Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01005733.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05751, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 942

Length: 1571
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35


Found at i:1015 original size:326 final size:324

Alignment explanation


    Indices: 1--1567  Score: 1757
    Period size: 327  Copynumber: 4.8  Consensus size: 324

                                             *         *                   * 
          1 TCAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTA-AAAAAAAAGAAAAACGATATT-AAAGCAT
          1 TCAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAGGAAAAACGATATTAAAAGCGT

                  *       *        *            *      * * *               * 
         64 GGGAAGCCCTTCAACCCTTTTGGAATTGATTTATATTTTTTTTTTTATTATTGTAGCCAAAAACT
         66 GGGAAGACCTTCAATCCTTTTGGCATTGATTTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAATT

                                                                             
        129 GA-GGAACAATTTTTCGAGTCATTTTTTTACAAAATTTTTAA-CGAAATCATGCATCACAGTTTT
        131 GAGGGAA-AATTTTTCGAGTCA-TTTTTTACAAAA-TTTTAACCGAAATCATGCATCACAGTTTT

                         *  *   *      *                     *           * * 
        192 TTACTAAAAACGCATTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCGAGACTCCTTG
        193 TTACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCATGG

                                 *    *            *                         
        257 AAATATCTATATTCATCTAACGAAATTTCAGCCACACTGAATTTAAGGATTT-TGTTTTACGAGC
        258 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACACTGGATTTAAGGATTTGT-TTTTACGAGC

               
        321 ATC
        322 ATC

                  *                           *           *    *   *  *      
        324 TCAATCTGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAAAAGGGTAAAAGGATTTTGAAAGCG
          1 TCAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAA-GGAAAAACGATATTAAAAGCG

                   *                                     *                  *
        389 TGGGAAGTCCTTCAATCCTTTTGGCATTGATTTATATA-TTTTTAAGAGTATTGTAGCCAAAAAC
         65 TGGGAAGACCTTCAATCCTTTTGGCATTGATTTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAAT

                 *                        **                        *        
        453 TGAGGAAAAATATATTT-G-GTCATTTTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCATGTACGTCACAGTT
        130 TGAGGGAAAAT-T-TTTCGAGTCATTTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCATG--CATCACAGTT

                   *          *         * *  *                 *  *          
        516 TTTTACTGAAAACGCGTTACGGGGCCCTTGTCTTAGTTTTGCATGATTTTGGGGGACCCG-G-CT
        191 TTTTACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTT-TGGCA-CCGAGACT

                                                                     *       
        579 CATGGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACACTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
        253 CATGGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACACTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC

                   
        644 GAGCATC
        318 GAGCATC

             *      *                                                      * 
        651 TTAATCCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAGGAAAAACGATATTAAAAGCTT
          1 TCAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAGGAAAAACGATATTAAAAGCGT

                     *                      *                                
        716 GGGAAGACCATCAATCCTTTTGGCATTGATTTCTATATTTTTCTATGAGTATTGTAGCCAAAAAT
         66 GGGAAGACCTTCAATCCTTTTGGCATTGATTTATATATTTTT-TATGAGTATTGTAGCCAAAAAT

                            *          *           **                        
        781 TGAGGGAAAATTTTTCTAGTCATTTATATACAAAATTTTTGCCGAAATCATGCATCACAGTTTTT
        130 TGAGGGAAAATTTTTCGAGTCATTT-TTTACAAAATTTTAACCGAAATCATGCATCACAGTTTTT

                              *    *                                     * * 
        846 TACTAAAAACGCGTTCCGTGGCCGCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGTA-ACTCTTTG
        194 TACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCG-AGACTCATGG

                                 **         *    *         *        * *      
        910 AAATATCTATATTCATCTAAAAAAAATCTCAGACACATTGGATTTAATGATTTGTTCTCACGAGC
        258 AAATATCTATATTCATCT-AACCAAATCTCAGCCACACTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC

               
        975 ATC
        322 ATC

                  *                                              * *  *      
        978 TCAATCTGGTTTCGATTTAATTAGAAATT-ATTCAGAAAAAAAAAAGG-AAAATGTTAATAAAAG
          1 TCAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG---AAAAAAAGGAAAAACGATATTAAAAG

                *                 *          *       *                       
       1041 CGTGTGAA-ATCCTTCAATCCTGTTGGCATTGAGTTATATACTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAA
         63 CGTGGGAAGA-CCTTCAATCCTTTTGGCATTGATTTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAA

             *                   * *  *     **           *               *   
       1105 ATTTG-GGGAAAATTTTTTCGGGCCACTTTTTGGAAAATTTTAACTGAAATCGTATATTAACCAT
        127 AATTGAGGGAAAA-TTTTTCGAGTCATTTTTTACAAAATTTTAACCGAAATC----A-T--GCAT

              * *              *                                             
       1169 CAAAATTTTTTACTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGA
        184 CACAGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGA

                                  *                            *             
       1234 GACTCATGGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTGTTT
        249 GACTCATGGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACACTGGATTTAAGGATTTGTTT

                       
       1299 TTACGAGCATC
        314 TTACGAGCATC

                   *                    *    *                            *  
       1310 TCAATCCAGTTTCGATTTAATTAGAAATGAATTAAGAAAAAAAGGAAAAACGATATTAAAAGTGT
          1 TCAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAGGAAAAACGATATTAAAAGCGT

                     *                 * *                      **           
       1375 GGGAAGACCATCAATCCTTTTGGCATTAAGTTATATATTTTTTATGAGTATTACAG-CAAAAATT
         66 GGGAAGACCTTCAATCCTTTTGGCATTGATTTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAATT

                    *       *    **                           *             *
       1439 G-GGGAAACTTTTTCGGGT-AAATTTTAGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTGCCAACGATCACC
        131 GAGGGAAAATTTTTCGAGTCATTTTTTA-CAAAATTTTAACCGAAATC--ATG----C-ATCACA

                           *  *             **        *                      
       1502 GTTTTTTACTAAAAATGCTTTCCGGGGCCCCGTATCAGTTTTACATGATTTTTGGCACCGAGACT
        188 GTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACT

             
       1567 C
        253 C

       1568 CTTG


Statistics
Matches: 1050,  Mismatches: 150, Indels: 82
        0.82            0.12        0.06

Matches are distributed among these distances:
 323   38  0.04
 324   30  0.03
 325   45  0.04
 326  203  0.19
 327  268  0.26
 328   96  0.09
 329  124  0.12
 330   24  0.02
 331   63  0.06
 332   69  0.07
 333   90  0.09

ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35


Consensus pattern (324 bp):   
TCAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAGGAAAAACGATATTAAAAGCGT
GGGAAGACCTTCAATCCTTTTGGCATTGATTTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAATT
GAGGGAAAATTTTTCGAGTCATTTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCATGCATCACAGTTTTTTA
CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCATGGAAA
TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACACTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
Done.