Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005887.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05905, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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** * * *
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* * * * * *
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* * * *
158 TAAATAATATATAAGTTCAGCGCCAAAAACATTGATGGGCATTTCAAGCTTCTAATATCGATTTT
130 TAAA-AATATATAA-TTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTT
* * *
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* ** * **
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341 AAAAAATCAT
323 AAAAAATCAT
* * * * * * *
351 GCATAACAGAACCGGAGCACCGGAATGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACAATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * *
416 TGTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCG-AAAATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* * * * *
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130 TA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
* * *
545 CCACA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
194 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
* *
609 CCTTGAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGCGCA
259 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
674 AAAAATCAT
324 AAAAATCAT
* *
683 GCAAAACTAAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * *
748 TAGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTTTACTAAATTTTTGGCCAGAATACTCA
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* * * *
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130 TAA-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
* * *
878 CTATA-TTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACAAGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
194 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
*
942 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
259 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
1007 AAAAATCAT
324 AAAAATCAT
*
1016 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * *
1081 TGGGCTAAAATTTTGC-AAAATTGAGCC-AAAAAATTTGTCCTCGATTTTTGGCCAGAATACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* * * * *
1144 TAGACAATATATAATTCAATGACAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGATTTTC
130 TA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
*
1209 CTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
194 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
* *
1274 CCTTATATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGCGCA
259 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
*
1339 AAAATTCAT
324 AAAAATCAT
* *
1348 GCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * * *
1413 TGGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTCTCCTAAATTTTTGCCCAGAACACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-CGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* * *
1478 TAACAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGATTTTC
130 TAA-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
* * *
1543 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
194 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
* * *
1608 CCTTAAATCCATTGTGGTAGAGATTTGGTTAGATGAATATATATATATATATATATATATATATT
259 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATG-------------A-ATATAGATAT-T-TC
** *
1673 AATGAGTCTTGGCGCAAACTATAAT
308 AATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCAT
* * * * * *
1698 GCAAAACTGAACCGTAGCATCGGAAAGCATTTTAAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACAATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * *
1763 TGTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTTGCCAGAATACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* *
1827 TAAAGAATATATAATTCAGCGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
130 TAAA-AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
* * *
1892 CCACA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
194 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
* * * *
1956 CCTTAAATCCACTGTGCCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTCGGTGCA
259 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
*
2021 AAAATTCAT
324 AAAAATCAT
* * * *
2030 GCAAAACTGAACCGTAGCACTGTAACACATCTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* *
2095 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTTCCT-AATTTTTTGGCTAGAATACTC
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-CGAAAAATTTTTTCCTCAA-TTTTTGGCCAGAATACTC
* * *
2159 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATAGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGATTTT
129 ATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTT
** * * * * * *
2224 CCTATATTTTTCTAACTTAATTTTTCATTAAATCAACACATAAGTCTGATGGTCGTAAAATCAAA
193 CCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAA
2289 TCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
258 TCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
*
2354 AAAAAATAAT
323 AAAAAATCAT
* * * * *
2364 GTAAAACTGAACCGTAGCACTGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACAATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * *
2429 TGTGCTAAAATTTTGCGAAAATGGACCTGAAAAA-TTTGTCCTCAATTTTT-GCCAGAATACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-GAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* * *
2492 TAAAAAATATATAATTCAGCGCCAAAAATATTGATGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
130 T-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
* * * *
2557 CCACA-TTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATAATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
194 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
** * *
2621 CCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGGGCA
259 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
*
2686 AAAAATTAT
324 AAAAATCAT
*
2695 GCAAAATTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
*
2760 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-CAAAATATTTTTCCTCAA-TTTTGGCCCAGAATACTC
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* * *
2823 ATAACATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGATTTT
129 ATAA-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTT
* * *
2888 CCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAAA
193 CCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAA
2953 TCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
258 TCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
3018 AAAAAATCAT
323 AAAAAATCAT
* *
3028 GCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-TAGTACACGATA
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * * *
3092 TAGGCTAAAATTTTCCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTGGCCAAAATACTCAT
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAT
* * *
3156 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTGTCC
131 -AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCC
* * * *
3221 TATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATTGACGCATGATTCTGATGCACGTCAAATCAAATC
195 TATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATC
** *
3286 CTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAA
260 CTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAA
3351 AAAATCAT
325 AAAATCAT
*
3359 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * * * * *
3424 TGGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGAGCCGAAAAA-TTTGTCCTCGATTTTGGGCCATAATATTTA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* *
3488 TAGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
130 TA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
* * * *
3553 CTATATTTTTTCGAATTAATTTCTCATTAAATCAACACATGATTCTGATGCACGTCAAATCAAAT
194 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
* * *
3618 CCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGGGCA
259 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
*
3683 AAAAATAAT
324 AAAAATCAT
** * *
3692 AAAAAACTGAACCGTATCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGAACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * * *
3757 TAGCCTAAAATTTTCCAAAAATTGACC-AAAATTTTTTTTCCTCAA-TTTTGGCCAAAATACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGAAAA-ATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* * * *
3820 TAAAAAATATATAATTCAACGCCATAAAGATTGATGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTGTC
130 T-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
* * *
3885 CTATATTTTTACAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCATCAAATCAAAT
194 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAAT
* *
3950 CCTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGC-
259 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
4014 AAAAATCAT
324 AAAAATCAT
*
4023 GCAGAACTGAAC
1 GCAAAACTGAAC
4035 AGG
Statistics
Matches: 3289, Mismatches: 331, Indels: 119
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
321 58 0.02
322 130 0.04
323 2 0.00
326 1 0.00
329 4 0.00
330 4 0.00
331 579 0.18
332 937 0.28
333 886 0.27
334 394 0.12
335 1 0.00
347 1 0.00
348 97 0.03
349 87 0.03
350 107 0.03
351 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAT
AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCT
ATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCC
TTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAA
AAATCAT
Found at i:1288 original size:665 final size:666
Alignment explanation
Indices: 29--4034 Score: 5732
Period size: 665 Copynumber: 6.0 Consensus size: 666
19 CAAATCCTTA
** * * *
29 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATTGTGATAGTTAATACACAATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * * * *
94 TGTGCTAAAATTTTGCGAGAATTGACCCG-AAAATTTTTTACTAAATTTTTGGCCAAAATACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTTTCCTAAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* * ** *
158 TAA-ATAATATATAAGTTCAGCGCCAAAAACATTGATGGGCATTTCAAGCTTCTAATATCGATTT
131 TAACAT-ATATATAA-TTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTT
* * * * * *
222 TCCCA-AATTTTCCG-----A------ATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCATCAAATCAA
194 TCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAA
* ** * *
275 ATCCTTAAATCCACTGTGGCATTGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCA
259 ATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCG
* * * * * * *
340 TAAAAAATCATGCATAACAGAACCGGAGCACCGGAATGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTT
324 CAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTT
* * * *
405 AGTACACAATTTGTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTGGCC
389 AGTACACAATTTGGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCC
* * * * *
470 AGAATACTCATATAATATATATAATTCAGCGCCAAAAATATGGATGGGCATTTCACGCTTCTAAT
454 AGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
535 ATCGATTTTCCCACATTTTCCGAA-TTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGT
519 ATCGATTTTCCCACATTTTCC-AACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGT
*
599 CAAATCAAATCCTTGAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAG
583 CAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAG
*
664 TTTTGGCGCAAAAAATCAT
648 TCTTGGCGCAAAAAATCAT
* *
683 GCAAAACTAAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * *
748 TAGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTTTACTAAATTTTTGGCCAGAATACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTTTCCTAAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* *
813 TAACATATATAAAATTTAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
131 TAACATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
* *
878 CTATA-TTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACAAGATTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
196 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
*
942 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
261 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
* * *
1007 AAAAATCATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAG
326 AAAAATAATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAG
* * * *
1072 TACACGATTTGGGCTAAAATTTTGC-AAAATTGAGCCAAAAAATTTGTCCTCGATTTTTGGCCAG
391 TACACAATTTGGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAG
* * * * *
1136 AATACTCATAGACAATATATAATTCAATGACAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTTATAT
456 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* *
1201 CGATTTTCCTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCA
521 CGATTTTCCCACA-TTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCA
* *
1266 AATCAAATCCTTATATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTC
585 AATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTC
*
1331 TTGGCGCAAAAATTCAT
650 TTGGCGCAAAAAATCAT
* *
1348 GCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * * *
1413 TGGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTCTCCTAAATTTTTGCCCAGAACACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTTTCCTAAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* * *
1478 TAACAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGATTTTC
131 TAACATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
1543 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
196 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
* * *
1608 CCTTAAATCCATTGTGGTAGAGATTTGGTTAGATGAATATATATATATATATATATATATATATT
261 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATG-------------A-ATATAGATAT-T-TC
** * * *
1673 AATGAGTCTTGGCGCAAACTATAATGCAAAACTGAACCGTAGCATCGGAAAGCATTTTAAGCCAA
310 AATGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAA
* * *
1738 AAATCGTGATAGTTAGTACACAATTTGTGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAAAATTTTTC
375 AAACCGTGATAGTTAGTACACAATTTGGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCAAAAAATTTTTC
* * *
1803 CTCAATTTTTTGCCAGAATACTCATAAAGAATATATAATTCAGCGCCAAAAATATTGATGGGCTT
440 CTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTT
1868 TTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCCACATTTTCCGAA-TTAATTTCTCATTAAATCGACACATG
505 TTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCCACATTTTCC-AACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATG
* *
1932 ATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCACTGTGCCAGAGATTTGGTTAGATGAATATA
569 ATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * *
1997 GATATTTCAATGAGTCTCGGTGCAAAAATTCAT
634 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCAT
* * * *
2030 GCAAAACTGAACCGTAGCACTGTAACACATCTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * *
2095 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTTCCTAATTTTTTGGCTAGAATACTCA
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTTTCCTAAATTTTTGGCCAGAATACTCA
* * *
2160 TAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATAGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGATTTTC
131 TAACATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
** * * *
2225 CTATATTTTTCTAACTTAATTTTTCATTAAATCAACACATAAGTCTGATGGTCGTAAAATCAAAT
196 CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
2290 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
261 CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
* * *
2355 AAAAATAATGTAAAACTGAACCGTAGCACTGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAG
326 AAAAATAATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAG
* * ** *
2420 TACACAATTTGTGCTAAAATTTTGCGAAAATGGACCTGAAAAATTTGTCCTCAATTTTT-GCCAG
391 TACACAATTTGGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAG
* *
2484 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAGCGCCAAAAATATTGATGGGCATTTCACGCTTCTAATAT
456 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
*
2549 CGATTTTCCCACATTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATAATTCTGATGCTCGTCAA
521 CGATTTTCCCACATTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAA
** *
2614 ATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCT
586 ATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCT
* *
2679 TGGGGCAAAAAATTAT
651 TGGCGCAAAAAATCAT
*
2695 GCAAAATTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* *
2760 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-C-CAAAATATTTTTCCTCAA-TTTTGGCCCAGAATACT
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAAT-TTTTTCCTAAATTTTTGG-CCAGAATACT
*
2822 CATAACATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCGATTT
129 CATAACATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTT
2887 TCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAA
194 TCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAA
2952 ATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCG
259 ATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCG
* * *
3017 CAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GGT
324 CAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTT
* * * * *
3081 AGTACACGATATAGGCTAAAATTTTCCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTGGCC
389 AGTACACAATTTGGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCC
* * * *
3145 AAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGTGTTTTTCACGCTTCTAAT
454 AGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * * * * *
3210 ATCGATTGTCCTATATTTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATTGACGCATGATTCTGATGCACGT
519 ATCGATTTTCCCACA-TTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGT
** *
3275 CAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAG
583 CAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAG
3340 TCTTGGCGCAAAAAATCAT
648 TCTTGGCGCAAAAAATCAT
*
3359 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
1 GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * ** * * * *
3424 TGGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGAGC-CGAAAAA-TTTGTCCTCGATTTTGGGCCATAATATTT
66 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CTCGAAAAATTTTTTCCTAAATTTTTGGCCAGAATACTC
* * * *
3487 ATAGA-AAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTT
130 ATA-ACATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTT
* * * * *
3551 TCCTATATTTTTTCGAATTAATTTCTCATTAAATCAACACATGATTCTGATGCACGTCAAATCAA
194 TCCTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAA
* * *
3616 ATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGGG
259 ATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCG
** * *
3681 CAAAAAATAATAAAAAACTGAACCGTATCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT
324 CAAAAAATAATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTT
* * * * * * **
3746 AGAACACGATTTAGCCTAAAATTTTCCAAAAATTGA-CCAAAATTTTTTTTCCTCAA-TTTTGGC
389 AGTACACAATTTGGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCAAAA-AATTTTTCCTCAATTTTTGGC
* * * * *
3809 CAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCATAAAGATTGATGTGTTTTTCACGCTTCTAA
453 CAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAA
* * * * *
3874 TATCGATTGTCCTATATTTTTACAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCA
518 TATCGATTTTCCCACA-TTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCG
*
3939 TCAAATCAAATCCTTAAATCCACTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
582 TCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
*
4004 GTCTTGGTGC-AAAAATCAT
647 GTCTTGGCGCAAAAAATCAT
*
4023 GCAGAACTGAAC
1 GCAAAACTGAAC
4035 AGG
Statistics
Matches: 3057, Mismatches: 249, Indels: 82
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
654 135 0.04
655 45 0.01
656 2 0.00
659 1 0.00
662 4 0.00
663 132 0.04
664 859 0.28
665 1032 0.34
666 226 0.07
667 1 0.00
668 9 0.00
669 1 0.00
679 1 0.00
680 10 0.00
681 1 0.00
682 492 0.16
683 106 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (666 bp):
GCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAATTTTTTCCTAAATTTTTGGCCAGAATACTCA
TAACATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTC
CTATATTTTTCCGACTTAATTTCTCATTAAATCAACACATGAGTCTGATGCTCGTAAAATCAAAT
CCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
AAAAATAATGCAAAACTGAACCGTAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAG
TACACAATTTGGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAG
AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
CGATTTTCCCACATTTTCCAACTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTGATGCTCGTCAA
ATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCT
TGGCGCAAAAAATCAT
Found at i:1651 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1644--1671 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
1634 GGTTAGATGA
1644 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1672 TAATGAGTCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.