Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005911.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05929, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10222
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.37
Found at i:601 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 557--1092 Score: 351
Period size: 36 Copynumber: 14.5 Consensus size: 36
547 CTCTTCTTAG
* *
557 ATTAAGTTCGTTATTGACTCTACTTAATTACCCTAA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* * *
593 ATTAAGTTCTTTATTCACTTTACTTAATTTCCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* *
629 ATTAAGTTCTTTATTAACTCTACTTAATTGCCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* * *
665 ATTAAGTTTTTTATTGACTTTACTTAATTACCCCGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* *** ** * *
701 ATTAAG-CCATTGGCTGTTTTTACTTAATTATCCTGA
1 ATTAAGTTC-TTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* *
737 ATTAAG-TCTTTGACT-ACTTTTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTT-ATTGAC-TCTACTTAATTACCCTGA
*
773 ATTAAG-TCTTTGACTGA-TCTTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTT-ATTGACTC-TACTTAATTACCCTGA
*
809 ATTAAG-TCTTTGTTGA-TCTTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTC-TACTTAATTACCCTGA
** * *
844 ATTAAG-TCTTTGCTGACTGTGTTTACTTAATTACCATGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGAC----TCTACTTAATTACCCTGA
** *
883 ATTAAG-TCTTTGCTGACTGTGTTTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGAC----TCTACTTAATTACCCTGA
** * *
922 ATTAAG-TCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* * * *
957 ATTAAGTCCTTTACTGATTTTACTTAATTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGA--CT-C-TACTTAATTACCCTGA
* * * *
997 ATTAAG-ACTTTACTGACTGTGTTTACATAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGAC----TCTACTTAATTACCCTGA
* * *
1036 ATTAAGTTC-TTATTGACTGTGTTTACTTAATCACACTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGAC----TCTACTTAATTACCCTGA
1075 ATTAAGTTC-TTATTGACT
1 ATTAAGTTCTTTATTGACT
1093 GTGTTTACAG
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 50, Indels: 41
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 65 0.15
36 197 0.46
37 1 0.00
38 2 0.00
39 141 0.33
40 23 0.05
41 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (36 bp):
ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
Found at i:649 original size:72 final size:70
Alignment explanation
Indices: 557--1081 Score: 428
Period size: 72 Copynumber: 7.1 Consensus size: 70
547 CTCTTCTTAG
* * * *
557 ATTAAGTTCGTTATTGACTCTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTCTTTATTCACTTTACTTAATT
1 ATTAAG-TCTTTACTGACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTATTGACTTTACTTAATT
*
622 TCCCTGA
64 ACCCTGA
* * * *
629 ATTAAGTTCTTTATTAACTCTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTTTTTATTGACTTTACTTAATT
1 ATTAAG-TCTTTACTGACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTATTGACTTTACTTAATT
*
694 ACCCCGA
64 ACCCTGA
* ** ** * * *
701 ATTAAGCCATTGGCTGTTTTTACTTAATTATCCTGAATTAAGTCTTTGACT-ACTTTTACTTAAT
1 ATTAAGTC-TTTACTGACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT-ATTGAC-TTTACTTAAT
765 TACCCTGA
63 TACCCTGA
*
773 ATTAAGTCTTTGACTGA-TCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGTTGA-TCTTACTTAAT
1 ATTAAGTCTTT-ACTGACTC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGACT-TTACTTAAT
836 TACCCTGA
63 TACCCTGA
* * * **
844 ATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTTTAC
1 ATTAAGTCTTTACTGAC----TCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGAC----TTTAC
909 TTAATTACCCTGA
58 TTAATTACCCTGA
* * * * *
922 ATTAAGTCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTACTGATTTTACTTAATTA
1 ATTAAGTCTTTACTGACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTTTATTGACTTTAC----TTA
987 ATTACCCTGA
61 ATTACCCTGA
* * *
997 ATTAAGACTTTACTGACTGTGTTTACATAATTACCCTGAATTAAGT-TCTTATTGACTGTGTTTA
1 ATTAAGTCTTTACTGAC----TCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCT-TTATTGAC----TTTA
* *
1061 CTTAATCACACTGA
57 CTTAATTACCCTGA
1075 ATTAAGT
1 ATTAAGT
1082 TCTTATTGAC
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 46, Indels: 56
0.79 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
70 5 0.01
71 44 0.12
72 150 0.40
74 54 0.14
75 36 0.10
77 1 0.00
78 56 0.15
79 25 0.07
82 5 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (70 bp):
ATTAAGTCTTTACTGACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTATTGACTTTACTTAATTAC
CCTGA
Found at i:689 original size:108 final size:106
Alignment explanation
Indices: 571--1081 Score: 481
Period size: 108 Copynumber: 4.6 Consensus size: 106
561 AGTTCGTTAT
* * ** * * *
571 TGACTCTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTCTTTATTCACTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
1 TGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-
* * * * *
636 TCTTTATTAAC-TCTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTTTTTAT
64 TCTTTACT-ACTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTTTGAC
* * * * *
679 TGACTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGCCATTGGCTGTTTTTACTTAATTATCCTGAATTAAGT
1 TGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC-TTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
*
744 CTTTGACTACTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGAC
65 CTTT-ACTACTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTTTGAC
* *
787 TGA-TCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGTTGATCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
1 TGACT-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
* *
851 CTTTGCTGACTGTGTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCTTTGCTGAC
65 CTTTACT-AC--T-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TTT--TGAC
**
900 TGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
1 TGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-
*
965 CTTTACTGA-TTTTACTTAATTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTGAC
65 CTTTACT-ACTTTTAC----TTAATTACCCTGAATTAAG--TTT-TTGAC
** * * *
1014 TGTGTTTACATAATTACCCTGAATTAAGTTCTTATTGACTG-TGTTTACTTAATCACACTGAATT
1 TGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TC-T-TTG-CTGAT-TTTACTTAATTACCCTGAATT
1078 AAGT
61 AAGT
1082 TCTTATTGAC
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 37, Indels: 40
0.82 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
106 2 0.01
107 44 0.13
108 105 0.31
109 1 0.00
110 29 0.09
111 3 0.01
113 63 0.18
114 58 0.17
115 4 0.01
116 2 0.01
117 4 0.01
118 26 0.08
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (106 bp):
TGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
TTTACTACTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTTTGAC
Found at i:884 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 649--1100 Score: 434
Period size: 39 Copynumber: 12.1 Consensus size: 39
639 TTATTAACTC
* * * **
649 TACTTAATTGCCCTGAATTAAGT-TTT--TTATTGACTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
* * * *
685 TACTTAATTACCCCGAATTAAGCCATTG--G-CTGTTTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
*
721 TACTTAATTATCCTGAATTAAGTCTTTGACT-AC--T-TT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-CTGACTGTGTT
*
757 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTC-TT--TGACTGAT-CT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTG-TGTT
* *
793 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGTTGA---T-CT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
828 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
*
867 TACTTAATTACCATGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
906 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGA---T-TT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
* * * **
941 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTACTGATTTTACT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTTTGCTGACTGTGTT
* * *
981 TAATTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTGACTGTGTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
*
1020 TACATAATTACCCTGAATTAAGTTCTTAT--TGACTGTGTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTT-TGCTGACTGTGTT
* *
1059 TACTTAATCACACTGAATTAAGTTCTTAT--TGACTGTGTT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTT-TGCTGACTGTGTT
1098 TAC
1 TAC
1101 AGATGCATAT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 32, Indels: 45
0.82 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
32 1 0.00
33 2 0.01
35 61 0.17
36 108 0.30
37 5 0.01
38 1 0.00
39 156 0.43
40 25 0.07
41 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (39 bp):
TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTT
Found at i:1037 original size:153 final size:149
Alignment explanation
Indices: 611--1081 Score: 529
Period size: 153 Copynumber: 3.2 Consensus size: 149
601 CTTTATTCAC
* ** * * * *
611 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTTATTAACTCTACTTAATTGCCCTGAATTAAGT-TTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
* * * * * * *
675 -TT-ATTGACTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGC--CATTGGCTGTTTTTACTTAATTATCCTG
65 ATTGATTTAC-TTA-TTAATTACCCTGAATTAAGCTTTACTGACTGTGTTTACTTAATTACCCTG
736 AATTAAGTCTTTGACT-AC--T-
128 AATTAAGTCTTTG-CTGACTGTG
*
755 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTGATCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-CTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
* * *
820 GTTGA--T-CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGACTGTGTTTACTTAATTACCATG
65 ATTGATTTACTTA-TTAATTACCCTGAATTAAG-CTTTACTGACTGTGTTTACTTAATTACCCTG
882 AATTAAGTCTTTGCTGACTGTG
128 AATTAAGTCTTTGCTGACTGTG
904 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTTT
* *
969 ACTGATTTTACTTAATTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTGACTGTGTTTACATAATTACCCT
65 ATTGA-TTTACTT-ATTAATTACCCTGAATTAAG-CTTTACTGACTGTGTTTACTTAATTACCCT
1034 GAATTAAGTTCTTAT--TGACTGTG
127 GAATTAAG-TCTT-TGCTGACTGTG
* *
1057 TTTACTTAATCACACTGAATTAAGT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
1082 TCTTATTGAC
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 26, Indels: 29
0.84 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
143 27 0.10
144 49 0.17
145 5 0.02
146 38 0.13
147 1 0.00
148 30 0.11
149 37 0.13
152 1 0.00
153 88 0.31
154 5 0.02
155 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (149 bp):
TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTA
TTGATTTACTTATTAATTACCCTGAATTAAGCTTTACTGACTGTGTTTACTTAATTACCCTGAAT
TAAGTCTTTGCTGACTGTG
Done.