Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005777.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05795, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3315
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:928 original size:201 final size:196
Alignment explanation
Indices: 573--1278 Score: 968
Period size: 201 Copynumber: 3.6 Consensus size: 196
563 GTTGCCATCC
* *
573 TTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCAAAGGGTACACATGTCAACTCTTAAAGTTAAACCCC
1 TTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAAC-CCT---GTTAAACCCC
* *
638 GCACATGCAGTTTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATA
62 GCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATA
703 CAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACCCCATT
127 CAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTT-ACACATACCCCATT
768 TCATAA
191 TCATAA
* *
774 TTAACTATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCCTTAAAGTTAAACTCC
1 TTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCC-T---GTTAAACCCC
839 GCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATA
62 GCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATA
* * * *
904 CAATACACTATCAGTGTGAATTTTGGACTTCATAAACGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATT
127 CAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTT-ACACATACCCCATT
969 TCATAA
191 TCATAA
* *
975 TTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCC--TTAAACCCCACAT
1 TTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCCTGTTAAACCCCGCAC
* * * * *
1038 TTGCAATCTGCTAAACTCCACTAAAGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGATTATTATACAAT
66 GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAAT
* **
1103 ACACTGTCAGTGTAAATTTTAGACTCCATAAGCGGG-T-----G--ACACATACCATATTTCAAA
131 ACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTACACATACCCCATTTC---
1160 ATTAA
193 A-TAA
* * *
1165 TTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAA--CTCTTAAACCCTGCAC
1 TTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCCTGTTAAACCCCGCAC
* * *
1228 GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGATGTATTATATAATTTTTCTTATAG
66 GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAG
1279 TGAACTTATA
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 37, Indels: 25
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
186 14 0.03
188 1 0.00
189 2 0.00
190 104 0.23
194 1 0.00
195 101 0.22
200 1 0.00
201 237 0.51
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (196 bp):
TTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCCTGTTAAACCCCGCAC
GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAAT
ACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTACACATACCCCATTTCATA
A
Done.