Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005865.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05883, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2221
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Found at i:642 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 6--2221 Score: 2728
Period size: 332 Copynumber: 6.7 Consensus size: 332
1 AGCCC
* *
6 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCTGTGACGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAA
1 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAA
* * * * *
71 ATTAACCCGAAATATTTTTATTAAA-TTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTCAAGG
66 ATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAATG
* * * * * * * ** *
135 CCAAAAAGATTGAAAAGTTTTTCACGGTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATTTGAA-ATTTTT
131 CAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTA
* ** * * * * *
199 TTGATTAAATCGAAGCATTATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAACTCCTTTCTGGCTGAG
196 CTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTATGTCTGAG
* * *
264 CTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAATCTTCGA-GCCAAAAATCATGCAAAACAGAAC
261 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTC-ATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAAC
*
328 CGGGGCCA
325 CGGGGCCT
* * * * *
336 CAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTAGCAAAA
1 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAA
* * *
401 ATTAACCCGAAATATTTTTAC-AAGGTTTTTTGCCAGAATACTCACCGAAAATATATAATTTAGT
66 ATTAACCCGAAATATTTTTACTAA-ATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAAT
*
465 GCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTTTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATT
130 GCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATT
* * * *
530 ACTGATTAAATCGAAAAACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAGT-ATATTTTGTCTG
195 ACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCT-TTATGTCTG
* * * * *
594 AGATTTGGTTAGATAAATATAGATATCTCATGGATTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAGACTGAG
259 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAA
**
659 CCGGGAACT
324 CCGGGGCCT
*
668 CGGAACGCGTTGTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAA
1 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAA
* * * * * *
733 ATTAATCTGAGATATTTTTACTAAATTTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTCAATA
66 ATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAAT-
* * * * * * *
798 CCAAAAAA-ATTGAAAAGCTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATAAGTT
130 GCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATT
** ** * * * * * *
862 TTTGATTAAATCGAAGCATTATTCAGATGCTTGTAGAAATAAATCCTTAAGTCATTTGTGGT-TG
195 ACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTAT-GTCTG
* * * * * *
926 AGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAAGAAGTCTTCGTGCCAAAAATCATACAAAACAGAA
259 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAA
*
991 CCGGGGTCT
324 CCGGGGCCT
** * * *
1000 CGGAACGAATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACATGATTTCGGCAAAAAATTT-GCAAA
1 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC-TAAAATTTGGCAAA
* * * * * *
1064 AATTAACTCGAAATATTTATACTAAATTTTTTTCCACAATACGCACCAAAAATATATAATTTAGT
65 AATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAAT
* * * *
1129 GCAAAAAATATTGAAGAGCATTTAACGCTTCAAATATTGATTTTCCAATTTTATATGAATAAATT
130 GCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATT
**
1194 ACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATATGTCTGA
195 ACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTATGTCTGA
* * * * * *
1259 GATTTGGTTAGATTAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGTCAAAAATAATGGAAAACTGAGC
260 GATTTGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAAC
*
1324 CGGGGCCG
325 CGGGGCCT
* *
1332 CGGAACGCGCTTTTAGCCAAAAACTGTGGTGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAA
1 CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAA
* * * *
1397 ATTAACCCGAAATACTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAGTCACAGAAAATATATAATTTAATA
66 ATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAATG
* * * * * ** * *
1462 CCAAAAATATTGAAGAGCTTGTCACGCTTATAATATCATTTTTCCAATTTTATCTGAATAAATTT
131 CAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTA
* * * * * ** *
1527 TTGATTAAATCGAAACATTATTCGGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGGGGCTGAG
196 CTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTATGTCTGAG
* * * **
1592 CTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGTGTCC-AAAATCATGCAAAACAGAAC
261 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATG-CCAAAAATCATGCAAAACAGAAC
**
1656 TTGGG-CT
325 CGGGGCCT
* * *
1663 CCGGAACGCATTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
1 -CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAA
* * * * *
1728 AATTAATCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACGATACTCACCGAAAATTTATAATTTATT
65 AATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAAT
* * * * *
1793 GCCAAAAAGATTGAAGAGTTTTTAACGCTTCTAATATTCTGTTTCCAATTTTCTATGAATAAATT
130 GCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATT
* *
1858 ACAGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTATGTCTGA
195 ACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTATGTCTGA
* * * * * * *
1923 GATTTGATTGGAT-AATTATAGATATCTCATGGAGTTTTCATGCCAAAAATCAAGCATAACTGAG
260 GATTTGGTTAGATGAA-TATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAA
*
1987 CCGGGGCCC
324 CCGGGGCCT
* * * ** *
1996 CGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAAACGGAGATGGTTAGTACACGATTTTTGCTAAAATTTAGCAAA
1 CGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAA
*
2061 AATTAACCCGAAATATTTTTACTATATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAAT
65 AATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAAT
* * * *
2126 GTC-AAAAAGATTGAAGAGTTTTTAACGCTTCTAATATTCTTTTTCCAATTTTCTGTGAATAAAT
130 G-CAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAAT
*
2190 TACTCATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCT
194 TACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCT
Statistics
Matches: 1599, Mismatches: 267, Indels: 37
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
329 2 0.00
330 78 0.05
331 106 0.07
332 1200 0.75
333 212 0.13
334 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAA
ATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAATG
CAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTA
CTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTATGTCTGAG
ATTTGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACC
GGGGCCT
Found at i:1367 original size:664 final size:660
Alignment explanation
Indices: 2--2221 Score: 3171
Period size: 664 Copynumber: 3.3 Consensus size: 660
1 A
* *
2 GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCTGTGACGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGC
1 GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGC
*
67 AAAAATTAACCCGAAATATTTTTATTAAA-TTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTC
66 AAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTC
** * * * *
131 AAGGCCAAAAAGATTGAAAAGTTTTTCACGGTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATTTGAA-AT
131 AATACCAAAAAGATTGAAAAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATAA
* * * *
195 TTTTTTGATTAAATCGAAGCATTATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAACTCCTTTCTGGC
196 ATTTTTGATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGTGGC
* *
260 TGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAA-TCTTCGAGCCAAAAATCATGCAAAACA
261 TGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCA-AGAAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACA
* * * *
324 GAACCGGGGCCACAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAA
325 GAACCGGGG-CTCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCAAA
* * *
389 AATTTAGCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTAC-AAGGTTTTTTGCCAGAATACTCACCGAAAAT
389 AATTT-GCAAAAATTAACTCGAAATA-TTTTACTAA-ATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAAT
*
453 ATATAATTTAGTGCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTTTTTTTCCAATTTTA
451 ATATAATTTAGTGCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATA-TTATTTTCCAATTTTA
* * *
518 TATGAATAAATTACTGATTAAATCGAAAAACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAGTA
515 TATGAATAAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTC
* * * * *
583 TATTTTGTCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATCTCATGGATTCTTCATGCCAAAAATCAT
580 CATTATGTCTGAGATTTGGTTAGATTAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATAAT
*
648 GCAAGACTGAGCCGGG
645 GCAAAACTGAGCCGGG
** * *
664 AACTCGGAACGCGTTGTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGC
1 GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGC
* * *
729 AAAAATTAATCTGAGATATTTTTACTAAATTTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTC
66 AAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTC
* *
794 AATACCAAAAAAATTGAAAAGCTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATAA
131 AATACCAAAAAGATTGAAAAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATAA
* * * * * *
859 GTTTTTGATTAAATCGAAGCATTATTCAGATGCTTGTAGAAATAAATCCTTAAGTCATTTGTGGT
196 ATTTTTGATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGTGGC
*
924 TGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAAGAAGTCTTCGTGCCAAAAATCATACAAAACAG
261 TGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAAGAAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAG
* *
989 AACCGGGGTCTCGGAACGAATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACATGATTTCGGCAAAA
326 AACCGGGG-CTCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGC-AAA
* * *
1054 AATTTGCAAAAATTAACTCGAAATATTTATACTAAATTTTTTTCCACAATACGCACCAAAAATAT
389 AATTTGCAAAAATTAACTCGAAATATTT-TACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATAT
* * *
1119 ATAATTTAGTGCAAAAAATATTGAAGAGCATTTAACGCTTCAAATATTGATTTTCCAATTTTATA
453 ATAATTTAGTGCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATT-ATTTTCCAATTTTATA
1184 TGAATAAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCA
517 TGAATAAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCA
* * *
1249 ATATGTCTGAGATTTGGTTAGATTAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGTCAAAAATAATGG
582 TTATGTCTGAGATTTGGTTAGATTAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATAATGC
1314 AAAACTGAGCCGGG
647 AAAACTGAGCCGGG
* * *
1328 GCCGCGGAACGCGCTTTTAGCCAAAAACTGTGGTGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGC
1 GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGC
* * * *
1393 AAAAATTAACCCGAAATACTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAGTCACAGAAAATATATAATTT
66 AAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTC
* * * * *
1458 AATACCAAAAATATTGAAGAGCTTGTCACGCTTATAATATCATTTTTCCAATTTTATCTGAATAA
131 AATACCAAAAAGATTGAAAAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATAA
* *
1523 ATTTTTGATTAAATCGAAACATTATTCGGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGGGGC
196 ATTTTTGATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGTGGC
* *
1588 TGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGTGTCC-AAAATCATGCAAAACA
261 TGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAAGAAGTCTTCGTG-CCAAAAATCATGCAAAACA
** * *
1652 GAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
325 GAACCGGGGCT-CGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGC-AA
* *
1717 AATTTTGCAAAAATTAA-TCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACGATACTCACCGAAAAT
388 AAATTTGCAAAAATTAACT-CGAAAT-ATTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAAT
* * * * * *
1781 TTATAATTTATTGCCAAAAAGATTGAAGAGTTTTTAACGCTTCTAATATTCTGTTTCCAATTTTC
451 ATATAATTTAGTGCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTAT-TTTCCAATTTTA
*
1846 TATGAATAAATTACAGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTC
515 TATGAATAAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTC
* * *
1911 CATTATGTCTGAGATTTGATTGGA-TAATTATAGATATCTCATGGAGTTTTCATGCCAAAAATCA
580 CATTATGTCTGAGATTTGGTTAGATTAA-TATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAAT-A
*
1975 A-GCATAACTGAGCCGGG
643 ATGCAAAACTGAGCCGGG
* * * ** *
1992 GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAAACGGAGATGGTTAGTACACGATTTTTGCTAAAATTTAG
1 GCCCCGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGG
* * *
2057 CAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTATATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATT
65 CAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATT
* ** * * * * *
2122 TAATGTCAAAAAGATTGAAGAGTTTTTAACGCTTCTAATATTC-TTTTTCCAATTTTCTGTGAAT
130 CAATACCAAAAAGATTGAAAAGCTTTTCACGCTTCTAATA-TCGTTTTTCCAATTTTATCTGAAT
** * * *
2186 AAATTACTCATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCT
194 AAATTTTTGATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCT
Statistics
Matches: 1398, Mismatches: 144, Indels: 29
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
662 84 0.06
663 105 0.08
664 1011 0.72
665 196 0.14
666 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (660 bp):
GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGC
AAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTC
AATACCAAAAAGATTGAAAAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATAA
ATTTTTGATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGTGGC
TGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAAGAAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAG
AACCGGGGCTCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCAAAAA
TTTGCAAAAATTAACTCGAAATATTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATA
ATTTAGTGCAAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTATTTTCCAATTTTATATGAA
TAAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTAT
GTCTGAGATTTGGTTAGATTAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATAATGCAAAA
CTGAGCCGGG
Done.