Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005914.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05932, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2019
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Found at i:809 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1--2019 Score: 2090
Period size: 334 Copynumber: 6.1 Consensus size: 333
* * * *
1 GAAAAAACAATATCATAAGTGTGAGA-AGCCCTTCAATATTTTTGGGGTTGAATTATATATATTT
1 GAAAAAACAATATCAGAAGCGTGA-ATAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT-TTT
* * * * * *
65 TT-T-AAAATACTGGCCGGAAATTGAGGAGAAATT-TTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAAC
64 TTATGAATATAGTGGCCAGAAATTGAGGAGAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAAC
* * * * * *** *
127 TGAAAT-AGTTTACTAACCATTACGGTTTTTGAAAAAAAAAACGCGTTCTAGAG-CCCTAGCTCA
129 CGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTT--AGCTAAAAACGCGTTCT-GAGCCCCGA-CTCA
* *
190 GCTTTGCACGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTA-C
190 GCTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGC
* * * *
254 TCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAA-TCAAGTGTC-AGTTCAATTAAAAA
255 -CACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATATCAATTCGA-TTTCGA-TTCAATTAAAAA
317 TTAATTCGGAAAAAATA
317 TTAATTCGGAAAAAATA
* ** * * *
334 GGAAAAATGATAT-TGTAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTATATATTTTT
1 GAAAAAACAATATCAG-AAGCGTGAATAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTT
* * * * * * * *
398 CATGAGTATCGTGGTCAAAAATTGAGGA-AAATTCCTTTGGGTCAGTTTTTACAAAATTTTAGCC
65 TATGAATATAGTGGCCAGAAATTGAGGAGAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACC
* * *
462 GAAATCTGTGTACTAAACTATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGCGTCCCCGACTCAGTT
130 GAAATCGGTGTACT-AACTATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGAG-CCCCGACTCAGCT
* * * * * *
527 TTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCATTGAAATATCAATATTTATCTAACGAAATCTAAGCCAC
193 TTGCATGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCAC
* * * * *
592 ATTGAATTTAAGGATTTGGTTGTACGAGCATCTCAATTCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
258 ATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATATCAATTCGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATT
*
657 CAGAAAAAATA
323 CGGAAAAAATA
* * * * *
668 GAAAAAAACAATAACAGAAGTGTGAGA-AGCCCATCAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
1 G-AAAAAACAATATCAGAAGCGTGA-ATAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTT
** * *
732 TTATGAATATAGTGGCCAGAAATTGAGGAGAAACTT-C-TCAAGTTAATTTTTGCAAAATTTTAA
64 TTATGAATATAGTGGCCAGAAATTGAGGAGAAA-TTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAA
* *
795 CTC-AAATC-GTGTACTAACCT-TCACGGTTTTTTAACTAAAAACGGGTTCTGGAGCCCC-AGCT
128 C-CGAAATCGGTGTACTAA-CTATCACGG-TTTTTAGCTAAAAACGCGTTCT-GAGCCCCGA-CT
* *
856 CAGCTTTGCACGATTTTTGGCGCGAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTA
188 CAGCTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTA
* * * * *
921 CCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTG-TTTCGGTTCAATTAAAAA
253 GCCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATATCAAT-TCGATTTCGATTCAATTAAAAA
985 TTAATTCGGAAAAAATA
317 TTAATTCGGAAAAAATA
* ** * * * *
1002 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTATATATTTTTC
1 GAAAAAACAATATCAGAAGCGTGAATAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTT
* * * * * *
1067 ATGAGTATCGTGGTCAGAAATTAAGG-TAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCG
66 ATGAATATAGTGGCCAGAAATTGAGGAGAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCG
* * * * * *
1131 AAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTT
131 AAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGAG-CCCCGACTCAGCTTT
* * *
1196 GCATGATTTTTGGCGCCAAGTCTTATTGAAATATCTATAATT-ATCTAACGAAATCTCAGCCACA
195 GCATGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTAT-ATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACA
* * * * * * *
1260 TTGGATTTATGGGTTTGGTTTTACGAGCATTTCAATACGATTTCGATTTATTTAGAAATTAATTC
259 TTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATATCAATTCGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTC
1325 GGAAAAAATA
324 GGAAAAAATA
* * *
1335 GATAAAAAAAACAATCTCAGAAGTGTGAGA-AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT
1 G----AAAAAACAATATCAGAAGCGTGA-ATAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT
* * * *
1399 TTTTTATGAATATAG-GAGCCGGAAATTGAGGAGAAATT-TTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTT
61 TTTTTATGAATATAGTG-GCCAGAAATTGAGGAGAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTT
* * *
1462 TAACTGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GACTAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCGGCT
125 TAACCGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTAG-CTAAAAACGCGTTCT-GAGCCCCGACT
* * * * *
1525 CAGCATTGCATGAATTTTGGCGCTAAGTCTCATTGAAATATCTATCTCCATCTAACCAAATCTTA
188 CAGCTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTA
* * * * * *
1590 CCCACATTGGATTTAAGGATTT-TTTTTATGAGCATATGAATCTTG-TTTCGGTTCAATTAAAAA
253 GCCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATATCAAT-TCGATTTCGATTCAATTAAAAA
1653 TTAATTCGG-AAAAATA
317 TTAATTCGGAAAAAATA
* ** * * *
1669 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTATATATTTTTT
1 GAAAAAACAATATCAGAAGCGTGAATAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTT
* * * * *
1734 ATGAGTATCGTGGTCAAAAATTGAGGA-AAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCG
66 ATGAATATAGTGGCCAGAAATTGAGGAGAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCG
** * * *
1798 AAATCGGTGTACTAACTATCACAATTTTT-GACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTT
131 AAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTAG-CTAAAAACGCGTT-CTGAGCCCCGACTCAGCTT
* * * * * * ** * **
1862 TGCATGATTATTGGCACCAAGACACATCGAAATATCTACATTTGTCTAACGAAATCTCCCGCCAC
194 TGCATGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT-TAGCCAC
* * *
1927 ATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCA-ACTCAA-TCTGATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
258 ATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATA-TCAATTC-GATTTCGATTCAATTAAAAATTAA
1990 TTCGGGAAAAAA-A
321 TTC-GGAAAAAATA
2003 GAAAAAACAATATCAGA
1 GAAAAAACAATATCAGA
Statistics
Matches: 1384, Mismatches: 246, Indels: 111
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 6 0.00
330 104 0.08
331 96 0.07
332 37 0.03
333 346 0.25
334 384 0.28
335 160 0.12
336 139 0.10
337 106 0.08
338 6 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (333 bp):
GAAAAAACAATATCAGAAGCGTGAATAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTT
ATGAATATAGTGGCCAGAAATTGAGGAGAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCG
AAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGAGCCCCGACTCAGCTTTG
CATGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACATT
GGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATATCAATTCGATTTCGATTCAATTAAAAATTAATTCGG
AAAAAATA
Found at i:1683 original size:667 final size:666
Alignment explanation
Indices: 2--2009 Score: 3123
Period size: 668 Copynumber: 3.0 Consensus size: 666
1 G
* * *
2 AAAAAACAATATCATAAGTGTGAGAAGCCCTTCAATATTTTTGGGGTTGAATTATATATATTTTT
1 AAAAAACAATATCAGAAGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTT
* * * *
67 -T-AAAATACTGGCCGGAAATTGAGGAGAAATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACTGA
65 ATGAATATA-GGGCCGGAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACTGA
* * * ** *
130 AATAGTTTACTAACCATTACGGTTTTTGAAAAAAAAAACGCGTTCTAGAGCCCTAGCTCAGCTTT
129 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG--ACTAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCAGCTCAGCTTT
*
195 GCACGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACTCACAT
192 GCACGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACAT
** * *
260 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCAAGTGTCAGTTCAATTAAAAATTAATTCG
257 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCG
325 GAAAAAATAGGAAAAATGATATT-GTAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTA
322 GAAAAAATAGGAAAAATGATATTAG-AAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTA
* *
389 TATATTTTTCATGAGTATCGTGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCCTTTGGGTCAGTTTTTACAAAA
386 TATATTTTTCATGAGTATCGTGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAA
* * * *
454 TTTTAGCCGAAATCTGTGTACTAAACTATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTGCGTCCCCG
451 TTTTAGCCGAAATCGGTGTACT-AACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCG
* *
519 ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCATTGAAATATCAATATTTATCTAACGAAATC
515 ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATC
* *
584 TAAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTGTACGAGCATCTCAATTCGATTTCGATTTAATTAGA
580 TCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTCAA-TCGATTTCGATTTAATTAGA
*
649 AATTAATTCAGAAAAAATAG--A
644 AATTAATTCGGAAAAAATAGAAA
* * *
670 AAAAAACAATAACAGAAGTGTGAGAAGCCCATCAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTA
1 AAAAAACAATATCAGAAGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTA
* * * * * *
735 TGAATATAGTGGCCAGAAATTGAGGAGAAACTTCTCAAGTTAATTTTTGCAAAATTTTAACTCAA
66 TGAATATAG-GGCCGGAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACTGAA
* * * *
800 ATCGTGTACTAACCTTCACGGTTTTTTAACTAAAAACGGGTTCTGGAGCCCCAGCTCAGCTTTGC
130 ATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGACTAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCAGCTCAGCTTTGC
* *
865 ACGATTTTTGGCGCGAAGTCTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTACCCACATTG
194 ACGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTG
930 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGA
259 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGA
995 AAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTATAT
324 AAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTATAT
* * *
1060 ATTTTTCATGAGTATCGTGGTCAGAAATTAAGGTAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTT
389 ATTTTTCATGAGTATCGTGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTT
* *
1125 TAGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGGTCCCCGGCTC
454 TAGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGACTC
* * *
1190 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGTCTTATTGAAATATCTATAATTATCTAACGAAATCTCAG
519 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAG
* * * * *
1255 CCACATTGGATTTATGGGTTTGGTTTTACGAGCATTTCAATACGATTTCGATTTATTTAGAAATT
584 CCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTCAAT-CGATTTCGATTTAATTAGAAATT
1320 AATTCGGAAAAAATAGATAA
648 AATTCGGAAAAAATAGA-AA
*
1340 AAAAAACAATCTCAGAAGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTA
1 AAAAAACAATATCAGAAGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTA
1405 TGAATATAGGAGCCGGAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACTGAA
66 TGAATATAGG-GCCGGAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACTGAA
* *
1470 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCGGCTCAGCATTGCA
130 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCAGCTCAGCTTTGCA
* * * *
1535 TGAATTTTGGCGCTAAGTCTCATTGAAATATCTATCTCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGG
195 CGATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGG
*
1600 ATTTAAGGATTT-TTTTTATGAGCATATGAATCTTGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGG-A
260 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAA
1663 AAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTATATA
325 AAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTATATA
*
1728 TTTTTTATGAGTATCGTGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTT
390 TTTTTCATGAGTATCGTGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTT
** * *
1793 AGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACAATTTTTGACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCA
455 AGCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGACTCA
* * * * * * *
1858 GTTTTGCATGATTATTGGCACCAAGACACATCGAAATATCTACATTTGTCTAACGAAATCTCCCG
520 GTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATCT-CAG
*
1923 CCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCAACTCAATCTGATTTCGATTTAATTAGAAATT
584 CCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTCAATC-GATTTCGATTTAATTAGAAATT
1988 AATTCGGGAAAAAA-AGAAA
648 AATTC-GGAAAAAATAGAAA
2007 AAA
1 AAA
2010 CAATATCAGA
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 105, Indels: 27
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
666 1 0.00
667 421 0.34
668 466 0.38
669 190 0.16
670 144 0.12
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (666 bp):
AAAAAACAATATCAGAAGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTA
TGAATATAGGGCCGGAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACTGAAA
TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCAGCTCAGCTTTGCAC
GATTTTTGGCGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTTACCCACATTGGA
TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGGTTCAATTAAAAATTAATTCGGAAA
AAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTCAATCTTTTTTGTGTTGAATTATATAT
TTTTCATGAGTATCGTGGTCAAAAATTGAGGAAAATTCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTA
GCCGAAATCGGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGTCCCCGACTCAG
TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACGAAATCTCAGCC
ACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTCAATCGATTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
TCGGAAAAAATAGAAA
Done.