Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01005932.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig05950, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2450
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.16, T:0.33


Found at i:55 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 9--266  Score: 293
    Period size: 35  Copynumber: 7.5  Consensus size: 35

          1 ACTTAATT

                                       *       
          9 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTCCTGACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

                                  *           *
         44 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTGGATTACTGACTT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

                                            * *
         79 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAGTT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

                     *   *             *        
        114 ACTTAATTAACCTAAATTAAGTT-ACTAACTGAC-C
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTC

             *                                   
        148 TGCTTAATTACCCTGAATTAGAGTTG---A---ACT-
          1 -ACTTAATTACCCTGAATTA-AGTTGATTACTGACTC

                                     *       * *
        178 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTAGCTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-CTGACTC

                                        *      
        213 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

                               
        248 ACTTAATTACCCTGAATTA
          1 ACTTAATTACCCTGAATTA

        267 GGGTTACTTA


Statistics
Matches: 190,  Mismatches: 19, Indels: 28
        0.80            0.08        0.12

Matches are distributed among these distances:
  28    4  0.02
  29   18  0.09
  30    3  0.02
  33    1  0.01
  34    3  0.02
  35  154  0.81
  36    7  0.04

ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.12, T:0.37


Consensus pattern (35 bp):   
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

Found at i:120 original size:70 final size:69

Alignment explanation


    Indices: 7--266  Score: 327
    Period size: 70  Copynumber: 3.8  Consensus size: 69

          1 ACTTAA

                                         *                              *    
          7 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTCCTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTGGATTA
          1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TATTA

                 
         72 CTGAC
         65 CTGAC

                                              * *         *   *            * 
         77 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAGTTACTTAATTAACCTAAATTAAGTTACTAA
          1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTA

                 
        142 CTGAC
         65 CTGAC

            * *                                                           *  
        147 CTGCTTAATTACCCTGAATTAGAGTTG---A---ACT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTA
          1 TTACTTAATTACCCTGAATTA-AGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTA

                 *
        205 GCTGAA
         65 -CTGAC

                                          *                         
        211 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGACTCACTTAATTACCCTGAATTA
          1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTA

        267 GGGTTACTTA


Statistics
Matches: 163,  Mismatches: 17, Indels: 20
        0.81            0.09        0.10

Matches are distributed among these distances:
  63    6  0.04
  64   45  0.28
  65    2  0.01
  66    1  0.01
  68    1  0.01
  69    4  0.02
  70   99  0.61
  71    5  0.03

ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.12, T:0.38


Consensus pattern (69 bp):   
TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTAC
TGAC
Done.