Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01006272.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06291, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 703

Length: 1173
ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.20, T:0.24


Found at i:69 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 19--1173  Score: 1072
    Period size: 37  Copynumber: 31.2  Consensus size: 37

          9 TGAAAAAGGT

                  *                              
         19 TTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                             *  *   *   *         
         56 TTTGATAAGACACCTAATCATGGATCTTTAACAAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAA-GTA

                  *                               
         93 TTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAAG-A
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAAC-AAGTA

                              *     *   *         
        130 TTTGATAAGACACCTAAATAGGGATCTTGAACAAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAA-GTA

                  *     *                       * 
        167 TTTGATGAGACATCTAAACAGGGAACCTTAAACAAGGA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGG-ACCTTAAACAAGTA

                                     *   *         
        205 TTTGATAAGACAACCTAAACAGGGATCTTGAACAAGGT-
          1 TTTGATAAGAC-ACCTAAACAGGGACCTTAAACAA-GTA

                  * *                  *       * 
        243 TTTGATCATACACCTAAACAGGGACCTAAAACAAGGA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                                  *  **             
        280 TTTGATAAGACACCTAAA-ATGAGATATTGAAA-AAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACA-GGGACCTT-AAACAA-GTA

                  *                            * 
        317 TTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                                  *  **             
        354 TTTGATAAGACACCTAAA-ATGAGATATTGAAA-AAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACA-GGGACCTT-AAACAA-GTA

                   *                              
        391 TTTGATTGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA
          1 TTTGA-TAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                             *  *   *   *         
        429 TTTGATAAGACACCTAATCATGGATCTTGAACAAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAA-GTA

                  *                            * 
        466 TTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                 *              * * *   *        
        503 TTTGACAAGACACCTAAACATGAATCTTGAACAAG-A
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                   *           *                * 
        539 TTTTGATGAGACACCTAAATAGGGACCTTAAACAAGGA
          1 -TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                     *              *   *         
        577 TTTGATAAGGCACCTAAACAGGGATCTTGAACAAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAA-GTA

                  *                               
        614 TTTGATGAGACACCT-AACAGGGACCTTAAACAAAG-A
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAAC-AAGTA

                                  *  **             
        650 TTTGATAAGACACCTAAA-ATGAGATATTGAAA-AAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACA-GGGACCTT-AAACAA-GTA

                  *                            * 
        687 TTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGAA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                                  *  **             
        724 TTTGATAAGACACCTAAA-ATGAGATATTGAAA-AAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACA-GGGACCTT-AAACAA-GTA

                  *                            * 
        761 TTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                                  *  **             
        798 TTTGATAAGACACCTAAA-ATGAGATATTGAAA-AAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACA-GGGACCTT-AAACAA-GTA

                  *           *                  
        835 TTTGATGAGACACCTAAATAGGGACCTTAAACAAGTA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                             *  *   *   *         
        872 TTTGATAAGACACCTAATCATGGATCTTGAACAAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAA-GTA

                  *                            * 
        909 TTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                 *              * * *   *        
        946 TTTGACAAGACACCTAAACATGAATCTTGAACAAG-A
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                   *           *                * 
        982 TTTTGATGAGACACCTAAATAGGGACCTTAAACAAGGA
          1 -TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                                    *   *         
       1020 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGATCTTGAACAAGGT-
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAA-GTA

                  *                            * 
       1057 TTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGA
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                              *     *             
       1094 TTTGATAAGACACCTAAAAAGGGATCTTGAAA-AAG-A
          1 TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTT-AAACAAGTA

                   *           *           *    * 
       1130 TTTTGATGAGACACCTAAATAGGGACCTTAAGCAAGAA
          1 -TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

                  
       1168 TTTGAT
          1 TTTGAT


Statistics
Matches: 903,  Mismatches: 155, Indels: 120
        0.77            0.13        0.10

Matches are distributed among these distances:
  36   64  0.07
  37  726  0.80
  38  100  0.11
  39   13  0.01

ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.20, T:0.24


Consensus pattern (37 bp):   
TTTGATAAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTA

Found at i:135 original size:74 final size:74

Alignment explanation


    Indices: 8--1173  Score: 1795
    Period size: 74  Copynumber: 15.7  Consensus size: 74

          1 TGAGATT

                 *                                        *                  
          8 TTGAAAAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

            *        
         73 TCATGGATC
         66 ACATGGATC

              *                                          *                   
         82 TTTAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAAGATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

             * *     
        147 ATAGGGATC
         66 ACATGGATC

                                   *                                         
        156 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACATCTAAACAGGGAACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACAACCT
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGG-ACCTTAAACAAGGATTTGATAAGAC-ACCT

                 *     
        221 AAACAGGGATC
         64 AAACATGGATC

                             * *                  *                          
        232 TTGAACAAGGTTTTGATCATACACCTAAACAGGGACCTAAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

                     *
        297 A-ATGAGATA
         66 ACATG-GATC

                 *                                                           
        306 TTGAAAAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

                     *
        371 A-ATGAGATA
         66 ACATG-GATC

                 *                                         *                 
        380 TTGAAAAAGGTTTTGATTGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGTATTTGATAAGACACCTA
          1 TTGAACAAGGTTTTGA-TGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTA

             *        
        445 ATCATGGATC
         65 AACATGGATC

                                                                 *           
        455 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGACAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

                 *   
        520 ACATGAATC
         66 ACATGGATC

                     *                   *                           *       
        529 TTGAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAATAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGGCACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

               *     
        594 ACAGGGATC
         66 ACATGGATC

                                                         *                   
        603 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCT-AACAGGGACCTTAAACAAAGATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

                     *
        667 A-ATGAGATA
         66 ACATG-GATC

                 *                                        *                  
        676 TTGAAAAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGAATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

                     *
        741 A-ATGAGATA
         66 ACATG-GATC

                 *                                                           
        750 TTGAAAAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

                     *
        815 A-ATGAGATA
         66 ACATG-GATC

                 *                       *                *                  
        824 TTGAAAAAGGTTTTGATGAGACACCTAAATAGGGACCTTAAACAAGTATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

            *        
        889 TCATGGATC
         66 ACATGGATC

                                                                 *           
        898 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGACAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

                 *   
        963 ACATGAATC
         66 ACATGGATC

                     *                   *                                   
        972 TTGAACAAGATTTTGATGAGACACCTAAATAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

               *     
       1037 ACAGGGATC
         66 ACATGGATC

                                                                             
       1046 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA

             * *     
       1111 AAAGGGATC
         66 ACATGGATC

                 *   *                   *           *    *       
       1120 TTGAAAAAGATTTTGATGAGACACCTAAATAGGGACCTTAAGCAAGAATTTGAT
          1 TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGAT


Statistics
Matches: 1016,  Mismatches: 68, Indels: 16
        0.92            0.06        0.01

Matches are distributed among these distances:
  72    2  0.00
  73   66  0.06
  74  783  0.77
  75  117  0.12
  76   48  0.05

ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.20, T:0.24


Consensus pattern (74 bp):   
TTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAGGGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAA
ACATGGATC

Done.