Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006108.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06126, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4487
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Found at i:4111 original size:197 final size:198
Alignment explanation
Indices: 3510--4487 Score: 1083
Period size: 197 Copynumber: 4.9 Consensus size: 198
3500 TTGGTACAAA
* * *
3510 AACTTCTTAACCCGCTTATAGTGTCCAAATTTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAA-TC--T-
* * * *
3575 TATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGTAGACTGCACGTGCGGAGTTTAACT
62 TATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAG-TTAGCAGACTGCACGTGCGG-G-----GT
* * * *
3640 TTAAGGGTTAACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAA-A--TATTTAATTATGAA
120 TTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAA
*
3702 ATGGGGTATGTGTC
185 ATGAGGTATGTGTC
* *
3716 AACTTCTTAACCCGATTATGGAGTCCAAAATTTACACTGATAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
* * * * * * * * ** *
3781 AGAAAAATTATACAGTTC-CCGTTAGTGAATTTTAGCAGACTGCATGTACAGTATTTAAAGGTTG
66 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGA-GTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTG
* * *
3845 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGAAATGCGGTGTG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATG
3910 TGTC
195 TGTC
* * * *
3914 AACTTCTTAACCCACCTATGGAGTCCAAAATTTATACTAACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
* * * *
3979 AGAAAAATTA-AGCAATACACTGTCAGTGGAG-TAGCAGACTGCACATGCGGGGTTCAGGGGTTG
66 AGAAAAATTATA-CAATACACCGTCAGTGGAGTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTG
4042 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATG
4107 TGTC
195 TGTC
* *
4111 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT-
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
* * *
4175 A-AAATATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGCTTTAAGGGTTG
66 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAG-TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTG
* * ** * *
4239 ATATGTGTTCCCTTAGGGAATATATGTATTAATATTTTATATTTTAATTAATTGTGGAAT-AGGG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGG-A-ATATGTATTAATATTAAATA-TTTAATTAATTATGAAATGA-GG
*
4303 TATCTGTC
191 TATGTGTC
* * * *
4311 AACTTCTTAACCCGCTTAT-GATGTGCAAAATTTATACTAACGGTGTA-TGTA-ACAT-A---TA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGA-GTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA-ATAATCTTA
* * *
4369 -AA-AAAAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAGGGT
64 TAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAG-TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGT
** * *
4432 TGACATGTGTTTCGTTAGGGAATATGTATTATTATTAATTTATATTTAATTAATTA
128 TGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAA---ATATTTAATTAATTA
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 86, Indels: 49
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
193 14 0.02
194 1 0.00
195 153 0.23
196 6 0.01
197 192 0.29
198 101 0.15
199 35 0.05
200 64 0.10
201 26 0.04
202 19 0.03
203 1 0.00
205 2 0.00
206 53 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGA
CATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGT
GTC
Found at i:4479 original size:395 final size:391
Alignment explanation
Indices: 3574--4487 Score: 1078
Period size: 395 Copynumber: 2.3 Consensus size: 391
3564 ATAATTCTAT
* * * * *
3574 ATATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGTAGACTGCACGTGCGGAGTTTAAC
1 ATATAAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-GAG-----G
* * *
3639 TTTAAGGGTTAACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAA-A--TATTTAATTATGA
60 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
* * *
3701 AATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGATTATGGAGTCCAAAATTTACACTGATAGTGTATTG
125 AATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGATTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
* * * * * *
3766 TATAATAATCTTATAAGAAAAATTATACAGTTCCCGTTAGTGAATTTTAGCAGACTGCATGTACA
190 TATAATAATCATATAAGAAAAATTATACAATACCCGTCAGTGAAGTTTAGCAGACTGCACGTACA
*
3831 GTATTTAAAGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTA
255 GGATTTAAAGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTA
* *
3896 TGAAATGCGGTGTGTGTCAACTTCTTAACCCACCTATGGAGTCCAAAATTTATACTAACAGTGTA
320 TGAAATGCGGTATCTGTCAACTTCTTAACCCACCTATGGAGTCCAAAATTTATACTAACAGTGTA
3961 TTGTATA
385 TTGTATA
* * *
3968 ATAATCTTATAAGAAAAATTA-AGCAATACACTGTCAGTGGAG--TAGCAGACTGCACATGCGGG
1 AT-A---TA-AA-AAAAATTATA-CAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAG
* * *
4030 GTTCAGGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATG
59 GTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATG
*
4095 AAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATT
124 AAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGATTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATT
* * * *
4160 GTATAATAATCATAT-A-AAATATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG
189 GTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACAATAC-CCGTCAGTGAAGTTTAGCAGACTGCACGTA
* * * * * ***
4223 CGGGCTTTAAGGGTTGATATGTGTTCCCTTAGGGAATATATGTATTAATATTTTATATTTTAATT
253 CAGGATTTAAAGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGG-A-ATATGTATTAATATCAAATA-TTTAATT
* * * * *
4288 AATTGTGGAATAG-GGTATCTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT-GATGTGCAAAATTTATACTAA
315 AATTATGAAAT-GCGGTATCTGTCAACTTCTTAACCCACCTATGGA-GTCCAAAATTTATACTAA
*
4351 CGGTGTA-TGTA-A
378 CAGTGTATTGTATA
* *
4363 CATATAAAAAAAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAA
1 -ATATAAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGGTTTAA
** * *
4428 GGGTTGACATGTGTTTCGTTAGGGAATATGTATTATTATTAATTTATATTTAATTAATTA
65 GGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAA---ATATTTAATTAATTA
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 56, Indels: 45
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
390 25 0.06
391 3 0.01
392 104 0.24
393 13 0.03
394 56 0.13
395 105 0.24
396 25 0.06
397 66 0.15
398 18 0.04
399 2 0.00
400 24 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (391 bp):
ATATAAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGGTTTAAG
GGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAG
GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGATTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
AATCATATAAGAAAAATTATACAATACCCGTCAGTGAAGTTTAGCAGACTGCACGTACAGGATTT
AAAGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGAAAT
GCGGTATCTGTCAACTTCTTAACCCACCTATGGAGTCCAAAATTTATACTAACAGTGTATTGTAT
A
Done.