Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006258.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06277, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11604
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.19, T:0.29
Found at i:6203 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 6156--6425 Score: 350
Period size: 37 Copynumber: 7.2 Consensus size: 37
6146 GAAGCTAAGG
* * *
6156 AAGTAAAAGCAGTTAGAGAACTTAATTCAGGGAAATT
1 AAGTAAAAGCAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
*
6193 AAGTAAAAGCAGTTAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTAAAAGCAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
* *
6230 AAGTAAACA-CAGACAAAGAACTTAATTCGGGGTAATT
1 AAGTAAA-AGCAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
* *
6267 AAGTAAAAGCAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGAAATT
1 AAGTAAAAGCAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
6304 AAGTAAAAGCAGTTC-AAGAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTAAAAGCAG-TCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
*
6341 AAGTAAAAGCAGTCAGAA-AACTTAATTAAGGGTAATTATTT
1 AAGTAAAAGCAGTCA-AAGAACTTAATTCAGGGT-A--A-TT
6382 AAGTAAACA-CAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AAGTAAA-AGCAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
*
6419 AACTAAA
1 AAGTAAA
6426 CAGGTAATTA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 14, Indels: 22
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
36 3 0.01
37 164 0.79
38 7 0.03
40 4 0.02
41 29 0.14
42 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGTAAAAGCAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
Found at i:6363 original size:111 final size:112
Alignment explanation
Indices: 6156--6884 Score: 824
Period size: 111 Copynumber: 6.4 Consensus size: 112
6146 GAAGCTAAGG
* * *
6156 AAGTAAA-AGCAGTTAGAGAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGAACTTAATT
1 AAGTAAACA-CAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTCAAGAACTTAATT
* *
6220 CAGGGTAATTAAGTAAACACAGACA-AAGAACTTAATTCGGGGTAATT
65 CAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
*
6267 AAGTAAA-AGCAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTCAAGAACTTAATT
1 AAGTAAACA-CAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTCAAGAACTTAATT
*
6331 CAGGGTAATTAAGTAAA-AGCAGTCAGAA-AACTTAATTAAGGGTAATTATTT
65 CAGGGTAATTAAGTAAACA-CAGTCAGAAGAACTTAATTCAGGGT-A--A-TT
* * * *
6382 AAGTAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACAGGTAATT-AAGTAAACACA
1 AAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-A-GCAGTTCAAG---A-AC-
*
6446 GTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAG-AGAACTTAATTCAGGGTAATT
59 -T----TAA-TT----CAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
* *
6509 AACTAAACACAGTCAGAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACA-CAG-TCAAAGAACTTAAT
1 AAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-AGCAGTTC-AAGAACTTAAT
* *
6572 TCAGGGTAATTAAGTAAGCACAGT-AAAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
64 TCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
* *
6620 AAGTAAACACATTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCA-CAG-TCAGAGAACTTAAT
1 AAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-AAGCAGTTCA-AGAACTTAAT
* * * *
6683 TCAAGATAATTAAGTAAACACAGTTAG-GGAACTTAATTCAGGGTAATT
64 TCAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
* * *
6731 AAGTAAACACAGTAAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACA-TTCAGAGAACTTAATT
1 AAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTCA-AGAACTTAATT
*
6795 CAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCA-AAGAACTTAATTCAAGGTAATT
65 CAGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
* * *
6842 AAGTAAACACAGTCAGAGGACTTAATTCAGAG-AAATAAGTAAA
1 AAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA
6885 GTAAGCACAT
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 44, Indels: 71
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
110 14 0.03
111 363 0.67
112 4 0.01
114 1 0.00
115 43 0.08
116 7 0.01
117 4 0.01
119 1 0.00
120 3 0.01
122 3 0.01
123 1 0.00
124 1 0.00
125 1 0.00
126 5 0.01
127 46 0.09
128 1 0.00
130 2 0.00
131 38 0.07
132 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.12, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (112 bp):
AAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTCAAGAACTTAATTC
AGGGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAAGAACTTAATTCAGGGTAATT
Found at i:6433 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6412--6443 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
6402 CTTAATTCAG
6412 GGTAATTAACTAAACA
1 GGTAATTAACTAAACA
*
6428 GGTAATTAAGTAAACA
1 GGTAATTAACTAAACA
6444 CAGTCAGAGA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.09, G:0.16, T:0.25
Consensus pattern (16 bp):
GGTAATTAACTAAACA
Found at i:6441 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 6380--6480 Score: 184
Period size: 53 Copynumber: 1.9 Consensus size: 53
6370 GGGTAATTAT
6380 TTAAGTAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACAGGTAA
1 TTAAGTAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACAGGTAA
* *
6433 TTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACA
1 TTAAGTAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACA
6481 CAGTCAGAGA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
53 46 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.13, G:0.16, T:0.25
Consensus pattern (53 bp):
TTAAGTAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACAGGTAA
Found at i:6478 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 6428--6884 Score: 718
Period size: 37 Copynumber: 12.4 Consensus size: 37
6418 TAACTAAACA
6428 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
6465 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
* *
6502 GGTAATTAACTAAACACAGTCAGAAAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
*
6539 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
* * *
6576 GGTAATTAAGTAAGCACAGTAAAAGAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
*
6613 GGTAATTAAGTAAACACATTCAGAGAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
* *
6650 GGTAATTAAGTAAGCACAGTCAGAGAACTTAATTCAA
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
* * *
6687 GATAATTAAGTAAACACAGTTAGGGAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
* *
6724 GGTAATTAAGTAAACACAGTAAAAGAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
* *
6761 GGTAATTAAGTAAAAACATTCAGAGAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
* *
6798 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAAAGAACTTAATTCAA
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
*
6835 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGGACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
* *
6872 AG-AAATAAGTAAA
1 GGTAATTAAGTAAA
6885 GTAAGCACAT
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 36, Indels: 1
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 10 0.03
37 374 0.97
ACGTcount: A:0.46, C:0.12, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
GGTAATTAAGTAAACACAGTCAGAGAACTTAATTCAG
Found at i:6511 original size:90 final size:93
Alignment explanation
Indices: 6334--6517 Score: 295
Period size: 90 Copynumber: 2.0 Consensus size: 93
6324 CTTAATTCAG
6334 GGTAATTAAGTAAAAGCAGTCAGAAAACTTAATTAAGGGTAATTATTTAAGTAAACACAGTCAAA
1 GGTAATTAAGTAAAAGCAGTCAGAAAACTTAATTAAGGGTAA-TATTTAAGTAAACACAGTCAAA
6399 GAACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACA
65 GAACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACA
* * *
6428 GGTAATTAAGTAAACA-CAGTCAGAGAACTTAATTCAGGGT-A-A-TTAAGTAAACACAGTCAGA
1 GGTAATTAAGTAAA-AGCAGTCAGAAAACTTAATTAAGGGTAATATTTAAGTAAACACAGTCAAA
6489 GAACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACA
65 GAACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACA
6518 CAGTCAGAAA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 3, Indels: 6
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
90 47 0.55
91 1 0.01
93 1 0.01
94 36 0.42
95 1 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.12, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (93 bp):
GGTAATTAAGTAAAAGCAGTCAGAAAACTTAATTAAGGGTAATATTTAAGTAAACACAGTCAAAG
AACTTAATTCAGGGTAATTAACTAAACA
Found at i:6933 original size:41 final size:39
Alignment explanation
Indices: 6880--7171 Score: 218
Period size: 40 Copynumber: 7.6 Consensus size: 39
6870 AGAGAAATAA
*
6880 GTAAAGTAAGCACATGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
1 GTAAAGCAAGCACA-GCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* *
6920 GTAAAGACAAGCACAGACTTAA-TTC-A-G--GGTAATTAA
1 GTAAAG-CAAGCACAG-CTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
*
6956 GTAAAGTAAGCACAGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
1 GTAAAGCAAGCACA-GCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* * * *
6996 GTAAAGGCAAGCATAAACTTAA-TTC-A-G--GGTAATTAA
1 GTAAA-GCAAGCA-CAGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* * *
7032 GTAAAGTAAGCACAGGCTTACTTTCAAGAAAGGAAATTAG
1 GTAAAGCAAGCACA-GCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* * * *
7072 GTAAAGACAAGCAAAAACTTAA-TTC-A-G--GGTAATTAA
1 GTAAAG-CAAGC-ACAGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* *
7108 GTAATGTAAGCACATGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
1 GTAAAGCAAGCACA-GCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
7148 GTAAAGGCAAGCACAGACTTAATT
1 GTAAA-GCAAGCACAG-CTTAATT
7172 CAGGGTAATT
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 33, Indels: 51
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.02
35 31 0.16
36 47 0.24
37 3 0.02
38 4 0.02
39 3 0.02
40 53 0.27
41 46 0.24
42 3 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (39 bp):
GTAAAGCAAGCACAGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
Found at i:6957 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 6860--7209 Score: 540
Period size: 76 Copynumber: 4.6 Consensus size: 76
6850 ACAGTCAGAG
* * *
6860 GACTTAATTCAGAG-AAATAAGTAAAGTAAGCACATGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTAAGCACAGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
6924 AGACAAGCACA
66 AGACAAGCACA
6935 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTAAGCACAGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTAAGCACAGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
* *
7000 AGGCAAGCATA
66 AGACAAGCACA
* * *
7011 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTAAGCACAGGCTTACTTTCAAGAAAGGAAATTAGGTAA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTAAGCACAGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
*
7076 AGACAAGCAAA
66 AGACAAGCACA
* * *
7087 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATGTAAGCACATGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTAAGCACAGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
*
7152 AGGCAAGCACA
66 AGACAAGCACA
* * * *
7163 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAATTAGCAAAGACTTAATTTCA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTAAGCACAGGCTTAATTTCA
7210 CAAGAATTAA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 23, Indels: 1
0.91 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
75 13 0.05
76 238 0.95
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (76 bp):
GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTAAGCACAGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAA
AGACAAGCACA
Found at i:7255 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 7178--7280 Score: 111
Period size: 36 Copynumber: 2.8 Consensus size: 36
7168 AATTCAGGGT
* *
7178 AATTAAGTAAAATTAGCAAAGACTTAATTTCACAAG
1 AATTAAGTAAAATCAGCAAAGACTTAATTCCACAAG
*
7214 AATTAAGTAAAGTCAGCAAAGACTTAA-TCCA-AAG
1 AATTAAGTAAAATCAGCAAAGACTTAATTCCACAAG
* *
7248 ATGATTAAGTAAGATTAGACAAAGAACTTAATT
1 A--ATTAAGTAAAATCAG-CAAAG-ACTTAATT
7281 TCAAGGAGGG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 7
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
34 4 0.07
35 3 0.05
36 37 0.66
37 5 0.09
38 6 0.11
39 1 0.02
ACGTcount: A:0.50, C:0.11, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (36 bp):
AATTAAGTAAAATCAGCAAAGACTTAATTCCACAAG
Found at i:7332 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 7268--7460 Score: 227
Period size: 37 Copynumber: 5.4 Consensus size: 37
7258 AAGATTAGAC
* *
7268 AAAGAACTTAATTTCAAGGAGGGAAATTAAGTAGAGT
1 AAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGT
* *
7305 AAAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGT
1 AAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGT
*
7342 AAACGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGT--AG-
1 AAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGT
* * *
7376 --AGGACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGT
1 AAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGT
* *
7411 TAAGGACTTAATTTCAGGGAAGGAAATTAAGTCA-AGT
1 AAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGT-AGAGT
* *
7448 CAGGGACTTAATT
1 AAAGGACTTAATT
7461 CAGGGTAATT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 17, Indels: 12
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
32 26 0.20
34 2 0.02
35 2 0.02
37 102 0.77
38 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.25, T:0.24
Consensus pattern (37 bp):
AAAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGT
Found at i:7392 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 7302--7409 Score: 135
Period size: 32 Copynumber: 3.2 Consensus size: 32
7292 AATTAAGTAG
*
7302 AGTAAAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTA
1 AGTAGAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTA
* *
7334 AGTAGAGTAAACGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTA
1 AGTAGAG-----GACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTA
*
7371 AGTAGAGGACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTA
1 AGTAGAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTA
7403 AGTAGAG
1 AGTAGAG
7410 TTAAGGACTT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 6, Indels: 10
0.80 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 35 0.54
37 30 0.46
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.27, T:0.22
Consensus pattern (32 bp):
AGTAGAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTA
Found at i:7406 original size:69 final size:71
Alignment explanation
Indices: 7273--7442 Score: 254
Period size: 69 Copynumber: 2.4 Consensus size: 71
7263 TAGACAAAGA
*
7273 ACTTAATTTCAAGGAGGGAAATTAAGTAGAGTAAAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTA
1 ACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTA-AG--AAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTA
7338 GAGTAAACG
63 GAGTAAACG
*
7347 ACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGT-AG-AGGACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAG
1 ACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAAGAAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAG
* *
7410 TTAAGG
66 TAAACG
*
7416 ACTTAATTTCAGGGAAGGAAATTAAGT
1 ACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGT
7443 CAAGTCAGGG
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 5, Indels: 5
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
69 63 0.69
72 2 0.02
74 26 0.29
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (71 bp):
ACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAAGAAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAG
TAAACG
Found at i:7430 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 7394--7542 Score: 133
Period size: 32 Copynumber: 4.4 Consensus size: 32
7384 ATTCCAAGGA
7394 AGGG-AATTAAGT-AGAGTTAAGGACTTAATTTC
1 AGGGTAATTAAGTCA-AGTTAAGGACTTAA-TTC
* * *
7426 AGGGAAGGAAATTAAGTCAAGTCAGGGACTTAATTC
1 A--G--GGTAATTAAGTCAAGTTAAGGACTTAATTC
7462 AGGGTAATTAAGTCAAGTTAAGGACTTAATTC
1 AGGGTAATTAAGTCAAGTTAAGGACTTAATTC
* *
7494 AGGGTAATTAAGTAGCGTCAA-TAAAAGACTTAATTC
1 AGGGTAATT-A--A--GTCAAGTTAAGGACTTAATTC
7530 AGGGTAATTAAGT
1 AGGGTAATTAAGT
7543 GGAGTCAATA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 7, Indels: 23
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.02
32 37 0.37
33 2 0.02
34 2 0.02
35 2 0.02
36 28 0.28
37 25 0.25
38 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (32 bp):
AGGGTAATTAAGTCAAGTTAAGGACTTAATTC
Found at i:7471 original size:69 final size:68
Alignment explanation
Indices: 7273--7497 Score: 210
Period size: 69 Copynumber: 3.2 Consensus size: 68
7263 TAGACAAAGA
* * * *
7273 ACTTAATTTCAAGGAGGGAAATTAAGTAGAGTAAAGGACTTGATTCCAAGGAAGGAAATTAAGTA
1 ACTTAATTTCAGGGAAGGAAATTAAGT--AG---AGGACTTAATTCCAAGG-AGGGAATTAAGTA
* *
7338 GAGTAAACG
60 GAGTTAAGG
* *
7347 ACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGGACTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
1 ACTTAATTTCAGGGAAGGAAATTAAGTAGAGGACTTAATTCCAAGG-AGGGAATTAAGTAGAGTT
7412 AAGG
65 AAGG
*
7416 ACTTAATTTCAGGGAAGGAAATTAAGTCAAGTCAGGGACTTAATT-C-A-G-GGTAATTAAGTCA
1 ACTTAATTTCAGGGAAGGAAATTAAGT--AG--A-GGACTTAATTCCAAGGAGGGAATTAAGT-A
7477 -AGTTAAGG
60 GAGTTAAGG
7485 ACTTAA-TTCAGGG
1 ACTTAATTTCAGGG
7498 TAATTAAGTA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 7, Indels: 18
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
68 7 0.05
69 87 0.63
70 1 0.01
71 3 0.02
72 3 0.02
73 2 0.01
74 35 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (68 bp):
ACTTAATTTCAGGGAAGGAAATTAAGTAGAGGACTTAATTCCAAGGAGGGAATTAAGTAGAGTTA
AGG
Found at i:7524 original size:36 final size:34
Alignment explanation
Indices: 7452--7563 Score: 131
Period size: 36 Copynumber: 3.2 Consensus size: 34
7442 TCAAGTCAGG
* *
7452 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAAGT---TAAG
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGGTCAATAAA
7484 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAAA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG-GTCAAT-AAA
*
7520 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAATAAA
1 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG-GTCAATAAA
7555 GAACTTAAT
1 G-ACTTAAT
7564 CTAAAAAAGA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 4, Indels: 8
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 25 0.36
35 5 0.07
36 39 0.56
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (34 bp):
GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGGTCAATAAA
Found at i:9785 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9761--9796 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
9751 TGAAGATTTC
9761 TTGAAGATAATTTGAAGAT
1 TTGAAGATAA-TTGAAGAT
*
9780 TTGAAGATCATTGAAGA
1 TTGAAGATAATTGAAGA
9797 ATTATTTCAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.44
19 9 0.56
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.22, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
TTGAAGATAATTGAAGAT
Found at i:11096 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11076--11109 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
11066 GATTGCTCTC
*
11076 TTAGTTA-ATTTACTT
1 TTAGTTAGATTTAATT
11091 TTAGTTAGATTTAATT
1 TTAGTTAGATTTAATT
11107 TTA
1 TTA
11110 ATTCCTCTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.41
16 10 0.59
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.09, T:0.59
Consensus pattern (16 bp):
TTAGTTAGATTTAATT
Done.