Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005716.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05734, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7826
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Found at i:1882 original size:966 final size:965
Alignment explanation
Indices: 2--2765 Score: 5036
Period size: 966 Copynumber: 2.9 Consensus size: 965
1 T
*
2 ATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGAATTCCAATTTTCTTTGAGGTTA
1 ATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGG-ATTCCAATTTTCTTTAAGGTTA
*
67 GTTAAAAAAAAAAACTTTTGAAGTTATTAAAAAGACTATGATGCTGTCAACAAAAATTAACATTA
65 G-T-AAAAAAAAAACTTTTGAAGTTATTAAAAAGACTATGATGCTGTCAACAAAAATTAACTTTA
132 AATCCTTAGTAACTTAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTACCAATTCTTTGATTTAAAG
128 AATCCTTAGTAACTTAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTACCAATTCTTTGATTTAAAG
*
197 TTATTGGAAAAGCTATATAGTGGTGAAAAAGGTATATTATTAATCTTACATATTAGTAAGCAATA
193 TTATTGGAAAAGCTATATAGTGGTTAAAAAGGTATATTATTAATCTTACATATTAGTAAGCAATA
262 TTGGATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTTATTAAAAATGTTG
258 TTGGATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTTATTAAAAATGTTG
327 CAGTATCATCAAGGAAAAGTTGTCTTACATCCCCAGTAATTACCAATTTTATTATTTAAGTTTAC
323 CAGTATCATCAAGGAAAAGTTGTCTTACATCCCCAGTAATTACCAATTTTATTATTTAAGTTTAC
*
392 TGAAAAAGCTATAAAAACTATTATTATTGTTATCATACTATCAATAAATTTAATAACCTTATATT
388 TGAAAAAGCTATAAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATTTAATAACCTTATATT
457 TTAGTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATTATTGA-TTTTTTTAATGTAATTATGGTTACTATATA
453 TTAGTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATTATTGATTTTTTTTAATGTAATTATGGTTACTATATA
*
521 CTCCCTCTGTTTGTATTTACTTGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATCTTGGACTATTATTTA
518 CTCCCTCTGTTTGTATTTACTTGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATCTTGGACCATTATTTA
586 TGAAAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAGTTTATAATGTAAGGTTA
583 TGAAAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAGTTTATAATGTAAGGTTA
651 ACTTGAAGGTTGGTTGACCAAAATGTGACAAATAAAAAGCTAAGTCTGGTTTCTCTCATAACTGT
648 ACTTGAAGGTTGGTTGACCAAAATGTGACAAATAAAAAGCTAAGTCTGGTTTCTCTCATAACTGT
* *
716 GCTTAGGTCATGTTGTAATGACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCTTTTCCCATTGTAATCATGCC
713 GCTTAGGTCCTGTTGTAACGACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCTTTTCCCATTGTAATCATGCC
*
781 AACGAACTGTAAACTGC-TCCAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATCTTAATAAACATTTATGA
778 AACGAACTGTAAACTGCTTCAAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATCTTAATAAACATTTATGA
845 TGTTATCAAAATAGCTACGGTGCTAACATTAGTTACCATTTTTTTATCTAAAGTTTTTAGGGAAA
843 TGTTATCAAAATAGCTACGGTGCTAACATTAGTTACCATTTTTTTATCTAAAGTTTTTAGGGAAA
* *
910 AAATTATAAAGATTATCAGGAAGAGGTATAATACTATCAATAAATTTTGCAACCTTAC
908 AAATTATAAAGATTATCAAGAAGAGGTATAATACTATCAATAAATTTAGCAACCTTAC
* *
968 ATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAGTAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTAACGTTAG
1 ATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTAAGGTTAG
* *
1033 TAAAAAAAAAACTTTTGAAGTTATTAAATAGACTATGATGTTGTCAACAAAAATTAACTTTAAAT
66 TAAAAAAAAAACTTTTGAAGTTATTAAAAAGACTATGATGCTGTCAACAAAAATTAACTTTAAAT
1098 CCTTAGTAACTTAGATAT-ACCTTTCATCAATAATTAAGGTTACCAATTCTTTGATTTAAAGTTA
131 CCTTAGTAACTTAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTACCAATTCTTTGATTTAAAGTTA
* *
1162 TTGGAAAAGCTATATAATGGTTAAAAAAGTATATTATTAATCTTACATATTAGTAAGCAATATTG
196 TTGGAAAAGCTATATAGTGGTTAAAAAGGTATATTATTAATCTTACATATTAGTAAGCAATATTG
*
1227 GATACCAATTTTCTTAATTTTCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTTATTAAAAATGTTGCAG
261 GATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTTATTAAAAATGTTGCAG
*
1292 TATCATCAAGGAAAAGTTGTCTTACATCCCCAGCAATTACCAATTTTATTATTTAAGTTTACTGA
326 TATCATCAAGGAAAAGTTGTCTTACATCCCCAGTAATTACCAATTTTATTATTTAAGTTTACTGA
1357 AAAAGCTATAAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATTTAATAACCTTATATTTAA
391 AAAAGCTATAAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATTTAATAACCTTATA--T--
*
1422 TTTAGTGGCCTTTCATTAGTAATAAAGATTATTGATTTTTTTTAATGTAATTATGGTTACTATAT
452 TTTAGTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATTATTGATTTTTTTTAATGTAATTATGGTTACTATAT
* *
1487 ACTCCATCCGTTTGTATTTACTTGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATCTTGGACCATTATTT
517 ACTCCCTCTGTTTGTATTTACTTGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATCTTGGACCATTATTT
*
1552 ATG-AAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAGTATGTATTGAAAAGTTTATAATGTAAGGTT
582 ATGAAAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAGTTTATAATGTAAGGTT
*
1616 AACTTGAAGGTTGGTTGACCAAAATGTGACAAATAAAAAGCTAAGTTTGGTTTCTCTCATAACTG
647 AACTTGAAGGTTGGTTGACCAAAATGTGACAAATAAAAAGCTAAGTCTGGTTTCTCTCATAACTG
* * *
1681 TGCTTAGATCCTGTTGTAACGATATTTTCTCTTCTACAGAAATTCTTTTCCCATTGTAATCATGC
712 TGCTTAGGTCCTGTTGTAACGACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCTTTTCCCATTGTAATCATGC
* *
1746 CAATGAACTGTAAACTGCTTCAAAACTTTAACATTCTCAAGTATAAATCTTAATAAACATTTATG
777 CAACGAACTGTAAACTGCTTCAAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATCTTAATAAACATTTATG
*
1811 ATGTTATCAAAATAGCTACGGTGCTAACATTAGTTACTATTTTTTTATCTAAAGTTTTTAGGG-A
842 ATGTTATCAAAATAGCTACGGTGCTAACATTAGTTACCATTTTTTTATCTAAAGTTTTTAGGGAA
*
1875 AAAATTATAAAGATTATCAAGAAGCGGTATAATACTATCAATAAATTTAGCAACCTTAC
907 AAAATTATAAAGATTATCAAGAAGAGGTATAATACTATCAATAAATTTAGCAACCTTAC
1934 ATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTAAGGTTAG
1 ATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTAAGGTTAG
**
1999 T-AAAAAAAAACTTTTGAAGTTATTAAAAAGACTATGACACTGTCAACAAAAATTAACTTTAAAT
66 TAAAAAAAAAACTTTTGAAGTTATTAAAAAGACTATGATGCTGTCAACAAAAATTAACTTTAAAT
2063 CCTTAGTAACTTAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTACCAATTCTTTGATTTAAAGTTA
131 CCTTAGTAACTTAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTACCAATTCTTTGATTTAAAGTTA
2128 TTGGAAAAGCTATATAGTGGTTAAAAAGGTATATTATTAATCTTACATATTAGTAAGCAATATTG
196 TTGGAAAAGCTATATAGTGGTTAAAAAGGTATATTATTAATCTTACATATTAGTAAGCAATATTG
* *
2193 GATACCGATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACGTTAAAGGTCATAAGGTTATTAAAAATGTTGCAG
261 GATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTTATTAAAAATGTTGCAG
*
2258 TATCATCAAGGAAAAGTTGTCTTACATCCCTAGTAATTACCAATTTTATTATTTAAGTTTACTGA
326 TATCATCAAGGAAAAGTTGTCTTACATCCCCAGTAATTACCAATTTTATTATTTAAGTTTACTGA
*
2323 AAAAGTTATAAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATTTAATAACCTTATATTTTA
391 AAAAGCTATAAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATTTAATAACCTTATATTTTA
2388 GTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATTATTGATTTTTTTTAATGTAATTATGGTTACTATATACTC
456 GTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATTATTGATTTTTTTTAATGTAATTATGGTTACTATATACTC
*
2453 CCTCTGTTTGTATTTACTTGTTACAATTTTATCAACTATCTTTCATCTTGGACCATTATTTATGA
521 CCTCTGTTTGTATTTACTTGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATCTTGGACCATTATTTATGA
2518 AAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAGTTTATAATGTAAGGTTAACT
586 AAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAGTTTATAATGTAAGGTTAACT
* *
2583 TGAAGGTTGGTTGACCAAAATGTGACAAATAAAAAGTTAAGTCTGGTTTCTCTCGTAACTGTGCT
651 TGAAGGTTGGTTGACCAAAATGTGACAAATAAAAAGCTAAGTCTGGTTTCTCTCATAACTGTGCT
* * *
2648 TAGGTCCTATTGTAACGACATTTTCTCTTCTACATAAACTCTTTTCCCATTGTAATCATTCCAAC
716 TAGGTCCTGTTGTAACGACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCTTTTCCCATTGTAATCATGCCAAC
*
2713 GAACTGTAAACTGCTCCAAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATCTTAATAAA
781 GAACTGTAAACTGCTTCAAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATCTTAATAAA
2766 TCAATCTCTT
Statistics
Matches: 1729, Mismatches: 61, Indels: 19
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
962 424 0.25
963 314 0.18
964 3 0.00
965 98 0.06
966 690 0.40
967 200 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (965 bp):
ATCTTTAGTAATTTTAGTAACTCTTTTTATCAATAATGAAGGATTCCAATTTTCTTTAAGGTTAG
TAAAAAAAAAACTTTTGAAGTTATTAAAAAGACTATGATGCTGTCAACAAAAATTAACTTTAAAT
CCTTAGTAACTTAGATATAACCTTTCATCAATAATTAAGGTTACCAATTCTTTGATTTAAAGTTA
TTGGAAAAGCTATATAGTGGTTAAAAAGGTATATTATTAATCTTACATATTAGTAAGCAATATTG
GATACCAATTTTCTTAATTATCTAAGTTTACTTTAAAGGTCATAAGGTTATTAAAAATGTTGCAG
TATCATCAAGGAAAAGTTGTCTTACATCCCCAGTAATTACCAATTTTATTATTTAAGTTTACTGA
AAAAGCTATAAAAACTATTAATATTGTTATCATACTATCAATAAATTTAATAACCTTATATTTTA
GTGGCCTTTCATCAGTAATAAAGATTATTGATTTTTTTTAATGTAATTATGGTTACTATATACTC
CCTCTGTTTGTATTTACTTGTTACAATTTGATCAACTATCTTTCATCTTGGACCATTATTTATGA
AAAAAATATCAAAACTTAAAATTTCAAAAAATATGTATTGAAAAGTTTATAATGTAAGGTTAACT
TGAAGGTTGGTTGACCAAAATGTGACAAATAAAAAGCTAAGTCTGGTTTCTCTCATAACTGTGCT
TAGGTCCTGTTGTAACGACATTTTCTCTTCTACAGAAACTCTTTTCCCATTGTAATCATGCCAAC
GAACTGTAAACTGCTTCAAAACTTTAGCATTCTCAAGTATAAATCTTAATAAACATTTATGATGT
TATCAAAATAGCTACGGTGCTAACATTAGTTACCATTTTTTTATCTAAAGTTTTTAGGGAAAAAA
TTATAAAGATTATCAAGAAGAGGTATAATACTATCAATAAATTTAGCAACCTTAC
Found at i:3552 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 3238--3568 Score: 400
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 166
3228 TCATTTGTCA
* *
3238 ATTGAGAAATGATCAAAAAGTTTAGTTATTTAATCCCCTCAAGAATAAAAAAATTAGGACATTTA
1 ATTGAGAAATGACCAAAAAG-TTACTTATTTAATCCCCTCAAGAATAAAAAAATTAGGACATTTA
* * ** * * * ** *
3303 AGTAATCTGCCAAGTAGGTAAAGACGAAAAATGTTAGTTCTCTAACTCATCATCAATCCTTGATG
65 AATAATCTGCCAAGTAGGAAAAGACGAAAAAAATAAGTTATCAAACTCAAAAGCAATCCTTGATG
* *
3368 GGAATCATTTATTAATTCCACTACTCTATTCAAGTCC
130 GGAATCATTTAGTAATTCCACTACTCTATTAAAGTCC
* * * *
3405 ATTGAGAAATGACCAAAATA-TTACTTATTTAATCCCCTCAAGAAT-CAAAAGTTGGGATATTTA
1 ATTGAGAAATGACCAAAA-AGTTACTTATTTAATCCCCTCAAGAATAAAAAAATTAGGACATTTA
* *
3468 AATAATCTGTCAAGTAGGAAAAGACGAAAAAAATAAGTTATCAAACTCCAAAAGCAAGT-CTTGG
65 AATAATCTGCCAAGTAGGAAAAGACGAAAAAAATAAGTTATCAAACT-CAAAAGCAA-TCCTTGA
*
3532 TAGGG-ATCTTTTAGTAATTCCACTACTCTATTAAAGT
128 T-GGGAATCATTTAGTAATTCCACTACTCTATTAAAGT
3569 TTAGGACATT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 21, Indels: 9
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 53 0.38
166 64 0.46
167 21 0.15
168 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (166 bp):
ATTGAGAAATGACCAAAAAGTTACTTATTTAATCCCCTCAAGAATAAAAAAATTAGGACATTTAA
ATAATCTGCCAAGTAGGAAAAGACGAAAAAAATAAGTTATCAAACTCAAAAGCAATCCTTGATGG
GAATCATTTAGTAATTCCACTACTCTATTAAAGTCC
Found at i:3672 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 3622--3711 Score: 162
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 45
3612 TATTATTTCT
3622 CCAGCTCATCATTAATCCGGGGTAGGGATCTTTTAGTAATTCCAC
1 CCAGCTCATCATTAATCCGGGGTAGGGATCTTTTAGTAATTCCAC
* *
3667 CCAGCTTATCATTAATTCGGGGTAGGGATCTTTTAGTAATTCCAC
1 CCAGCTCATCATTAATCCGGGGTAGGGATCTTTTAGTAATTCCAC
3712 TACTCTATTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 43 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (45 bp):
CCAGCTCATCATTAATCCGGGGTAGGGATCTTTTAGTAATTCCAC
Found at i:6674 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 6559--6690 Score: 246
Period size: 69 Copynumber: 1.9 Consensus size: 69
6549 CCTGCCGAGT
*
6559 CATCATGCCATATCATTACAATCCAATCAATTAGAAAAAAACAATAACCAAGTCTCGAAGGGGCA
1 CATCATGCCATATCATTACAATCCAATCAATTAGAAAAAAACAATAACCAAGTCTCAAAGGGGCA
6624 TCCC
66 TCCC
*
6628 CATCATGCCATATCATTACAATCCAATCAATTAGAAAAAAATAATAACCAAGTCTCAAAGGGG
1 CATCATGCCATATCATTACAATCCAATCAATTAGAAAAAAACAATAACCAAGTCTCAAAGGGG
6691 TATCTCCGTG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
69 61 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.23, G:0.11, T:0.21
Consensus pattern (69 bp):
CATCATGCCATATCATTACAATCCAATCAATTAGAAAAAAACAATAACCAAGTCTCAAAGGGGCA
TCCC
Done.