Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01005755.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05773, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 609

Length: 1016
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.35


Found at i:936 original size:199 final size:198

Alignment explanation


    Indices: 355--1014  Score: 789
    Period size: 199  Copynumber: 3.3  Consensus size: 198

        345 TTGGCACAAA

                                    *           *                            
        355 AACTTCTTAAC-CGCTTATGGAGTACAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
          1 AACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA

                  *                                        * *               
        419 AGAAAATTTATACAATACACCA-TCAGTGGAGTTTAGCAAACTGCACATACGGGGTTTAACTTTA
         66 AGAAAAATTATACAATACA-CAGTCAGTGGAGTTTAGCAAACTGCACGTGCGGGG-TT--C---A

                           * *                         *                    *
        483 AGGG-TGACATGTGTACGCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATTATTT-A--ATTATGAAATGG
        124 AGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATTATGAAATGA

                     *
        544 GGTATGTGTT
        189 GGTATGTGTC

                       * **         *                 *                      
        554 AACTTCTTAACCCATTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAATGTATTGTATAATAATCCTATA
          1 AACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA

                                   *      *       * *        **  *  *        
        619 AGAAAAATTATACAATAC-C-GTAAGTGGATTTTAGCAGATTGCACGTGTAGGATTTAAGGGTTG
         66 AGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAAACTGCACGTGCGGGGTTCAAGGGTTG

               *       *                                                    *
        682 ACAAGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTTATTATGAAATGAGGTATC
        131 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAA-TTATTATGAAATGAGGTATG

                
        747 TGTC
        195 TGTC

                                              * *                      *     
        751 AACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTATATTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATA
          1 AACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA

                      **                          *                          
        816 AGAAAAATTACGCAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCATACTGCACGTGCGGGGTTCAAGGGTTG
         66 AGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAAACTGCACGTGCGGGGTTCAAGGGTTG

                  *                                                          
        881 ACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAGTTATGAAATGAGCCGGG
        131 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTA-TTATGAAATGA-----G

                  *  
        946 GTATGTCTC
        190 GTATGTGTC

                                   *               *          *          
        955 AACTTCTTAA-TCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTAACAGTGTATTTTATAATAATC
          1 AACTTCTTAACT-CGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC

       1015 AT


Statistics
Matches: 392,  Mismatches: 53, Indels: 27
        0.83            0.11        0.06

Matches are distributed among these distances:
 192    5  0.01
 193   39  0.10
 194    1  0.00
 197   94  0.24
 198   28  0.07
 199   99  0.25
 200   65  0.17
 203    1  0.00
 204   60  0.15

ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.18, T:0.35


Consensus pattern (198 bp):   
AACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
AGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAAACTGCACGTGCGGGGTTCAAGGGTTG
ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATTATGAAATGAGGTATGT
GTC
Done.