Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006184.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06202, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13693
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.14, T:0.31
Found at i:4048 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 4004--4874 Score: 1046
Period size: 35 Copynumber: 25.1 Consensus size: 35
3994 TATTAGCCTG
*
4004 AGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
4039 AGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
* *
4074 AGTTGATTACTGA-TTGACTTAATTACCTTGAATAAA
1 AGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACCCTGAAT-TA
*
4110 AGTTGATTACTGAC-T-C------A--CTCAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
* *
4135 AGTTTATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
4170 AGTTGATTACTGA-TTGACTTAATTACCTTGAATTAA
1 AGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACCCTGAATT-A
* * * *
4206 AGTTGATTACTGACTCACTCAATTACCCTAAATCA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
* *
4241 AGTTGATTACTGACTTACTAAAGTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
4276 AGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
* *
4311 AGTTGATTACAGA-TTGACTTAATTACCTTGAATTAA
1 AGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACCCTGAATT-A
*
4347 AGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
4382 AGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
4417 AGTTGATTACTGA-TATACTTAATTACCTTGAATTAA
1 AGTTGATTACTGACT-TACTTAATTACCCTGAATT-A
* *
4453 AGTTGATTACTGACTCACTCAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
4488 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
4523 AGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
4558 AGTTGATTACTGA-TTGACTTAATTACCTTGAATTAA
1 AGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACCCTGAATT-A
* *
4594 AGTTGATTACTGACTCACTCAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
*
4629 AGTTGATTACTGACTTACATAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
* *
4664 AGTT-ACTAACTGACTTACTTAATTACCCTAAATTA
1 AGTTGA-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
* * *
4699 AGTTCATTATTGACTAACTTAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
* ** *
4734 AGTT-A--CCT-ACTGGCTTAGTTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
* * * *
4765 AGTTCATTACTAAATTAATTAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
* * * * *
4800 AATTAATAATTGAATTACTTAATTACCCT-AACTTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAA-TTA
* * *
4835 AGCTAATTACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTA
1 AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
4870 AGTTG
1 AGTTG
4875 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 84, Indels: 66
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 14 0.02
26 5 0.01
27 1 0.00
28 1 0.00
31 24 0.03
32 2 0.00
33 1 0.00
34 16 0.02
35 515 0.72
36 136 0.19
37 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
AGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTA
Found at i:4137 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 4109--4159 Score: 75
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
4099 CCTTGAATAA
4109 AAGTTGATTACTGACTCACTCAATT
1 AAGTTGATTACTGACTCACTCAATT
* * *
4134 AAGTTTATTACTGACTTACTTAATT
1 AAGTTGATTACTGACTCACTCAATT
4159 A
1 A
4160 CGCTGAATTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 23 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (25 bp):
AAGTTGATTACTGACTCACTCAATT
Found at i:4144 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 4069--4618 Score: 212
Period size: 71 Copynumber: 8.1 Consensus size: 60
4059 AATTACCCTG
4069 AATTAAGTTGATTACTGA-TTGACTTAATTAC-CTTGAATAAAAGTTGATTACTGACTCACTC
1 AATTAAGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACGC-TGAAT-AAAGTTGATTACTGACTCACTC
* * *
4130 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATAAAGTTGATTAC----TGAC----TCA
*
4195 CCTTG
58 -C-TC
* * * * *
4200 AATTAAAGTTGATTACTGACTCACTCAATTACCCTAAATCAAGTTGATTACTGACTTACTAAAGT
1 AATT-AAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATAAAGTTGATTACTGAC-T-C------
*
4265 ACCCTG
57 A--CTC
* * * *
4271 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAGATTGACTTAATTA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATAAAGTTGATTAC----TGAC----TCA
*
4336 CCTTG
58 -C-TC
* * * *
4341 AATTAAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATT
1 AATT-AAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATAAAGTTGATTACTGAC-T-C------
*
4406 ACCCTG
57 A--CTC
4412 AATTAAGTTGATTACTGA-TATACTTAATTAC-CTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTCAA
1 AATTAAGTTGATTACTGACT-TACTTAATTACGC-TGAA-TAAAGTTGATTACTGACTCA--C--
4475 TTACCC
59 -T---C
* *
4481 TGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAAT
1 --AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATAAAGTTGATTACTGAC-T-C-----
*
4546 TACCCTG
57 -A--CTC
4553 AATTAAGTTGATTACTGA-TTGACTTAATTAC-CTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
1 AATTAAGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACGC-TGAA-TAAAGTTGATTACTGACTCACTC
4614 AATTA
1 AATTA
4619 CCCTGAATTA
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 36, Indels: 124
0.71 0.07 0.23
Matches are distributed among these distances:
60 11 0.03
61 39 0.10
62 3 0.01
63 4 0.01
64 6 0.02
66 1 0.00
67 8 0.02
68 2 0.01
69 10 0.03
70 130 0.33
71 161 0.41
72 7 0.02
74 4 0.01
75 1 0.00
77 1 0.00
78 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (60 bp):
AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATAAAGTTGATTACTGACTCACTC
Found at i:4252 original size:106 final size:104
Alignment explanation
Indices: 4130--4874 Score: 896
Period size: 106 Copynumber: 7.1 Consensus size: 104
4120 TGACTCACTC
* *
4130 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATT-ACTTAATTA
* * * *
4195 CCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTCAATTACCCTA
65 CCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTG
* * * *
4236 AATCAAGTTGATTACTGACTTACTAAAGTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TTACTTAATTA
* *
4301 CCCTGAATTAAGTTGATTACAGA-TTGACTTAATTACCTTG
65 CCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACCCTG
* *
4341 AATTAAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATT
1 AATT-AAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TTACTTAATT
*
4406 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TATACTTAATTACCTTG
64 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT-TACTTAATTACCCTG
* *
4447 AATTAAAGTTGATTACTGACTCACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATT
1 AATT-AAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TTACTTAATT
* *
4512 ACGCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTG
64 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTG
* * *
4553 AATTAAGTTGATTACTGA-TTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTCAAT
1 AATTAAGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGA-TTACTTAAT
*
4617 TACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACATAATTACCCTG
63 TACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTG
* * * * *
4659 AATTAAGTT-ACTAACTGACTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTCATTATTGACTAACTTAATT
1 AATTAAGTTGA-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TTACTTAATT
* ** *
4723 ACCCTGAATTAAGTT-A--CCT-ACTGGCTTAGTTACCCTG
64 ACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTG
* * * * * * * *
4760 AATTAAGTTCATTACTAAATTAATTAATTACCCTGAATTAAATTAATAATTGAATTACTTAATTA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ATTACTTAATTA
* * *
4825 CCCT-AACTTAAGCTAATTACTGACTGACTTAATTACCCTG
65 CCCTGAA-TTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTG
4865 AATTAAGTTG
1 AATTAAGTTG
4875 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 56, Indels: 33
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
100 2 0.00
101 76 0.13
102 5 0.01
104 5 0.01
105 119 0.21
106 354 0.62
107 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (104 bp):
AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTACTTAATTAC
CCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTG
Found at i:4297 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 4130--4874 Score: 966
Period size: 141 Copynumber: 5.3 Consensus size: 140
4120 TGACTCACTC
* * *
4130 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTGACTTAATTA
* * * * * *
4195 CCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTCAATTACCCTAAATCAAGTTGATTACTGACTTACT
66 CCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACT
* *
4260 AAAGTACCCTG
130 TAATTACCCTG
* * *
4271 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAGATTGACTTAATTA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTGACTTAATTA
* *
4336 CCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACT
66 CCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACT
4401 TAATTACCCTG
130 TAATTACCCTG
* * *
4412 AATTAAGTTGATTACTGA-TATACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTCAAT
1 AATTAAGTTGATTACTGACT-TACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTGACTTAAT
*
4476 TACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACGCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTAC
64 TACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTAC
4541 TTAATTACCCTG
129 TTAATTACCCTG
* * *
4553 AATTAAGTTGATTACTGA-TTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTCAAT
1 AATTAAGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTGACTTAAT
* *
4617 TACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACATAATTACCCTGAATTAAG-TTACTAACTGACTTA
64 TACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTA-TTACTGACTTA
*
4681 CTTAATTACCCTA
128 CTTAATTACCCTG
* * * * * *
4694 AATTAAGTTCATTATTGACTAACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A--CCT-ACTGGCTTAGTTA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTGACTTAATTA
* * * * * * * * *
4755 CCCTGAATTAAGTTCATTACTAAATTAATTAATTACCCTGAATTAAATTAATAATTGAATTACTT
66 CCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTT
4820 AATTACCCT-
131 AATTACCCTG
* * *
4829 AACTTAAGCTAATTACTGACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 AA-TTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
4875 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 43, Indels: 20
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
135 2 0.00
136 109 0.20
137 4 0.01
139 1 0.00
140 10 0.02
141 396 0.72
142 31 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (140 bp):
AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTGACTTAATTA
CCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTT
AATTACCCTG
Found at i:4805 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4752--4806 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
4742 ACTGGCTTAG
* *
4752 TTACCCTGAATTAAGTTCA
1 TTACCCTGAATTAAATTAA
*
4771 TTA--CTAAATT-AATTAA
1 TTACCCTGAATTAAATTAA
4787 TTACCCTGAATTAAATTAA
1 TTACCCTGAATTAAATTAA
4806 T
1 T
4807 AATTGAATTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 6
0.74 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.24
17 6 0.21
18 6 0.21
19 10 0.34
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.05, T:0.40
Consensus pattern (19 bp):
TTACCCTGAATTAAATTAA
Done.