Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006277.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06296, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:7 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1--38 Score: 76
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
39 CTATGAATCT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 36 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:7370 original size:20 final size:20
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Indices: 7345--7384 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
7335 CATCATGTGC
7345 TGTGGGCACTGGGGAGTGGA
1 TGTGGGCACTGGGGAGTGGA
* * *
7365 TGTGGGGACTTGGGTGTGGA
1 TGTGGGCACTGGGGAGTGGA
7385 GTAGTGCAGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.07, G:0.55, T:0.25
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TGTGGGCACTGGGGAGTGGA
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Indices: 18576--22837 Score: 6965
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18566 ATTCAATTTA
* * * *
18576 GCATGATTTTTGGCATCGAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCTACAT
1 GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
*
18641 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATAAGAATTTAATTCA
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCA
* *
18706 GAAAAAAAATGAAAAACGATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
131 GAAAAAATATGAAAAACAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
* *
18771 ATATTTTTTAAGATTGTTGTGGCTAAAAATTTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAAT
196 ATATTTTTTAAGATTATTGTGGCTAAAAATGTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAAT
* * *
18836 TATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCAGCACGGTTTTTGACTAAAAACGGGTTCCAAGGCCTGGTTC
261 TATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTTC
* *
18901 AATCTAGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCAAG
326 AATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCAAG
*
18966 CCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAACTAGAAATTAATTCGTGAAAAAATA
391 CCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAATA
19031 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATATT
456 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATATT
*
19096 ATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTGGGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCAA
521 ATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCAA
* *
19161 AATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGAGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
586 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
*** * * *
19224 GCATGATTTTTATTACCGAGACTCAGCGAAATATCTATATTCATTTAACAAAACCTTAGCCACAT
1 GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
* *
19289 TGCAGTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAAATAGAATTTAATTCA
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCA
* * * * *
19354 GAAAATATAAGAAAAACAATATTAACAGGATGAAAAGCCCATCAAAATTTTTGGCATTGAATTAT
131 GAAAAAATATGAAAAACAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
* *
19419 ATATTTTTTAAGACTATTGTGGCTAAAAATGTAGAAAATATC-TTCGGGTCAATTTTTGTCAAAT
196 ATATTTTTTAAGATTATTGTGGCTAAAAATGTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAAT
** * *
19483 TATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGAGGCCAGGTTC
261 TATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTTC
* * *
19548 AATTTTGGATGAGTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAGTCCAAG
326 AATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCAAG
* *
19613 CTATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGTAAAAATA
391 CCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAATA
* *
19678 GGAAAAATTATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAA-T-TATATATATT
456 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATATT
* * *
19741 ATGAGCATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAGATTTTTTGGGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCAA
521 ATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCAA
19806 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
586 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
19869 GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
1 GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
19934 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCA
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCA
* *
19999 GAAAAAATATGAAAAACGATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT
131 GAAAAAATATGAAAAACAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
* * * * *
20064 ATATTTTATAAGAGTATTGTGGCTAAAAATGTATAAAATAACTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
196 ATATTTTTTAAGATTATTGTGGCTAAAAATGTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAAT
*
20129 TATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTTA
261 TATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTTC
*
20194 AATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCGAAG
326 AATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCAAG
* *
20259 TCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGTAAAAATA
391 CCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAATA
*
20324 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAA-T-TATATATATT
456 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATATT
* *
20387 ACGATTATTTTATCCAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTGGGGTCATTTTTTTGCAAATTTTTAGCC
521 ATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTT-GGGTCA-TTTTTTGCAAATTTTTAGCC
* *
20451 AAAATCGTGTACTAACCATGACAGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
584 AAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
*
20516 GCATGATTTTTGGCACCGAGGCTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
1 GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
* * *
20581 TGCGTTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTGATTCA
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCA
*
20646 GAAAAAATATGAAAAACAATATTAACAGC-TGAAAATCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
131 GAAAAAATATGAAAAACAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
* * * * *
20710 ATATTTTTTAGGATTATTGTGGTTAAAAATTTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATATTTACCAAAT
196 ATATTTTTTAAGATTATTGTGGCTAAAAATGTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAAT
*
20775 TATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGTCTGGTTC
261 TATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTTC
* * *
20840 AATTTTGCTTGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATTAATATTAATCTAACCAAATCCAAG
326 AATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCAAG
* * *
20905 CCATTGCTTTTACATGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCTTGAAAAAATA
391 CCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAATA
* * * *
20970 -CATAAAATGATATTAGAAGCGCGAAAAGCCGTTCAATGTTTTTGGAGTTAAATTATATATATAT
456 GGA-AAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATAT
* * *
21034 TATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTAGGTCATTTTTTTCAAAATTTTAGCCA
520 TATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCA
* * * *
21099 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAATGCGTTTCAGGATCTCGGCTCAGTTTT
585 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
* ** ** * *
21163 GCATGATTTTCGGCATTGAGACTTTGCGAAATATCTATATTCATCTAATAAAACCTTAGCCACAT
1 GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
* * *
21228 TGTATTTAAGGATTTGTTTTTATGTGCATCTGAAT-CTTTATTCGATTTAATTAGAA-TTAATTC
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTT-TTCGATTTAATTAGAATTTAATTC
*
21291 AG-AAAAATATGAAAAACGATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTA
130 AGAAAAAATATGAAAAACAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTA
* * *
21355 TATATTTTCTCAGATTATTGCGGCTAAAAATGTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAA
195 TATATTTTTTAAGATTATTGTGGCTAAAAATGTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAA
*
21420 TTATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTTCGAGGCCTGGTT
260 TTATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTT
21485 CAATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCAA
325 CAATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCAA
21550 GCCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAAT
390 GCCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAAT
21615 AGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAA-T-TATATATAT
455 AGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATAT
* *
21678 TATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTGGGTCATTTTTTTCAAATTTTTTGCCA
520 TATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCA
* * * * *
21742 AAATCGAGTACAAACAATCACGGTTTTATGGGTAAAAACGCATGTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
585 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT-TGGGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
* *
21807 GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCCTGAAATATCTATATGCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
1 GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
* * *
21872 TGCGTTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCC-TTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCG
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCA
*
21936 GAAAAAATATG-AAAACAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATTATTTTTGGTGTTGAATTA
131 GAAAAAATATGAAAAACAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAA-TATTTTTGGCGTTGAATTA
* * *
22000 TATATTTTTTAAGATTATTGTGGCTAAAAATTTAGAAATTATCTTTTGGGTCAATTTTTGCCAAA
195 TATATTTTTTAAGATTATTGTGGCTAAAAATGTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAA
22065 TTATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTT
260 TTATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTT
* *
22130 CAATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGGAATATCAATATTTATCTAACCAAATCCAA
325 CAATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCAA
* *
22195 GCCA-TGTTTTTACAAGTGTCTTAATCATATTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAAT
390 GCCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAAT
* * *
22259 AGGAAAAATGATATTAGGAGCGCGAAAAGCCCTTCAATCTCTTTGGAGTTAAATTATATATATAT
455 AGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATAT
** **
22324 TATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTTTGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCA
520 TATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCA
* * * * * *
22389 AAATTGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTCGGCAAAAACGCGTTTCGAGGTCCCGTCTCAGTTTT
585 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
* * * *
22453 GCATGTTTTTTGGCACCGATATTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAACCTTAGCCACAT
1 GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
*
22518 TACATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCA
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCA
* *
22583 GAAAAGATATGAAAAAAAAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTA
131 GAAAAAATATG-AAAAACAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTA
* * * *
22648 TATATTTTCTCAGATTATTGCGGCTAAAAATGTAGAAAACATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAA
195 TATATTTTTTAAGATTATTGTGGCTAAAAATGTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAA
* *
22713 TTATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTT
260 TTATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTT
*
22778 CAATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAAACAAA
325 CAATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAA
22838 ACCTTAGCCA
Statistics
Matches: 3341, Mismatches: 252, Indels: 42
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
643 74 0.02
644 303 0.09
645 605 0.18
646 1109 0.33
647 759 0.23
648 449 0.13
649 42 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (648 bp):
GCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAACCTTAGCCACAT
TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCTTTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCA
GAAAAAATATGAAAAACAATATTAACAGCATGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT
ATATTTTTTAAGATTATTGTGGCTAAAAATGTAGAAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCCAAAT
TATAGCCGAAATCGTGTAAGAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTCCGAGGCCTGGTTC
AATTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCAAG
CCATTGTTTTTACAAGTGTCTGAATCATGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCGTGAAAAAATA
GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATATT
ATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCAA
AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTT
Done.