Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005757.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05775, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2095
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Found at i:589 original size:323 final size:322
Alignment explanation
Indices: 1--1633 Score: 2559
Period size: 323 Copynumber: 5.1 Consensus size: 322
* * *
1 AAAACTAAGTCGGGGCCCAAGAATGCGTTTTTAGCC-AATACTCGTAATGGTTAGTACACGATTT
1 AAAACTAAGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * *
65 TCGACTAAAATTGACGAGAAATTTTTTTTCTTAATTTCTGGCCCAAATACAT-ATAATAATATAT
65 TCGGCTAAAATTGACGAGAAATTTTTTTCCTCAATTTCTGGCCCAAATAC-TCATAATAATATAT
* * *
129 AATTCAACTTCAAAAAAATTGGAAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGGTTTTCTCAATTTTTTTC
129 AATTCAACTTCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCT-AATTTTTTTC
* * *
194 TGAATTAACTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAACCAAATCCTAAAATCCA
193 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* *
259 ACGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGTTAAAAACCAAGC
258 ACGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAACCATGC
* * *
324 AAAACTAACTCGGAGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACCTTGATGGTTAGTACACGATT
1 AAAACTAAGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCC--AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
** * *
389 TTCGGCT-AAATATGACCCGAAACTTTTTTCCTCAATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAGTATA
64 TTCGGCTAAAAT-TGACGAGAAATTTTTTTCCTCAATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATA
* * *
453 TAATTCAACTTCAAAGAGATTGAAAGGCTTTTATCACTTTTAATATTGTTTTTCTTA-TTTTTTC
128 TAATTCAACTTCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCTAATTTTTTTC
517 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
193 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
** * *
582 ACGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATGTAGATAATTCAATGAGTCTTGGTGCTCAAAAACCATG
258 ACGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCG-TAAAAAACCATG
647 C
322 C
*
648 AAAACTAAGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCCGTGATGGTTAAGTACACGATTT
1 AAAACTAAGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT-AGTACACGATTT
* * *
713 TCGGCTAAAATTGACGAGAAATTTTTTTTCTTAATTTCTGGACCAAATACTCATAATAATATATA
65 TCGGCTAAAATTGACGAGAAATTTTTTTCCTCAATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATATA
778 ATTCAACTTCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTC-AATTTTTTTCTG
130 ATTCAACTTCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCTAATTTTTTTCTG
*
842 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAC
195 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAC
** * * *
907 GTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATGTAGATAATTCAATGATTCTTGGTGCAAAAAAACCATGC
260 GTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCG-TAAAAAACCATGC
971 AAAACTAAGCTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
1 AAAACTAAG-TCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* *
1036 TCGGCT-AAATATGACCG-GAAATTTTTTTCCTCAATTTATTGCCCAAATACTCATAATAATATA
65 TCGGCTAAAAT-TGA-CGAGAAATTTTTTTCCTCAATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATA
* * *
1099 TAATTCGATTTCAAAGAGATTGAAAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCTTAATTTTTTT
128 TAATTCAACTTCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTC-TAATTTTTTT
* *
1164 CTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATCTTCAAATGCTC-TTAAAA-AAATCCTTAAATCC
192 CTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* **
1227 AACGTGACTGAGATTTAATTAGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAACCATG
257 AACGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAACCATG
1292 C
322 C
* *
1293 AAAACTAAGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCCGTGATGGTTAGTACATGATTTT
1 AAAACTAAGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTT
*
1358 CGGCTAAAATTGACGAGAAATTTTTTTCAT-AATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATATAA
66 CGGCTAAAATTGACGAGAAATTTTTTTCCTCAATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATATAA
*
1422 TTCAACTTCAAAAAGATTGATAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCTCAA-TTTTTTCTG
131 TTCAACTTCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCT-AATTTTTTTCTG
* *
1486 AAGTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAAC
195 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAC
**
1551 GTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAACCAAAC
260 GTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAACCATGC
1614 AAAACTAAGTCGGGGCCCAA
1 AAAACTAAGTCGGGGCCCAA
1634 CACGATTTTC
Statistics
Matches: 1209, Mismatches: 82, Indels: 40
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
319 48 0.04
320 87 0.07
321 170 0.14
322 43 0.04
323 584 0.48
324 104 0.09
325 169 0.14
326 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (322 bp):
AAAACTAAGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTT
CGGCTAAAATTGACGAGAAATTTTTTTCCTCAATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATATAA
TTCAACTTCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCTAATTTTTTTCTGA
ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAACG
TGGCTGAGATTTAATTAGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAACCATGC
Found at i:1859 original size:282 final size:284
Alignment explanation
Indices: 1379--1915 Score: 846
Period size: 282 Copynumber: 1.9 Consensus size: 284
1369 GACGAGAAAT
*
1379 TTTTTTCATAATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATATAATTCAACTTCAAAAAGATTGATA
1 TTTTTTCATAATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATATAATTCAACTTCAAAAAGATTGAAA
1444 GGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCTCAATTTTTTCTGAAGTAATTTCTAATTAAATCGAA
66 GGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCTCAATTTTTTCTGAAGTAATTTCTAATTAAATCGAA
* *
1509 ACAATATTCAAATGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAACGTGGCTGAGATTTAATTAGATGA
131 ACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAACGTGGCTGAGACTTAATTAGATGA
* * * **
1574 ATACAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGTAAAAAACCAAACAAAACTAAGTCGGGGCCCAACACGA
196 ATACAGACAATTCAATGAGTCTTAGCGCAAAAAACCAAACAAAACTAAGTCAAGGCCCAACACGA
1639 TTTTCGCCTAAAATCTACCCAAAA
261 TTTTCGCCTAAAATCTACCCAAAA
* * *
1663 TTTTTTCCTCAATTTCTGGCCCAAATACTCATAAT-A-GTATAATTCAACTTCAAAGAGATTGAA
1 TTTTTTCAT-AATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATATAATTCAACTTCAAAAAGATTGAA
* ** * *
1726 AGGCTTTTATCACTTTTAATATTGTTTTTC-CTTTTTTTTCTGAATTAATTTGTAATTAAATCGA
65 AGGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCTCAATTTTTTCTGAAGTAATTTCTAATTAAATCGA
* *
1790 AACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTTAATCCAACGTGGTTGAGACTTAATTAGATG
130 AACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAACGTGGCTGAGACTTAATTAGATG
* * **
1855 AATACAGACAATTTAATGAGTCTTAGCGCCAAAAACCATGCAAAACTAAGTCAAGGCCCAA
195 AATACAGACAATTCAATGAGTCTTAGCGCAAAAAACCAAACAAAACTAAGTCAAGGCCCAA
1916 GAACGCGTTT
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 22, Indels: 4
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
282 143 0.62
283 53 0.23
284 9 0.04
285 25 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (284 bp):
TTTTTTCATAATTTCTGGCCCAAATACTCATAATAATATATAATTCAACTTCAAAAAGATTGAAA
GGCTTTTATCACTTCTAATATTGTTTTTCTCAATTTTTTCTGAAGTAATTTCTAATTAAATCGAA
ACAATATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAACGTGGCTGAGACTTAATTAGATGA
ATACAGACAATTCAATGAGTCTTAGCGCAAAAAACCAAACAAAACTAAGTCAAGGCCCAACACGA
TTTTCGCCTAAAATCTACCCAAAA
Done.