Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005837.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05855, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 989
Length: 1649
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Found at i:1240 original size:338 final size:332
Alignment explanation
Indices: 126--1649 Score: 1832
Period size: 331 Copynumber: 4.6 Consensus size: 332
116 CTCAATTTTT
* * * *
126 AAATATGTAACTCAACGTAAATAATTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCA-T
1 AAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTCTATTATCGTATTTCCATT
* * * * *
190 TTTTTATGAAATAAGTTCTTGTAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
66 TTTTTCTGAATTAATTTCTTATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCC-TA
* * *
255 AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTAATGAATATAGATATCTCATGGACTTTTGGCACCAAAAA
130 AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAA
320 TCACACAAAACTGAA-CCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGC-AAAAAAATCGTGATGGTTAGTA
195 TCACACAAAACT-AAGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTA
* * *
383 CACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCCCAAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCGCAA
259 CACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAA
* *
448 TTATCATAA
324 TAATCATAG
* * * *
457 AAATTTGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAGGGCTTTTTACACTTCTATTATTGTATTTCCA-T
1 AAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTCTATTATCGTATTTCCATT
* * *
521 TTTTTCTGAATTAATTT-TTAATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATT
66 TTTTTCTGAATTAATTTCTT-ATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATC-CT
*** * * * * *
585 AAATCCATTGTCTATAAGATTT-TTTATGACGAATATAGATATTTCATGGACACTTGGAACCAAA
129 AAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTT-TGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAA
* * * * * *
649 AATCATATAAAACTATGTCGAGGCCCAGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGATGGTTAGT
193 AATCACACAAAACTAAGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGATGGTTAGT
** *
714 ACACGATTTCAGCT-AAATTTTTAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTGCTCAATTTTTAGCCACA
258 ACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACA
778 ATAATCATAG
323 ATAATCATAG
* * * * * * * * *
788 AATTATATAATTCAACATTAAGAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTATTAT-GATTTTTCCAT
1 AAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTCTATTATCG-TATTTCCAT
*
852 TTTTTTCATGAATTAATTTCTTATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
65 TTTTTTC-TGAATTAATTTCTTATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCT
917 AATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAA
129 AA-ATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAA
* *
982 AATCACACAAAACTAAGCCGGGGCGCC-GGAACGCATTTTTAGCAAAAAAAAAAATCGTTATGGT
193 AATCACACAAAACTAAGCCGGGGC-CCAGGAACGCGTTTTTAGC---AAAAAAAATCGTGATGGT
* * *
1046 TAGTACATGCTTTCAGCTAAAATTTTGCTAAAAATTGACCCGTAAAGATATTTGACTC-AGTTTT
254 TAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCCG-AAAGATATTTG-CTCAATTTTT
* *
1110 AGTCACAATTATCATA-
316 AGCCACAATAATCATAG
*
1126 AAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATT
1 AAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTCTATTATCGTATTTCCA-T
* * * *
1191 TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATT
65 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATC-CT
* * * * *
1256 AGATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTATGATGAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCATCAAAA
129 AAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAA
* * * * * * * * ** *** *
1321 AT-ACTATAAAACCATGTCGCGGCCCGGGAACGTGTTCTTATTAAAAAAAAAATTGACGGTTAGT
194 ATCAC-ACAAAACTAAGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGATGGTTAGT
* * * * * *
1385 ACACGATTTCAACTAAAATTTTTCAAAAATTGTCCCCGAAAGGTTTTTACTCAATTTTTAGCCAC
258 ACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTG-ACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCAC
*
1450 AATAATAATAG
322 AATAATCATAG
* * * * * * * ** * *
1461 AATTATATAATTCAACATTAAGAAGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCATT
1 AAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTCTATTATCGTATTTCCA-T
* *
1526 TTTTTTATGAATTAATTTCTTATAAAATCGAAGCAAGA-TCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
65 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCC-T
* *
1590 AAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTAACGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCAC
129 AAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCAC
Statistics
Matches: 1014, Mismatches: 151, Indels: 53
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
330 6 0.01
331 295 0.29
332 45 0.04
333 136 0.13
334 115 0.11
335 130 0.13
336 33 0.03
337 11 0.01
338 200 0.20
339 40 0.04
340 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
AAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTCTATTATCGTATTTCCATT
TTTTTCTGAATTAATTTCTTATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTAA
ATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAAT
CACACAAAACTAAGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACA
CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATA
ATCATAG
Done.