Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005589.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05607, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5995
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Found at i:877 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 859--889 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
849 AACCTCAAAT
859 CCTGAAT-GACCCGAA
1 CCTGAATCGACCCGAA
874 CCTGAATCGACCCGAA
1 CCTGAATCGACCCGAA
890 TCAAATCAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.47
16 8 0.53
ACGTcount: A:0.32, C:0.35, G:0.19, T:0.13
Consensus pattern (16 bp):
CCTGAATCGACCCGAA
Found at i:1705 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 1441--1759 Score: 566
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
1431 AAAAATTAAA
1441 TAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACAGTATATT
1 TAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACAGTATATT
* *
1506 AAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAACTGATAAAAATAAATAAATTATAA
66 AAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGATAAAAATAAAGAAATTATAA
1571 AGAAATTAGATTTAATAATTGAATAAAAAC
131 AGAAATTAGATTTAATAATTGAATAAAAAC
* * *
1601 TAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAGCTGTATATT
1 TAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACAGTATATT
* *
1666 AAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAACTAAAGAAATTATAA
66 AAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGATAAAAATAAAGAAATTATAA
*
1731 GGAAATTAGATTTAATAATTGAATAAAAA
131 AGAAATTAGATTTAATAATTGAATAAAAA
1760 TAGAGTTTTT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 8, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
160 151 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.03, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
TAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACAGTATATT
AAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGATAAAAATAAAGAAATTATAA
AGAAATTAGATTTAATAATTGAATAAAAAC
Found at i:4387 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 4202--5468 Score: 979
Period size: 160 Copynumber: 8.0 Consensus size: 159
4192 GGTAAAAGTT
4202 AAATAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTAT
1 AAATAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTAT
*
4267 ATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGATAAAAATAAATAAATTA
66 ATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAATTA
*
4332 TAAAGAAATTAGATTTAATATTTGAATAA
131 TAAAGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
* * * **
4361 AAACTAATTATAAAAAATTGAATTTAAGTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAGTTGTA
1 AAA-TAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTA
* *
4426 TATTAATAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATT
65 TATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAATT
*
4491 ATAAGGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
130 ATAAAGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
** * ** * ** ***** *** ** *
4521 AAATAGAGTT-TTTAGTA--GAATAAAACTACCATTGGTTA-AG-CAATGGTA-TTTAAGA--GA
1 AAATA-A-TTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTG-
*** * ** * *
4578 TATATTCAAAAAAAATAAGGGTTTAAT-C-ATATTACATT-AAACTATCTAATAAAACAT-GT--
63 TATATT-AAAAATTTTAA---TAT-ATCCAAT-TTTTATTGAAA--A-ATAGT-AAA-ATGGTAA
* * * ** ** *
4637 CAATCACAATAACCTT-T---TAAATTA-AAATGGTAA--GAAT-T
117 AAAT-A-AATAA-ATTATAAAGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
* * * *
4675 AAATAATTATAAACTATTAAATTTAATTAAAAGAAAATAAAGTTTTTGGTAGAATAAAATTGTAT
1 AAATAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTAT
4740 ATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAATTA
66 ATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAATTA
* *
4805 TAAAGAAATTTGATTTAATAATTAAATAA
131 TAAAGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
* * *
4834 AATTTAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAGCTGTA
1 AA-ATAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTA
*
4899 TATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATT
65 TATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAATT
* *
4964 ATAAGGAAATTAGATTTAATAATTGAATTA
130 ATAAAGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
** * ** * ** * *** **** ** *
4994 AAATAGAGTT-TTTAGTA--GAATAAAACTACCATAGGTTA-AG-CAAGGGTA-TTTAAGA--GA
1 AAATA-A-TTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTG-
** ** * *
5051 TATATTCAAAAA-AATAAGGGTATAAT-C-ATATTACATT--AAACTA-TCAAA---TAAAACAT
63 TATATT-AAAAATTTTAA---TAT-ATCCAAT-TTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAA-A-
* * **** * * *
5107 GTCAATCACA--AT-AACCTTTTA-AATTAA-AATGGTAAGAA
120 -TAAAT-AAATTATAAAGAAATTAGATTTAATAATTG-AATAA
* **
5145 TTAAATAATTATAAACTATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAG-TTTTGGTAGAATAAATTTGT
1 --AAATAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGT
5209 ATATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAAT
64 ATATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAAT
* *
5274 TATAAAG-AATTTGATTTAATAATTAAATAA
129 TATAAAGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
* *
5304 AAACAAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTA
1 AAA-TAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTA
* *
5369 TATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTCAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATT
65 TATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAATT
*
5434 ATAATGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
130 ATAAAGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
5464 AAATA
1 AAATA
5469 GAGTTTTTAG
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 187, Indels: 162
0.71 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
150 4 0.00
151 19 0.02
152 23 0.03
153 20 0.02
154 54 0.06
155 60 0.07
156 38 0.05
157 48 0.06
158 93 0.11
159 121 0.14
160 342 0.41
161 14 0.02
162 4 0.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (159 bp):
AAATAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTAT
ATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAATTA
TAAAGAAATTAGATTTAATAATTGAATAA
Found at i:5011 original size:473 final size:473
Alignment explanation
Indices: 4126--5540 Score: 2523
Period size: 473 Copynumber: 3.0 Consensus size: 473
4116 AATAATAAAT
* *
4126 TTTAATCATATTACAGTAAACTATCAAATATAACATGTCAATCACAATAACCTTTTAAATTAAAA
1 TTTAATCATATTACATTAAACTATCAAATAAAACATGTCAATCACAATAACCTTTTAAATTAAAA
*
4191 TGGTAA-AAGTTAAATAATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGA
66 TGGTAAGAA-TTAAATAATTATAAACTATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGA
* *
4255 ATAAAACTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGATAAAA
130 ATAAAATTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAA
* * * *
4320 ATAAATAAATTATAAAGAAATTAGATTTAATATTTGAATAAAAACTAATTATAAAAAATTGAATT
195 ATAAATAAATTATAAAGAAATTTGATTTAATAATTAAATAAAAACTAATTATAAAATATTGAATT
* * *
4385 TAAGTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAGTTGTATATTAATAATTTTAATATATCCAA
260 TAATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAGCTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAA
4450 TTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAGGAAATTAGATTTAATAATT
325 TTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAGGAAATTAGATTTAATAATT
* *
4515 GAATAAAAATAGAGTTTTTAGTAGAATAAAACTACCATTGGTTAAGCAATGGTATTTAAGAGATA
390 GAATAAAAATAGAGTTTTTAGTAGAATAAAACTACCATAGGTTAAGCAAGGGTATTTAAGAGATA
4580 TATTCAAAAAAAATAAGGG
455 TATTCAAAAAAAATAAGGG
*
4599 TTTAATCATATTACATTAAACTATCTAATAAAACATGTCAATCACAATAACCTTTTAAATTAAAA
1 TTTAATCATATTACATTAAACTATCAAATAAAACATGTCAATCACAATAACCTTTTAAATTAAAA
* *
4664 TGGTAAGAATTAAATAATTATAAACTATTAAATTTAATTAAAAGAAAATAAAGTTTTTGGTAGAA
66 TGGTAAGAATTAAATAATTATAAACTATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAA
4729 TAAAATTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAA
131 TAAAATTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAA
**
4794 TAAATAAATTATAAAGAAATTTGATTTAATAATTAAATAAAATTTAATTATAAAATATTGAATTT
196 TAAATAAATTATAAAGAAATTTGATTTAATAATTAAATAAAAACTAATTATAAAATATTGAATTT
4859 AATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAGCTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAAT
261 AATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAGCTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAAT
4924 TTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAGGAAATTAGATTTAATAATTG
326 TTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAGGAAATTAGATTTAATAATTG
*
4989 AATTAAAATAGAGTTTTTAGTAGAATAAAACTACCATAGGTTAAGCAAGGGTATTTAAGAGATAT
391 AATAAAAATAGAGTTTTTAGTAGAATAAAACTACCATAGGTTAAGCAAGGGTATTTAAGAGATAT
5054 ATTC-AAAAAAATAAGGG
456 ATTCAAAAAAAATAAGGG
*
5071 TATAATCATATTACATTAAACTATCAAATAAAACATGTCAATCACAATAACCTTTTAAATTAAAA
1 TTTAATCATATTACATTAAACTATCAAATAAAACATGTCAATCACAATAACCTTTTAAATTAAAA
5136 TGGTAAGAATTAAATAATTATAAACTATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAG-TTTTGGTAGAA
66 TGGTAAGAATTAAATAATTATAAACTATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAA
*
5200 TAAATTTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAA
131 TAAAATTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAA
*
5265 TAAATAAATTATAAAG-AATTTGATTTAATAATTAAATAAAAACAAATTATAAAATATTGAATTT
196 TAAATAAATTATAAAGAAATTTGATTTAATAATTAAATAAAAACTAATTATAAAATATTGAATTT
*
5329 AATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAAT
261 AATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAGCTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAAT
* *
5394 TTTTATTCAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAATGAAATTAGATTTAATAATTG
326 TTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAGGAAATTAGATTTAATAATTG
* * *
5459 AATAAAAATAGAGTTTTTAGTAGAATTAAACTATCATAGTTTAAGCAAGGGTATTTAAGAGATAT
391 AATAAAAATAGAGTTTTTAGTAGAATAAAACTACCATAGGTTAAGCAAGGGTATTTAAGAGATAT
*
5524 ATTCAAAAAAAAAAAGG
456 ATTCAAAAAAAATAAGG
5541 TATAATGGTC
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 36, Indels: 6
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
470 237 0.26
471 102 0.11
472 127 0.14
473 436 0.48
474 2 0.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (473 bp):
TTTAATCATATTACATTAAACTATCAAATAAAACATGTCAATCACAATAACCTTTTAAATTAAAA
TGGTAAGAATTAAATAATTATAAACTATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAA
TAAAATTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAA
TAAATAAATTATAAAGAAATTTGATTTAATAATTAAATAAAAACTAATTATAAAATATTGAATTT
AATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAGCTGTATATTAAAAATTTTAATATATCCAAT
TTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAGGAAATTAGATTTAATAATTG
AATAAAAATAGAGTTTTTAGTAGAATAAAACTACCATAGGTTAAGCAAGGGTATTTAAGAGATAT
ATTCAAAAAAAATAAGGG
Found at i:5407 original size:159 final size:159
Alignment explanation
Indices: 5151--5466 Score: 535
Period size: 159 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
5141 AGAATTAAAT
* **
5151 AATTATAAACTATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTGGTAGAATAAATTTGTATATTAA
1 AATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTGGTAGAATAAAACTGTATATTAA
* *
5216 AAATTTTAATATATCCAATTTTTATTGAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAATAAATTATAAAG
66 AAATTTTAATATATCCAATTTTTATTCAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAAG
*
5281 -AATTTGATTTAATAATTAAATAAAAACA
131 AAATTAGATTTAATAATTAAATAAAAACA
*
5309 AATTATAAAATATTGAATTTAATTAAATGAAAATAGAGTTTTTGGTAGAATAAAACTGTATATTA
1 AATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAG-TTTTGGTAGAATAAAACTGTATATTA
*
5374 AAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTCAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAT
65 AAAATTTTAATATATCCAATTTTTATTCAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAA
*
5439 GAAATTAGATTTAATAATTGAATAAAAA
130 GAAATTAGATTTAATAATTAAATAAAAA
5467 TAGAGTTTTT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 9, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
158 36 0.24
159 87 0.59
160 24 0.16
ACGTcount: A:0.52, C:0.03, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (159 bp):
AATTATAAAATATTGAATTTAATTAAAAGAAAATAGAGTTTTGGTAGAATAAAACTGTATATTAA
AAATTTTAATATATCCAATTTTTATTCAAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAGAAATTATAAAG
AAATTAGATTTAATAATTAAATAAAAACA
Done.