Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006203.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06222, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4578
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Found at i:125 original size:56 final size:54
Alignment explanation
Indices: 3--4577 Score: 2622
Period size: 56 Copynumber: 85.8 Consensus size: 54
1 AG
* * * ** *
3 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGCAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTTGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * * *
56 TACTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAACAAGTAGTAAACAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * *
112 TAGTTTCATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAGGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * ** *
161 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGAAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
** * * *
214 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * *
270 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * ** * * *
319 TAGTTTAATTTAGAGTAACTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * *
375 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAATGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * *
429 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAAGTAATCTA-TTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAG-AATAGTAAAC-AGTAGA
* * * * * * *
486 TACTTTAATTCAGAGCAATTATGCT-AGGAAGT-AAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* *** *
534 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GTAGATTTGTTGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * *
587 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * *
643 TAGTTTAATTTATAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * * * *
697 TTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAACTAATC-GATTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAG-AATAGTAAACAG-TAGA
* * * * *
754 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGT-AAGAAGT-AAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * ** *
802 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACT-AAGAGGTAAAAGAA-AGTAGATTAGTTGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * * *
855 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAA-AGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * ** * *
911 TAGTTTCATTCAAAGTAATTAAGGT-AAGAAGTAAAAG---AGTGGAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * **
960 TAGTTTAATTCAAAGTAATTATA-C-AAAGAAGTAAAAAGAAT-GGAGATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTA-AGCTAAAGAAGT-AAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
** * * *
1014 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * *
1070 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * * * *
1124 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTATA-ATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTA-AGCTAAAGA-AGTAAAAG-AATAGTAAACAGTAGA
* * * * *
1181 TAGTTTAATTTAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * * *
1229 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAATAAAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * **
1278 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT--AGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAG-CTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
** * * *
1331 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * **
1387 TAATTTAATTCAGAATAAGTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * *
1440 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAATGTGTAAACAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAT-AGTAAACAGTAGA
* *
1496 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAT-G-AAGATTAGCAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAA-A-CAGTAGA
* * ** * * *
1550 TAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * *
1606 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGCAGTAATCAATA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
** * * * * * *
1660 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAG-AATAGTAAACAGTAGA
* * * *
1717 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAATCG---AGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * **
1765 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * * * * *
1817 TACTCTAATTCAAAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAGGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * ** *
1866 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGAAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
** * * *
1919 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* **
1975 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * *
2028 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTACAAA-AAGGT-GTAAACAATAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTA-AAAGAA--TAGTAAACAGTAGA
* *
2083 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAT-G--AAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * ** * * *
2133 TAGTTTAAATTTAGAGTAACTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGA
1 TAGTTT-AATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * *
2190 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAATGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * *
2244 TTAGTTTAATTCACAGTAATTAAACTAAA-AAGAATAAAAGAAAAAGTAATCTA-TTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAG--TAAAAG-AATAGTAAAC-AGTAGA
* * * * *
2301 TACTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* ** *
2349 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GTAGATTAGTTGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * * *
2402 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACGGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * *
2458 TAGTTTAATTTATAGTAATTAAGCT--AGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * * * *
2510 TTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAACTAATC-GATTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAG-AATAGTAAACAG-TAGA
* * * * *
2567 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGT-AAGAAGT-AAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * ** *
2615 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACT-AAGAGGTAAAAGAA-AGTAGATTAGTTGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * *
2668 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAA-AGAGGAAAAGAATGAGTAAACAATAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGA-AGTAAAAGAAT-AGTAAACAGTAGA
* * * * * *
2724 TAGTTTCATTCAAAGTAATTAAGGT-AAGAAGTAAAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * * **
2773 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-CAGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * * * *
2826 TATTTTAATTCAGAGTAATCGAA-TTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAAT-TAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * *
2882 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * * * *
2936 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTATA-ATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTA-AGCTAAAGA-AGTAAAAG-AATAGTAAACAGTAGA
* * * * *
2993 TAGTTTAATTTAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * * *
3041 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAATAAAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * ** *
3090 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT--AGAAGTAAAAGAAT-GGATATTATTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAG-CTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
** * *
3143 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAA-AGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTA-AAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * **
3199 TAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * * *
3252 TAGTTTAATTCGGTGTAGTTAAACT-AAGAAGAGTAAAAAAAGGT-GTAAACAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAG-A-AGTAAAAGAA--TAGTAAACAGTAGA
* * *
3308 TAGGTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAT-G-AAGATTAGCAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAA-A-CAGTAGA
* ** ** * * *
3362 TAATTTAATTTGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * *
3418 TAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
** * * * *** *
3472 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATTGGTTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAG-AATAGTAAACAGTAGA
* * * *
3529 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * ** *
3577 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGCAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTTGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * * * *
3630 TACTCTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAGGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * ** *
3679 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGAAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
** * * *
3732 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* **
3788 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * *
3841 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTACAAA-AAGGT-GTAAACAATAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTA-AAAGAA--TAGTAAACAGTAGA
* *
3896 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAT-G--AAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * * * *
3946 TAGTCTAATTCAGAGTAACTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * *
4002 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * *
4056 TTAGTTTAATTCACAGTAATTAAACTAAA-AAGAATAAAAGAAAAAGTAATC-GATTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAG--TAAAAG-AATAGTAAACAG-TAGA
* * * * *
4113 TACTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAAT-G--GAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* ** *
4161 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAT-GTAGATTAGTTGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
* * * * *
4214 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACATTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * * * * *
4270 TAGTTTCATTAAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAACAG-A-A-TCAAGATTAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
* * * * **
4319 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AACAAGTAAAAGAAT-GGAGATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTA-AACAGTAGA
** * * **
4372 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCTA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGAAGTAAAAGAA-TAGTAAACAGTAGA
* * *
4428 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGT-GTAATCAG-AAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA--TAGTAAACAGTAGA
* * ** * * * * * *
4482 TTCGGTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAG-AATAGTAAACAGTAGA
* * *
4539 TTGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAT
4578 G
Statistics
Matches: 3567, Mismatches: 689, Indels: 533
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
48 275 0.08
49 405 0.11
50 92 0.03
51 46 0.01
52 140 0.04
53 526 0.15
54 261 0.07
55 748 0.21
56 977 0.27
57 93 0.03
58 4 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (54 bp):
TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATAGTAAACAGTAGA
Found at i:653 original size:268 final size:266
Alignment explanation
Indices: 3--4467 Score: 3004
Period size: 268 Copynumber: 16.8 Consensus size: 266
1 AG
* * * * *
3 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGCAGTAAAAGAATGGAG-ATTAGTTGATACTCTAATT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATAGTTTAATT
* * *
66 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAACAAGTAGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTAAT
65 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
* *
131 TAAGCTAAGAAGTAAAGGAATGGAG--AT--TAGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAA
130 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCATA-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAAGAA
* ** *
191 GTAAAAG-AATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA
194 GTAAAAGAAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAA
255 -GGAGTAAATAGTAGA
256 TGGAG---AT--TAGA
270 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG-A-T--TAG-TAGTTTAATT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATAGTTTAATT
* * * * * *
329 TAGAGTAACTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATAGTTTAATTTAGAGTAAT
65 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
* * * *
394 TAAACTAATGAAGTAAAAGAA-GAAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAA
130 TAAGCTAA-GAAGTAAAAGAATGGAGTAATCA-T-A-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAA
* * * * * * * *
458 AAGAGTAAAAGAAAAAGTA-ATCTATTGATACTTTAATTCAGAGCAATTATGCTAGGAAGT-AAA
191 GA-AGTAAAAG-AAATGGAGAT-TATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAA
521 GAATGGAGATTAG-
253 GAATGGAGATTAGA
* * * * *
534 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGTAG-ATTTGTTGATAGTCTAATT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATAGTTTAATT
* *
597 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTATAGTAAT
65 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
* * *
662 TAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAA
130 TAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCA-T-A-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAA
* *** * * * *
726 AAGAGTAAAAGAAAAACTA-ATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGAAGT-AAA
191 GA-AGTAAAAG-AAATGGAGAT-TATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAA
789 GAATGGAGATTAG-
253 GAATGGAGATTAGA
* * * * * *
802 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACT-AAGAGGTAAAAGAAAGTAG-ATTAGTTGATAGTCTAATT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAG-AAGGAGTATTAGTAGATAGTTTAATT
* * * * *
865 CAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTCATTCAAAGTAAT
65 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
* * * *
930 TAAGGTAAGAAGTAAAAGAGTGGAG--AT--TAGTAGTTTAATTCAAAGTAATTATA-C-AAAGA
130 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCATA-TAGTTTAATTCAGAGCAATTA-AGCTAAAGA
** *
989 AGTAAAA-AGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAG
193 AGTAAAAGA-AATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAG
1053 AA-GGAGTAAATAGTAGA
254 AATGGAG---AT--TAGA
* *
1070 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGA-TAGTTTAAT
* ** * * * * *
1134 TCAGAGTAATTATAA-TAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTTAGAGCA
64 TCAGAGTAATTA-AACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTA
1198 ATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAG--AT--TAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAG
128 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCATA-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAAG
* * *
1257 AAATAAAAG-AATGGAGA-T-TAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT-AGAAGTAAAAGAA
192 AAGTAAAAGAAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAG-CTAAGAAGTAAAAGAA
1317 TGGAGATTAGTAGA
256 TGGAGA-T--TAGA
** * * *
1331 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAATTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATAGTTTAAT
* * * * **
1396 TCAGAATAAGTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTA
64 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTA
* * * * * *
1457 ATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAAT-GTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT
128 ATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAGTAATCA-T--ATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT
* * * * ** *
1521 AAAGAAGTAAAAG-AATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTA
188 AAAGAAGTAAAAGAAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTA
* *
1585 AAAGAA-GGAGTAAACAGTCGA
250 AAAGAATGGAG-----ATTAGA
* * * *
1606 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGCAGTAATCAATA-ATTAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGA-TAGTTTAAT
* * ** * * * *
1670 TCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTCAGAGCAA
64 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA
*
1735 TTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATCGAG--AT--TAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA
129 TTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCATA-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAAGA
* * * *
1794 AGTAAAAG-AATGGAGATTAGTAG-TACTCTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAGGAAT
193 AGTAAAAGAAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAAT
1857 GGAGATTAG-
257 GGAGATTAGA
* * *
1866 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG-ATTAGAAGATAGTTTAATT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATAGTTTAATT
* *
1929 CAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
65 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
* * * * * *
1994 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGT-AGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAAA
130 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAG--TAATCATATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAAGA
* * * **
2058 GAGTACAAA-AAGGTGTAAACAATAG-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAG
193 -AGTA-AAAGAA-ATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAG
*
2121 AATGAAGATTAG-
254 AATGGAGATTAGA
* * ** * * ** *
2133 TAGTTTAAATTTAGAGTAACTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATAGTTTAA
1 TAGTTT-AATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATAGTTTAA
* ** * * *
2198 TTTAGAGTAATTAAACTAATGA-AGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCACAGT
63 TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGT
* * ** *
2261 AATTAAACTAAAAAGAATAAAAGAA-AAAGTAATCTATTGATACTTTAATTCAGAGCAATTAAGC
127 AATTAAGCTAAGAAG--TAAAAGAATGGAGTAATC-A-T-ATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGC
*
2325 T-AAGAAGT-AAAG-AATGGAGA-T-TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAA
187 TAAAGAAGTAAAAGAAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAA
*
2384 AGAATGTAGATTAGTTGA
252 AGAATGGAGATTA---GA
* * * *
2402 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTA-AACGGTAGATAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGTATTA--GTAGATAGTTTAA
* * * * * *
2466 TTTATAGTAATTAAGCT--AGA-AGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTAAGAGT
63 TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGT
* * ** * *
2527 AATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-AAACTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGG
127 AATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAGTAATC-A-T-ATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGC
* * *
2591 T-AAGAAGT-AAAG-AATGGAGA-T-TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAGGTAAA
187 TAAAGAAGTAAAAGAAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAA
* *
2650 AGAAAGTAGATTAGTTGA
252 AGAATGGAGATTA---GA
* * * * ** * *
2668 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAA-AGAGGAAAAGAATGAGTAAACAATAGATAGTTTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATAGTTTAA
* ** * * * *
2732 TTCAAAGTAATTAAGGT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAAAGC
63 TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
* * * * * * *
2789 AATTAAGCTCAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGT-AGATATTTTAATTCAGAGTAATCGAA-TTA
127 AATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAG--TAATCATATAGTTTAATTCAGAGCAAT-TAAGCTA
* ** * *
2852 AAAAGAGTAAAAG-AA-GGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGT
189 AAGA-AGTAAAAGAAATGGAG--ATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGT
*
2915 AAAAGAA-GGAGTAATCAGTAA
249 AAAAGAATGGAG--ATTAG--A
* * * ** ** *
2936 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTATA-ATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTA-AGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATAGTTTA
* * * * *
3000 ATTTAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGT-AAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAGAG
62 ATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAG
* * *
3056 CAATTAAGCTAAGAAATAAAAGAATGGAG--AT--TAGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT-
126 TAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCATA-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAG-CTA
* ** *
3116 -AGAAGTAAAAG-AATGGATATTATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAAAGAGTAA
189 AAGAAGTAAAAGAAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTA-AGA-AGTAA
3179 AAGAA-GGAGTAAATAGTAGA
251 AAGAATGGAG---AT--TAGA
* *
3199 TAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG-ATTAGTAGATAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATAGTTTAAT
* * * * * * *
3261 TCGGTGTAGTTAAACTAAGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGGTTAATTCAGAGTAA
64 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA
* * * * * ** * ** *
3326 TTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTTGGAGTAATTAAATTAAAA
129 TTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG-TAATCATATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAAG
** * * *
3391 AGAGTAAAAG-AA-GGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAA
192 A-AGTAAAAGAAATGGAG--ATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAA
*
3454 AGAA-GGAGTAATCAGTAA
252 AGAATGGAG--ATTAG--A
** * * ** * *
3472 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATTGGTTGATAGTTTAA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATAGTTTAA
* * * * *
3537 TTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGT-AAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAGAGC
63 TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
* * * * *
3593 AATTAAGCTAAGCAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTTGATACTCTAATTCAGAGTAATTAAGCT-
127 AATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCA--T-ATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTA
* * *
3655 AAGAAGT-AAAGGAATGGAGA-T-TAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAG
189 AAGAAGTAAAAGAAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAG
3716 AATGGAGATTAGAAGA
254 AATGGAGATT---AGA
** * *
3732 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGATAGTTTAAT
* * ** *
3797 TCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTA
64 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTA
* * * * *
3858 ATTAAACTAAAAAGAGTACAAA-AA-GGTGTAAACAATAGTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT
128 ATTAAGCT-AAGA-AGTA-AAAGAATGGAGTAATC-ATA-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT
* * * * *
3921 AAAGAAGTAAAAG-AATGAAGA-T-TAG-TAGTCTAATTCAGAGTAACTAAACTAAAAAGAGTAA
188 AAAGAAGTAAAAGAAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAA
* **
3982 AAGAA-GCAGTAAACAGCAGA
251 AAGAATG--G---AGATTAGA
* * * *
4002 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGT-ATTAGTAGA-TAGTTTAAT
* * ** * * * *
4066 TCACAGTAATTAAACTAAAAAGAATAAAAGAAAAAGTAATC-GATTGATACTTTAATTCAGAGCA
64 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTA
4130 ATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAG--AT--TAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAG
128 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCATA-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAAG
* * * * *
4189 AAGTAAAAG-AATGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAG
192 AAGTAAAAGAAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAG
4253 AA-GGAGTAAACATTAGA
254 AATGGAG-----ATTAGA
* * * **
4270 TAGTTTCATTAAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAACAGAATCAAG-A-T--TAG-TAGTTTAATT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTATTAGTAGATAGTTTAATT
* * * * **
4329 CAAAGCAATTAAGCT-AACA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA
65 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA
** * * * *
4390 TTAAATTAAAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTCTATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTA
129 TTAAGCT--AAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCA---TATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTA
4454 AAGAAGTAAAAGAA
189 AAGAAGTAAAAGAA
4468 GGTGTAATCA
Statistics
Matches: 3443, Mismatches: 509, Indels: 490
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
258 84 0.02
259 209 0.06
260 135 0.04
261 146 0.04
262 189 0.05
263 143 0.04
264 138 0.04
265 91 0.03
266 343 0.10
267 297 0.09
268 717 0.21
269 283 0.08
270 191 0.06
271 70 0.02
272 96 0.03
273 50 0.01
274 102 0.03
275 78 0.02
276 24 0.01
277 56 0.02
278 1 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (266 bp):
TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTATTAGTAGATAGTTTAATTC
AGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATT
AAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATCATATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAAGAAGT
AAAAGAAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAG
ATTAGA
Found at i:1559 original size:536 final size:530
Alignment explanation
Indices: 3--4308 Score: 3331
Period size: 536 Copynumber: 8.1 Consensus size: 530
1 AG
* * * * * *
3 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGCAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTTGATACTCTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTAGATAGTTTAAT
* * *
65 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAA-ACAAGTAGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTA
65 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGA-AA-AAGTAATCAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTA
* * *
129 ATTAAGCTAAGAAGTAAAGGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTA
128 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAATA
** *
194 AAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAG
193 AAAGAATGGAGATT---AGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAAGGAG
* * *
259 TAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--AT--TA
253 -AATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTA
* * * * * *
318 G-TAGTTTAATTTAGAGTAACTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATAGTTTA
316 GATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAA-AGTAAAAGAAGGAGT-AATAGTAGATAGTTTA
* * * *
382 ATTTAGAGTAATTAAACTAATGAAGTAAAAGAA-GAAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCAGAG
378 ATTCAGAGTAATTAAGCTAA-AAAGTAAAAGAATG--G-AAACAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAG
* * ** * * * **
445 TAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-AAAGTAATCTATTGATACTTTAATTCAGAGCAATTATG
438 TAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--AT-TATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAA
**
509 CT-AGGA-AGT-AAAGAATGGAG---AT--TAG-
498 CTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGA
* * ** * *
534 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAA--TGTAGATTTGTTGATAGTCTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTA-ATCAGTAGATAGTTTAAT
** * * *
596 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTATAGTAA
65 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGT-AAAGAAAAAGTAATCAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA
* * * *
661 TTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAA
129 TTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--AT---T-AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAA
* * * *
725 AAAGAGTAAAAGAAAAACT-AATCGATT-GATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGAAGT-A
187 GAA-A-TAAAAG---AA-TGGA--GATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAA
* *
787 AAGAATGGAG-A-T--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACT-AAGAG-GTAAAAGAA--AG
244 AAGAA-GGAGAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAG
* * * * *
843 TAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAAT
308 TA-A-TAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAA-AGTAAAAGAAGGAGT-AATAGT
* * * * * * *
908 AGATAGTTTCATTCAAAGTAATTAAGGTAAGAAGTAAAAGAGTGG--AGATTAG-TAGTTTAATT
368 AGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGTAAAAGAATGGAAACAGTAGATAGTTTAATT
* *
970 CAAAGTAATTATA-CAAAGAAGTAAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATT
433 CAGAGTAATTA-AGCTAAGAAGT-AAAAGAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATT
*
1034 AAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
495 AAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
*
1070 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAGA-TAGTTTAAT
* * * *
1134 TCAGAGTAATTATAA-TAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTTAGAGCA
65 TCAGAGTAATTA-AACTAAAAAGAGTAAA-GAAAAAGTAATCAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTA
1198 ATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAATA
128 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAATA
* *
1262 AAAGAATGGAGATTAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT-AGAAGTAAAAGAATGGAG-AT
193 AAAGAATGGAGATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAG-CTAAGAAGTAAAAGAA-GGAGAAT
*
1324 TAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATA
256 TAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGT-AATAGTAGATA
* * * * * *
1389 ATTTAATTCAGAATAAGTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAG-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAG
320 GTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGATAGTTTAATTCAG
* *
1453 AGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAATGTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAA
384 AGTAATTAAGCT-AAAA-AGTAAAAGAATG-G-AAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAA
* * * * *
1518 GCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAG
445 GCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAG
* *
1583 TAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGA
508 TAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
* * *
1606 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGCAGTAATCAATA-ATTAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAGA-TAGTTTAAT
* * * *
1670 TCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTCAGAGCAA
65 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAA-GAAAAAGTAATCAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA
* *
1735 TTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATCGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAA
129 TTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAATAA
* *
1799 AAGAATGGAGATTAG-TAGTACTCTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAGGAATGGAG-A
194 AAGAATGGAGATTAGATAGT--T-TAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAA-GGAGAA
* * * * * *
1862 -T--TAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG-ATTAGAAGAT
255 TTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGAT
*
1920 AGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATT
319 AGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAA-AGTAAAAGAAGGAGT-AATAGTAGATAGTTTAATT
* ** *
1985 CAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAA
381 CAGAGTAATTAAGCTAAAAAGTAAAAGAATGGA-AACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAA
* * * * ** * *
2050 ACTAAAAAGAGTACAAA-AAGGTGTAAACAATAG-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA
445 GCT-AAGA-AGTA-AAAGAA--TGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAA
* *
2113 -AGTAAAAGAATGA--AGAT--TAG-
505 GAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
* * ** * * * *
2133 TAGTTTAAATTTAGAGTAACTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATAGTTTAA
1 TAGTTT-AATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAGATAGTTTAA
* ** * *
2198 TTTAGAGTAATTAAACTAATGA-AGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCACAGT
64 TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGT-AAAGAAAAAGTAATCAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGT
* * ** *
2261 AATTAAACTAAAAAGAATAAAAGAA-AAAGTAATCTATTGATACTTTAATTCAGAGCAATTAAGC
127 AATTAAGCTAAGAAG--TAAAAGAATGGAG--AT-TA--G-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGC
* *
2325 TAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAA
184 TAAGAAATAAAAGAATGGAGATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAA
* * *
2388 TGTAG-ATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAA-A
249 -GGAGAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAATA
* * * *
2451 CGGTAGATAGTTTAATTTATAGTAATTAAGCT-AGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAG
313 --GTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAT-AGTAGA-TAG
* * *
2514 TTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA---AAACTAATCGATTGATAGTTTAAT
374 TTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAA-AGTAAAAGAATGGAAAC--A--G-TAGATAGTTTAAT
* * *
2576 TCAGAGCAATTAAGGTAAGAAGT-AAAGAATGGAGA-T-TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAA
432 TCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAA
* * *
2637 ACT-AAGAG-GTAAAAGAA--AGTAGATTAGTTGA
497 ACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTA-AATAGTAGA
* * * * * * *
2668 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAA-AGAGGAAAAGAATGAGTAAACAATAGATAGTTTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGA-AGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAGATAGTTTAA
* ** * * * * * *
2732 TTCAAAGTAATTAAGGT-AAGA-AGTAAA-AGAATGGAGAT---TAG-TAGTTTAATTCAAAGCA
64 TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGAAAAAGTA-ATCAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTA
* * * * *
2790 ATTAAGCTCAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATATTTTAATTCAGAGTAATCGAA-TTAAA
128 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAG----TTTAATTCAGAGCAAT-TAAGCTAAG
* * *
2854 AAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAA
188 AA-A-TAAAAGAATGGAG-----ATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAA
* * **
2918 AGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTATAA-TAAAAAGAGTAAAGGAAAAA
245 AGAAGGAG-AATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTA-AACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGA
* * * * * *
2981 GTAATCGGTTGATAGTTTAATTTAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAG--AT--TAG
307 GTAAT-AGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAG
* * *
3041 -TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAA-TAAAAGAATGG--AGATTAG-TAGTTTAATTC
370 ATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAA-AAAGTAAAAGAATGGAAACAGTAGATAGTTTAATTC
* * *
3101 AAAGCAATTAAGCCT-AGAAGTAAAAGAATGGATATTATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAA
434 AGAGTAATTAAG-CTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAA
* *
3165 ATTATAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
497 ACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
* * *
3199 TAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTAGATAGTTTAA
* * * * * * *
3260 TTCGGTGTAGTTAAACTAAGAAGAGTAAA-AAAAGGTGTAAACAGTAGATAGGTTAATTCAGAGT
64 TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGAAAA--AGTAATCAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
* * ** * **
3324 AATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTTGGAGTAATTAAATTAA
127 AATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAGATT---AG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAA
* * * * *
3389 AAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAA
187 GAA-A-TAAAAGAATGGAG-----ATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAA
* * * **
3453 AAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAA
244 AAGAAGGAG-AATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGA
* * * * *
3517 GTAATTGGTTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAG--AT--TAG
307 GTAA-TAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAG
* ** ** * * *
3577 -TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGCAGTAAAAGAATGGAGATTAGTTGATACTCTAATTC
370 ATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGTAAAAGAATGGA-AACAGTAGATAGTTTAATTC
* * * *
3641 AGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAGGAATGGAGA-T-TAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGC
434 AGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAC
* * *
3703 T-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGAAGA
499 TAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGA
** *
3732 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAAT-AGTAGATAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-AATCAGTAGATAGTTTAA
* * * * * * *
3796 TTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAA-AGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTA
64 TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGAAAAAGTA-ATCAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTA
* * * * * *
3858 ATTAAACTAAAAAGAGTACAAA-AAGGTGTAAACAATAGTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTA
128 ATTAAGCT-AAGA-AGTA-AAAGAA--TG--GAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-
* * * * * *
3922 AAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAG-TAGTCTAATTCAGAGTAACTAAACTAAAAAGAGTAAAAGA
185 AAGAAATAAAAGAATGGAGATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGA
* ** * * * *
3986 AGCAGTAAACAGCAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAGA-AGTAAAAGAAGAAGTAAT
248 AGGAG-AATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAT
* ** * *
4050 CAGTA-ATTAGTTTAATTCACAGTAATTAAACTAAAAAGAATAAAAGAAAAAGTAATCGATTGAT
312 -AGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAG--TAAAAGAAGGAGTAATAG-TAGAT
* * * * *
4114 ACTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGG--AGATTAG-TAGTTTAATTCAGA
372 AGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAAAGTAAAAGAATGGAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGA
* * * *
4175 GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTA
437 GTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTA
* *
4240 AAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACATTAGA
501 AAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
* * *
4270 TAGTTTCATTAAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAACAGAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA
4309 TCAAGATTAG
Statistics
Matches: 3138, Mismatches: 404, Indels: 461
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
521 2 0.00
522 1 0.00
523 28 0.01
524 48 0.02
525 38 0.01
526 14 0.00
527 22 0.01
528 252 0.08
529 192 0.06
530 103 0.03
531 280 0.09
532 249 0.08
533 174 0.06
534 169 0.05
535 289 0.09
536 862 0.27
537 103 0.03
538 136 0.04
539 106 0.03
540 62 0.02
542 3 0.00
543 1 0.00
544 4 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (530 bp):
TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAGATAGTTTAATT
CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGAAAAAGTAATCAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATT
AAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAATAAAA
GAATGGAGATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAAGGAGAATTAGTA
GATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAATAGTAGATAGTTTAA
TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATT
AAGCTAAAAAGTAAAAGAATGGAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTA
AAAGAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGT
AAATAGTAGA
Found at i:2369 original size:584 final size:575
Alignment explanation
Indices: 3--4467 Score: 3465
Period size: 584 Copynumber: 7.6 Consensus size: 575
1 AG
* *
3 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGCAGTAAAAGAATGGAGATTAGTTGATACTCTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATA-T-TAATTCA
* * * * * * * *
68 GAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAACAAGTAGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTAATTA
64 GAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAA-T-G--GAGATTAG-TAGTTTAATTCAGAGTAATTA
* *
133 AGCTAAGAAGTAAAGGAATGGAGATT---AG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTA
122 AGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTA
* * * *
194 AAAGAATGGAG-ATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GG
187 AAAGAATGGAGTAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAGA-AGTAAAAGAATGG
* * * * * *
257 AGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGA-AGTAAAAGAATG--GAGATTAG
250 AG--ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAATGTAAACAGTAG
* * * * * **
319 -TAGTTTAATTTAGAGTAACTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATAGTTTAA
313 ATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAGAGTAAAAG-A--A-TGAACATTAG-TAGTTTAA
* *
383 TTTAGAGTAATTAAACTAATGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCAGAGTA
373 TTCAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAAG-AGTAA-CAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTA
** * * * * **
447 ATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAAGTAATCTATTGATACTTTAATTCAGAGCAATTATGCT-
435 ATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAATC-AGTAATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTA
* * * *
511 -AGGAAGT-AAAGAATGGAG--ATTA--G-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAA
499 AAAGAA-TAAAAGAA-GAAGTAATCAGTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGT-AA
* *
569 AGAATGTAGATTTGTTGA
561 AGAA-GAAGA--TGTAGA
* * * * **
587 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATA--TTAA
* * * * *
651 TTTATAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTA
60 TTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--AT---T-AGTAGTTTAATTCAGAGTA
* * ** * * * * *
715 ATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-AAACTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGT
118 ATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGA-GATTAGA-AGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT
* *
779 AAGAAGT-AAAGAATGGAG--AT--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAGGTAAAA
179 AAGAAGTAAAAGAATGGAGTAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGTAAAA
* * * * * *
838 GAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAA
244 GAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGAA--TGTAA
* * * ** * * *
903 ACAATAGATAGTTTCATTCAAAGTAATTAAGGT-AAGA-AGTAAAAGAGTGGAGATTAGTAGTTT
306 ACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAGAGTAAAAGAATGAACATTAGTAGTTT
* * **
966 AATTCAAAGTAATTATAC-AAAGAAGTAAAAAGAATGGAG-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAG
371 AATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAAGT-AAAAGAA--GAGTAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAG
* * *
1029 TAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAAT-AGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAG
433 TAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGT-AATCAGTA-ATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAA
* * * *
1093 CT-AAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTATA-ATAAAAAG
496 CTAAAAGAA-TAAAAGAAGAAGTAATCAGTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTA-AGCT-AAGA-
* *
1156 AGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGA
556 AGTAAA-GAAGAAG--AT--GTAGA
*
1181 TAGTTTAATTTAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAG-T-TTAATTCAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATATTAATTCAGA
* * *
1243 GCAATTAAGCTAAGAAATAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT-AGA
66 GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAG-CTAAGA
* * ** *
1307 AGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA
130 AGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAA
* * * *
1372 -GGAGTAAATAGTAGATAATTTAATTCAGAATAAGTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAG
193 TGGAGT-AATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAG
*
1436 TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAATGTGTAAACAGTAGATAGTT
257 TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGAA--TGTAAACAGTAGATAGTT
* * * *
1501 TAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAG
319 TAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAGAGTAAAAGAATGAACATT---AG-TAGTTTAATTCAGAG
* * * * *
1565 TAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGC
380 TAATTAAACTAAAGA-AGTAAAAGAA-GAGT-AACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAC
* * * * *
1630 TAAAGA-AGTAAAAGAAGCAGTAATCAATAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAG
442 TAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAA
* * * *
1694 TAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATCG-
505 TAAAAGAAGAAGTAATCAG-TGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAA--GA
1758 AGAT-TAG-
567 AGATGTAGA
1765 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAG-TACTCTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATA-T-TAATTCA
* * * * *
1829 AAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAGGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAG
64 GAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAG
* ** *
1894 AAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGA
129 AAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGA
*
1959 A-GGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA
192 ATGGAGT-AATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA
* *
2023 GTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTACAAA-AAGGTGTAAACAATAG-TAG
256 GTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTA-AAAGAA--TGTAAACAGTAGATAG
* * *
2086 TTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAATGAAGATTAGTAGTTTAAATTTAGAGT
317 TTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAGAGTAAAAGAATGAACATTAGTAGTTT-AATTCAGAGT
* * * * *
2150 AACTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACT
381 AATTAAACTAAAGA-AGTAAAAGAAG-AGT-AACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT
** * *
2215 AATGA-AGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCACAGTAATTAAACTAAAAAGAAT
443 AAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAAT
* * * * *
2279 AAAAGAAAAAGTAATCTATTGATACTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAG
506 AAAAGAAGAAGTAATC-AGTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAA-GAAG
2344 AT-TAG-
569 ATGTAGA
* *
2349 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATA-T-TAATTCA
* * * * * *
2414 GAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACGGTAGATAGTTTAATTTATAGTAATT
64 GAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG---A--TTAG-TAGTTTAATTCAGAGTAATT
* * * * * *
2478 AAGCT-AGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTAA-TTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAA
121 AAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAG-AAGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAG
** * * * * **
2540 AGAGTAAAAGAA-AAACTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGAAGT-AAAG
182 A-AGTAAAAGAATGGAGTAATAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGTAAAAG
* * * **
2603 AATGGAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAG-GTAAAAGAAAGTAGATTA
245 AATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAATGTA-AACA
* * * *
2663 GTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAA-AGAGGAAAAGAATGAGTAAACAATAGATAG
309 GTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAGAGAGTAAAAGAAT--G--AACATTAG-TAG
* * ** * * *
2727 TTTCATTCAAAGTAATTAAGGT-AAGAAGTAAAAGAATG-G--AGATTAG-TAGTTTAATTCAAA
368 TTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAA-GAGTAACAGTAGATAGTTTAATTCAGA
* * * * * * **
2787 GCAATTAAGCT-CAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATATTTTAATTCAGAGTAATCGA
432 GTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTA-ATAGTTTAATTCAGAGTAATTAA
* * * * *
2848 ATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
495 ACT-AAAAGAATAAAAGAAGAAGTAATCAGT-GATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAA
*
2913 GTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-A
557 GT-AAAGAAGAAG--AT--GTAGA
* * * * ** ** *
2936 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTATA-ATAAAAAGAGTAAAGGAA-AAAGTAATCGGTTGATAGTTT
1 -TAGTTTAATTCAGAGCAATTA-AGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATA--TT
* *
2999 AATTTAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAA
58 AATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGTAATTAA
* *
3063 GCTAAGAAATAAAAGAATGGAGATT---AG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT-AGAAGTA
123 GCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAG-CTAAGAAGTA
* * * *
3123 AAAGAATGGA-TATTATTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAA-GG
187 AAAGAATGGAGTAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTA-AGA-AGTAAAAGAATGG
* * * * * * **
3186 AGTAAATAGTAGATAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCTAAGA-AGTAAAAGAATGGAGATTAGT
250 AG--ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAACTAAAAGAGTAAAAGAATGTA-AACAGT
* * * * * *
3249 AGATAGTTTAATTCGGTGTAGTTAAACT-AAGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGGT
311 AGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAG-AGAGTAAAAGAA--TG--AACATTAG-TAGTT
* ** * * **
3313 TAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAG-ATTAGCAGATAATTTAATTTGGAG
370 TAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAA-G-AGTAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAG
* * * * * *
3377 TAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGC
433 TAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGT-AATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAC
* * ** *
3442 T-AAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAG
497 TAAAAGAA-TAAAAGAAGAAGTAATCAGTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AG
* *
3506 TAAAGGAAAAAGTAATTGGTTGA
558 TAAA-GAAGAAG--A-T-GTAGA
3529 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAG-T-TTAATTCAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATATTAATTCAGA
* *
3591 GCAATTAAGCTAAGCAGTAAAAGAATGGAGATTAGTTGATACTCTAATTCAGAGTAATTAAGCTA
66 GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAG-T--T-TAATTCAGAGTAATTAAGCTA
* *
3656 AGAAGTAAAGGAATGGAGATT---AG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGA
127 AGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGA
* * * *
3717 ATGGAG-ATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAA
192 ATGGAGTAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--A
* * * * **
3780 ATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGA-AGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAG
253 TTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAATGTA-AACAGTAGATAG
* * *
3844 TTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTACAAA-AAGGTGTAAACAATAGTAGTTTAATTCA
317 TTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAGAGTA-AAAGAA--TG--AACATTAGTAGTTTAATTCA
* * * * * *
3908 GAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-TG-AAGATTAG-TAGTCTAATTCAGAGTAACTAAAC
377 GAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAAGAGTAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAC
* * * *
3970 TAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACT-AAAGAAG
442 TAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAA-
* * * * *
4034 TAAAAGAAGAAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCACAGTAATTAAACTAAAAAGAATAAAAGAAA
505 TAAAAGAAGAAGTAATCAGTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAG--T-AAAGAAG
*
4099 AAGTAATCGATTGA
566 AAG--AT-G-TAGA
*
4113 TACTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAG-T-TTAATTCAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATATTAATTCAGA
* * *
4175 GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTA
66 GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA---G-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-
* * * * * *
4240 AAAAGAGTAAAAGAA-GGAG-TAAACATTAGATAGTTTCATTAAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTA
126 AAGA-AGTAAAAGAATGGAGAT-TAGA--AGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTA
* ** * * * *
4303 ACAGAATCAAG--AT--TAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAACAAGTAAAAGAATGGAG
187 AAAGAATGGAGTAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGTAAAAGAATGGAG
* * * **
4363 ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCTA
252 ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGAA--TGTAAACAGTAGA
* *
4428 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAA
314 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAGAGTAAAAGAA
4468 GGTGTAATCA
Statistics
Matches: 3252, Mismatches: 424, Indels: 408
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
576 26 0.01
577 39 0.01
578 26 0.01
579 36 0.01
580 31 0.01
581 76 0.02
582 30 0.01
583 77 0.02
584 812 0.25
585 351 0.11
586 168 0.05
587 197 0.06
588 379 0.12
589 286 0.09
590 111 0.03
591 253 0.08
592 277 0.09
593 50 0.02
594 27 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (575 bp):
TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATATTAATTCAGA
GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
GTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGG
AGTAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAATGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCA
GAGTAATTAAACTAAAGAGAGTAAAAGAATGAACATTAGTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTA
AAGAAGTAAAAGAAGAGTAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAA
GAAGGAGTAATCAGTAATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAATAAAAGAAGAAGTAAT
CAGTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAAGAAGATGTAGA
Found at i:4514 original size:158 final size:155
Alignment explanation
Indices: 1--4467 Score: 1366
Period size: 158 Copynumber: 27.9 Consensus size: 155
* * * *
1 AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGC-AGTAAAAGAATGGAGATTAGTTGATACTCTAAT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C-AA-CAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAAT
* * * * *
65 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAACAAGTAGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTAA
62 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTAA
* ** *
130 TTAAGCTAAGAAGTAAAGGAATGGAGATT
127 TTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * *
159 AGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C-AACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAATT
* * * *
224 CAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
63 CAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTAAT
** *
289 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATT
128 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * * ** *
317 AGTAGTTTAATTTAGAGTAACTAAATTAA-AA-AGAGTAAAAGAA-GCAGTAAACAGCAGATAGT
1 AGTAGGTTAATTCA-A--AGC--AATTAACAACA-AG-AAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGT
* * ** * * *
379 TTAATTTAGAGTAATTAAACT-AATGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCA
57 CTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA-TAGTTTAATTAA
* *
442 GAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-AAAGTAATCTA
121 GAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATAAAG--A--TA
* ** * * ** *
482 TTGATACTTTAATTCAGAGCAATTATGCTAGGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAG-T--T-TAAT
1 -AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATTA-AC-AACAAGAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAAT
* * * * *** * * *
543 TCAGAGCAATTAAGCT--AAGAAGTAAAAGAA--TGTAGATTTGTTGATAGTCTAATTCAGAGTA
62 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTA-AACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTA
* * *
604 ATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGT-
126 ATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAG-A--A-TAAAGA-TA
* * * * * * *
640 AGATAGTTTAATTTATAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTA-ATTAGTT
1 AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C--AACAAG-AAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTC
* * ** * * * *
703 TAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAACTAATC-GATTGATAGTTTAATTCAG
58 TAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAG-TAGATAGTTTAATTAAG
* * ** *
767 AGCAATTAAGGTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATT
122 AGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * * * * *
800 AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAGGTAAAAGAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATT-AAC-AACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAATT
* * * * *
865 CAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTCATTCAA-AGTAA
63 CAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATT-AAGAGTAA
* * ** *
929 TTAAGGTAAGAAGTAAAAGAGTGGAGATT
127 TTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * *
958 AGTAGTTTAATTCAAAGTAATTATACAAAGAAGTAAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAAT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTA-AC-AACAAG--AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAAT
* * * *
1023 TCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAA
62 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTAA
1088 TTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAG-TA
127 TTAAGCT-AAGAAGTAAAAG-A--A-TAA--AGATA
* * * * * * ** ** * *
1123 ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTATAATAAAAAGAGTAAAGGAA-AAAGTAATCGGTTGATAGTTT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAA-T-TAACAACAAGA--AAA-GAATGGAG--ATTAGTAGATAGTCT
* * * * * *
1187 AATTTAGAGCAATTAAGCT--AAGAAGT-AAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAGA
59 AATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGA
* * ** *
1243 GCAATTAAGCTAAGAAATAAAAGAATGGAGATT
123 GTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * *
1276 AGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCTAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAA--CAACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAATT
* * * * * * *
1341 CAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAATTTAATTCAGAATAAG
63 CAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTAAT
**
1406 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA
128 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGA-TA
* * * * * **
1435 GTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAATGTGTA-AACAGTAGATAG
1 --AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATT-AAC--AACA-AG-AAAAGAATG-G-AGATTAGTAGATAG
* * * * ** * * *
1499 TTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGAAGTAAAAGAATGA--AGATTAGCAGATAATTTAATTC
56 TCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTA-AACAGTAGATAGTTTAATTA
* ** * *
1561 GGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGT-
120 AGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAG-A--A-TAAAGA-TA
* * * * * * * * * *
1603 CGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GCAGTAATCAATA-ATTAGTT
1 AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C--AACAAG-AAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTC
* * * ** * * * *
1666 TAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTCAGA
58 TAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGA
* ** *
1731 GCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATCGAGATT
123 GTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * *
1763 AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAG-TACTCTAATT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C-AACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAATT
* * * * * *
1827 CAAAGTAATTAAGCT--AAGAAGTAAAGGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAA-AGCA
63 CAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATT-AAGAGTA
**
1883 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGA
126 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGA-T--A
* * * * * * *
1916 AGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGATAGTT
1 AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATT-AA--CAACA-AG-AAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTC
* * ** *
1980 TAATTCAGAGTAATTAAGCT--AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAATTTAG
58 TAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAG
* * *
2041 AGTAATTAAACTAAAAAGAGTACAAA-AAGGTGTAAACA-A
122 AGTAATTAAGCT-AAGA-AGTA-AAAGAA----TAAAGATA
* * * * *
2080 TAGTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGTAG-T--T-TAA
1 -AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C--AACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCT-A
* * * * * * *
2141 ATTTAGAGTAACTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGCAGATAGTTTAATTTAGAGT
60 ATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGT
*
2206 AATTAAACTAATGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAG-TA
125 AATTAAGCTAA-GAAGT--AA-AAGAA-TAA--AGATA
* * * * * ** * * *
2243 ATTAGTTTAATTCACAGTAATTAAACTAAAAAGAATAAAAGAA-AAAGTAATCTA-TTGATACTT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATT-AAC-AACAAG---AAAAGAATGGAG--AT-TAGTAGATAGTC
* * * * *
2306 TAATTCAGAGCAATTAAGCT--AAGAAGT-AAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAG
58 TAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAG
* ** *
2362 AGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGTAGATT
122 AGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * * *
2396 AGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAG-TAAACGGTAGAT
1 AG-T-A-GGT-TAATTCAAAGCAATT-AAC--AACA-AG-AAAAGAATGGAGAT-TA--GTAGAT
* * * * * *
2459 AGTTTAATTTATAGTAATTAAGCT---AGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAAT
54 AGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA-TAGTTTAAT
* * *
2520 TAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-AAACTAATCGA
118 TAAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATAAA--GAT--A
* * * * * *
2563 TTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAG-T--T-TAAT
1 -AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATTAA--CAACAAGAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAAT
* * * ** * * *
2624 TCAGAGCAATTAAACT--AAGAGGTAAAAGAA--AGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTA
62 TCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTA-AACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTA
* * * *
2685 ATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAATGAGTAA-ACAA
126 ATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAAT-A--AAGA-TA
* * * * *
2720 TAGATAGTTTCATTCAAAGTAATTAAGGTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAG-T--T-TAA
1 -AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATTAA--CAACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAA
* * * * * ** * *
2781 TTCAAAGCAATTAAGCT--CAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATATTTTAATTCAGAGT
61 TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGT
* * * *
2842 AATCGAA-TTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGT-
125 AAT-TAAGCT-AAGA-AGTAAAAG-A--A-TAAAGA-TA
* * * * * * * *
2879 CGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTA-ATTAGTT
1 AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C--AACAAG-AAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTC
* * ** * * * *
2942 TAATTCAGAGTAATTATAA-TAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTTAG
58 TAATTCAGAGTAATTA-AACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAG
* ** *
3006 AGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATT
122 AGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * *
3039 AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAATAAAAGAATGGAGATTAGTAG-T--T-TAATT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C-AA-CAAGAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAATT
* * * * ** * *
3100 CAAAGCAATTAAGCCT---AGAAGTAAAAGAATGGA-T-ATTATTAGATAGTTTAATTCAGAGTA
63 CAGAGTAATTAA-ACTAAAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTA
** * *
3160 ATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAA-ATA
126 ATTAAGCTA-AGA-AGTAAAAGAA-TA--AAGATA
** * * * *
3194 GTAGATAATTTAATTCAGAA-TAAGTTAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTT
1 --AG-TAGGTTAATTCA-AAGCAA-TTAAC-AACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCT
* * * * * * * * *
3258 AATTCGGTGTAGTTAAACTAAGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGGTTAATTCAGAG
59 AATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAG
*
3323 TAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTA
124 TAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATAAAGA-TA
** *** * * * ** *
3357 GCAGATAATTTAATTTGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTCGATAG
1 --AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATT-AA--CAACA-AG-AAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAG
* * * * * * *
3421 TTTAATTTAGAGTGATTAAGCT-AAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTC
56 TCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA-TAGTTTAATTA
** * *
3484 AGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAA-AAAG-TA
120 AGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATAAAGATA
* * * *
3520 ATTGGTTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAG-T--T
1 A------G-TAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C-AACAAGAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGT
* * ** ** * * * *
3582 -TAATTCAGAGCAATTAAGCT--AAGCAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTTGATACTCTAATTCA
57 CTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAA
* ** *
3642 GAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAGGAATGGAGATT
121 GAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * *
3677 AGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGATAGTTTAATT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C-AACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAATT
* * * *
3742 CAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
63 CAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTAAT
**
3807 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA
128 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGA-TA
* * * * * * * ** *
3836 GTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTACAA-AAAGGTGTAAACAATAG-TAG
1 --AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATT-AAC-AACAAGA--A-AAGAATGGAG--ATTAGTAGATAG
* * * * * * * *
3899 TTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGAAGTAAAAG-A--A-TGAAGATTAG-TAGTCTAATTCA
56 TCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAA
* * * * **
3958 GAGTAACTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGC
121 GAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAG-A--A-TAAAGATA
* * * * * * * *
3999 AGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAA-GAAGTAATCAGTA-ATTAGTT
1 AG-TAGGTTAATTCAAAGCAATT-AAC--AACAAG-AAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTC
* ** * * * *
4062 TAATTCACAGTAATTAAACTAAAAAGAA-TAAAAGAAAAAGTAATC-GATTGATACTTTAATTCA
58 TAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAA-AAGTAAAAGAAGGAGTAAACAG-TAGATAGTTTAATTAA
* ** *
4125 GAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATT
121 GAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* * * * *
4159 AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGTAGATTAGTTGATAGTCTAATT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C-AACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAATT
* * *
4224 CAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACATTAGATAGTTTCATTAAGAGTAAT
63 CAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTAAT
* * *
4289 TAAGCTAAGAAGTAACAGAATCAAGATT
128 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
* *
4317 AGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAACAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATT
1 AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAA-C-AACAAG-AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAATT
* ** *
4382 CAGAGTAATTAAATTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCTATAGTTTAATTTAGAGTAAT
63 CAGAGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTAAT
4447 TAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA
128 TAAGCT-AAGAAGTAAAAGAA
4468 GGTGTAATCA
Statistics
Matches: 3393, Mismatches: 592, Indels: 647
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
149 29 0.01
150 98 0.03
151 39 0.01
152 25 0.01
153 52 0.02
154 40 0.01
155 47 0.01
156 62 0.02
157 434 0.13
158 765 0.23
159 353 0.10
160 138 0.04
161 154 0.05
162 208 0.06
163 144 0.04
164 218 0.06
165 272 0.08
166 133 0.04
167 168 0.05
168 10 0.00
169 4 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (155 bp):
AGTAGGTTAATTCAAAGCAATTAACAACAAGAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTCTAATTCAG
AGTAATTAAACTAAAAAAAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTAAGAGTAATTAA
GCTAAGAAGTAAAAGAATAAAGATA
Done.