Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01006012.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06030, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6783
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.17, T:0.33


Found at i:2223 original size:35 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 2177--2549  Score: 428
    Period size: 35  Copynumber: 10.7  Consensus size: 34

       2167 TTCTTACTAA

                                *        *      
       2177 ACTTAATTACCCTGAATTAAATT-ACTTATTGAACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ACT

                                       * * *   
       2212 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTCATTAACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACT

                                                 
       2246 CACTTAATTACCCTGAATTACAGTTGATTACTGACTT
          1 -ACTTAATTACCCTGAATTA-AGTTGATTACTGAC-T

                     *    *              *    
       2283 ACTTAATTATCCTGGATTAAGTTGATTACCGACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT

                                    *   *     * 
       2317 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTGCTGAATT
          1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT

                                     *        
       2353 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGACTACTGACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT

                                    *         * 
       2387 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATT
          1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT

                                               
       2423 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC-T

                        *               *    * 
       2458 ACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTATTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT

                                *              
       2493 ACTTAATTACCCTGAATTAATTTGATTACTGACTT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC-T

              *      *             
       2528 ACCTAATT-GCCTGAATTAAGTT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT

       2550 ACTTATTACT


Statistics
Matches: 293,  Mismatches: 34, Indels: 23
        0.84            0.10        0.07

Matches are distributed among these distances:
  34   20  0.07
  35  240  0.82
  36   31  0.11
  37    2  0.01

ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.10, T:0.39


Consensus pattern (34 bp):   
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT

Found at i:2387 original size:70 final size:70

Alignment explanation


    Indices: 2177--2550  Score: 518
    Period size: 70  Copynumber: 5.3  Consensus size: 70

       2167 TTCTTACTAA

                                *   *   *    *                            * *
       2177 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTACTTATTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTCAT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC

             *    
       2241 TAACTC
         65 TGACTC

                                    *        *           *    *              
       2247 ACTTAATTACCCTGAATTACAGTTGATTACTGACTTACTTAATTATCCTGGATTAAGTTGATTAC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTA-AGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC

            *     
       2312 CGACTC
         65 TGACTC

                                       *                                *    
       2318 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTGCTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGACTACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT

                 
       2383 GACTC
         66 GACTC

                                                                             
       2388 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT

                *
       2453 GACTT
         66 GACTC

                        *          *    *                          *         
       2458 ACTTAATTACCCCGAATTAAGTTGATTATTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAATTTGATTACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT

                *
       2523 GACTT
         66 GACTC

              *      *              
       2528 ACCTAATT-GCCTGAATTAAGTTA
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA

       2551 CTTATTACTG


Statistics
Matches: 272,  Mismatches: 30, Indels: 5
        0.89            0.10        0.02

Matches are distributed among these distances:
  69   12  0.04
  70  203  0.75
  71   56  0.21
  72    1  0.00

ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.10, T:0.39


Consensus pattern (70 bp):   
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
GACTC

Found at i:5204 original size:4 final size:4

Alignment explanation


    Indices: 5195--5219  Score: 50
    Period size: 4  Copynumber: 6.2  Consensus size: 4

       5185 AAGAACAAAA

                                           
       5195 AAAG AAAG AAAG AAAG AAAG AAAG A
          1 AAAG AAAG AAAG AAAG AAAG AAAG A

       5220 GAAAAAAAAA


Statistics
Matches: 21,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   4   21  1.00

ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.24, T:0.00


Consensus pattern (4 bp):   
AAAG

Done.