Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01005995.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06013, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15347
ACGTcount: A:0.28, C:0.23, G:0.17, T:0.32
Found at i:1313 original size:91 final size:90
Alignment explanation
Indices: 1153--1371 Score: 298
Period size: 91 Copynumber: 2.4 Consensus size: 90
1143 AAACATTAAA
*
1153 GAACTTTTGAGAATATGCTGCACCGAGCTCACCGAATTCCAATCTTGAAGACATAATGCACCGCA
1 GAACTTTTGAGAATATGCTACACCGAGCTCACCGAATTCCAATCTTGAAGACATAATGCACCGCA
1218 TTAACTAAATTCACCGAATTACTCT
66 TTAACTAAATTCACCGAATTACTCT
* * * *
1243 GAACTGTTTGATAATATGCTATACCGAGCTCACTGAATTCCAATCTTGAAGACATAATGCACTGC
1 GAACT-TTTGAGAATATGCTACACCGAGCTCACCGAATTCCAATCTTGAAGACATAATGCACCGC
* *
1308 ATTAACTAGATTCACCGAATTACCCT
65 ATTAACTAAATTCACCGAATTACTCT
* * *
1334 G-GCTTGTCTGA-AATTATGCTGCACTGAGCTCACCGAAT
1 GAACTT-T-TGAGAA-TATGCTACACCGAGCTCACCGAAT
1372 CCTAATATCT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 12, Indels: 7
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
89 1 0.01
90 10 0.09
91 102 0.90
ACGTcount: A:0.32, C:0.24, G:0.16, T:0.28
Consensus pattern (90 bp):
GAACTTTTGAGAATATGCTACACCGAGCTCACCGAATTCCAATCTTGAAGACATAATGCACCGCA
TTAACTAAATTCACCGAATTACTCT
Found at i:1436 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1396--1477 Score: 128
Period size: 35 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
1386 ATGGTATACT
*
1396 GAGTCATCTGAATCCAACTTTGAAAATGCTTCACC
1 GAGTCATATGAATCCAACTTTGAAAATGCTTCACC
* * *
1431 GAGTCATATGATTCCAACTTTGAAGATGCTTCACT
1 GAGTCATATGAATCCAACTTTGAAAATGCTTCACC
1466 GAGTCATATGAA
1 GAGTCATATGAA
1478 CTCGATTTTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 42 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (35 bp):
GAGTCATATGAATCCAACTTTGAAAATGCTTCACC
Found at i:1494 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1396--1507 Score: 120
Period size: 35 Copynumber: 3.2 Consensus size: 35
1386 ATGGTATACT
* * *
1396 GAGTCATCTGAATCCAACTTTGAAAATGCTTCACC
1 GAGTCATATGACTCCAACTTTGAAGATGCTTCACC
* *
1431 GAGTCATATGATTCCAACTTTGAAGATGCTTCACT
1 GAGTCATATGACTCCAACTTTGAAGATGCTTCACC
* * *
1466 GAGTCATATGAACT-CGA-TTTTAAGGATGCTACACC
1 GAGTCATATG-ACTCCAACTTTGAA-GATGCTTCACC
1501 GAGTCAT
1 GAGTCAT
1508 CCAATCCCAA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 9, Indels: 4
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 5 0.08
35 59 0.89
36 2 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (35 bp):
GAGTCATATGACTCCAACTTTGAAGATGCTTCACC
Found at i:13788 original size:31 final size:33
Alignment explanation
Indices: 13753--13857 Score: 133
Period size: 35 Copynumber: 3.1 Consensus size: 33
13743 TGACTCCAAG
13753 ATTAAGCCATT-T-ATTTACTTAATTACACCGA
1 ATTAAGCCATTATGATTTACTTAATTACACCGA
*
13784 ATTAAGCCAATTACTGATTTACTTAATTACACCAA
1 ATTAAGCC-ATTA-TGATTTACTTAATTACACCGA
**
13819 ATTAAGTTAATTACTGATTTACTTAATTACACCGA
1 ATTAAG-CCATTA-TGATTTACTTAATTACACCGA
13854 ATTA
1 ATTA
13858 GGTTAATTAC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 4, Indels: 6
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 8 0.12
32 3 0.05
34 1 0.02
35 53 0.82
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (33 bp):
ATTAAGCCATTATGATTTACTTAATTACACCGA
Found at i:13813 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13792--13848 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
13782 GAATTAAGCC
13792 AATTACTGATTTACTT
1 AATTACTGATTTACTT
** * *
13808 AATTACACCAAATTAAGTT
1 AATT--A-CTGATTTACTT
13827 AATTACTGATTTACTT
1 AATTACTGATTTACTT
13843 AATTAC
1 AATTAC
13849 ACCGAATTAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 8, Indels: 6
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 17 0.57
17 1 0.03
18 1 0.03
19 11 0.37
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (16 bp):
AATTACTGATTTACTT
Found at i:13865 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13771--13867 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 5.4 Consensus size: 18
13761 ATTTATTTAC
13771 TTAATTACACCGAATTAAG
1 TTAATTACACCGAATT-AG
** * * *
13790 CCAATT--ACTGATTTAC
1 TTAATTACACCGAATTAG
*
13806 TTAATTACACCAAATTAAG
1 TTAATTACACCGAATT-AG
* * *
13825 TTAATT--ACTGATTTAC
1 TTAATTACACCGAATTAG
13841 TTAATTACACCGAATTAGG
1 TTAATTACACCGAATTA-G
13860 TTAATTAC
1 TTAATTAC
13868 CAAGTTATTT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 18, Indels: 12
0.64 0.21 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.22
17 11 0.20
18 12 0.22
19 19 0.35
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
TTAATTACACCGAATTAG
Found at i:13881 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 13765--13867 Score: 170
Period size: 35 Copynumber: 2.9 Consensus size: 35
13755 TAAGCCATTT
**
13765 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGCCAATTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
*
13800 ATTTACTTAATTACACCAAATTAAGTTAATTACTG
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
*
13835 ATTTACTTAATTACACCGAATTAGGTTAATTAC
1 ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTAC
13868 CAAGTTATTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 63 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
ATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTAATTACTG
Found at i:13937 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13917--14039 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 6.9 Consensus size: 17
13907 TTGAGTTAAC
13917 TACCAAATTACTTAATT
1 TACCAAATTACTTAATT
**
13934 TACCAGTTTACTTAATT
1 TACCAAATTACTTAATT
* * *
13951 GCACCGAATTAAGTTAA-T
1 -TACCAAATT-ACTTAATT
13969 TACCAAATTACTTAATCTAAT
1 TACCAAATTACTTAA--T--T
*
13990 TACCAACTTACTTAATT
1 TACCAAATTACTTAATT
* * * *
14007 ACACCGAATTAAGTTGA-T
1 -TACCAAATT-ACTTAATT
14025 TACCAAATTACTTAA
1 TACCAAATTACTTAA
14040 CTTAATTTCC
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 20, Indels: 19
0.66 0.17 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.12
17 30 0.39
18 13 0.17
19 10 0.13
21 15 0.19
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.06, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
TACCAAATTACTTAATT
Found at i:13989 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13965--14005 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
13955 CGAATTAAGT
13965 TAATTACCAAATTACTTAATC
1 TAATTACCAAATTACTTAATC
*
13986 TAATTACCAACTTACTTAAT
1 TAATTACCAAATTACTTAAT
14006 TACACCGAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.20, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
TAATTACCAAATTACTTAATC
Found at i:14018 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 13820--14504 Score: 882
Period size: 56 Copynumber: 12.5 Consensus size: 56
13810 TTACACCAAA
* ** * * * *
13820 TTAAGTTAATTACTGATTTACTTAATTACACCGAATTAGGTTAATTACCAAGTTAT
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
* * * * * *
13876 TTAATTTAA-T---AGTTTACTTAATTGCACCGAATTGAGTTAACTACCAAATTAC
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
* * *
13928 TTAA--T--TTACCAGTTTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTACCAAATTAC
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
*
13980 TTAA-TCTAATTACCAACTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
1 TTAACT-TAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
* * *
14036 TTAACTTAATTTCCAA-TTACTTAATTACGCCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTAC
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
**
14091 TTAACTTAACCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
* ** *
14147 TTAACTTAATTTCCAA-TTACTTAATTACGTCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTAC
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
**
14202 TTAACTTAACCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
* * *
14258 TTTAACTTAATTTCCAA-TTAATTAATTACACCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTAC
1 -TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
*
14314 TTAACTTAATTTCCAA-TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACC-AA-TA-
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
* * * *
14366 TT-ACTTAATTATCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGACTACCACATTCC
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
* *
14421 TTAACTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTGCCAAATTAC
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
*
14477 TTAACTTAATTACCAATTAACTTAATTA
1 TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTA
14505 ATCCCTAATT
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 55, Indels: 34
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
49 1 0.00
50 1 0.00
51 11 0.02
52 115 0.21
53 3 0.01
54 4 0.01
55 148 0.27
56 260 0.47
57 14 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
TTAACTTAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC
Found at i:14090 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 13837--14504 Score: 889
Period size: 111 Copynumber: 6.1 Consensus size: 111
13827 AATTACTGAT
* ** * * * *
13837 TTACTTAATTACACCGAATTAGGTTAATTACCAAGTTATTTAATTTAAT----AGTTTACTTAAT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAAT
* * * * * *
13898 TGCACCGAATTGAGTTAACTACCAAATTACTTAA--T--TTACCAGT
66 TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCA-A
* ** * *
13941 TTACTTAATTGCACCGAATTAAGTTAATTACCAAATTACTTAA-TCTAATTACCAACTTACTTAA
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACT-TAATCACCAATTTACTTAA
14005 TTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA
65 TTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA
* *
14052 TTACTTAATTACGCCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAACCACCAATTTACTTAAT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAAT
14117 TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA
66 TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA
** *
14163 TTACTTAATTACGTCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAACCACCAATTTACTTAAT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAAT
14228 TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTTAACTTAATTTCCAA
66 TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC-TTAACTTAATTTCCAA
* **
14275 TTAATTAATTACACCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA-TTACTTAAT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAAT
14339 TACACCGAATTAAGTTGATTACC-AA-TA-TT-ACTTAATTAT-CAA
66 TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATT-TCCAA
** * *
14381 TTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGACTACCACATTCCTTAACTTAATCACCAATTTACTTAA
1 -TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAA
* *
14446 TTACACCGAATTAAGTTGATTGCCAAATTACTTAACTTAATTACCAA
65 TTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA
14493 TTAACTTAATTA
1 TT-ACTTAATTA
14505 ATCCCTAATT
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 35, Indels: 32
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
103 1 0.00
104 43 0.08
106 11 0.02
107 51 0.10
108 71 0.14
109 4 0.01
110 5 0.01
111 232 0.46
112 91 0.18
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (111 bp):
TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAAT
TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA
Found at i:14144 original size:167 final size:166
Alignment explanation
Indices: 13837--14504 Score: 887
Period size: 167 Copynumber: 4.1 Consensus size: 166
13827 AATTACTGAT
* * * * * *
13837 TTACTTAATTACACCGAATTAGGTTAATTACCAAGTTATTTAATTTAA--T-AGTTTACTTAATT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCAATTTACTTAATT
* * * * *
13899 GCACCGAATTGAGTTAACTACCAAATTACTTAA-TT--T-ACCAGTTTACTTAATTGCACCGAAT
66 ACACCGAATTAAGTTGACTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAAT
*
13960 TAAGTTAATTACCAAATTACTTAA-TCTAATTACCAA
131 TAAGTTGATTACCAAATTACTTAACT-TAATTACCAA
13996 CTTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA-TTACTTAA
1 -TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTT-CAATTTACTTAA
* ** *
14060 TTACGCCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAACCACCAATTTACTTAATTACACCGA
64 TTACACCGAATTAAGTTGACTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGA
*
14125 ATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA
129 ATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTACCAA
** * ***
14163 TTACTTAATTACGTCGAATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAACCACCAATTTACTTAAT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAA-TTTCAATTTACTTAAT
* ** *
14228 TACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTTAACTTAATTTCCAA-TTAATTAATTACACCGA
65 TACACCGAATTAAGTTGACTACCAAATTAC-TTAACTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGA
* *
14292 ATTAAGTTGGTTACCAAATTACTTAACTTAATTTCCAA
129 ATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTACCAA
14330 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACC-AA-TA-TT-ACTTAATTATCAATTTACTTAAT
1 TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATT-TCAATTTACTTAAT
* *
14391 TACACCGAATTAAGTTGACTACCACATTCCTTAACTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAA
65 TACACCGAATTAAGTTGACTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAA
*
14456 TTAAGTTGATTGCCAAATTACTTAACTTAATTACCAA
130 TTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTACCAA
14493 TTAACTTAATTA
1 TT-ACTTAATTA
14505 ATCCCTAATT
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 45, Indels: 26
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 43 0.10
162 15 0.03
163 136 0.30
164 14 0.03
165 2 0.00
166 50 0.11
167 174 0.39
168 14 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (166 bp):
TTACTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTTCAATTTACTTAATT
ACACCGAATTAAGTTGACTACCAAATTACTTAACTTAATCACCAATTTACTTAATTACACCGAAT
TAAGTTGATTACCAAATTACTTAACTTAATTACCAA
Found at i:14387 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 14356--14393 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
14346 AATTAAGTTG
14356 ATTACCAATATTACTTA
1 ATTACCAATATTACTTA
*
14373 ATTATCAAT-TTACTTA
1 ATTACCAATATTACTTA
14389 ATTAC
1 ATTAC
14394 ACCGAATTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.58
17 8 0.42
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
ATTACCAATATTACTTA
Done.