTTGAAAA-GTCCTTCAATCCTTTTGGCGGTT--TTATATATATCTATTAT
256 AACGATATTAGAAACTTGAAAATG-CCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTTA-TAT
** **
2967 GAGTAATGT-TT
319 GAGTACGGTGGC
* * *
2978 TAAAATTAA-GGAAAA-ATCTTTGTGGTCAATTTTTA-ATAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTA
1 CAAAAATAAGGGAAAATAT-TTTG-GGTCAATTTTTACA-AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
* * * * * * *
3040 ACCATCTTGC-TTTTTTGGCAAAAAATTTGCG-TCCTGAGGCCTCGGCTCAAATTTGCATGGTTT
63 ACCATC--ACAGTTTTTGGCTAAAAA--CGCGTTCC-G-GGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTT
*
3103 TTGGCGCCAAGACTGCTCAAAAT
122 TTGGC-CCAAGACTGCTCGAAAT
Statistics
Matches: 2369, Mismatches: 309, Indels: 234
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
322 1 0.00
323 6 0.00
324 148 0.06
325 9 0.00
326 45 0.02
327 222 0.09
328 49 0.02
329 296 0.12
330 112 0.05
331 260 0.11
332 271 0.11
333 458 0.19
334 120 0.05
335 120 0.05
336 202 0.09
337 49 0.02
338 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (330 bp):
CAAAAATAAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGGCCCAA
GACTGCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGTCT
TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTTATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGA
TATTAGAAACTTGAAAATGCCTTCAATCCTTTTGGAGGTTAATTATATATTTTTATATGAGTACG
GTGGC
Done.