Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005573.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05591, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 987
Length: 1645
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.16, T:0.42
Found at i:853 original size:438 final size:437
Alignment explanation
Indices: 37--1013 Score: 1300
Period size: 438 Copynumber: 2.2 Consensus size: 437
27 CCCGCTTTCA
* *
37 ATAAACAA-ATATTTTTTACTGGATTATTTATCAAATGATCCATATACTTTTATGTTTTATGCTA
1 ATAAACAATATATTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTTATACTTTTATGTTTTATGCTA
* * * * ** *
101 TTTAACCCCTCATAAATTCTGGGTTGGACGATTGAACGTTTCGTCTTTAAATCATTTATTTTTTG
66 TTTAA-TCCT-TTAAATTATGGGTTGGACGATTTAACGCGTCGGCTTTAAATCATTTATTTTTTG
* * *
166 TTTTACTTGTCCGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAACTTCATGATCTATAACTTT
129 TTATACTTGTCCAATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAACTTCATGATCTACAACTTT
* * * *
231 CATGAAAGACTGAAAAACCAATTTTCATCTTTCGATTCTAAAAAATGCTTCTTAAATTTTGTGGT
194 CATAAAAAACTCAAAAACCAATTTTAATCTTTCGATTCTAAAAAATGCTTCTTAAATTTTGTGGT
* * ** *
296 CTCGATTGTTGGTCTATCTAATATTGTATAATTTTCGATCCACTTGTCCGATTGAGGTTGTTCAA
259 CTCGATTGTCGATCTATCTAATATCATATAATTTTCGATCCACTTGTCCGATTGAAGTTGTTCAA
* * * * *
361 GTGTCAGTTAAAGGGTTATTGTGTGATCTATGACTTTCGTCAAGGACTTGAAAGTTGAATTTGAT
324 ATGTCAGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACGACTTTCATCAAGGACATGAAAGTTGAATTTGAT
** **
426 TAATGAGTTTCGTGGAGGGTTTGAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCC
389 TAATGAGTTTCGTGGAGAATTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCC
*
475 ATAAACAAATATATTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCTTTATACTTTTATGTTTTATGCT
1 ATAAAC-AATATATTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTTATACTTTTATGTTTTATGCT
* * **
540 ATTTAATCCTTTACAATTATGGGTTGGACGATTTAACGCGTCGGCTTTTATTTTTTTATTTTTT-
65 ATTTAATCCTTTA-AATTATGGGTTGGACGATTTAACGCGTCGGCTTTAAATCATTTATTTTTTG
*
604 TTATATTTGTCCAATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAA-TCTCATGATCTACAACTT
129 TTATACTTGTCCAATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAACT-TCATGATCTACAACTT
* * * * *
668 TC-TCAAAAAACTCAGAAGCCAATTTTAATGTTTTGATTCTAAAAAATGTTTCTTAAATTTTGTG
193 TCAT-AAAAAACTCAAAAACCAATTTTAATCTTTCGATTCTAAAAAATGCTTCTTAAATTTTGTG
* * * * **
732 GTTTCGATTGTCGATCTATTTAATATCATATAATTTTTGGTCCACTTGTCTTATTGAAGTTGTTC
257 GTCTCGATTGTCGATCTATCTAATATCATATAATTTTCGATCCACTTGTCCGATTGAAGTTGTTC
** *
797 AAATGTTGGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACGACTTTCATTAATGG-CATGAAAGTTGAATTT
322 AAATGTCAGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACGACTTTCATCAA-GGACATGAAAGTTGAATTT
* *
861 GATTAATGAGTTTCGTGGAGAATTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTTGTCTTC
386 GATTAATGAGTTTCGTGGAGAATTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCC
* * * *
913 ATAAACTAATA-ATTTTTTTGCTGGATTATTTATCTAATGACCCTCATACTTTTATGTTTCATGC
1 ATAAAC-AATATA-TTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTTATACTTTTATGTTTTATGC
* *
977 TATTGAATCCTTTATAATTATAGGTTGGACGATTTAA
64 TATTTAATCCTTTA-AATTATGGGTTGGACGATTTAA
1014 TGCTTTGACT
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 61, Indels: 14
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
437 3 0.01
438 362 0.77
439 48 0.10
440 58 0.12
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.16, T:0.43
Consensus pattern (437 bp):
ATAAACAATATATTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTTATACTTTTATGTTTTATGCTA
TTTAATCCTTTAAATTATGGGTTGGACGATTTAACGCGTCGGCTTTAAATCATTTATTTTTTGTT
ATACTTGTCCAATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAACTTCATGATCTACAACTTTCA
TAAAAAACTCAAAAACCAATTTTAATCTTTCGATTCTAAAAAATGCTTCTTAAATTTTGTGGTCT
CGATTGTCGATCTATCTAATATCATATAATTTTCGATCCACTTGTCCGATTGAAGTTGTTCAAAT
GTCAGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACGACTTTCATCAAGGACATGAAAGTTGAATTTGATTA
ATGAGTTTCGTGGAGAATTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCC
Done.