Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006094.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06112, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3501
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:936 original size:32 final size:30
Alignment explanation
Indices: 892--969 Score: 84
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
882 TACAACATGG
**
892 AGAATTAATGTTTTTTCTTTTTTTTAGGGAAT
1 AGAATTAATG-TTTTT-GGTTTTTTAGGGAAT
*
924 AGAATTAGTGTTTTTGGTTTTTTAGGGAAT
1 AGAATTAATGTTTTTGGTTTTTTAGGGAAT
**
954 AGTTTTAATGATTTTT
1 AGAATTAATG-TTTTT
970 ATAGATTTAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 3
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 20 0.51
31 10 0.26
32 9 0.23
ACGTcount: A:0.24, C:0.01, G:0.19, T:0.55
Consensus pattern (30 bp):
AGAATTAATGTTTTTGGTTTTTTAGGGAAT
Found at i:2240 original size:939 final size:942
Alignment explanation
Indices: 940--3501 Score: 4237
Period size: 968 Copynumber: 2.7 Consensus size: 942
930 AGTGTTTTTG
* *
940 GTTTTTTAGGGAATAGTTTTAATGATTTTTATAGATTTATATAGAT-AGAATCTTTCTATGTTTA
1 GTTTTTTAGGGAATAGTTTTAATGATTTTTATAGATTTATATACATAAG-TTCTTTCTATGTTTA
* * *
1004 TTTTCTTCTTTTGTTTTTCTGTTTTTGTATTTGGGTATATGCTATTGGATTTGAGCCTATTATAC
65 TTTTCTTCTTTTGTTTTTCTGTTTTTGTATTTGGTTATATACTATTGGATTTGAGCCAATTATAC
1069 CAATTACTTCCTGTTTAACAGTTGTAACTTT-AAAACAAAAAGTATCAAATTTACAATTGTTAAT
130 CAATTACTTCCTGTTTAACAGTTGTAACTTTAAAAACAAAAAGTATCAAATTTACAATTGTTAAT
1133 GAAGTTGTCATGTCTTTATTTTAAGACTTGTTAAATTTAACCTATAAAAATTCATTTTATAAGAA
195 GAAGTTGTCATGTCTTTATTTTAAGACTTGTTAAATTTAACCTATAAAAATTCATTTTATAAGAA
1198 ATTTAGCCTATAGCAATAAATTTTATATTTATGGTTATCTTCAATAGTGAAGGAAGGTTAACAAT
260 ATTTAGCCTATAGCAATAAATTTTATATTTATGGTTATCTTCAATAGTGAAGGAAGGTTAACAAT
1263 TTTCTTATTTGAATTTACTAAATAACTATAGGGCTATTAAGAACGAAGTTAAACTTACTCAATAA
325 TTTCTTATTTGAATTTACTAAATAACTATAGGGCTATTAAGAACGAAGTTAAACTTACTCAATAA
*
1328 AGAAGGTTATCTTAGATCAAACATTTTAAGCAGTGTGACTCTGATATCATTATGAAATTCAAGTT
390 AGAAGGTTATCTTAGATCAAACATTTTAAGCAGTGTGACTCTGATATCATAATGAAATTCAAGTT
*
1393 AAACATAAAGTACACCCCAACAATCATTCCCAAGGCGAAATTCATGGGTTTGTTCAAATCTTCTG
455 AAACATAAAGTATACCCCAACAATCATTCCCAAGGCGAAATTCATGGGTTTGTTCAAATCTTCTG
1458 GTGCCAGTCCTAAATCCTTATCACTCGGTCTGTACATAAGTTTTCAGAAGGTATCCAATGCTAAC
520 GTGCCAGTCCTAAATCCTTATCACTCGGTCTGTACATAAGTTTTCAGAAGGTATCCAATGCTAAC
*
1523 AGAATAAAAATAAATAGATAAGAGTACCTCTGTAAATATCCACATGTTCTCGTCTGTAAGCTCCA
585 AGAATAAAAATAAATAGATAAGAGTACCTCTGTAAATATCCACATGTTCTCGTCTGTGAGCTCCA
* *
1588 TGTTGAAATTTTCCTTAAAATCTCGTTTTACCAGTAAGCAGTCAGAATGGTCATCGAAACAGTAG
650 TGTTGAAATTTTACTTAAAATCTCGTTTTACCAGTAAGCAGTCAGAATGGTCATCAAAACAGTAG
1653 TAGCGACACTATA-TTTAGGCGATAGTAACTTTCACGAAAAGAGTCTAGTAATAGTGCTTTGGAA
715 TAGCGACACTATATTTTAGGCGATAGTAACTTTCACGAAAAGAGTCTAGTAATAGTGCTTTGGAA
** *
1717 TTTGTAATTTTTATTCGGTAAAACACGCATTAATAAAAGGAAAAAACAAAAGAAGAAGATTAAAT
780 TTTGTAATTTCCATTCGGTAAAACACGCATTAATAAAAGGAAAAAACAAAAGAAAAAGATTAAAT
* * *
1782 CACGAAGACCAAAAAACCAAAATGAAGAAAGACAGAAACATTGAGCTAGAAAGATCACCTGTGGA
845 CACGAAGACCAAAAAAACAAAAAGAAGAAAGACAGAAACATTGAGCTAGAAAGATCACCTCTGGA
1847 AATTACAACATGGAGAATTAATGTTTTTTC-TT
910 AATTACAACATGGAGAATTAATGTTTTTTCTTT
*
1879 -TTTTTTAGGGAATAGTTTTAATGATTTTTATAGATTTATATACATAAGTTCTTTCTATGTTTTT
1 GTTTTTTAGGGAATAGTTTTAATGATTTTTATAGATTTATATACATAAGTTCTTTCTATGTTTAT
* * * *
1943 TTTCTTCTTTTGCTTTTCCGTTTTTGTATTTGGTTATATA-TCGTTGAATTTGAGCCAATTATAC
66 TTTCTTCTTTTGTTTTTCTGTTTTTGTATTTGGTTATATACT-ATTGGATTTGAGCCAATTATAC
* * *
2007 CAATTACTTCCTCTTTAACAGTTGTAACTTTAAAAACAAAAGGTAACAAATTTACAATTGTTAAT
130 CAATTACTTCCTGTTTAACAGTTGTAACTTTAAAAACAAAAAGTATCAAATTTACAATTGTTAAT
* * * *
2072 AAAGTTGACATGTCTTTATTTTAAAACTTGTTAAATTTAACCTATAAAAATTCATTTTAAAAGAA
195 GAAGTTGTCATGTCTTTATTTTAAGACTTGTTAAATTTAACCTATAAAAATTCATTTTATAAGAA
*
2137 ATTTAGCCTATAACAATAAATTTTATATTTATGGTTATCTTCAATAGTGAAGGAAGGTTAACAAT
260 ATTTAGCCTATAGCAATAAATTTTATATTTATGGTTATCTTCAATAGTGAAGGAAGGTTAACAAT
* * *
2202 TTTCTTAATTGAATTTACTAAATAACTACAGGGCTATTAAGAATGAAGTTAAACTTACTCAATAA
325 TTTCTTATTTGAATTTACTAAATAACTATAGGGCTATTAAGAACGAAGTTAAACTTACTCAATAA
*
2267 AGAAGGTTATCTTAGATCAAACATTTTAAGCAGTGTGACTCTGATATCATAACGAAATTCAAGTT
390 AGAAGGTTATCTTAGATCAAACATTTTAAGCAGTGTGACTCTGATATCATAATGAAATTCAAGTT
* * **
2332 AAACATAAAATATA-CCCAACAATCATTCCCAAGGCAAAATTCATAAGTTTGTTCAAATCTTCTG
455 AAACATAAAGTATACCCCAACAATCATTCCCAAGGCGAAATTCATGGGTTTGTTCAAATCTTCTG
* * *
2396 GTGCCAGTCCTAAATCCTTGTCCCTCGGTTTGTACAT-AGTTTTCAGAAGGTATCCAATGCTAAC
520 GTGCCAGTCCTAAATCCTTATCACTCGGTCTGTACATAAGTTTTCAGAAGGTATCCAATGCTAAC
* * * * *
2460 AAAATAAAAATAAATAAATAGGAGTACCTCTGTTAATATCCACATGTTCTCGTTTGTGAGCTCCA
585 AGAATAAAAATAAATAGATAAGAGTACCTCTGTAAATATCCACATGTTCTCGTCTGTGAGCTCCA
* *
2525 TGTTGAAATTTTAGTTAAAATCTTGTTTTACCAGTAAGCAGTCAGAATGGTCATCAAAACAGTAG
650 TGTTGAAATTTTACTTAAAATCTCGTTTTACCAGTAAGCAGTCAGAATGGTCATCAAAACAGTAG
2590 TAGCGACACTATATTTTAGGCGATAGTAACTTTCACGAAAAGAGTCTAGTAATAGTGCTTTGGAA
715 TAGCGACACTATATTTTAGGCGATAGTAACTTTCACGAAAAGAGTCTAGTAATAGTGCTTTGGAA
*
2655 TTTGTAATTTCCATTCGGTAAAACACGCATTAATAAAAGGAAAAAATAAAAGAAAAAGATTAAAT
780 TTTGTAATTTCCATTCGGTAAAACACGCATTAATAAAAGGAAAAAACAAAAGAAAAAGATTAAAT
* *
2720 CACGAAGACCAAAAAAACAAAAAGAAGAAAGACAGAAACATTGGGCTAGAAAGATCACCTCTTGA
845 CACGAAGACCAAAAAAACAAAAAGAAGAAAGACAGAAACATTGAGCTAGAAAGATCACCTCTGGA
2785 AATTACAACATGGAGAATTAATGTTTTTTCTTTTTTTTAGGGAATAGAATTAGTGTTTTT
910 AATTACAACATGGAGAATTAATGTTTTTTC---------------------------TTT
2845 GGTTTTTTAGGGAATAGTTTTAATGATTTTTATAGATTTATATACATAAGTTCTTTCTATGTTTA
1 -GTTTTTTAGGGAATAGTTTTAATGATTTTTATAGATTTATATACATAAGTTCTTTCTATGTTTA
* *
2910 TTTTCTTCTTTTGTTTTTCTGTTTTTGTATTTGGTTATATACTATTGGATTTGAACCAACTATAC
65 TTTTCTTCTTTTGTTTTTCTGTTTTTGTATTTGGTTATATACTATTGGATTTGAGCCAATTATAC
* *
2975 CAATTACTTCCTGTTTAACGGTTGTAACTTTAAAAACAAAAAGTATCAAATTTACAATTATTAAT
130 CAATTACTTCCTGTTTAACAGTTGTAACTTTAAAAACAAAAAGTATCAAATTTACAATTGTTAAT
3040 GAAGTTGTCATGTCTTTATTTTAAGACTTGTTAAATTTAACCTATAAAAATTCATTTTATAAGAA
195 GAAGTTGTCATGTCTTTATTTTAAGACTTGTTAAATTTAACCTATAAAAATTCATTTTATAAGAA
* *
3105 ATTTAGCCTATAGCAATAAATTTTATATTTATGGTTATCTTCAATAGTGAAGAAAGGTTAGCAAT
260 ATTTAGCCTATAGCAATAAATTTTATATTTATGGTTATCTTCAATAGTGAAGGAAGGTTAACAAT
3170 TTTCTTATTTGAATTTACTAAATAACTATAGGGCTATTAAGAACGAAGTTAAACTTACTCAATAA
325 TTTCTTATTTGAATTTACTAAATAACTATAGGGCTATTAAGAACGAAGTTAAACTTACTCAATAA
* *
3235 AGAAGGTTATCTTAGATCAAACATTTTAAGCAGTGTGACTCTGATATTATAATGAAATTGAAGTT
390 AGAAGGTTATCTTAGATCAAACATTTTAAGCAGTGTGACTCTGATATCATAATGAAATTCAAGTT
3300 AAACATAAAGTATACCCCAACAATCATTCCCAAGGCGAAATTCATGGGTTTGTTCAAATCTTCTG
455 AAACATAAAGTATACCCCAACAATCATTCCCAAGGCGAAATTCATGGGTTTGTTCAAATCTTCTG
3365 GTGCCAGTCCTAAAT-C-TATCACTCGGTCTGTACATAAGTTTTCAGAAGGTATCCAATGCT-AC
520 GTGCCAGTCCTAAATCCTTATCACTCGGTCTGTACATAAGTTTTCAGAAGGTATCCAATGCTAAC
* *
3427 NGAATAAAAATAAATAGATAAGAGTACCTCTGTAAATATCCACATGTTCTCGTCTGTGAGCTTCA
585 AGAATAAAAATAAATAGATAAGAGTACCTCTGTAAATATCCACATGTTCTCGTCTGTGAGCTCCA
3492 TGTTGAAATT
650 TGTTGAAATT
Statistics
Matches: 1497, Mismatches: 89, Indels: 46
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
937 161 0.11
938 426 0.28
939 295 0.20
966 2 0.00
967 86 0.06
968 464 0.31
969 63 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (942 bp):
GTTTTTTAGGGAATAGTTTTAATGATTTTTATAGATTTATATACATAAGTTCTTTCTATGTTTAT
TTTCTTCTTTTGTTTTTCTGTTTTTGTATTTGGTTATATACTATTGGATTTGAGCCAATTATACC
AATTACTTCCTGTTTAACAGTTGTAACTTTAAAAACAAAAAGTATCAAATTTACAATTGTTAATG
AAGTTGTCATGTCTTTATTTTAAGACTTGTTAAATTTAACCTATAAAAATTCATTTTATAAGAAA
TTTAGCCTATAGCAATAAATTTTATATTTATGGTTATCTTCAATAGTGAAGGAAGGTTAACAATT
TTCTTATTTGAATTTACTAAATAACTATAGGGCTATTAAGAACGAAGTTAAACTTACTCAATAAA
GAAGGTTATCTTAGATCAAACATTTTAAGCAGTGTGACTCTGATATCATAATGAAATTCAAGTTA
AACATAAAGTATACCCCAACAATCATTCCCAAGGCGAAATTCATGGGTTTGTTCAAATCTTCTGG
TGCCAGTCCTAAATCCTTATCACTCGGTCTGTACATAAGTTTTCAGAAGGTATCCAATGCTAACA
GAATAAAAATAAATAGATAAGAGTACCTCTGTAAATATCCACATGTTCTCGTCTGTGAGCTCCAT
GTTGAAATTTTACTTAAAATCTCGTTTTACCAGTAAGCAGTCAGAATGGTCATCAAAACAGTAGT
AGCGACACTATATTTTAGGCGATAGTAACTTTCACGAAAAGAGTCTAGTAATAGTGCTTTGGAAT
TTGTAATTTCCATTCGGTAAAACACGCATTAATAAAAGGAAAAAACAAAAGAAAAAGATTAAATC
ACGAAGACCAAAAAAACAAAAAGAAGAAAGACAGAAACATTGAGCTAGAAAGATCACCTCTGGAA
ATTACAACATGGAGAATTAATGTTTTTTCTTT
Found at i:2842 original size:32 final size:30
Alignment explanation
Indices: 2798--2875 Score: 84
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
2788 TACAACATGG
**
2798 AGAATTAATGTTTTTTCTTTTTTTTAGGGAAT
1 AGAATTAATG-TTTTT-GGTTTTTTAGGGAAT
*
2830 AGAATTAGTGTTTTTGGTTTTTTAGGGAAT
1 AGAATTAATGTTTTTGGTTTTTTAGGGAAT
**
2860 AGTTTTAATGATTTTT
1 AGAATTAATG-TTTTT
2876 ATAGATTTAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 3
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 20 0.51
31 10 0.26
32 9 0.23
ACGTcount: A:0.24, C:0.01, G:0.19, T:0.55
Consensus pattern (30 bp):
AGAATTAATGTTTTTGGTTTTTTAGGGAAT
Done.