Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005863.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05881, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2251
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.14, T:0.32
Found at i:1105 original size:333 final size:334
Alignment explanation
Indices: 39--2081 Score: 2682
Period size: 334 Copynumber: 6.2 Consensus size: 334
29 AAAATTTCTA
* * * * * **
39 AAATCCAATTTTGCTGAGATTTG-GTAGATAAATT-TAGATACTTCAAGGAGTC-CTTCTGCCAA
1 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGAT-AATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGC-GCCAA
* * * * *
101 AAATCACGCAAAACTAAGTCAG-GGATCCGAAACGCGTTTTTAGCTAGAGAACCGTGATGGTTAG
64 AAATCATGCAAAACTGAG-CCGTGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAGA-AACCGTGATGGTTAG
* * * * *
165 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATCTGACCTC-AAAAATTATTTCCTCGATTTTTTGCC
127 TACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTG-GCTCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGGCC
* *
229 ACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAAT
191 ACAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAAT
* *
294 ATGGTTTTTCCTATTCTTTACCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAATATTCAGATGCTCGT
256 ATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGT
359 AAAAACATATCCTT
321 AAAAACATATCCTT
*
373 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
1 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
* * * *
438 CTCATGCAAAACTGAGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAATCGTGATGGATAGTACA
66 ATCATGCAAAACTGAGCCGTGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACA
* * * *
503 CGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGACCCGAAAAATTATTCCCTCCATTTTTGGCCATAAT
131 CGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGGCCACAAT
* *
568 ACTCATAAAAAATATATAATTAACCGCCAAAAATTTTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGT
196 ACTCATAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGT
* *
633 TTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
261 TTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
698 CATATCCTT
326 CATATCCTT
* * * **
707 AAATACATTGTGGCTGAGATTTGATTGGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
1 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
*
772 ACTCATACAAAACTGAGCCG-GGACTCCAGAAAC-CGTTTTTAGCCAG-AACCGTGATGGTTAGT
66 A-TCATGCAAAACTGAGCCGTGG-CTCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGT
* *
834 ACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCATTATTGACCAC
128 ACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGGCCAC
* *
899 AATACTCATAAAAAATATATAATAAAATGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTC-TGCTTAAAATAT
193 AATACTCATAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATAT
* * *
963 GGTTTTTCGTATTCTTTTCCAAATTAATTTATGATAAAATCGAAATAAGATTTAGATGCTCGTAA
258 GGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAA
1028 AAACATATCCTT
323 AAACATATCCTT
* *
1040 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGAGAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAA
1 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
* * * * * * * * *
1105 ATGATGCAAAACAGAGCCAG-GGCCCCGAAACTCGTTTTAAGCTAGAAACCGTTAAGTTTAGTAC
66 ATCATGCAAAACTGAGCC-GTGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTAC
* * * * *
1169 ATGATTTCTG-CTAAAATTTTACAAAATCTGAC-CCAATAAATT-TTTCCTCAATATTTGGCCAC
130 ACGATTTC-GACTAAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAA-AAATTATTTCCTCCATTTTTGGCCAC
* * * * * *
1231 AATACTCATAAAAAATATACAATTTAACGCAAAAAAGGATTTAAGGGCTTATCATGATTAAAATA
193 AATACTCATAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAA-TATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATA
* * * ** * * * *
1296 TGGTTATTCATATTGTTTTCCAAATTAATTTCTGATCCAATCAAAACAATATTCTGATGCTCGTA
257 TGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTA
1361 AAAACATATCCTT
322 AAAACATATCCTT
1374 AAAT-C-------C----A----A-T-G-------TAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
1 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
*
1414 ATCATGCAAAACTGAGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACA
66 ATCATGCAAAACTGAGCCGTGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACA
* *
1479 CGATTTCGACTAAACTTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCAATTTTGGCC-CTAA
131 CGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGGCCAC-AA
*
1543 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGG
195 TACTCATAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGG
*
1608 TTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATAAAATCG----AA-ATTCAGATGCTCGTAAAA
260 TTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
1668 ACATATCCTT
325 ACATATCCTT
* * * *
1678 AAATCTAATGTCGCTGAGATTTGATTCGATAATTTTAGACATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
1 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
* * * * * *
1743 CTCATACAAAACTAAGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAATCGTGATGCTTAGTACA
66 ATCATGCAAAACTGAGCCGTGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACA
* * * *
1808 TGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTCCCT-CATTTTTCGCCACAAT
131 CGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGGCCACAAT
*
1872 ACTCATAAAAAAATATATAATTAACCGCCAAAAATATTTAAGGGGCTTTTCATGCTTAAAATATG
196 ACTCAT-AAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAATATTTAA-GGGCTTTTCATGCTTAAAATATG
* * *
1937 GTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAACTCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAA
259 GTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAA
2002 AACATATCCTT
324 AACATATCCTT
* * ** *
2013 AAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTGGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAA
1 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
2078 ATCA
66 ATCA
2082 AGAATCATTG
Statistics
Matches: 1497, Mismatches: 159, Indels: 105
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
304 31 0.02
305 2 0.00
308 2 0.00
309 175 0.12
310 51 0.03
312 1 0.00
316 2 0.00
317 1 0.00
318 1 0.00
320 1 0.00
321 1 0.00
322 2 0.00
326 1 0.00
328 18 0.01
329 166 0.11
330 62 0.04
331 5 0.00
332 78 0.05
333 212 0.14
334 495 0.33
335 184 0.12
336 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (334 bp):
AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAA
ATCATGCAAAACTGAGCCGTGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACA
CGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGGCCACAAT
ACTCATAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGT
TTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
CATATCCTT
Found at i:1325 original size:667 final size:661
Alignment explanation
Indices: 51--2081 Score: 2830
Period size: 667 Copynumber: 3.1 Consensus size: 661
41 ATCCAATTTT
* * ** * ** *
51 GCTGAGATTTG-GTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTC-CTTCTGCCAAAAATCACGCAAAA
1 GCTGAGATTTGATTGGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGC-GCCAAAAATCATGCAAAA
* * * *
114 CTAAGTCAGGGA-TCCGAAACGCGTTTTTAGCTAGAGAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
65 CTGAG-CCGGGACTCCGAAACGCGTTTTTAGC--CAGAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGA
* * *
178 CTAAAATTTTGCAAAATCTGACCTC-AAAAATTATTTCCTCGATTTTTTGCCACAATACTCATAA
127 CTAAAATTTTACAAAATCTG-GCTCGAAAAATTATTTCCTCCA--TTTTGCCACAATACTCATAA
*
242 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTA
189 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTA
*
307 TTCTTTACCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAATATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCT
254 TTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAA-ATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCT
372 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAA
318 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAA
* **
437 ACTCATGCAAAACTGAGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAATCGTGATGGATAGTAC
383 ACTCATGCAAAACAGAGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAATCGTGATGCTTAGTAC
* *
502 ACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGACCCGAAAAATTATTCCCTCCATTTTTGGCCATAA
448 ATGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGACCCGAAAAATTATTCCCT-CATTTTTGGCCACAA
*
567 TACTCATAAAAAATATATAATTAACCGCCAAAAATTTTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGG
512 TACTCATAAAAAATATATAATTAACCGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGG
*
632 TTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
577 TTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
697 ACATATCCTTAAATACATTGTG
642 ACATATCCTTAAAT-CA-TGTG
*
719 GCTGAGATTTGATTGGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAACTCATACAAAA
1 GCTGAGATTTGATTGGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAA-TCATGCAAAA
784 CTGAGCCGGGACTCCAGAAAC-CGTTTTTAGCCAGAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT
65 CTGAGCCGGGACTCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAGAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT
848 AAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCATTATTGACCACAATACTCATAAAAA
129 AAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCATT-TTG-CCACAATACTCATAAAAA
** * *
913 ATATATAATAAAATGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTC-TGCTTAAAATATGGTTTTTCGTATTC
192 ATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTC
* *
977 TTTTCCAAATTAATTTATGATAAAATCGAAATAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAA
257 TTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAA-ATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAA
* * * *
1042 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGAGAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
321 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAACT
* * * * * * * * * *
1107 GATGCAAAACAGAGCCAG-GGCCCCGAAACTCGTTTTAAGCTAGAAACCGTTAAGTTTAGTACAT
386 CATGCAAAACAGAGCC-GTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAATCGTGATGCTTAGTACAT
* *
1171 GATTTCTG-CTAAAATTTTACAAAATCTGACCC-AATAAATT-TTTCCTCAATATTTGGCCACAA
450 GATTTC-GACTAAAATTTTACAAAATCTGACCCGAA-AAATTATTCCCTC-ATTTTTGGCCACAA
* * * * *
1233 TACTCATAAAAAATATACAATTTAA-CGCAAAAAAGGATTTAAGGGCTTATCATGATTAAAATAT
512 TACTCATAAAAAATATATAA-TTAACCGCCAAAAA-TATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATAT
* * * ** * * * *
1297 GGTTATTCATATTGTTTTCCAAATTAATTTCTGATCCAATCAAAACAATATTCTGATGCTCGTAA
575 GGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAA
1362 AAACATATCCTTAAATC-----
640 AAACATATCCTTAAATCATGTG
1379 -C----A----A-T-G-------TAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
1 GCTGAGATTTGATTGGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
*
1426 TGAGCCGTGG-CTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT
66 TGAGCCG-GGACTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAG-AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACT
*
1490 AAACTTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCAATTTTGGCC-CTAATACTCATAAAA
129 AAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCC-ATTTT-GCCAC-AATACTCATAAAA
1554 AATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATT
191 AATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATT
*
1619 CTTTTCCAAATTAATTTCTAATAAAATCG----AAATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAA
256 CTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAA
* * *
1680 ATCTAATGTCGCTGAGATTTGATTCGATAATTTTAGACATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAACT
321 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAACT
*
1745 CATACAAAACTA-AGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAATCGTGATGCTTAGTACAT
386 CATGCAAAAC-AGAGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAATCGTGATGCTTAGTACAT
* *
1809 GATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTCCCTCATTTTTCGCCACAATAC
450 GATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGACCCGAAAAATTATTCCCTCATTTTTGGCCACAATAC
1874 TCATAAAAAAATATATAATTAACCGCCAAAAATATTTAAGGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGT
515 TCAT-AAAAAATATATAATTAACCGCCAAAAATATTTAA-GGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGT
* *
1939 TTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAACTCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
578 TTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
2004 CATATCCTTAAATCCAGTGTG
643 CATATCCTTAAAT-CA-TGTG
*
2025 GCTGAGATTTGATTGGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
1 GCTGAGATTTGATTGGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCA
2082 AGAATCATTG
Statistics
Matches: 1199, Mismatches: 110, Indels: 112
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
637 2 0.00
638 199 0.17
639 121 0.10
640 5 0.00
641 35 0.03
642 154 0.13
643 55 0.05
647 1 0.00
649 1 0.00
650 1 0.00
651 2 0.00
655 2 0.00
656 1 0.00
657 1 0.00
659 1 0.00
664 33 0.03
665 1 0.00
666 49 0.04
667 337 0.28
668 129 0.11
669 37 0.03
670 27 0.02
671 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (661 bp):
GCTGAGATTTGATTGGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
TGAGCCGGGACTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAGAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAA
AATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATAT
ATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTT
CCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
ATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGACATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAACTCATGC
AAAACAGAGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAATCGTGATGCTTAGTACATGATTTC
GACTAAAATTTTACAAAATCTGACCCGAAAAATTATTCCCTCATTTTTGGCCACAATACTCATAA
AAAATATATAATTAACCGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTA
TTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCT
TAAATCATGTG
Done.